| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_007779 | 758,300 | G→A | 2.2% | G64S (GGT→AGT) | sdhB → | succinate dehydrogenase, FeS subunit |
| Read alignment evidence... | ||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | change | freq | score | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_007779 | 758,300 | 0 | G→A | 2.2% | 8.9 ‑0.3 ‑0.2 | 320 | G64S (GGT→AGT) | sdhB | succinate dehydrogenase, FeS subunit |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): new base (3/4): ref base (158/155): total (161/159) | ||||||||||
| Fisher's exact test strand distribution p-value = 7.22e-01 | ||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support polymorphism than reference p-value = 5.74e-01 | ||||||||||
Only 100 of 335 total aligned reads displayed.
TCGCGACATGATGCTGCTGGATGCGCTTATCCAGCTAAAAGAGAAAGATCCCAGCCTGTCGTTCCGCCGCTCCTGCCGTGAAGGTGTGTGCGGTTCCGACGGTCTGAACATGAACGGCAAGAATGGTCTGGCCTGTATTACCCCGATTTCGGCACTCAACCAGCCGGGCAAGAAGATTGTGATTCGCCCGCTGCCAGGTTT > NC_007779/758200‑758400 | tCGCGACAGGATGCGGCGGGATGCTTTTACCCAGAAAAAAAAAAAAGACCCCAGCCTGTCTTCCCGCCGCCCCTGCCGTGAAGGTGTGTGCGGTCCCGACg < 1:1909608/101‑1 (MQ=255) gcgACATGATGCTGCTGGATGCGCTTATCCAGCTAAAAGAGAAAGATCCCAGCCTGTCGTTCCGCCGCTCCTGCCGTGAAGGTGTGTGCGGTTCCGACGGt > 1:13099161/1‑101 (MQ=255) gcgACATGATGCTGCTGGAGGCGCTTATCCAGCTAAAAGAGAAAGATCCCAGCCTGTCGTTCCGCCGCTCCTGCCGTGAAGGTGTGTGCGGTTCCGACGGt < 1:7671205/101‑1 (MQ=255) cgACATGATGCTGCTGGATGCGCTTATCCAGCTAAAAGAGAAAGATCCCAGCCTGTCGTTCCGCCGCTCCTGCCGTGAAGGTGTGTGCGGTTCCGACGGTc > 1:8540146/1‑101 (MQ=255) cgACATGATGCTGCTGGATGCGCTTATCCAGCTAAAAGAGAAAGATCCCAGCCTGTCGTTCCGCCGCTCCTGCCGTGAAGGTGTGTGCGGTTCCGACGGTc < 1:3259455/101‑1 (MQ=255) aCATGATGCTGCTGGATGCGCTTATCCAGCTAAAAGAGAAAGATCCCAGCCTGTCGTTCCGCCGCTCCTGCCGTGAAGGTGTGTGCGGTTCCGACGGTCTg > 1:1438455/1‑101 (MQ=255) aCATGATGCTGCTGGATGCGCTTATCCAGCTAAAAGAGAAAGATCCCAGCCTGTCGTTCCGCCGCTCCTGCCGTGAAGGTGTGTGCGGTTCCGACGGTCTg < 1:12243145/101‑1 (MQ=255) tgatgCTGCTGGATGCGCTTATCCAGCTAAAAGAGAAAGATCCCAGCCTGTCGTTCCGCCGCTCCTGCCGTGAAGGTGTGTGCGGTTCCGACGGTCTGAAc < 1:4386643/101‑1 (MQ=255) gatgCTGCTGGATGCGCTTATCCAGCTAAAAGAGAAAGATCCCAGCCTGTCGTTCCGCCGCTCCTGCCGTGAAGGTGTGTGCGGTTCCGACGGTCTGAACa < 1:5564914/101‑1 (MQ=255) ctgctgGATGCGCTTATCCAGCTAAAAGAGAAAGATCCCAGCCTGTCGTTCCGCCGCTCCTGCCGTGAAGGTGTGTGCGGTTCCGACGGTCTGAACATGaa > 1:6853378/1‑101 (MQ=255) tgctgGATGCGCTTATCCAGCGAAAAAAGAAAGATCCCAGCCTGTCGTTCCGCCGCTCCTGCCGTGAAGGTGTGTGCGGTTCCGACGGTCTGAACATGAAc < 1:10224546/101‑1 (MQ=255) gctgGATGCGCTTATCCAGCTAAAAGAGAAAGATCCCAGCCTGTCGTTCCGCCGCTCCTGCCGTGAAGGTGTGTGCGGTTCCGACGGTCTGAACATGAACg > 1:9452412/1‑101 (MQ=255) ctgGATGCGCTTATCCAGCTAAAAGAGAAAGATCCCAGCCTGTCGTTCCGCCGCTCCTGCCGTGAAGGTGTGTGCGGTTCCGACGGTCTGAACATGAACgg > 1:12580439/1‑101 (MQ=255) ctgGATGCGCTTATCCAGCTAAAAGAGAAAGATCCCAGCCTGTCGTTCCGCCGCTCCTGCCGTGAAGGTGTGTGCGGTTCCGACGGTCTGAACATGAACgg > 1:729732/1‑101 (MQ=255) ggATGCGCTTATCCAGCTAAAAGAGAAAGATCCCAGCCTGTCGTTCCGCCGCTCCTGCCGTGAAGGTGTGTGCGGTTCCGACGGTCTGAACATGAACGGCa < 1:14583876/101‑1 (MQ=255) aTGCGCTTATCCAGCTAAAAGAGAAAGATCCCAGCCTGTCGTTCCGCCGCTCCTGCCGTGAAGGTGTGTGCGGTTCCGACGGTCTGAACATGAACGGCAAg < 1:6774022/101‑1 (MQ=255) tGCGCTTATCCAGCTAAAAGAGAAAGATCCCAGCCTGTCGTTCCGCCGCTCCTGCCGTGAAGGTGTGTGCGGTTCCGACGGTCTGAACATGAACGGCAAGa > 1:7947818/1‑101 (MQ=255) gcgcTTATCCAGCTAAAAGAGAAAGATCCCAGCCTGTCGTTCCGCCGCTCCTGCCGTGAAGGTGTGTGCGGTTCCGACGGTCTGAACATGAACGGCAAGaa < 1:11751512/101‑1 (MQ=255) cgcTTATCCAGCTAAAAGAGAAAGATCCCAGCCTGTCGTTCCGCCGCTCCTGCCGTGAAGGTGTGTGCGGTTCCGACGGTCTGAACATGAACGGCAAGAAt > 1:3547549/1‑101 (MQ=255) cgcTTATCCAGCTAAAAGAGAAAGATCCCAGCCTGTCGTTCCGCCGCTCCTGCCGTGAAGGTGTGTGCGGTTCCGACGGTCTGAACATGAACGGCAAGAAt < 1:2810906/101‑1 (MQ=255) gcTTATCCAGCTAAAAGAGAAAGATCCCAGCCTGTCGTTCCGCCGCTCCTGCCGTGAAGGTGTGTGCGGTTCCGACGGTCTGAACATGAACGGCAAGAATg > 1:15318385/1‑101 (MQ=255) gcTTATCCAGCTAAAAGAGAAAGATCCCAGCCTGTCGTTCCGCCGCTCCTGCCGTGAAGGTGTGTGCGGTTCCGACGGTCTGAACATGAACGGCAAGAATg > 1:5359898/1‑101 (MQ=255) cTTATCCAGCTAAAAGAGAAAGATCCCAGCCTGTCGTTCCGCCGCTCCTGCCGTGAAGGTGTGTGCGGTTCCGACGGTCTGAACATGAACGGCAAGAATgg < 1:5156669/101‑1 (MQ=255) cTTATCCAGCTAAAAGAGAAAGATCCCAGCCTGTCGTTCCGCCGCTCCTGCCGTGAAGGTGTGTGCGGTTCCGACGGTCTGAACATGAACGGCAAGAATgg > 1:14689309/1‑101 (MQ=255) cTTATCCAGCTAAAAGAGAAAGATCCCAGCCTGTCGTTCCGCCGCTCCTGCCGTGAAGGTGTGTGCGGTTCCGACGGTCTGAACATGAACGGCAAGAATgg > 1:15257465/1‑101 (MQ=255) ttATCCAGCTAAAAGAGAGAGATCCCAGCCTGTCGTTCCGCCGCTCCTGCCGTGAAGGTGTGTGCGGTTCCGACGGTCTGAACATGAACGGCAAGAATGGt > 1:11299580/1‑101 (MQ=255) ttATCCAGCTAAAAGAGAAAGATCCCAGCCTGTCGTTCCGCCGCTCCTGCCGTGAAGGTGTGTGCGGTTCCGACGGTCTGAACATGAACGGCAAGAATGGt > 1:6538372/1‑101 (MQ=255) ttATCCAGCTAAAAGAGAAAGATCCCAGCCTGTCGTTCCGCCGCTCCTGCCGTGAAGGTGTGTGCGGTTCCGACGGTCTGAACATGAACGGCAAGAATGGt > 1:223701/1‑101 (MQ=255) tATCCAGCTAAAAGAGAAAGATCCCAGCCTGTCGTTCCGCCGCTCCTGCCGTGAAGGTGTGTGCGGTTCCGACGGTCTGAACATGAACGGCAAGAATGGTc > 1:13892380/1‑101 (MQ=255) accaaGCAAAAAAAAAAAGA‑CCCAGCCTGTCGTTCCGCCGCTCCTGCCGTGAAGGTGTGTGCGGTTCCGACGGTCTGAACATGAACGGCAAGAATGGTCTg < 1:8081779/97‑1 (MQ=255) aTCCAGCTAAAAGAGAAAGATCCCAGCCTGTCGTTCCGCCGCTCCTGCCGTGAAGGTGTGTGCGGTTCCGACGGTCTGAACATGAACGGCAAGAATGGTCt > 1:10950812/1‑101 (MQ=255) tCCAGCTAAAAGAGAAAGATCCCAGCCTGTCGTTCCGCCGCTCCTGCCGTGAAGGTGTGTGCGGTTCCGACGGTCTGAACATGAACGGCAAGAATGGTCTg < 1:3525272/101‑1 (MQ=255) tCCAGCTAAAAGAGAAAGATCCCAGCCTGTCGTTCCGCCGCTCCTGCCGTGAAGGTGTGTGCGGTTCCGACGGTCTGAACATGAACGGCAAGAATGGTCTg < 1:15733534/101‑1 (MQ=255) tCCAGCTAAAAGAGAAAGACCCCAGCCTGTCGTCCCGCCGCTCCTGCCGTGAAGGTGTGTGCGGTTCCGACGGTCTGAACATGAACGGCAAGAATGGTCTg < 1:888547/101‑1 (MQ=255) aGCTAAAAGAGAAAGATCCCAGCCTGTCGTTCCGCCGCTCCTGCCGTGAAGGTGTGTGCGGTTCCGACGGTCTGAACATGAACGGCAAGAATGGTCTGGcc > 1:4107543/1‑101 (MQ=255) cTAAAAGAGAAAGATCCCAGCCTGTCGTTCCGCCGCTCCTGCCGTGAAGGTGTGTGCGGTTCCGACGGTCTGAACATGAACGGCAAGAATGGTCTGGCCTg < 1:1083520/101‑1 (MQ=255) cTAAAAGAGAAAGATCCCAGCCTGTCGTTCCGCCGCTCCTGCCGTGAAGGTGTGTGCGGTTCCGACGGTCTGAACATGAACGGCAAGAATGGTCAGGCCTg < 1:9868187/101‑1 (MQ=255) aaaaGAGAAAGATCCCAGCCTGTCGTTCCGCCGCTCCTGCCGTGAAGGTGTGTGCGGTTCCGACGGTCTGAACATGAACGGCAAGAATGGTCTGGCCTGTa < 1:6440118/101‑1 (MQ=255) aaaGAGAAAGATCCCAGCCTGTCGTTCCGCCGCTCCTGCCGTGAAGGTGTGTGCGGTTCCGACGGTCTGAACATGAACGGCAAGAATGGTCTGGCCTGTAt > 1:100853/1‑101 (MQ=255) aaaGAGAAAGATCCCAGCCTGTCGTTCCGCCGCTCCTGCCGTGAAGGTGTGTGCGGTTCCGACGGTCTGAACATGAACGGCAAGAATGGTCTGGCCTGTAt > 1:13178489/1‑101 (MQ=255) agaAAGATCCCAGCCTGTCGTTCCGCCGCTCCTGCCGTGAAGGTGTGTGCGGTTCCGACGGTCTGAACATGAACGGCAAGAATGGTCTGGCCTGTATTAcc > 1:3654852/1‑101 (MQ=255) agaAAGATCCCAGCCTGTCGTTCCGCCGCTCCTGCCGTGAAGGTGTGTGCGGTTCCGACGGTCTGAACATGAACGGCAAGAATGGTCTGGCCTGTATTAcc < 1:5082738/101‑1 (MQ=255) aaaGATCCCAGCCTGTCGTTCCGCCGCTCCTGCCGTGAAGGTGTGTGCGGTTCCGACGGTCTGAACATGAACGGCAAGAATGGTCTGGCCTGTATTAcccc < 1:14937361/101‑1 (MQ=255) aataTCCCAGCCTGTCGTTCCGCCGCTCCTGCCGTGAAGGTGTGTGCGGTTCCGACGGTCTGAACATGAACGGCAAGAATGGTCTGGCCTGTATTACCCCg < 1:4181501/98‑1 (MQ=255) aaGATCCCAGCCTGTCGTTCCGCCGCTCCTGCCGTGAAGGTGTGTGCGGTTCCGACGGTCTGAACATGAACGGCAAGAATGGTCTGGCCTGTATTACCCCg > 1:15912405/1‑101 (MQ=255) gATCCCAGCCTGTCGTTCCGCCGCTCCTGCCGTGAAGGTGTGTGCGGTTCCGACGGTCTGAACATGAACGGCAAGAATGGTCTGGCCTGTATTACCCCGAt < 1:11522456/101‑1 (MQ=255) gATCCCAGCCTGTCGTTCCGCCGCTCCTGCCGTGAAGGTGTGTGCGGTTCCGACGGTCTGAACATGAACGGCAAGAATGGTCTGGCCTGTATTACCCCGAt > 1:1746158/1‑101 (MQ=255) aTCCCAGCCTGTCGTTCCGCCGCTCCTGCCGTGAAGGTGTGTGCGGTTCCGACGGTCTGAACATGAACGGCAAGAATGGTCTGGCCTGTATTACCCCGAtt > 1:8384500/1‑101 (MQ=255) tCCCAGCCTGTCGTTCCGCCGCTCCTGCCGTGAAGGTGTGTGCGGTTCCGACGGTCTGAACATGAACGGCAAGAATGGTCTGGCCTGTATTACCCCGAttt > 1:7508206/1‑101 (MQ=255) cccAGCCTGTCGTTCCGCCGCTCCTGCCGTGAAGGTGTGTGCGGTTCCGACGGTCTGAACATGAACGGCAAGAATGGTCTGGCCTGTATTACCCCGATTTc < 1:14137337/101‑1 (MQ=255) ccAGCCTGTCGTTCCGCCGCTCCTGCCGTGAAGGTGTGTGCGGTTCCGACGGTCTGAACATGAACGGCAAGAATGGTCTGGCCTGTATTACCCCGATTTCg < 1:4476892/101‑1 (MQ=255) aGCCTGTCGTTCCGCCGCTCCTGCCGTGAAGGTGTGTGCGGTTCCGACGGTCTGAACATGAACGGCAATAATGGTCTGGCCTGTATTACCCCGATTTCGGc > 1:2419956/1‑101 (MQ=255) aGCCTGTCGTTCCGCCGCTCCTGCCGTGAAGGTGTGTGCGGTTCCGACGGTCTGAACATGAACGGCAAGAATGGTCTGGCCTGTATTACCCCGATTTCGGc < 1:1430297/101‑1 (MQ=255) aGCCTGTCGTTCCGCCGCTCCTGCCGTGAAGGTGTGTGCGGTTCCGACGGTCTGAACATGAACGGCAAGAATGGTCTGGCCTGTATTACCCCGATTTCGGc > 1:1778909/1‑101 (MQ=255) aGCCTGTCGTTCCGCCGCTCCTGCCGTGAAGGTGTGTGCGGTTCCGACGGTCTGAACATGAACGGCAAGAATGGTCTGGCCTGTATTACCCCGATTTCGGc < 1:10672309/101‑1 (MQ=255) gCCTGTCGTTCCGCCGCTCCTGCCGTGAAGGTGTGTGCGGTTCCGACGGTCTGAACATGAACGGCAAGAATGGTCTGGCCTGTATTACCCCGATTTCGGCa > 1:6362475/1‑101 (MQ=255) cTGTCGTTCCGCCGCTCCTGCCGTGAAGGTGTGTGCGGTTCCGACGGTCTGAACATGAACGGCAAGAATGGTCTGGCCTGTATTACCCCGATTTCGGCACt < 1:14961885/101‑1 (MQ=255) tGTCGTTCCGCCGCTCCTGCCGTGAAGGTGTGTGCGGTTCCGACGGTCTGAACATGAACGGCAAGAATGGTCTGGCCTGTATTACCCCGATTTCGGCACTc > 1:11325760/1‑101 (MQ=255) tGTCGTTCCGCCGCTCCTGCCGTGAAGGTGTGTGCGGTTCCGACGGTCTGAACATGAACGGCAAGAATGGTCTGGCCTGTATTACCCCGATTTCGGCACTc > 1:2999143/1‑101 (MQ=255) tCGTTCCGCCGCTCCTGCCGTGAAGGTGTGTGCGGTTCCGACGGTCTGAACATGAACGGCAAGAATGGTCTGGCCTGTATTACCCCGATTTCGGCACTCaa > 1:12875463/1‑101 (MQ=255) tCGTTCCGCCGCTCCTGCCGTGAAGGTGTGTGCGGTTCCGACGGTCTGAACATGAACGGCAAGAATGGTCTGGCCTGTATTACCCCGATTTCGGCACTCaa > 1:12811539/1‑101 (MQ=255) cGTTCCGCCGCTCCTGCCGTGAAGGTGTGTGCGGTTCCGACGGTCTGAACATGAACGGCAAGAATGGTCTGGCCTGTATTACCCCGATTTCGGCACTCAAc > 1:12128285/1‑101 (MQ=255) 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gtgtgtGCGGTTCCGACGGTCTGAACATGAACGGCAAGAATGGTCTGGCCTGTATTACCCCGATTTCGGCACTCAACCAGCCGGGCAAGAAGATTGTGAtt < 1:9729653/101‑1 (MQ=255) tgtgtgCGGTTCCGACGGTCTGAACATGAACGGCAAGAATGGTCTGGCCTGTATTACCCCGATTTCGGCACTCAACCAGCCGGGCAAGAAGATTGTGATTc < 1:6180396/101‑1 (MQ=255) gtgtgCGGTTCCGACGGTCTGAACATGAACGGCAAGAATGGTCTGGCCTGTATTACCCCGATTTCGGCACTCAACCAGCCGGGCAAGAAGATTGTGATTCg < 1:1245025/101‑1 (MQ=255) tgtgCGGTTCCGACGGTCTGAACATGAACGGCAAGAATGGTCTGGCCTGTATTACCCCGATTTCGGCACTCAACCAGCCGGGCAAGAAGATTGTGATTCGc < 1:15574269/101‑1 (MQ=255) gtgCGGTTCCGACGGTCTGAACATGAACGGCAAGAATGGTCTGGCCTGTATTACCCCGATTTCGGCACTCAACCAGCCGGGCAAGAAGATTGTGATTCGcc > 1:909189/1‑101 (MQ=255) tgCGGTTCCGACGGTCTGAACATGAACGGCAAGAATGGTCTGGCCTGTATTACCCCGATTTCGGCACTCAACCAGCCGGGCAAGAAGATTGTGATTCGccc < 1:9562532/101‑1 (MQ=255) gCGGTTCCGACGGTCTGAACATGAACGGCAAGAATGGTCTGGCCTGTATTACCCCGATTTCGGCACTCAACCAGCCGGGCAAGAAGATTGTGATTCGCCCg > 1:13382316/1‑101 (MQ=255) ggTTCCGACGGTCTGAACATGAACGGCAAGAATGGTCTGGCCTGTATTACCCCGATTTCGGCACTCAACCAGCCGGGCAAGAAGATTGTGATTCGCCCGCt > 1:3763154/1‑101 (MQ=255) ttCCGACGGTCTGAACATGAACGGCAAGAATGGTCTGGCCTGTATTACCCCGATTTCGGCACTCAACCAGCCGGGCAAGAAGATTGTGATTCGCCCGCTGc < 1:13637/101‑1 (MQ=255) ccGACGGTCTGAACATGAACGGCAAGAATGGTCTGGCCTGTATTACCCCGATTTCGGCACTCAACCAGCCGGGCAAGAAGATTGTGATTCGCCCGCTGCCa < 1:11901123/101‑1 (MQ=255) ccGACGGTCTGAACATGAACGGCAAGAATGGTCTGGCCTGTATTACCCCGATTTCGGCACTCAACCAGCCGGGCAAGAAGATTGTGATTCGCCCGCTGCCa > 1:9261856/1‑101 (MQ=255) ccGACGGTCTGAACATGAACGGCAAGAATGGTCTGGCCTGTATTACCCCGATTTCGGCACTCAACCAGCCGGGCAAGAAGATTGTGATTCGCCCGCTGCCa > 1:6012109/1‑101 (MQ=255) cGACGGTCTGAACATGAACGGCAAGAATGGTCTGGCCTGTATTACCCCGATTTCGGCACTCAACCAGCCGGGCAAGAAGATTGTGATTCGCCCGCTGCCAg < 1:15796395/101‑1 (MQ=255) gACGGTCTGAACATGAACGGCAAGAATGGTCTGGCCTGTATTACCCCGATTTCGGCACTCAACCAGCCGGGCAAGAAGATTGTGATTCGCCCGCTGCCAgg < 1:19909/101‑1 (MQ=255) gACGGTCTGAACATGAACGGCAAGAATGGTCTGGCCTGTATTACCCCGATTTCGGCACTCAACCAGCCGGGCAAGAAGATTGTGATTCGCCCGCTGCCAgg < 1:9620382/101‑1 (MQ=255) aCGGTCTGAACATGAACGGCAAGAATGGTCTGGCCTGTATTACCCCGATTTCGGCACTCAACCAGCCGGGCAAGAAGATTGTGATTCGCCCGCTGCCAGGt < 1:7795376/101‑1 (MQ=255) cGGTCTGAACATGAACGGCAAGAATGGTCTGGCCTGTATTACCCCGATTTCGGCACTCAACCAGCCGGGCAAGAAGATTGTGATTCGCCCGCTGCCAGGtt < 1:4018342/101‑1 (MQ=255) | TCGCGACATGATGCTGCTGGATGCGCTTATCCAGCTAAAAGAGAAAGATCCCAGCCTGTCGTTCCGCCGCTCCTGCCGTGAAGGTGTGTGCGGTTCCGACGGTCTGAACATGAACGGCAAGAATGGTCTGGCCTGTATTACCCCGATTTCGGCACTCAACCAGCCGGGCAAGAAGATTGTGATTCGCCCGCTGCCAGGTTT > NC_007779/758200‑758400 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 24 ≤ ATCG/ATCG < 31 ≤ ATCG/ATCG < 35 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |