| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | NC_007779 | 2411458 = | NA (NA) | 380 (1.060) | 156/180 | NT | 95.7% | intergenic (‑147/+15) | lrhA/insB | DNA‑binding transcriptional repressor/IS1 element protein |
| ? | NC_007779 | = 2985055 | 17 (0.050) | coding (553/1230 nt) | yqeG | transporter | |||||
Only 100 of 777 total aligned reads displayed.
GGTAATGGGATTTTTGGTATTCCCATTGATTGCCTATTTCTTATTTCTTTCCATTTACCTTGTCGGTAGTTGGCAACCTGATCTATTAACAACCCAGGTAGAGTTCAATCAGAATACCCTTCACCAGATATGGATATCGATTCCCGTGATGGTTTTCGCCTTTAGCCATACGCCCATTATTTCTACGTTTGCCATAGACAG > NC_007779/2984955‑2985155 | ggTAATGGGATTTTTGGTATTCCCATTGATTGCATATTTCTTATTTCTTTCCATTTACCTTGTCGGTAGTTGGCAACCTGATCTATTAACAACCCAGGTag > 1:17525888/1‑101 (MQ=255) gTAATGGGATTTTTGGTATTCCCATTGATTGCCTATTTCTTATTTCTTTCCATTTACCTTGTCGGTAGTTGGCAACCTGATCTATTAACAACCCAGGTAGg < 1:8790407‑M2/101‑2 (MQ=255) tAATGGGATTTTTGGTATTCCCATTGATTGCCTATTTCTTATTTCTTTCCATTTACCTTGTCGGTAGTTGGCAACCTGATCTATTAACAACCCAGGTAGgg < 1:16938289‑M2/101‑3 (MQ=255) tAATGGGATTTTTGGTATTCCCATTGATTGCCTATTTCTTATTTCTTTCCATTTACCTTGTCGGTAGTTGGCAACCTGATCTATTAACAACCCAGGTAGgg > 1:18107626‑M2/1‑99 (MQ=255) aaTGGGATTTTTGGTATTCCCATTGATTGCCTATTTCTTATTTCTTTCCATTTACCTTGTCGGTAGTTGGCAACCTGATCTATTAACAACCCAGGTAGggt < 1:6029638‑M2/101‑4 (MQ=255) acaggagggacagctgatagaaacagaagccactggagcacctcaaaaacaccatcatactctaaatcagtaagttggcagcatcaccCCCAGGTAGAGtt < 1:16800359‑M2/13‑1 (MQ=255) aggagggacagctgatagaaacagaagccactggagcacctcaaaaacaccatcatacactaaatcagtaagttggcagcatcaccCCCAGGTAGAGTTCa < 1:10578834‑M2/15‑1 (MQ=255) ggacagctgatagaaacagaagccactggagcacctcaaaaacaccatcatacactaaatcagtaagttggcagcatcaccCCCAGGTAGAGTTCAATCAg > 1:10444222‑M2/82‑101 (MQ=255) ttGGTATTCCCATTGATTGCCTATTTCTTATTTCTTTCCATTTACCTTGTCGGTAGTTGGCAACCTGATCTATTAACAACCCAGGTAGggtaatgactcca < 1:5378704‑M2/101‑14 (MQ=255) tGGTATTCCCATTGATTGCCTATTTCTTATTTCTTTCCATTTACCTTGTCGGTAGTTGGCAACCTGATCTATTAACAACCCAGGTAGggtaatgactccaa > 1:14614417‑M2/1‑87 (MQ=255) agctgatagaaacagaagccactggagcacctcaaaaacaccatcatacactaaatcagtaagttggcagcatcaccCCCAGGTAGAGTTCAATCAGAATa > 1:9389491‑M2/78‑101 (MQ=255) agctgatagaaacagaagccactggagcacctcaaaaacaccatcatacactaaatcagtaagttggcagcatcaccCCCAGGTAGAGTTCAATCAGAATa > 1:10714508‑M2/78‑101 (MQ=255) gTATTCCCATTGATTGCCTATTTCTTATTTCTTTCCATTTACCTTGTCGGTAGTTGGCAACCTGATCTATTAACAACCCAGGTAGggtaatgactccaact < 1:5780899‑M2/101‑17 (MQ=255) tATTCCCATTGATTGCCTATTTCTTATTTCTTTCCATTTACCTTGTCGGTAGTTGGCAACCTGATCTATTAACAACCCAGGTAGggtaatgactccaactt < 1:11912344‑M2/101‑18 (MQ=255) ctgatagaaacagaagccactggagcacctcaaaaacaccatcatacactaaatcagtaagttggcagcatcaccCCCAGGTAGAGTTCAATCAGAATAcc > 1:7074015‑M2/76‑101 (MQ=255) aTTCCCATTGATTGCCTATTTCTTATTTCTTTCCATTTACCTTGTCGGTAGTTGGCAACCTGATCTATTAACAACCCAGGTAGggtaatgactccaactta > 1:9612909‑M2/1‑83 (MQ=255) tCCCATTGATTGCCTATTTCTTATTTCTTTCCATTTACCTTGTCGGTAGTTGGCAACCTGATCTATTAACAACCCAGGTAGggtaatgactccaacttatt < 1:9238239‑M2/101‑21 (MQ=255) gaaacagaagccactggagcacctcaaaaacaccatcatacactaaatcagtaagttggcagcatcaccCCCAGGTAGAGTTCAATCAGAATACCCTTCAc > 1:9099629‑M2/70‑101 (MQ=255) cATTGATTGCCTATTTCTTATTTCTTTCCATTTACCTTGTCGGTAGTTGGCAACCTGATCTATTAACAACCCAGGTAGggtaatgactccaacttattgat > 1:3330263‑M2/1‑78 (MQ=255) aaacagaagccactggagcacctcaaaaacaccatcatacactaaatcagtaagttggcagcatcaccCCCAGGTAGAGTTCAATCAGAATGCCCTTCAcc < 1:3252992‑M2/33‑1 (MQ=255) tgattgCCTATTTCTTATTTCTTTCCATTTACCTTGTCGGTAGTTGGCAACCTGATCTATTAACAACCCAGGTAGggtaatgactccaacttattgatagt < 1:17652055‑M2/101‑27 (MQ=255) tgattgCCTATTTCTTATTTCTTTCCATTTACCTTGTCGGTAGTTGGCAACCTGATCTATTAACAACCCAGGTAGggtaatgactccaacttattgatagt < 1:1110470‑M2/101‑27 (MQ=255) attgCCTATTTCTTATTTCTTTCCATTTACCTTGTCGGTAGTTGGCAACCTGATCTATTAACAACCCAGGTAGggtaatgactccaacttattgatagtgt > 1:12671512‑M2/1‑73 (MQ=255) agaagccactggagcacctcaaaaacaccatcatacactaaatcagtaagttggcagcatcaccCCCAGGTAGAGTTCAATCAGAATACCCTTCACCAGat < 1:1526550‑M2/37‑1 (MQ=255) ttgCCTATTTCTTATTTCTTTCCATTTACCTTGTCGGTAGTTGGCAACCTGATCTATTAACAACCCAGGTAGggtaatgactccaacttattgatagtgtt > 1:13228279‑M2/1‑72 (MQ=255) gCCTATTTCTTATTTCTTTCCATTTACCTTGTCGGTAGTTGGCAACCTGATCTATTAACAACCCAGGTAGggtaatgactccaacttattgatagtgtttt > 1:3557664‑M2/1‑70 (MQ=255) gCCTATTTCTTATTTCTTTCCATTTACCTTGTCGGTAGTTGGCAACCTGATCTATTAACAACCCAGGTAGggtaatgactccaacttattgatagtgtttt > 1:8700725‑M2/1‑70 (MQ=255) agccactggagcacctcaaaaacaccatcatacactaaatcagtaagttggcagcatcaccCCCAGGTAGAGTTCAATCAGAATACCCTTCACCAGATATg > 1:6168958‑M2/62‑101 (MQ=255) agccactggagcacctcaaaaacaccatcatacactaaatcagtaagttggcagcatcaccCCCAGGTAGAGTTCAATCAGAATACCCTTCACCAGATATg > 1:12784422‑M2/62‑101 (MQ=255) gccactggagcacctcaaaaacaccatcatacactaaatcagtaagttggcagcatcaccCCCAGGTAGAGTTCAATCAGAATACCCTTCACCAGATATgg > 1:6421757‑M2/61‑101 (MQ=255) ccTATTTCTTATTTCTTTCCATTTACCTTGTCGGTAGTTGGCAACCTGATCTATTAACAACCCAGGTAGggtaatgactccaacttattgatagtgtttta < 1:15907404‑M2/101‑33 (MQ=255) cTATTTCTTATTTCTTTCCATTTACCTTGTCGGTAGTTGGCAACCTGATCTATTAACAACCCAGGTAGggtaatgactccaacttattgatagtgttttat < 1:5651533‑M2/101‑34 (MQ=255) tatttcttatttctTTCCATTTACCTTGTCGGTAGTTGGCAACCTGATCTATTAACAACCCAGGTAGggtaatgactccaacttattgatagtgttttatg < 1:12030097‑M2/101‑35 (MQ=255) actggagcacctcaaaaacaccatcatacactaaatcagtaagttggcagcatcaccCCCAGGTAGAGTTCAATCAGAATACCCTTCACCAGATATGGata > 1:7439501‑M2/58‑101 (MQ=255) tttcttatttcttTCCATTTACCTTGTCGGTAGTTGGCAACCTGATCTATTAACAACCCAGGTAGggtaatgactccaacttattgatagtgttttatgtt < 1:818866‑M2/101‑37 (MQ=255) tcttatttcttTCCATTTACCTTGTCGGTAGTTGGCAACCTGATCTATTAACAACCCAGGTAGggtaatgactccaacttattgatagtgttttatgttca > 1:4413094‑M2/1‑63 (MQ=255) tcttatttcttTCCATGTACCTTGTCGGTAGTTGGCAACCTGATCTATTAACAACCCAGGTAGggtaatgactccaacttattgatagtgttttatgttca > 1:10889875‑M2/1‑63 (MQ=255) gagcacctcaaaaacaccatcatacactaaatcagtaagttggcagcatcaccCCCAGGTAGAGTTCAATCAGAATACCCTTCACCAGATATGGATATCGa < 1:18481680‑M2/48‑1 (MQ=255) gagcacctcaaaaacaccatcatacactaaatcagtaagttggcagcatcaccCCCAGGTAGAGTTCAATCAGAATACCCTTCACCAGATATGGATATCGa < 1:12862643‑M2/48‑1 (MQ=255) ttatttcttTCCATTTACCTTGTCGGTAGTTGGCAACCTGATCTATTAACAACCCAGGTAGggtaatgactccaacttattgatagtgttttatgttcaga > 1:4070113‑M2/1‑61 (MQ=255) tatttcttTCCATTTACCTTGTCGGTAGTTGGCAACCTGATCTATTAACAACCCAGGTAGggtaatgactccaacttatttatagtgttttatgttcagat > 1:1577464‑M2/1‑60 (MQ=255) tatttcttTCCATTTACCTTGTCGGTAGTTGGCAACCTGATCTATTAACAACCCAGGTAGggtaatgactccaacttattgatagtgttttatgttcagat < 1:3888528‑M2/101‑42 (MQ=255) gcacctcaaaaacaccatcatacactaaatcagtaagttggcagcatcaccCCCAGGTAGAGTTCAATCAGAATACCCTTCACCAGATATGGATATCGAtt < 1:17929143‑M2/50‑1 (MQ=255) ttctttcCATTTACCTTGTCGGTAGTTGGCAACCTGATCTATTAACAACCCAGGTAGggtaatgactccaacttattgatagtgttttatgttcagataat < 1:2527106‑M2/101‑45 (MQ=255) ctttcCATTTACCTTGTCGGTAGTTGGCAACCTGATCTATTAACAACCCAGGTAGggtaatgactccaacttattgatagtgttttatgttcagataatgc < 1:137428‑M2/101‑47 (MQ=255) caaaaacaccatcatacactaaatcagtaagttggcagcatcaccCCCAGGTAGAGTTCAATCAGAATACCCTTCACCAGATATGGATATCGATTCCCGTg > 1:5030377‑M2/46‑101 (MQ=255) ttcCATTTACCTTGTCGGTAGTTGGCAACCTGATCTATTAACAACCCAGGTAGggtaatgactccaacttattgatagtgttttatgttcagataatgccc > 1:17217551‑M2/1‑53 (MQ=255) tcCATTTACCTTGTCGGTAGTTGGCAACCTGATCTATTAACAACCCAGGTAGggtaatgactccaacttattgatagtgttttatgttcagataatgcccg < 1:15546600‑M2/101‑50 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 26 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 35 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |