New junction evidence | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
* | ? | NC_007779 | = 1221495 | 0 (0.000) | 249 (0.690) | 126/180 | NT | 100% | intergenic (+717/+2387) | ymgF/ymgD | hypothetical protein/hypothetical protein |
? | NC_007779 | = 1302369 | NA (NA) | intergenic (+11/‑527) | insD/oppA | IS2 element protein/oligopeptide transporter subunit |
Only 100 of 267 total aligned reads displayed.
TGGATATATAAATAATGCCAGTGTGATGACTAGTGGTGATGGATCTTATGGTATTTCTGTTGATAGTCAAAACAAAGTATTATATATAAGCGATAGCGAT‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ > NC_007779/1221396‑1221495 ‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑TGGATTTGCCCCTATATTTCCAGACATCTGTTATCACTTAACCCATTACAAGCCCGCTGCCGCAGATATTCCCGTGGCGAGCGATAACCCAG < NC_007779/1302369‑1302278 TGGATATATAAATAATGCCAGTGTGATGACTAGTGGTGATGGATCTTATGGTATTTCTGTTGATAGTCAAAACAAAGTATTATATATAAGCGATAGCGATT > 1:13521389/1‑101 GGATATATAAATAATGCCAGTGTGATGACTAGTGGTGATGGATCTTATGGTATTTCTGTTGATAGTCAAAACAAAGTATTATATATAAGCGATAGCGATTG < 1:13600862/101‑1 GGATATATAAATAATGCCAGTGTGATGACTAGTGGTGATGGATCTTATGGTATTTCCGTTGATAGTCAAAACAAAGTATTATATATAAGCGATAGCGATTG > 1:2093712/1‑101 GATATATAAATAATGCCAGTGTGATGACTCGTGGTGATGGATCTTATGGTATTTCTGTTGATAGTCAAAACAAAGTATTATATATAAGCGATAGCGATTGG > 1:7342132/1‑101 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TGACTAGTGGTGATGGATCTTATGGTATTTCTGTTGATAGTCAAAACAAAGTATTATATATAAGCGATAGCGATTGGATTTGCCCCTATATTTCCAGACAT > 1:10070795/1‑101 TGACTAGTGGTGATGGATCTTATGGTATTTCTGTTGATAGTCAAAACAAAGTATTATATATAAGCGATAGCGATTGGATTTGCCCCTATATTTCCAGACAT > 1:11189974/1‑101 GACTAGTGGTGATGGATCTTATGGTATTTCTGTTGATAGTCAAAACAAAGTATTATATATAAGCGATAGCGATTGGATTTGCCCCTATATTTCCAGACATC < 1:15349060/101‑1 TAGTGGTGATGGATCTTATGGTATTTCTGTTGATAGTCAAAACAAAGTATTATATATAAGCGATAGCGATTGGATTTGCCCCTATATTTCCAGACATCTGT > 1:1601422/1‑101 TAGTGGTGATGGATCTTATGGTATTTCTGTTGATAGTCAAAACAAAGTATTATATATAAGCGATAGCGATTGGATTTGCCCCTATATTTCCAGACATCTGT > 1:9357293/1‑101 AGTGGTGATGGATCTTATGGTATTTCTGTTGATAGTCAAAACAAAGTATTATATATAAGCGATAGCGATTGGATTTGCCCCTATATTTCCAGACATCTGTT > 1:6872819/1‑101 AGTGGTGATGGATCTTATGGTATTTCTGTTGATAGTCAAAACAAAGTATTATATATAAGCGATAGCGATTGGATTTGCCCCTATATTTCCAGACATCTGTT > 1:13995745/1‑101 TGGTGATGGATCTTATGGTATTTCTGTTGATAGTCAAAACAAAGTATTATATATAAGCGATAGCGATTGGATTTGCCCCTATATTTCCAGACATCTGTTAT > 1:9275246/1‑101 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Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 23 ≤ ATCG/ATCG < 31 ≤ ATCG/ATCG < 35 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
Reads not counted as support for junction |
read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |