| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | NC_007779 | 289856 = | NA (NA) | 301 (1.330) | 105/114 | NT | 100% | intergenic (‑327/+17) | argF/insB | ornithine carbamoyltransferase 2, chain F/IS1 transposase InsAB' |
| ? | NC_007779 | = 2176982 | 0 (0.000) | intergenic (‑281/‑69) | gatB/insH | PTS system galactitol‑specific transporter subunit IIB/IS5 element protein | |||||
Only 100 of 475 total aligned reads displayed.
CAACGCAATAACCAACGATACCGCCACGTCGTTATCATCATCCGCTTGCTGAAAATGAACTTTATTTGTTGGCCTTAACAGATAAATGGCTGACGACTTAGGGAAGGTGCGAACAAGTCCCTGATATGAGATCATGTTTGTCATCTGGAGCCATAGAACAGGGTTCATCATGAGTCATCAACTTACCTTCGCCGACAGTGA > NC_007779/2176882‑2177082 | aaCGCAATAACCAACGATACCGCCACGTCGTTATCATCATCCGCTTGCTGAAAATGAACTTTATTTGTTGGCCTTAACAGATAAATGGCTGACGACTTAGc > 1:3921476‑M2/1‑100 (MQ=255) aaCGCAATAACCAACGATACCGCCACGTCGTTATCATCATCCGCTTGCTGAAAATGAACTTTATTTGTTGGCCTTAACAGATAAATGGCTGACGACTTAGc < 1:1999052‑M2/101‑2 (MQ=255) gCAATAACCAACGATACCGCCACGTCGTTATCATCATCCGCTTGCTGAAAATGAACTTTATTTGTTGGCCTTAACAGATAAATGGCTGACGACTTAGcatg > 1:17994987‑M2/1‑97 (MQ=255) cAATAACCAACGATACCGCCACGTCGTTATCATCATCCGCTTGCTGAAAATGAACTTTATTTGTTGGCCTTAACAGATAAATGGCTGACGACTTAGcatga > 1:1748637‑M2/1‑96 (MQ=255) cAATAACCAACGATACCGCCACGTCGTTATCATCATCCGCTTGCTGAAAATGAACTTTATTTGTTGGCCTTAACAGATAAATGGCTGACGACTTAGcatga < 1:14122239‑M2/101‑6 (MQ=255) aaTAACCAACGATACCGCCACGTCGTTATCATCATCCGCTTGCTGAAAATGAACTTTATTTGTTGGCCTTAACAGATAAATGGCTGACGACTTAGcatgaa > 1:6215583‑M2/1‑95 (MQ=255) aaTAACCAACGATACCGCCACGTCGTTATCATCATCCGCTTGCTGAAAATGAACTTTATTTGTTGGCCTTAACAGATAAATGGCTGACGACTTAGcatgaa < 1:3416082‑M2/101‑7 (MQ=255) aTAACCAACGATACCGCCACGTCGTTATCATCATCCGCTTGCTGAAAATGAACTTTATTTGTTGGCCTTAACAGATAAATGGCTGACGACTTAGcatgaat > 1:8430325‑M2/1‑94 (MQ=255) tAACCAACGATACCGCCACGTCGTTATCATCATCCGCTTGCTGAAAATGAACTTTATTTGTTGGCCTTAACAGATAAATGGCTGACGACTTAGcatgaatc > 1:7661344‑M2/1‑93 (MQ=255) tAACCAACGATACCGCCACGTCGTTATCATCATCCGCTTGCTGAAAATGAACTTTATTTGTTGGCCTTAACAGATAAATGGCTGACGACTTAGcatgaatc > 1:2578119‑M2/1‑93 (MQ=255) tAACCAACGATACCGCCACGTCGTTATCATCATCCGCTTGCTGAAAATGAACTTTATTTGTTGGCCTTAACAGATAAATGGCTGACGACTTAGcatgaatc < 1:1130735‑M2/101‑9 (MQ=255) aaCCAACGATACCGCCACGTCGTTATCATCATCCGCTTGCTGAAAATGAACTTTATTTGTTGGCCTTAACAGATAAATGGCTGACGACTTAGcatgaatcg < 1:12350656‑M2/101‑10 (MQ=255) aCCAACGATACCGCCACGTCGTTATCATCATCCGCTTGCTGAAAATGAACTTTATTTGTTGGCCTTAACAGATAAATGGCTGACGACTTAGcatgaatcgc > 1:13892987‑M2/1‑91 (MQ=255) aaCGATACCGCCACGTCGTTATCATCATCCGCTTGCTGAAAATGAACTTTATTTGTTGGCCTTAACAGATAAATGGCTGACGACTTAGcatgaatcgcctc > 1:2959633‑M2/1‑88 (MQ=255) aCGATACCGCCACGTCGTTATCATCATCCGCTTGCTGAAAATGAACTTTATTTGTTGGCCTTAACAGATAAATGGCTGACGACTTAGcatgaatcgcctca < 1:14821725‑M2/101‑15 (MQ=255) gATACCGCCACGTCGTTATCATCATCCGCTTGCTGAAAATGAACTTTATTTGTTGGCCTTAACAGATAAATGGCTGACGACTTAGcatgaatcgcctcaca < 1:8602222‑M2/101‑17 (MQ=255) cGCCACGTCGTTATCATCATCCGCTTGCTGAAAATGAACTTTATTTGTTGGCCTTAACAGATAAATGGCTGACGACTTAGcatgaatcgcctcacaatgcg < 1:9415900‑M2/101‑22 (MQ=255) gCCACGTCGTTATCATCATCCGCTTGCTGAAAATGAACTTTATTTGTTGGCCTTAACAGATAAATGGCTGACGACTTAGcatgaatcgcctcacaatgcgg > 1:6102011‑M2/1‑79 (MQ=255) ccACGTCGTTATCATCATCCGCTTGCTGAAAATGAACTTTATTTGTTGGCCTTAACAGATAAATGGCTGACGACTTAGcatgaatcgcctcacaatgcggt < 1:15538880‑M2/101‑24 (MQ=255) ccACGTCGTTATCATCATCCGCTTGCTGAAAATGAACTTTATTTGTTGGCCTTAACAGATAAATGGCTGACGACTTAGcatgaatcgcctcacaatgcggt < 1:2119983‑M2/101‑24 (MQ=255) cgtcgtTATCATCATCCGCTTGCTGAAAATGAACTTTATTTGTTGGCCTTAACAGATAAATGGCTGACGACTTAGcatgaatcgcctcacaatgcggtatt > 1:9212563‑M2/1‑75 (MQ=255) gtcgtTATCATCATCCGCTTGCTGAAAATGAACTTTATTTGTTGGCCTTAACAGATAAATGGCTGACGACTTAGcatgaatcgcctcacaatgcggtattg < 1:15690857‑M2/101‑28 (MQ=255) gtcgtTATCATCATCCGCTTGCTGAAAATGAACTTTATTTGTTGGCCTTAACAGATAAATGGCTGACGACTTAGcatgaatcgcctcacaatgcggtattg > 1:11614536‑M2/1‑74 (MQ=255) tcgtTATCATCATCCGCTTGCTGAAAATGAACTTTATTTGTTGGCCTTAACAGATAAATGGCTGACGACTTAGcatgaatcgcctcacaatgcggtattgc < 1:7259977‑M2/101‑29 (MQ=255) cgtTATCATCATCCGCTTGCTGAAAATGAACTTTATTTGTTGGCCTTAACAGATAAATGGCTGACGACTTAGcatgaatcgcctcacaatgcggtattgca > 1:511230‑M2/1‑72 (MQ=255) cgtTATCATCATCCGCTTGCTGAAAATGAACTTTATTTGTTGGCCTTAACAGATAAATGGCTGACGACTTAGcatgaatcgcctcacaatgcggtattgca > 1:18332181‑M2/1‑72 (MQ=255) ttATCATCATCCGCTTGCTGAAAATGAACTTTATTTGTTGGCCTTAACAGATAAATGGCTGACGACTTAGcatgaatcgcctcacaatgcggtattgcaat > 1:17566458‑M2/1‑70 (MQ=255) tATCATCATCCGCTTGCTGAAAATGAACTTTATTTGTTGGCCTTAACAGATAAATGGCTGACGACTTAGcatgaatcgcctcacaatgcggtattgcaata < 1:7613963‑M2/101‑33 (MQ=255) tcatcatcCGCTTGCTGAAAATGAACTTTATTTGTTGGCCTTAACAGATAAATGGCTGACGACTTAGcatgaatcgcctcacaatgcggtattgcaatagc > 1:3129200‑M2/1‑67 (MQ=255) atcatcCGCTTGCTGAAAATGAACTTTATTTGTTGGCCTTAACAGATAAATGGCTGACGACTTAGcatgaatcgcctcacaatgcggtattgcaatagcgg < 1:16043321‑M2/101‑37 (MQ=255) tcatcCGCTTGCTGAAAATGAACTTTATTTGTTGGCCTTAACAGATAAATGGCTGACGACTTAGcatgaatcgcctcacaatgcggtattgcaatagcggg > 1:4519223‑M2/1‑64 (MQ=255) tcatcCGCTTGCTGAAAATGAACTTTATTTGTTGGCCTTAACAGATAAATGGCTGACGACTTAGcatgaatcgcctcacaatgcggtattgcaatagcggg > 1:8958159‑M2/1‑64 (MQ=255) catcCGCTTGCTGAAAATGAACTTTATTTGTTGGCCTTAACAGATAAATGGCTGACGACTTAGcatgaatcgcctcacaatgcggtattgcaatagcgggt > 1:9572406‑M2/1‑63 (MQ=255) atcCGCTTGCTGAAAATGAACTTTATTTGTTGGCCTTAACAGATAAATGGCTGACGACTTAGcatgaatcgcctcacaatgcggtattgcaatagcgggta > 1:1182711‑M2/1‑62 (MQ=255) ccGCTTGCTGAAAATGAACTTTATTTGTTGGCCTTAACAGATAAATGGCTGACGACTTAGcatgaatcgcctcacaatgcggtattgcaatagcgggtaat > 1:17654704‑M2/1‑60 (MQ=255) ccGCTTGCTGAAAATGAACTTTATTTGTTGGCCTTAACAGATAAATGGCTGACGACTTAGcatgaatcgcctcacaatgcggtattgcaatagcgggtaat < 1:1005172‑M2/101‑42 (MQ=255) cGCTTGCTGAAAATGAACTTTATTTGTTGGCCTTAACAGATAAATGGCTGACGACTTAGcatgaatcgcctcacaatgcggtattgcaatagcgggtaatg < 1:12786987‑M2/101‑43 (MQ=255) cGCTTGCTGAAAATGAACTTTATTTGTTGGCCTTAACAGATAAATGGCTGACGACTTAGcatgaatcgcctcacaatgcggtattgcaatagcgggtaatg > 1:18201980‑M2/1‑59 (MQ=255) cTTGCTGAAAATGAACTTTATTTGTTGGCCTTAACAGATAAATGGCTGACGACTTAGcatgaatcgcctcacaatgcggtattgcaatagcgggtaatgac < 1:17830635‑M2/101‑45 (MQ=255) ttGCTGAAAATGAACTTTATTTGTTGGCCTTAACAGATAAATGGCTGACGACTTAGcatgaatcgcctcacaatgcggtattgcaatagcgggtaatgact < 1:6927064‑M2/101‑46 (MQ=255) tGCTGAAAATGAACTTTATTTGTTGGCCTTAACAGATAAATGGCTGACGACTTAGcatgaatcgcctcacaatgcggtattgcaatagcgggtaatgactc > 1:5523921‑M2/1‑55 (MQ=255) gCTGAAAATGAACTTTATTTGTTGGCCTTAACAGATAAATGGCTGACGACTTAGcatgaatcgcctcacaatgcggtattgcaatagcgggtaatgactcc > 1:7077754‑M2/1‑54 (MQ=255) cTGAAAATGAACTTTATTTGTTGGCCTTAACAGATAAATGGCTGACGACTTAGcatgaatcgcctcacaatgcggtattgcaatagcgggtaatgactcca > 1:4184771‑M2/1‑53 (MQ=255) gAAAATGAACTTTATTTGTTGGCCTTAACAGATAAATGGCTGATGACTTAGcatgaatcgcctcacaatgcggtattgcaatagcgggtactgactccaac > 1:12525927‑M2/1‑51 (MQ=255) aaaaTGAACTTTATTTGTTGGCCTTAACAGATAAATGGCTGACGACTTAGcatgaatcgcctcacaatgcggtattgcaatagcgggtaatgactccaact > 1:681190‑M2/1‑50 (MQ=255) aaaaTGAACTTTATTTGTTGGCCTTAACAGATAAATGGCTGACGACTTAGcatgaatcgcctcacaatgcggtattgcaatagcgggtaatgactccaact < 1:8158473‑M2/101‑52 (MQ=255) aaaaTGAACTTTATTTGTTGGCCTTAACAGATAAATGGCTGACGACTTAGcatgaatcgcctcacaatgcggtattgcaatagcgggtaatgactccaact < 1:9067728‑M2/101‑52 (MQ=255) aaTGAACTTTATTTGTTGGCCTTAACAGATAAATGGCTGACGACTTAGcatgaatcgcctcacaatgcggtattgcaatagcgggtaatgactccaactta < 1:3739400‑M2/101‑54 (MQ=255) aTGAACTTTATTTGTTGGCCTTAACAGATAAATGGCTGACGACTTAGcatgaatcgcctcacaatgcggtattgcaatagcgggtaatgactccaacttat < 1:2314153‑M2/101‑55 (MQ=255) gAACTTTATTTGTTGGCCTTAACAGATAAATGGCTGACGACTTAGcatgaatcgcctcacaatgcggtattgcaatagcgggtaatgactccaacttattg < 1:12277059‑M2/101‑57 (MQ=255) cTTTATTTGTTGGCCTTAACAGATAAATGGCTGACGACTTAGcatgaatcgcctcacaatgcggtattgcaatagcgggtaatgactccaacttattgata > 1:4987798‑M2/1‑42 (MQ=255) cTTTATTTGTTGGCCTTAACAGATAAATGGCTGACGACTTAGcatgaatcgcctcacaatgcggtattgcaatagcgggtaatgactccaacttattgata < 1:10932572‑M2/101‑60 (MQ=255) tttATTTGTTGGCCTTAACAGATAAATGGCTGACGACTTAGcatgaatcgcctcacaatgcggtattgcaatagcgggtaatgactccaacttattgatag > 1:12985829‑M2/1‑41 (MQ=255) ttATTTGTTGGCCTTAACAGATAAATGGCTGACGACTTAGcatgaatcgcctcacaatgcggtattgcaatagcgggtaatgactccaacttattgatagt < 1:16956957‑M2/101‑62 (MQ=255) ttATTTGTTGGCCTTAACAGATAAATGGCTGACGACTTAGcatgaatcgcctcacaatgcggtattgcaatagcgggtaatgactccaacttattgatagt > 1:6289676‑M2/1‑40 (MQ=255) 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ttgGCCTTAACAGATAAATGGCTGACGACTTAGcatgaatcgcctcacaatgcggtattgcaatagcgggtaatgactccaacttattgatagtgttttat > 1:9784256‑M2/1‑33 (MQ=255) ttgGCCTTAACAGATAAATGGCTGACGACTTAGcatgaatcgcctcacaatgcggtattgcaatagcgggtaatgactccaacttattgatagtgttttat > 1:13712607‑M2/1‑33 (MQ=255) ttgGCCTTAACAGATAAATGGCTGACGACTTAGcatgaatcgcctcacaatgcggtattgcaatagcgggtaatgactccaacttattgatagtgttttat > 1:15069056‑M2/1‑33 (MQ=255) tgGCCTTAACTGATAAATGGCTGACGACTTAGcatgaatcgcctcacaatgcggtattgcaatagcgggtaatgactccaacttattgatagtgttttatg < 1:18154842‑M2/101‑70 (MQ=255) gCCTTAACAGATAAATGGCTGACGACTTAGcatgaatcgcctcacaatgcggtattgcaatagcgggtaatgactccaacttattgatagtgttttatgtt < 1:14956500‑M2/101‑72 (MQ=255) ccTTAACAGATAAATGGCTGACGACTTAGcatgaatcgcctcacaatgcggtattgcaatagcgggtaatgactccaacttattgatagtgttttatgttc < 1:2196924‑M2/101‑73 (MQ=255) ccTTAACAGATAAATGGCTGACGACTTAGcatgaatcgcctcacaatgcggtattgcaatagcgggtaatgactccaacttattgatagtgttttatgttc < 1:8721167‑M2/101‑73 (MQ=255) 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ggCTGACGACTTAGcatgaatcgcctcacaatgcggtattgcaatagcgggtaatgactccaacttattgatagtgttttatgttcagataatgcccgatg > 1:15376197‑M2/1‑14 (MQ=255) gCTGACGACTTAGcatgaatcgcctcacaatgcggtattgcaatagcgggtaatgactccaacttattgatagtgttttatgttcagataatgcccgatga > 1:16418737‑M2/1‑13 (MQ=255) gCTGACGACTTAGcatgaatcgcctcacaatgcggtattgcaatagcgggtaatgactccaacttattgatagtgttttatgttcagataatgcccgatga < 1:1218453‑M2/101‑89 (MQ=255) cTGACGACTTAGcatgaatcgcctcacaatgcggtattgcaatagcgggtaatgactccaacttattgatagtgttttatgttcagataatgcccgatgac < 1:7813222‑M2/101‑90 (MQ=255) tGACGACTTAGcatgaatcgcctcacaatgcggtattgcaatagcgggtaatgactccaacttattgatagtgttttatgttcagataatgcccgatgact > 1:10838962‑M2/1‑11 (MQ=255) gacgacTTAGcatgaatcgcctcacaatgcggtattgcaatagcgggtaatgactccaacttattgatagtgttttatgttcagataatgcccgatgactt < 1:16551974‑M2/101‑92 (MQ=255) gacTTAGcatgaatcgcctcacaatgcggtattgcaatagcgggtaatgactccaacttattgatagtgttttatgttcagataatgcccgatgactttgt < 1:12872581‑M2/101‑95 (MQ=255) ttAGcatgaatcgcctcacaatgcggtattgcaatagcgggtaatgactccaacttattgatagtgttttatgttcagataatgcccgatgactttgtcat > 1:4704625‑M2/1‑4 (MQ=255) tAGcatgaatcgcctcacaatgcggtattgcaatagcgggtaatgactccaacttattgatagtgttttatgttcagataatgcccgatgactttgtcatg < 1:10452789‑M2/101‑99 (MQ=255) gcatgaatcgcctcacaatgcggtattgcaatagcgggtaatgactccaacttattgatagtgttttatgttcagataatgcccgatgactttgtcatgca < 1:17742484‑M2/101‑101 (MQ=255) | CAACGCAATAACCAACGATACCGCCACGTCGTTATCATCATCCGCTTGCTGAAAATGAACTTTATTTGTTGGCCTTAACAGATAAATGGCTGACGACTTAGGGAAGGTGCGAACAAGTCCCTGATATGAGATCATGTTTGTCATCTGGAGCCATAGAACAGGGTTCATCATGAGTCATCAACTTACCTTCGCCGACAGTGA > NC_007779/2176882‑2177082 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 33 ≤ ATCG/ATCG < 35 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |