| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_007779 | 1,197,822 | T→C | 5.6% | L375L (TTA→CTA) | icd → | isocitrate dehydrogenase,‑specific for NADP+ |
| Read alignment evidence... | ||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | change | freq | score | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_007779 | 1,197,822 | 0 | T→C | 5.6% | 46.6 ‑1.1 ‑0.4 | 342 | L375L (TTA→CTA) | icd | isocitrate dehydrogenase,‑specific for NADP+ |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): new base (13/6): ref base (177/145): total (190/152) | ||||||||||
| Fisher's exact test strand distribution p-value = 3.43e-01 | ||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support polymorphism than reference p-value = 3.92e-01 | ||||||||||
Only 100 of 355 total aligned reads displayed.
TGCGCCGAAATATGCCGGTCAGGACAAAGTAAATCCTGGCTCTATTATTCTCTCCGCTGAGATGATGCTGCGCCACATGGGTTGGACCGAAGCGGCTG‑ACTTAATTGTTAAAGGTATGGAAGGCGCAATCAACGCGAAAACCGTAACCTATGACTTCGAGCGTCTGATGGATGGCGCTAAACTGCTGAAATGTTCAGAGTT > NC_007779/1197722‑1197922 | tGCGCCGAAATATGCCGGTCAGGACAAAGTAAATCCTGGCTCTATTATTCTCTCCGCTGAGATGATGCTGCGCCACATGGGTTGGACCGAAGCGGCTG‑ACt > 1:6977400/1‑101 (MQ=255) gcCGAAATATGCCGGTCAGGACAAAGTAAATCCTGGCTCTATTATTCTCTCCGCTGAGATGATGCTGCGCCACATGGGTTGGACCGAAGCGGCTG‑ACTTaa < 1:8562724/101‑1 (MQ=255) gcCGAAATATGCCGGTCAGGACAAAGTAAATCCTGGCTCTATTATTCTCTCCGCTGAGATGATGCTGCGCCACATGGGTTGGACCGAAGCGGCTG‑ACTTaa > 1:10871785/1‑101 (MQ=255) gAAATATGCCGGTCAGGACAAAGTAAATCCTGGCTCTATTATTCTCTCCGCTGAGATGATGCTGCGCCACATGGGTTGGACCGAAGCGGCTG‑ACTTAATTg < 1:784200/101‑1 (MQ=255) aaTATGCCGGTCAGGACAAAGTAAATCCTGGCTCTATTATTCTCTCCGCTGAGATGATGCTGCGCCACATGGGTTGGACCGAAGCGGCTG‑ACTTAATTGtt < 1:7749060/101‑1 (MQ=255) atatGCCGGTCAGGACAAAGTAAATCCTGGCTCTATTATTCTCTCCGCTGAGATGATGCTGCGCCACATGGGTTGGACCGAAGCGGCTG‑ACTTAATTGTTa > 1:2171239/1‑101 (MQ=255) atGCCGGTCAGGACAAAGTAAATCCTGGCTCTATTATTCTCTCCGCTGAGATGATGCTGCGCCATATGGGTTGGACTGAAGCGGCTG‑ACCTGATTGTTaaa > 1:10927822/1‑101 (MQ=25) atGCCGGTCAGGACAAAGTAAATCCTGGCTCTATTATTCTCTCCGCTGAGATGATGCTGCGCCACATGGGTTGGACCGAAGCGGCTG‑ACTTAATTGTTaaa > 1:11098042/1‑101 (MQ=255) gCCGGTCAGGACAAAGTAAATCCTGGCTCTATTATTCTCTCCGCTGAGATGATGCTGCGCCACATGGGTTGGACCGAAGCGGCTG‑ACTTAATTGTTAAAgg > 1:12401186/1‑101 (MQ=255) ccGGTCAGGACAAAGTAAATCCTGGCTCTATTATTCTCTCCGCTGAGATGATGCTGCGCCACATGGGTTGGACCGAAGCGGCTG‑ACTTAATTGTTAAAGGt < 1:15273956/101‑1 (MQ=255) ccGGTCAGGACAAAGTAAATCCTGGCTCTATTATTCTCTCCGCTGAGATGATGCTGCGCCACATGGGTTGGACCGAAGCGGCTG‑ACTTAATTGTTAAAGGt > 1:2756699/1‑101 (MQ=255) cGGTCAGGACAAAGTAAATCCTGGCTCTATTATTCTCTCCGCTGAGATGATGCTGCGCCACATGGGTTGGACCGAAGCGGCTG‑ACTTAATTGTTAAAGGTa > 1:1577065/1‑101 (MQ=255) ggTCAGGACAAAGTAAATCGTGGCTCTATTATTCTCTCCGCTGAGATGATGCTGCGCCACATGGGTTGGACCGAAGCGGCTG‑ACTTAATTGTTAAAGGTAt > 1:12101286/1‑101 (MQ=255) ggTCAGGACAAAGTAAATCCTGGCTCTATTATTCTCTCCGCTGAGATGATGCTGCGCCACATGGGTTGGACCGAAGCGGCTG‑ACTTAATTGTTAAAGGTAt > 1:6474769/1‑101 (MQ=255) aGGACAAAGTAAATCCTGGCTCTATTATTCTCTCCGCTGAGATGATGCTGCGCCACATGGGTTGGACCGAAGCGGCTG‑ACTTAATTGTTAAAGGTATGGaa > 1:2383422/1‑101 (MQ=255) ggACAAAGTAAATCCTGGCTCTATTATTCTCTCCGCTGAGATGATGCTGCGCCACATGGGTTGGACCGAAGCGGCTG‑ACTTAATTGTTAAAGGTATGGAAg > 1:759132/1‑101 (MQ=255) gACAAAGTAAATCCTGGCTCTATTATTCTCTCCGCTGAGATGATGCTGCGCCACATGGGTTGGACCGAAGCGGCTG‑ACTTAATTGTTAAAGGTATGGAAgg > 1:13256081/1‑101 (MQ=255) aCAAAGTAAATCCTGGCTCTATTATTCTCTCCGCTGAGATGATGCTGCGCCACATGGGTTGGACCGAAGCGGCTG‑ACTTAATTGTTAAAGGTATGGAAggg > 1:8324376/1‑100 (MQ=255) aaaGTAAATCCTGGCTCTATTATTCTCTCCGCTGAGATGATGCTGCGCCACATGGGTTGGACCGAAGCGGCTG‑ACTTAATTGTTAAAGGTATGGAAGgcgc > 1:589662/1‑101 (MQ=255) aaaGTAAATCCTGGCTCTATTATTCTCTCCGCTGAGATGATGCTGCGCCACATGGGTTGGACCGAAGCGGCTG‑ACTTAATTGTTAAAGGTATGGAAGgcgc < 1:3450500/101‑1 (MQ=255) aaGTAAATCCTGGCTCTATTATTCTCTCCGCTGAGATGATGCTGCGCCATATGGGTTGGACTGAAGCGGCTG‑ACCTGATTGTTAAAGGTATGGAAGGCGCa > 1:3968270/1‑101 (MQ=18) aGTAAATCCTGGCTCTATTATTCTCTCCGCTGAGATGATGCTGCGCCACATGGGTTGGACCGAAGCGGCTG‑ACTTAATTGTTAAAGGTATGGAAGGCGCaa < 1:8651644/101‑1 (MQ=255) gTAAATCCTGGCTCTATTATTCTCTCCGCTGAGATGATGCTGCGCCACATGGGTTGGACCGAAGCGGCTG‑ACTTAATTGTTAAAGGTATGGAAGGCGCAAt < 1:13486379/101‑1 (MQ=255) aaTCCTGGCTCTATTATTCTCTCCGCTGAGATGATGCTGCGCCACATGGGTTGGACCGAAGCGGCTG‑ACTTAATTGTTAAAGGTATGGAAGGCGCAATCaa > 1:3191886/1‑101 (MQ=255) aTCCTGGCTCTATTATTCTCTCCGCTGAGATGATGCTGCGCCACATGGGTTGGACCGAAGCGGCTG‑ACTTAATTGTTAAAGGTATGGAAGGCGCAATCAAc < 1:1911498/101‑1 (MQ=255) aTCCTGGCTCTATTATTCTCTCCGCTGAGATGATGCTGCGCCACATGGGTTGGACCGAAGCGGCTG‑ACTTAATTGTTAAAGGTATGGAAGGCGCAATCAAc > 1:3762656/1‑101 (MQ=255) aTCCTGGCTCTATTATTCTCTCCGCTGAGATGATGCTGCGCCACATGGGTTGGACCGAAGCGGCTG‑ACTTAATTGTTAAAGGTATGGAAGGCGCAATCAAc < 1:6867071/101‑1 (MQ=255) ccTGGCTCTATTATTCTCTCCGCTGAGATGATGCTGCGCCACATGGGTTGGACCGAAGCGGCTG‑ACTTAATTGTTAAAGGTATGGAAGGCGCAATCAAcgc > 1:526811/1‑101 (MQ=255) tGGCTCTATTATTCTCTCCGCTGAGATGATGCTGCGCCACATGGGTTGGACCGAAGCGGCTG‑ACTTAATTGTTAAAGGTATGGAAGGCGCAATCAACGCGa > 1:10727882/1‑101 (MQ=255) ggCTCTATTATTCTCTCCGCTGAGATGATGCTGCGCCACATGGGTTGGACCGAAGCGGCTG‑ACTTAATTGTTAAAGGTATGGAAGGCGCAATCAACGCGaa > 1:10307245/1‑101 (MQ=255) ctctATTATTCTCTCCGCTGAGATGATGCTGCGCCATATGGGTTGGACTGAAGCGGCTG‑ACCTGATTGTTAAAGGTATGGAAGGCGCAATCAATGCCaaga > 1:14463146/1‑99 (MQ=11) ctctATTATTCTCTCCGCTGAGATGATGCTGCGCCACATGGGTTGGACCGAAGCGGCTG‑ACTTAATTGTTAAAGGTATGGAAGGCGCAATCAACGCGaaaa < 1:6037446/101‑1 (MQ=255) tctATTATTCTCTCCGCTGAGATGATGCTGCGCCATATGGGTTGGACTGAAGCGGCTG‑ACCTGATTGTTAAAGGTATGGAAGGCGCAATCAATGCCAAGAc > 1:8142701/1‑101 (MQ=11) tctATTATTCTCTCCGCTGAGATGATGCTGCGCCACATGGGTTGGACCGAAGCGGCTG‑ACTTAATTGTTAAAGGTATGGAAGGCGCAATCAACGCGAAAAc < 1:14574078/101‑1 (MQ=255) tctATTATTCTCTCCGCTGAGATGATGCTGCGCCACATGGGTTGGACCGAAGCGGCTG‑ACTTAATTGTTAAAGGTATGGAAGGCGCAATCAACGCGAAAAc < 1:675044/101‑1 (MQ=255) tctATTATTCTCTCCGCTGAGATGATGCTGCGCCACATGGGTTGGACCGAAGCGGCTG‑ACTTAATTGTTAAAGGTATGGAAGGCGCAATCAACGCGAAAAc < 1:956234/101‑1 (MQ=255) tctATTATTCTCTCCGCTGAGATGATGCTGCGCCACATGGGTTGGACCGAAGCGGCTG‑ACTTAATTGTTAAAGGTATGGAAGGCCCAATCAACGCGAAAAc < 1:10629557/101‑1 (MQ=255) ctATTATTCTCTCCGCTGAGATGATGCTGCGCCACATGGGTTGGACCGAAGCGGCTG‑ACTTAATTGTTAAAGGTATGGAAGGCGCAATCAACGCGAAAAcc < 1:7979267/101‑1 (MQ=255) ctATTATTCTCTCCGCTGAGATGATGCTGCGCCACATGGGTTGGACCGAAGCGGCTG‑ACTTAATTGTTAAAGGTATGGAAGGCGCAATCAACGCGAAAAcc > 1:15822802/1‑101 (MQ=255) ctATTATTCTCTCCGCTGAGATGATGCTGCGCCACATGGGTTGGACCGAAGCGGCTG‑ACTTAATTGTTAAAGGTATGGAAGGCGCAATCAACGCGAAAAcc < 1:7677936/101‑1 (MQ=255) ttattCTCTCCGCTGAGATGATGCTGCGCCACATGGGTTGGACCGAAGCGGCTG‑ACTTAATTGTTAAAGGTATGGAAGGCGCAATCAACGCGAAAACCGTa > 1:12779621/1‑101 (MQ=255) attCTCTCCGCTGAGATGATGCTGCGCCACATGGGTTGGACCGAAGCGGCTG‑ACTTAATTGTTAAAGGTATGGAAGGCGCAATCAACGCGAAAACCGTAAc > 1:11386222/1‑101 (MQ=255) ttCTCTCCGCTGAGATGATGCTGCGCCACATGGGTTGGACCGAAGCGGCTG‑ACTTAATTGTTAAAGGTATGGAAGGCGCAATCAACGCGAAAACCGTAAcc > 1:7299531/1‑101 (MQ=255) tctctcCGCTGAGATGATGCTGCGCCACATGGGTTGGACCGAAGCGGCTG‑ACTTAATTGTTAAAGGTATGGAAGGCGCAATCAACGCGAAAACCGTAACCt < 1:4604790/101‑1 (MQ=255) tctctcCGCTGAGATGATGCTGCGCCACATGGGTTGGACCGAAGCGGCTG‑ACTTAATTGTTAAAGGTATGGAAGGCGCAATCAACGCGAAAACCGTAACCt > 1:9291358/1‑101 (MQ=255) ctctcCGCTGAGATGATGCTGCGCCACATGGGTTGGACCGAAGCGGCTG‑ACTTAATTGTTAAAGGTATGGAAGGCGCAATCAACGCGAAAACCGTAACCTa < 1:2630858/101‑1 (MQ=255) tctcCGCTGAGATGATGCTGCGCCACATGGGTTGGACCGAAGCGGCTG‑ACTTAATTGTTAAAGGTATGGAAGGCGCAATCAACGCGAAAACCGTAACCTAt < 1:11312174/101‑1 (MQ=255) ctcCGCTGAGATGATGCTGCGCCACATGGGTTGGACCGAAGCGGCTG‑ACTTAATTGTTAAAGGTATGGAAGGCGCAATCAACGCGAAAACCGTAACCTATg > 1:9420770/1‑101 (MQ=255) ctcCGCTGAGATGATGCTGCGCCACATGGGTTGGACCGAAGCGGCTG‑ACTTAATTGTTAAAGGTATGGAAGGCGCAATCAACGCGAAAACCGTAACCTATg > 1:13221129/1‑101 (MQ=255) tcCGCNGAGATGATGCTGCGCCACATGGNNTGGACCGAAGCGGCTG‑ACTTAATTGTTAAAGGTATGGAAGGCGCAATCAACGCGAAAACCGTAACCTNTGa < 1:5764648/101‑1 (MQ=255) cGCTGAGATGATGCTGCGCCACATGGGTTGGACCGAAGCGGCTG‑ACTTAATTGTTAAAGGTATGGAAGGCGCAATCAACGCGAAAACCGTAACCTATGACt > 1:2940196/1‑101 (MQ=255) gCTGAGATGATGCTGCGCCACATGGGTTGGACCGAAGCGGCTG‑ACTTAATTGTTAAAGGTATGGAAGGCGCAATCAACGCGAAAACCGTAACCTATGACtt > 1:1747550/1‑101 (MQ=255) cTGAGATGATGCTGCGCCACATGGGTTGGACCGAAGCGGCTG‑ACTTAATTGTTAAAGGTATGGAAGGCGCAATCAACGCGAAAACCGTAACCTATGACTTc > 1:5340889/1‑101 (MQ=255) cTGAGATGATGCTGCGCCACATGGGTTGGACCGAAGCGGCTG‑ACTTAATTGTTAAAGGTATGGAAGGCGCAATCAACGCGAAAACCGTAACCTATGACTTc > 1:4682678/1‑101 (MQ=255) taactaatgCTGCGCCACATGGGTTGGACCGAAGCGGCTG‑ACTTAATTGTTAAAGGTATGGAAGGCGCAATCAACGCGAAAACCGTAACCTATGACTTCGa < 1:9112012/95‑1 (MQ=255) gagaTGATGCTGCGCCACATGGGTTGGACCGAAGCGGCTG‑ACTTAATTGTTAAAGGTATGGAAGGCGCAATCAACGCGAAAACCGTAACCTATGACTTCGa < 1:6722223/101‑1 (MQ=255) agaTGATGCTGCGCCACATGGGTTGGACCGAAGCGGCTG‑ACTTAATTGTTAAAGGTATGGAAGGCGCAATCAACGCGAAAACCGTAACCTATGACTTCGAg < 1:2128834/101‑1 (MQ=255) aactaatgCTGCGCCACATGGGTTGGACCGAAGCGGCTG‑ACTTAATTGTTAAAGGTATGGAAGGCGCAATCAACGCGAAAACCGTAACCTATGACTTCGAg < 1:8771060/96‑1 (MQ=255) atgatgCTGCGCCACATGGGTTGGACCGAAGCGGCTG‑ACTTAATTGTTAAAGGTATGGAAGGCGCAATCAACGCGAAAACCGTAACCTATGACTTCGAGCg < 1:745803/101‑1 (MQ=255) tgatgCTGCGCCACATGGGTTGGACCGAAGCGGCTG‑ACTTAATTGTTAAAGGTATGGAAGGCGCAATCAACGCGAAAACCGTAACCTATGACTTCGAGCGt > 1:8725756/1‑101 (MQ=255) gatgCTGCGCCACATGGGTTGGACCGAAGCGGCTG‑ACTTAATTGTTAAAGGTATGGAAGGCGCAATCAACGCGAAAACCGTAACCTATGACTTCGAGCGTc > 1:12640017/1‑101 (MQ=255) atgCTGCGCCACATGGGTTGGACCGAAGCGGCTG‑ACTTAATTGTTAAAGGTATGGAAGGCGCAATCAACGCGAAAACCGTAACCTATGACTTCGAGCGTCt > 1:8510598/1‑101 (MQ=255) 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aCTTAATTGTTAAAGGTATGGAAGGCGCAATCAACGCGAAAACCGTAACCTATGACTTCGAGCGTCTGATGGATGGCGCTAAACTGCTGAAATGTTCagag > 1:14853915/1‑101 (MQ=255) cTTAATTGTTAAAGGTATGGAAGGCGCAATCAACGCGAAAACCGTAACCTATGACTTCGAGCGTCTGATGGATGGCGCTAAACTGCTGAAATGTTCAGAGt < 1:6326974/101‑1 (MQ=255) ttAATTGTTAAAGGTATGGAAGGCGCAATCAACGCGAAAACCGTAACCTATGACTTCGAGCGTCTGATGGATGGCGCTAAACTGCTGAAATGTTCAGAGtt > 1:15521437/1‑101 (MQ=255) | TGCGCCGAAATATGCCGGTCAGGACAAAGTAAATCCTGGCTCTATTATTCTCTCCGCTGAGATGATGCTGCGCCACATGGGTTGGACCGAAGCGGCTG‑ACTTAATTGTTAAAGGTATGGAAGGCGCAATCAACGCGAAAACCGTAACCTATGACTTCGAGCGTCTGATGGATGGCGCTAAACTGCTGAAATGTTCAGAGTT > NC_007779/1197722‑1197922 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 35 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |