| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | NC_007779 | 4547362 = | 146 (0.630) | 37 (0.180) | 31/162 | NT | 20.8% | intergenic (+49/‑433) | fimE/fimA | tyrosine recombinase/inversion of on/off regulator of fimA/major type 1 subunit fimbrin |
| ? | NC_007779 | 4547676 = | 150 (0.720) | intergenic (+363/‑119) | fimE/fimA | tyrosine recombinase/inversion of on/off regulator of fimA/major type 1 subunit fimbrin | |||||
Only 100 of 272 total aligned reads displayed.
ATGGGAAAGAAATAATCTCATAAACGAAAAATTAAAAAGAGAAGAGGTTTGATTTAACTTATTGATAATAAAGTTAAAAAAAC‑AAATAAATACAAGACAATTGGGGCCAAACTGTCCATATCATAAATAAGTTACGTATTTTTTCTCAAGCATAAAAATATTAAAAAACGACAAAAAGCATCTAACTGTTTGATATGTAAA > NC_007779/4547262‑4547462 | aTGGGAAAGAAATAATCTCATAAACGAAAAATTAAAAAGAGAAGAGGTTTGATTTAACTTATTGATAATAAAGTTAAAAAAAC‑AAATAAATACAAGACAAT < 1:6671791‑M1/101‑1 (MQ=255) tGGGAAAGAAATAATCTCATAAACGAAAAATTAAAAAGAGAAGAGGTTTGATTTAACTTATTGATAATAAAGTTAAAAAAAC‑AAATAAATACAAGACAATT > 1:9258630‑M1/1‑101 (MQ=255) actatttctaaatcgacatgggcagtcgttctgtacactttgttttgtaaacgagtttgactgccaacactgcacagttttcccccaaaagatgaaacatt > 1:2577345‑M1/101‑101 (MQ=255) actatttctaaatcgacatgggcagtcgttctgtacactttgttttgtaaacgagtttgactgccaacactgcacagttttcccccaaaagatgaaacatt < 1:1132603‑M1/1‑1 (MQ=255) ctatttctaaatcgacatgggcagtcgttctgtacactttgttttgtaaacgagtttgactgccaacactgcacagttttcccccaaaagatgaaacattt < 1:6427222‑M1/2‑1 (MQ=255) tatttctaaatcgacatgggcagtcgttctgtacactttgttttgtaaacgagtttgactgccaacactgcacagttttcccccaaaagatgaaacatTTg > 1:1372588‑M1/99‑101 (MQ=255) tatttctaaatcgacatgggcagtcgttctgtacactttgttttgtaaacgagtttgactgccaacactgcacagttttcccccaaaagatgaaacatTTg < 1:4543914‑M1/3‑1 (MQ=255) gaaagaaaTAATCTCATAAACGAAAAATTAAAAAGAGAAGAGGTTTGATTTAACTTATTGATAATAAAGTTAAAAAAAC‑AAATAAATACAAGACAATTGGG < 1:5150318‑M1/101‑1 (MQ=255) atttctaaatcgacatgggcagtcgttctgtacactttgttttgtaaacgagtttgactgccaacactgcacagttttcccccaaaagatgaaacatTTgg > 1:8244768‑M1/98‑101 (MQ=255) atttctaaatcgacatgggcagtcgttctgtacactttgttttgtaaacgagtttgactgccaacactgcacagttttcccccaaaagatgaaacatTTgg > 1:10839107‑M1/98‑101 (MQ=255) tttctaaatcgacatgggcagtcgttctgtacactttgttttgtaaacgagtttgactgccaacactgcacagttttcccccaaaagatgaaacatTTggg > 1:6839378‑M1/97‑101 (MQ=255) tttctaaatcgacatgggcagtcgttctgtacactttgttttgtaaacgagtttgactgccaacactgcacagttttcccccaaaagatgaaacatTTggg > 1:1298521‑M1/97‑101 (MQ=255) tttctaaatcgacatgggcagtcgttctgtacactttgttttgtaaacgagtttgactgccaacactgcacagttttcccccaaaagatcaaacatTTggg < 1:11115302‑M1/5‑1 (MQ=255) ttctaaatcgacatgggcagtcgttctgtacactttgttttgtaaacgagtttgactgccaacactgcacagttttcccccaaaagatgaaacatTTgggg > 1:4252190‑M1/96‑101 (MQ=255) ttctaaatcgacatgggcagtcgttctgtacactttgttttgtaaacgagtttgactgccaacactgcacagttttcccccaaaagatgaaacatTTgggg > 1:4110810‑M1/96‑101 (MQ=255) ctaaatcgacatgggcagtcgttctgtacactttgttttgtaaacgagtttgactgccaacactgcacagttttcccccaaaagatgaaacatTTGGGGcc < 1:8490267‑M1/8‑1 (MQ=255) taaatcgacatgggcagtcgttctgtacactttgttttgtaaacgagtttgactgccaacactgcacagttttcccccaaaagatgaaacatTTGGGGCCa > 1:6769941‑M1/93‑101 (MQ=255) aaaTAATCTCATAAACGAAAAATTAAAAAGAGAAGAGGTTTGATTTAACTTATTGATAATAAAGTTAAAAAAAC‑AAATAAATACAAGACAATTGGGGCCaa < 1:941903/101‑1 (MQ=255) ataatCTCATAAACGAAAAATTAAAAAGAGAAGAGGTTTGATTTAACTTATTGATAATAAAGTTAAAAAAAC‑AAATAAATACAAGACAATTGGGGCCAAAc > 1:6549998/1‑101 (MQ=255) aatcgacatgggcagtcgttctgtacactttgttttgtaaacgagtttgactgccaacactgcacagttttcccccaaaagatgaaacatTTGGGGCCaaa < 1:4906994‑M1/11‑1 (MQ=255) aatCTCATAAACGAAAAATTAAAAAGAGAAGAGGTTTGATTTAACTTATTGATAATAAAGTTAAAAAAAC‑AAATAAATACAAGACAATTGGGGCCAAACTg < 1:6875416/101‑1 (MQ=255) aatCTCATAAACGAAAAATTAAAAAGAGAAGAGGTTTGATTTAACTTATTGATAATAAAGTTAAAAAAAC‑AAATAAATACAAGACAATTGGGGCCAAACTg < 1:7048686/101‑1 (MQ=255) atCTCATAAACGAAAAATTAAAAAGAGAAGAGGTTTGATTTAACTTATTGATAATAAAGTTAAAAAAAC‑AAATAAATACAAGACAATTGGGGCCAttttga > 1:9085782‑M1/1‑95 (MQ=255) gacatgggcagtcgttctgtacactttgttttgtaaacgagtttgactgccaacactgcacagttttcccccaaaagatgaaacatTTGGGGCCAAACTGt < 1:10273777‑M1/15‑1 (MQ=255) ctcATAAACGAAAAATTAAAAAGAGAAGAGGTTTGATTTAACTTATTGATAATAAAGTTAAAAAAAC‑AAATAAATACAAGACAATTGGGGCCAttttgact > 1:1711629‑M1/1‑93 (MQ=255) ctcATAAACGAAAAATTAAAAAGAGAAGAGGTTTGATTTAACTTATTGATAATAAAGTTAAAAAAAC‑AAATAAATACAAGACAATTGGGGCCAAACTGTcc < 1:5888659/101‑1 (MQ=255) acatgggcagtcgttctgtacactttgttttgtaaacgagtttgactgccaacactgcacagttttcccccaaaagatgaaacatTTGGGGCCAAACTGTc < 1:581679‑M1/16‑1 (MQ=255) aTAAACGAAAAATTAAAAAGAGAAGAGGTTTGATTTAACTTATTGATAATAAAGTTAAAAAAAC‑AAATAAATACAAGACAATTGGGGCCAAACTGTCCata < 1:8560863/101‑1 (MQ=255) tAAACGAAAAATTAAAAAGAGAAGAGGTTTGATTTAACTTATTGATAATAAAGTTAAAAAAAC‑AAATAAATACAAGACAATTGGGGCCAttttgactcata < 1:1537985‑M1/101‑13 (MQ=255) aagcGAAAAATTAAAAAGAGAAGAGGTTTGATTTAACTTATTGATAATAAAGTTAAAAAAAC‑AAATAAATACAAGACAATTGGGGCCAAACTGTCCATATc < 1:9163372/98‑1 (MQ=255) aaaCGAAAAATTAAAAAGAGAAGAGGTTTGATTTAACTTATTGATAATAAAGTTAAAAAAAC‑AAATAAATACAAGACAATTGGGGCCAAACTGTCCATATc < 1:10112727/101‑1 (MQ=255) aaaCGAAAAATTAAAAAGAGAAGAGGTTTGATTTAACTTATTGATAATAAAGTTAAAAAAAC‑AAATAAATACAAGACAATTGGGGCCAAACTGTCCATATc > 1:9376129/1‑101 (MQ=255) aaaCGAAAAATTAAAAAGAGAAGAGGTTTGATTTAACTTATTGATAATAAAGTTAAAAAAAC‑AAATAAATACAAGACAATTGGGGCCAAACTGTCCATATc < 1:10681102/101‑1 (MQ=255) aaCGAAAAATTAAAAAGAGAAGAGGTTTGATTTAACTTATTGATAATAAAGTTAAAAAAAC‑AAATAAATACAAGACAATTGGGGCCAAACTGTCCATATCa < 1:10049067/101‑1 (MQ=255) aaaaaTTAAAAAGAGAAGAGGTTTGATTTAACTTATTGATAATAAAGTTAAAAAAAC‑AAATAAATACAAGACAATTGGGGCCAAACTGTCCATATCataaa > 1:7233661/1‑101 (MQ=255) aaaTTAAAAAGAGAAGAGGTTTGATTTAACTTATTGATAATAAAGTTAAAAAAAC‑AAATAAATACAAGACAATTGGGGCCAAACTGTCCATATCataaata > 1:8676807/1‑101 (MQ=255) aaaTTAAAAAGAGAAGAGGTTTGATTTAACTTATTGATAATAAAGTTAAAAAAAC‑AAATAAATACAAGACAATTGGGGCCAAACTGTCCATATCataaata > 1:7711899/1‑101 (MQ=255) aaaTTAAAAAGAGAAGAGGTTTGATTTAACTTATTGATAATAAAGTTAAAAAAAC‑AAATAAATACAAGACAATTGGGGCCAAACTGTCCATATCataaata < 1:7676213/101‑1 (MQ=255) aaTTAAAAAGAGAAGAGGTTTGATTTAACTTATTGATAATAAAGTTAAAAAAAC‑AAATAAATACAAGACAATTGGGGCCAAACTGTCCATATCataaataa < 1:24279/101‑1 (MQ=255) aTTAAAAAGAGAAGAGGTTTGATTTAACTTATTGATAATAAAGTTAAAAAAAC‑AAATAAATACAAGACAATTGGGGCCAttttgactcatagaggaaagca > 1:8120613‑M1/1‑79 (MQ=255) aTTAAAAAGAGAAGAGGTTTGATTTAACTTATTGATAATAAAGTTAAAAAAAC‑AAATAAATACAAGACAATTGGGGCCAttttgactcatagaggaaagca > 1:10534461‑M1/1‑79 (MQ=255) tgtacactttgttttgtaaacgagtttgactgccaacactgcacagttttcccccaaaagatgaaacatTTGGGGCCAAACTGTCCATATCATAAATAAGt > 1:8988776‑M1/70‑101 (MQ=255) aaaaaGAGAAGAGGTTTGATTTAACTTATTGATAATAAAGTTAAAAAAAC‑AAATAAATACAAGACAATTGGGGCCAAACTGTCCATATCATAAATAAGTTa > 1:7728269/1‑101 (MQ=255) aagagaagagGTTTGATTTAACTTATTGATAATAAAGTTAAAAAAAC‑AAATAAATACAAGACAATTGGGGCCAttttgactcatagaggaaagcatcgcgg > 1:2633699‑M1/1‑73 (MQ=255) aagagaagagGTTTGATTTAACTTATTGATAATAAAGTTAAAAAAAC‑AAATAAATACAAGACAATTGGGGCCAttttgactcatagaggaaagcatcgcgg < 1:10249716‑M1/101‑29 (MQ=255) aagagaagagGTTTGATTTAACTTATTGATAATAAAGTTAAAAAAAC‑AAATAAATACAAGACAATTGGGGCCAAACTGTCCATATCATAAATAAGTTACGt > 1:11606193/1‑101 (MQ=255) agagaagagGTTTGATTTAACTTATTGATAATAAAGTTAAAAAAAC‑AAATAAATACAAGACAATTGGGGCCAAACTGTCCATATCATAAATAAGTTACGTa > 1:11422928/1‑101 (MQ=255) agaagagGTTTGATTTAACTTATTGATAATAAAGTTAAAAAAAC‑AAATAAATACAAGACAATTGGGGCCAAACTGTCCATATCATAAATAAGTTACGTAtt < 1:2936428/101‑1 (MQ=255) 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tGATTTAACTTATTGATAATAAAGTTAAAAAAAC‑AAATAAATACAAGACAATTGGGGCCAAACTGTCCATATCATAAATAAGTTACGTATTTTTTCTCAAg < 1:10644170/101‑1 (MQ=255) tttAACTTATTGATAATAAAGTTAAAAAAAC‑AAATAAATACAAGACAATTGGGGCCAAACTGTCCATATCATAAATAAGTTACGTATTTTTTCTCAAGCAt < 1:6029587/101‑1 (MQ=255) ttAACTTATTGATAATAAAGTTAAAAAAAC‑AAATAAATACAAGACAATTGGGGCCAAACTGTCCATATCATAAATAAGTTACGTATTTTTTCTCAAGCATa > 1:9871940/1‑101 (MQ=255) ttAACTTATTGATAATAAAGTTAAAAAAAC‑AAATAAATACAAGACAATTGGGGCCAAACTGTCCATATCATAAATAAGTTACGTATTTTTTCTCAAGCATa < 1:1114593/101‑1 (MQ=255) gagtttgactgccaacactgcacagttttcccccaaaagatgaaacatTTGGGGCCAAACTGTCCATATCATAAATAAGTTACGTATTTTTTCTCAAGCAt > 1:1913070‑M1/49‑101 (MQ=255) tAACTTATTGATAATAAAGTTAAAAAAAC‑AAATAAATACAAGACAATTGGGGCCAAACTGTCCATATCATAAATAAGTTACGTATTTTTTCTCAAGCATaa > 1:1960177/1‑101 (MQ=255) ttATTGATAATAAAGTTAAAAAAAC‑AAATAAATACAAGACAATTGGGGCCAAACTGTCCATATCATAAATAAGTTACGTATTTTTTCTCAAGCATAAAAat < 1:5250931/101‑1 (MQ=255) ttGATAATAAAGTTAAAAAAAC‑AAATAAATACAAGACAATTGGGGCCAttttgactcatagaggaaagcatcgcggacaaactttttcagtttatttgttg < 1:5368759‑M1/101‑54 (MQ=255) ttGATAATAAAGTTAAAAAAAC‑AAATAAATACAAGACAATTGGGGCCAAACTGTCCATATCATAAATAAGTTACGTATTTTTTCTCAAGCATAAAAATAtt > 1:175191/1‑101 (MQ=255) ctgccaacactgcacagttttcccccaaaagatgaaacatTTGGGGCCAAACTGTCCATATCATAAATAAGTTACGTATTTTTTCTCAAGCATAAAAatat < 1:3316837‑M1/61‑1 (MQ=255) ctgccaacactgcacagttttcccccaaaagatgaaacatTTGGGGCCAAACTGTCCATATCATAAATAAGTTACGTATTTTTTCTCAAGCATAAAAatat > 1:5261513‑M1/41‑101 (MQ=255) tGATAATAAAGTTAAAAAAAC‑AAATAAATACAAGACAATTGGGGCCAAACTGTCCATATCATAAATAAGTTACGTATTTTTTCTCAAGCATAAAAATATTa < 1:1931635/101‑1 (MQ=255) tGATAATAAAGTTAAAAAAAC‑AAATAAATACAAGACAATTGGGGCCAAACTGTCCATATCATAAATAAGTTACGTATTTTTTCTCAAGCATAAAAATATTa < 1:3961914/101‑1 (MQ=255) ataataAAGTTAAAAAAAC‑AAATAAATACAAGACAATTGGGGCCAAACTGTCCATATCATAAATAAGTTACGTATTTTTTCTCAAGCATAAAAATATTaaa > 1:6336436/1‑101 (MQ=255) ataataAAGTTAAAAAAAC‑AAATAAATACAAGACAATTGGGGCCAAACTGTCCATATCATAAATAAGTTACGTATTTTTTCTCAAGCATAAAAATATTaaa < 1:7946920/101‑1 (MQ=255) taataaAGTTAAAAAAAC‑AAATAAATACAAGACAATTGGGGCCAAACTGTCCATATCATAAATAAGTTACGTATTTTTTCTCAAGCATAAAAATATTaaaa > 1:11649531/1‑101 (MQ=255) cactgcacagttttcccccaaaagatgaaacatTTGGGGCCAAACTGTCCATATCATAAATAAGTTACGTATTTTTTCTCAAGCATAAAAATATTaaaaaa < 1:7457420‑M1/68‑1 (MQ=255) aaaGTTAAAAAAAC‑AAATAAATACAAGACAATTGGGGCCAttttgactcatagaggaaagcatcgcggacaaactttttcagtttatttgttggcttaata < 1:10709305‑M1/101‑62 (MQ=255) aaGTTAAAAAAAC‑AAATAAATACAAGACAATTGGGGCCAAACTGTCCATATCATAAATAAGTTACGTATTTTTTCTCAAGCATAAAAATATTAAAAAACGa > 1:920176/1‑101 (MQ=255) aGTTAAAAAAAC‑AAATAAATACAAGACAATTGGGGCCAAACTGTCCATATCATAAATAAGTTACGTATTTTTTCTCAAGCATAAAAATATTAAAAAACGAc < 1:8891466/101‑1 (MQ=255) gTTAAAAAAAC‑AAATAAATACAAGACAATTGGGGCCAAACTGTCCATATCATAAATAAGTTACGTATTTTTTCTCAAGCATAAAAATATTAAAAAACGACa < 1:814230/101‑1 (MQ=255) 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aaaaaC‑AAATAAATACAAGACAATTGGGGCCAAACTGTCCATATCATAAATAAGTTACGTATTTTTTCTCAAGCATAAAAATATTAAAAAACGACAAAAAg > 1:11029109/1‑101 (MQ=255) aaaaCAAAATAAAGACAAGACAATTGGGGCCAAACTGTCCATATCATAAATAAGTTACGTATTTTTTCGCAAGCATAAAAATATTAAAAAACGACAAAAAg < 1:9339066/101‑1 (MQ=255) aaaC‑AAATAAATACAAGACAATTGGGGCCAAACTGTCCATATCATAAATAAGTTACGTATTTTTTCTCAAGCATAAAAATATTAAAAAACGACAAAAAGCa < 1:1597494/101‑1 (MQ=255) aaaC‑AAATAAATACAAGACAATTGGGGCCAAACTGTCCATATCATAAATAAGTTACGTATTTTTTCTCAAGCATAAAAATATTAAAAAACGACAAAAAGCa < 1:5015759/101‑1 (MQ=255) ttcccccaaaagatgaaacatTTGGGGCCAAACTGTCCATATCATAAATAAGTTACGTATTTTTTCTCAAGCATAAAAATATTAAAAAACGACAAAAAGCa < 1:3118511‑M1/80‑1 (MQ=255) aaC‑AAATAAATACAAGACAATTGGGGCCAAACTGTCCATATCATAAATAAGTTACGTATTTTTTCTCAAGCATAAAAATATTAAAAAACGACAAAAAGCAt > 1:10652993/1‑101 (MQ=255) aaataaatACAAGACAATTGGGGCCAAACTGTCCATATCATAAATAAGTTACGTATTTTTTCTCAAGCATAAAAATATTAAAAAACGACAAAAAGCATCTa > 1:10309949/1‑101 (MQ=255) ccaaaagatgaaacatTTGGGGCCAAACTGTCCATATCATAAATAAGTTACGTATTTTTTCTCAAGCATAAAAATATTAAAAAACGACAAAAAGCATCTaa < 1:161033‑M1/85‑1 (MQ=255) aaataCAAGACAATTGGGGCCAAACTGTCCATATCATAAATAAGTTACGTATTTTTTCTCAAGCATAAAAATATTAAAAAACGACAAAAAGCATCTAACTg < 1:10786910/101‑1 (MQ=255) aaagatgaaacatTTGGGGCCAAACTGTCCATATCATAAATAAGTTACGTATTTTTTCTCAAGCATAAAAATATTAAAAAACGACAAAAAGCATCTAACTg < 1:5504382‑M1/88‑1 (MQ=255) aCAAGACAATTGGGGCCAAACTGTCCATATCATAAATAAGTTACGTATTTTTTCTCAAGCATAAAAATATTAAAAAACGACAAAAAGCATCTAACTGTTTg > 1:6173541/1‑101 (MQ=255) aaGACAATTGGGGCCAAACTGTCCATATCATAAATAAGTTACGTATTTTTTCTCAAGCATAAAAATATTAAAAAACGACAAAAAGCATCTAACTGTTTGat > 1:9722437/1‑101 (MQ=255) aGACAATTGGGGCCAAACTGTCCATATCATAAATAAGTTACGTATTTTTTCTCAAGCATAAAAATATTAAAAAACGACAAAAAGCATCTAACTGTTTGata > 1:10440884/1‑101 (MQ=255) aCAATTGGGGCCAAACTGTCCATATCATAAATAAGTTACGTATTTTTTCTCAAGCATAAAAATATTAAAAAACGACAAAAAGCATCTAACTGTTTGATATg > 1:8392342/1‑101 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 31 ≤ ATCG/ATCG < 34 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |