New junction evidence | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
* | ? | NC_007779 | 380484 = | NA (NA) | 418 (0.960) | 146/180 | NT | NA | intergenic (‑418/‑46) | yaiO/insC | hypothetical protein/IS2 insertion element repressor InsA |
? | NC_007779 | = 381407 | NA (NA) | coding (510/906 nt) | insD | IS2 insertion element transposase InsAB' |
Only 100 of 438 total aligned reads displayed.
TGTTCTCCAATGACTAGTCTAAAAACTAGTATTAAGACTATCACTTATTTAAGTGATATTGGTTGTCTGGAGATTCAGGGGGCCAGTCTA‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ < NC_007779/380573‑380484 ‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑TTCACTGTTGAAGCCGCCGGTAGTGACCGCCCAGTGCAGTGCCTCACGATCACAGCAGTCCAGCGCGAACGTGACACGCAGTCTCTCTCCGTTATCACAG < NC_007779/381407‑381308 TGTTCTCCAATGACTAGTCTAAAAACTAGTATTAAGACTATCACTTATTTAAGTGATATTGGTTGTCTGGAGATTCAGGGGGCCAGTCTATTCACTGTTGA > 1:20432442/1‑101 TGTTCTCCAATGACTAGTCTAAAAACTAGTATTAAGACTATCACTTATTTAAGTGATATTGGTTGTCTGGAGATTCAGGGGGCCAGTCTATTCACTGTTGA < 1:3432154/101‑1 GTTCTCCAATGACTAGTCTAAAAACTAGTATTAAGACTATCACTTATTTAAGTGATATTGGTTGTCTGGAGATTCAGGGGGCCAGTCTATTCACTGTTGAA > 1:2283082/1‑101 CTCCAATGACTAGTCTAAAAACTAGTATTAAGACTATCACTTATTTAAGTGATATTGGTTGTCTGGAGATTCAGGGGGCCAGTCTATTCACTGTTGAAGCC < 1:2154813/101‑1 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TCTAAAAACTAGTATTAAGACTATCACTTATTTAAGTGATATTGGTTGTCTGGAGATTCAGGGGGCCAGTCTATTCACTGTTGAAGCCGCCGGTAGTGACC < 1:5525606/101‑1 CTAAAAACTAGTATTAAGACTATCACTTATTTAAGTGATATTGGTTGTCTGGAGATTCAGGGGGCCAGTCTATTCACTGTTGAAGCCGCCGGTAGTGACCG > 1:12705112/1‑101 CTAAAAACTAGTATTAAGACTATCACTTATTTAAGTGATATTGGTTGTCTGGAGATTCAGGGGGCCAGTCTATTCACTGTTGAAGCCGCCGGTAGTGACCG > 1:19603821/1‑101 CTAAAAACTAGTATTAAGACTATCACTTATTTAAGTGATATTGGTTGTCTGGAGATTCAGGGGGCCAGTCTATTCACTGTTGAAGCCGCCGGTAGTGACCG < 1:116846/101‑1 AAAACTAGTATTAAGACTATCACTTATTTAAGTGATATTGGTTGTCTGGAGATTCAGGGGGCCAGTCTATTCACTGTTGAAGCCGCCGGTAGTGACCGCCC > 1:13885705/1‑101 AACTAGTATTAAGACTATCACTTATTTAAGTGATATTGGTTGTCTGGAGATTCAGGGGGCCAGTCTATTCACTGTTGAAGCCGCCGGTAGTGACCGCCCAG < 1:7857054/101‑1 AACTAGTATTAAGACTATCACTTATTTAAGTGATATTGGTTGTCTGGAGATTCAGGGGGCCAGTCTATTCACTGTTGAAGCCGCCGGTAGTGACCGCCCAG < 1:984015/101‑1 TAGTATTAAGACTATCACTTATTTAAGTGATATTGGTTGTCTGGAGATTCAGGGGGCCAGTCTATTCACTGTTGAAGCCGCCGGTAGTGACCGCCCAGTGg < 1:21302804/101‑2 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Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 24 ≤ ATCG/ATCG < 30 ≤ ATCG/ATCG < 34 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
Reads not counted as support for junction |
read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |