New junction evidence | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
* | ? | NC_007779 | 3746911 = | NA (NA) | 257 (1.000) | 127/180 | NT | 99.6% | intergenic (‑509/‑68) | mdtL/insH | multidrug efflux system protein/IS5 element protein |
? | NC_007779 | = 3748646 | 1 (0.000) | intergenic (+687/+425) | insH/tnaA | IS5 element protein/tryptophanase/L‑cysteine desulfhydrase, PLP‑dependent |
Only 100 of 283 total aligned reads displayed.
TGTCGGCGAAGGTAAGTTGATGACTCATGATGAACCCTGTTCTATGGCTCCAGATGACAAACATGATCTCATATCAGGGACTTGTTCGCACCTTCC‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ < NC_007779/3747006‑3746911 ‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑TTAGTGAAACGATATCAATGAATTTGGGTTATCACGCTAATCCACGTATTGTCGGGATCTGCACAGCCATTTTCGTTGCCAGCGTATTGTGGTTAAGTTC < NC_007779/3748646‑3748547 TGTCGGCGAAGGTAAGTTGATGACTCATGATGAACCCTGTTCTATGGCTCCAGATGACAAACATGATCTCATATCAGGGACTTGTTCGCACCTTCCTTAGT < 1:6667415/101‑1 TGTCGGCGAAGGTAAGTTGATGACTCATGATGAACCCTGTTCTATGGCTCCAGATGACAAACATGATCTCATATCAGGGACTTGTTCGCACCTTCCTTAGT < 1:12249425/101‑1 TGTCGGCGAAGGTAAGTTGATGACTCATGATGAACCCTGTTCTATGGCTCCAGATGACAAACATGATCTCATATCAGGGACTTGTTCGCACCTTCCTTAGT > 1:10409318/1‑101 TGTCGGCGAAGGTAAGTTGATGACTCATGATGAACCCTGTTCTATGGCTCCAGATGACAAACATGATCTCATATCAGGGACTTGTTCGCACCTTCCTTAGT > 1:4600672/1‑101 TGTCGGCGAAGGTAAGTTGATGACTCATGATGAACCCTGTTCTATGGCTCCAGATGACAAACATGATCTCATATCAGGGACTTGTTCGCACCTTCCTTAGT > 1:12346501/1‑101 GTCGGCGAAGGTAAGTTGATGACTCATGATGAACCCTGTTCTATGGCTCCAGATGACAAACATGATCTCATATCAGGGACTTGTTCGCACCTTCCTTAGTG < 1:10566367/101‑1 GTCGGCGAAGGTAAGTTGATGACTCATGATGAACCCTGTTCTATGGCTCCAGATGACAAACATGATCTCATATCAGGGACTTGTTCGCACCTTCCTTAGTG > 1:6796222/1‑101 GTCGGCGAAGGTAAGTTGATGACTCATGATGAACCCTGTTCTATGGCTCCAGATGACAAACATGATCTCATATCAGGGACTTGTTCGCACCTTCCTTAGTG < 1:2842259/101‑1 CGGCGAAGGTAAGTTGATGACTCATGATGAACCCTGTTCTATGGCTCCAGATGACAAACATGATCTCATATCAGGGACTTGTTCGCACCTTCCTTAGTGAA < 1:4418153/101‑1 CGGCGAAGGTAAGTTGATGACTCATGATGAACCCTGTTCTATGGCTCCAGATGACAAACATGATCTCATATCAGGGACTTGTTCGCACCTTCCTTAGTGAA < 1:1503557/101‑1 CGGCGAAGGTAAGTTGATGACTCATGATGAACCCTGTTCTATGGCTCCAGATGACAAACATGATCTCATATCAGGGACTTGTTCGCACCTTCCTTAGTGAA > 1:10611144/1‑101 CGGCGAAGGTAAGTTGATGACTCATGATGAACCCTGTTCTATGGCTCCAGATGACAAACATGATCTCATATCAGGGACTTGTTCGCACCTTCCTTAGTGAA < 1:5682131/101‑1 CGGCGAAGGTAAGTTGATGACTCATGATGAACCCTGTTCTATGGCTCCAGATGACAAACATGATCTCATATCAGGGACTTGTTCGCACCTTCCTTAGTGAA < 1:4086403/101‑1 CGGCGAAGGTAAGTTGATGACTCATGATGAACCCTGTTCTATGGCTCCAGATGACAAACATGATCTCATATCAGGGACTTGTTCGCACCTTCCTTAGTGAA < 1:7650028/101‑1 CGGCGAAGGTAAGTTGATGACTCATGATGAACCCTGTTCTATGGCTCCAGATGACAAACATGATCTCATATCAGGGACTTGTTCGCACCTTCCTTAGTGAA < 1:7345879/101‑1 GGCGAAGGTAAGTTGATGACTCATGATGAACCCTGTTCTATGGCTCCAGATGACAAACATGATCTCATATCAGGGACTTGTTCGCACCTTCCTTAGTGAAA < 1:1689792/101‑1 tGAAGGTAAGTTGATGACTCATGATGAACCCTGTTCTATGGCTCCAGATGACAAACATGATCTCATATCAGGGACTTGTTCGCACCTTCCTTAGTGAAACG > 1:2081543/2‑101 GAAGGTAAGTTGATGACTCATGATGAACCCTGTTCTATGGCTCCAGATGACAAACATGATCTCATATCAGGGACTTGTTCGCACCTTCCTTAGTGAAACGA > 1:6075926/1‑101 AAGGTAAGTTGATGACTCATGATGAACCCTGTTCTATGGCTCCAGATGACAAACATGATCTCATATCAGGGACTTGTTCGCACCTTCCTTAGTGAAACGAT > 1:12668147/1‑101 GGTAAGTTGATGACTCATGATGAACCCTGTTCTATGGCTCCAGATGACAAACATGATCTCATATCAGGGACTTGTTCGCACCTTCCTTAGTGAAACGATAT > 1:9130535/1‑101 GTAAGTTGATGACTCATGATGAACCCTGTTCTATGGCTCCAGATGACAAACATGATCTCATATCAGGGACTTGTTCGCACCTTCCTTAGTGAAACGATATC < 1:10865395/101‑1 AAGTTGATGACTCATGATGAACCCTGTTCTATGGCTCCAGATGACAAACATGATCTCATATCAGGGACTTGTTCGCACCTTCCTTAGTGAAACGATATCAA < 1:8355382/101‑1 TTGATGACTCATGATGAACCCTGTTCTATGGCTCCAGATGACAAACATGATCTCCTATCAGGGACTTGTGCGCACCTTCCTTAGTGAAACGATATCAATGA > 1:9343106/1‑101 TTGATGACTCATGATGAACCCTGTTCTATGGCTCCAGATGACAAACATGATCTCATATCAGGGACTTGTTCGCACCTTCCTTCGTGAAACGATATCAATGA > 1:541373/1‑101 TTGATGACTCATGATGAACCCTGTTCTATGGCTCCAGATGACAAACATGATCTCATATCAGGGACTTGTTCGCACCTTCCTTAGTGAAACGATATCAATGA < 1:2313408/101‑1 GATGACTCATGATGAACCCTGTTCTATGGCTCCAGATGACAAACATGATCTCATATCAGGGACTTGTTCGCACCTTCCTTAGTGAAACGATATCAATGAAT < 1:11594835/101‑1 ATGACTCATGATGAACCCTGTTCTATGGCTCCAGATGACAAACATGATCTCATATCAGGGACTTGTTCGCACCTTCCTTAGTGAAACGATATCAATGAATT < 1:4276743/101‑1 TGACTCATGATGAACCCTGTTCTATGGCTCCAGATGACAAACATGATCTCATATCAGGGACTTGTTTGCACCTTCCTTAGTGAAACGATATCAATGAATTT < 1:1293810/101‑1 GACTCATGATGAACCCTGTTCTATGGCTCCAGATGACAAACATGATCTCATATCAGGGACTTGTTCGCACCTTCCTTAGTGAAACGATATCAATGAATTTG > 1:9921143/1‑101 CATGATGAACCCTGTTCTATGGCTCCAGATGACAAACATGATCTCATATCAGGGACTTGTTCGCACCTTCCTTAGTGAAACGATATCAATGAATTTGGGTT < 1:12507061/101‑1 TGATGAACCCTGTTCTATGGCTCCAGATGACAAACATGATCTCATATCAGGGACTTGTTCGCACCTTCCTTAGTGAAACGATATCAATGAATTTGGGTTAT < 1:1624528/101‑1 TGATGAACCCTGTTCTATGGCTCCAGATGACAAACATGATCTCATATCAGGGACTTGTTCGCACCTTCCTTAGTGAAACGATATCAATGAATTTGGGTTAT < 1:9047186/101‑1 GATGAACCCTGTTCTATGGCTCCAGATGACAAACATGATCTCATATCAGGGACTTGTTCGCACCTTCCTTAGTGAAACGATATCAATGAATTTGGGTTATC > 1:11454777/1‑101 GATGAACCCTGTTCTATGGCTCCAGATGACAAACATGATCTCATATCAGGGACTTGTTCGCACCTTCCTTAGTGAAACGATATCAATGAATTTGGGTTATC < 1:10752859/101‑1 TGAACCCTGTTCTATGGCTCCAGATGACAAACATGATCTCATATCAGGGACTTGTTCGCACCTTCCTTAGTGAAACGATATCAATGAATTTGGGTTATCAC > 1:12068413/1‑101 GAACCCTGTTCTATGGCTCCAGATGACAAACATGATCTCATATCAGGGACTTGTTCGCACCTTCCTTAGTGAAACGATATGAATGAATTTGGGTTATCACG > 1:9445576/1‑101 AACCCTGTTCTATGGCTCCAGATGACAAACATGATCTCATATCAGGGACTTGTTCGCACCTTCCTTAGTGAAACGATATCAATGAATTTGGGTTATCACGC > 1:2401628/1‑101 CCTGTTCTATGGCTCCAGATGACAAACATGATCTCATATCAGGGACTTGTTCGCACCTTCCTTAGTGAAACGATATCAATGAATTTGGGTTATCACGCTAA < 1:5142153/101‑1 TGTTCTATGGCTCCAGATGACAAACATGATCTCATATCAGGGACTTGTTCGCACCTTCCTTAGTGAAACGATATCAATGAATTTGGGTTATCACGCTAATC > 1:11630620/1‑101 TGTTCTATGGCTCCAGATGACAAACATGATCTCATATCAGGGACTTGTTCGCACCTTCCTTAGTGAAACGATATCAATGAATTTGGGTTATCACGCTAATC < 1:5024141/101‑1 gcTCTATGGCTCCAGATGACAAACATGATCTCATATCAGGGACTTGTTCGCACCTTCCTTAGTGAAACGATATCAATGAATTTGGGTTATCACGCTAATCC > 1:6838123/3‑101 GTTCTATGGCTCCAGATGACAAACATGATCTCATATCAGGGACTTGTTCGCACCTTCCTTAGTGAAACGATATCAATGAATTTGGGTTATCACGCTAATCC > 1:497930/1‑101 TCTATGGCTCCAGATGACAAACATGATCTCATATCAGGGACTTGTTCGCACCTTCCTTAGTGAAACGATATCAATGAATTTGGGTTATCACGCTAATCCAC < 1:9638378/101‑1 TCTATGGCTCCAGATGACAAACATGATCTCATATCAGGGACTTGTTCGCACCTTCCTTAGTGAAACGATATCAATGAATTTGGGTTATCACGCTAATCCAC > 1:7147441/1‑101 CTATGGCTCCAGATGACAAACATGATCTCATATCAGGGACTTGTTCGCGCCTTCCTTAGTGAAACGATATCAATGAATTTGGGTTATCACGCTAATCCACG < 1:8084820/101‑1 TATGGCTCCAGATGACAAACATGATCTCATATCAGGGACTTGTTCGCACCTTCCTTAGTGAAACGATATCAATGAATTTGGGTTATCACGCTAATCCACGT < 1:13129016/101‑1 ATGGCTCCAGATGACAAACATGATCTCATATCAGGGACTTGTTCGCACCTTCCTTAGTGAAACGATATCAATGAATTTGGGTTATCACGCTAATCCACGTA < 1:2544771/101‑1 TGGCTCCAGATGACAAACATGATCTCATATCAGGGACTTGTTCGCACCTTCCTTAGTGAAACGATATCAATGAATTTGGGTTATCACGCTAATCCACGTAT > 1:635746/1‑101 TGGCTCCAGATGACAAACATGATCTCATATCAGGGACTTGTTCGCACCTTCCTTAGTGAAACGATATCAATGAATTTGGGTTATCACGCTAATCCACGTAT < 1:11983381/101‑1 GGCTCCAGATGACAAACATGATCTCATATCAGGGACTTGTTCGCACCTTCCTTAGTGAAACGATATCAATGAATTTGGGTTATCACGCTAATCCACGTATT < 1:12117309/101‑1 GGCTCCAGATGACAAACATGATCTCATATCAGGGACTTGTTCGCACCTTCCTTAGTGAAACGATATCAATGAATTTGGGTTATCACGCTAATCCACGTATT > 1:1505432/1‑101 GCTCCAGATGACAAACATGATCTCATATCAGGGACTTGTTCGCACCTTCCTTAGTGAAACGATATCAATTAATTTGGGTTATCAAGCTAATCCACGTATTG > 1:8604001/1‑101 GCTCCAGATGACAAACATGATCTCATATCAGGGACTTGTTCGCACCTTCCTTAGTGAAACGATATCAATGAATTTGGGTTATCACGCTAATCCACGTATTG > 1:9309199/1‑101 GCTCCAGATGACAAACATGATCTCATATCAGGGACTTGTTCGCACCTTCCTTAGTGAAACGATATCAATGAATTTGGGTTATCACGCTAATCCACGTATTG < 1:10536659/101‑1 CTCCAGATGACAAACATGATCTCATATCAGGGACTTGTTCGCACCTTCCTTAGTGAAACGATATCAATGAATTTGGGTTATCACGCTAATCCACGTATTGT < 1:8753556/101‑1 CTCCAGATGACAAACATGATCTCATATCAGGGACTTGTTCGCACCTTCCTTAGTGAAACGATATCAATGAATTTGGGTTATCACGCTAATCCACGTATTGT > 1:5545110/1‑101 CTCCAGATGACAAACATGATCTCATATCAGGGACTTGTTCGCACCTTCCTTAGTGAAACGATATCAATGAATTTGGGTTATCACGCTAATCCACGTATTGT > 1:1904830/1‑101 TCCAGATGACAAACATGATCTCATATCAGGGACTTGTTCGCACCTTCCTTAGTGGAACGATATCAATGAGTTTGGGTTATCACGCTAATCCACGTATTGTC > 1:6978828/1‑101 GATGACAAACATGATCTCATATCAGGGACTTGTTCGCACCTTCCTTAGTGAAACGATATCAATGAATTTGGGTTATCACGCTAATCCACGTATTGTCGGGA < 1:1117879/101‑1 ACAAACATGATCTCATATCAGGGACTTGTTCGCACCTTCCTTAGTGAAACGATATCAATGAATTTGGGTTATCACGCTAATCCACGTATTGTCGGGATCTG > 1:10040427/1‑101 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TCTCATATCAGGGACTTGTTCGCACCTTCCTTAGTGAAACGATATCAATGAATTTGGGTTATCACGCTAATCCACGTATTGTCGGGATCTGCACAGCCATT > 1:12824713/1‑101 CTCATATCAGGGACTTGTTCGCACCTTCCTTAGTGAAACGATATCAATGAATTTGGGTTATCACGCTAATCCACGTATTGTCGGGATCTGCACAGCCATTT < 1:3795639/101‑1 TCATATCAGGGACTTGTTCGCACCTTCCTTAGTGAAACGATATCAATGAATTTGGGTTATCACGCTAATCCACGTATTGTCGGGATCTGCACAGCCATTTT < 1:7625254/101‑1 CATATCAGGGACTTGTTCGCACCTTCCTTAGTGAAACGATATCAATGAATTTGGGTTATCACGCTAATCCACGTATTGTCGGGATCTGCACAGCCATTTTC > 1:3876759/1‑101 ATATCAGGGACTTGTTCGCACCTTCCTTAGTGAAACGATATCAATGAATTTGGGTTATCACGCTAATCCACGTATTGTCGGGATCTGCACAGCCATTTTCG < 1:7860059/101‑1 ATATCAGGGACTTGTTCGCACCTTCCTTAGTGAAACGATATCAATGAATTTGGGTTATAACGCTAATCCACGTATTGTCGGGATCTGCAAAGCCATTTTCG > 1:4801771/1‑101 TATCAGGGACTTGTTCGCACCTTCCTTAGTGAAACGATATCAATGAATTTGGGTTATCACGCTAATCCACGTATTGTCGGGATCTGCACAGCCATTTTCGT > 1:10333276/1‑101 TATCAGGGACTTGTTCGCACCTTCCTTAGTGAAACGATATCAATGAATTTGGGTTATCACGCTAATCCACGTATTGTCGGGATCTGCACAGCCATTTTCGT < 1:8433433/101‑1 CAGGGACTTGTTCGCACCTTCCTTAGTGAAACGATATCAATGAATTTGGGTTATCACGCTAATCCACGTATTGTCGGGATCTGCACAGCCATTTTCGTTGC > 1:347391/1‑101 CAGGGACTTGTTCGCACCTTCCTTAGTGAAACGATATCAATGAATTTGGGTTATCACGCTAATCCACGTATTGTCGGGATCTGCACAGCCATTTTCGTTGC > 1:6161243/1‑101 AGGGACTTGTTCGCACCTTCCTTAGTGAAACGATATCAATGAATTTGGGTTATCACGCTAATCCACGTATTGTCGGGATCTGCACAGCCATTTTCGTTGCC < 1:9493032/101‑1 AGGGACTCGTTCGCACCTTCCTTAGTGAAACGATATCAATGAATTTGGGTTATCACGCTAATCCACGTATTGTCGGGATCTGCACAGCCATTTTCGTTGCC > 1:12745969/1‑101 GGACTTGTTCGCACCTTCCTTAGTGAAACGATATCAATGAATTTGGGTTATCACGCTAATCCACGTATTGTCGGGATCTGCACAGCCATTTTCGTTGCCAG < 1:6001467/101‑1 GACTTGTTCGCACCTTCCTTAGTGAAACGATATCAATGAATTTGGGTTATCACGCTAATCCACGTATTGTCGGGATCTGCACAGCCATTTTCGTTGCCAGC < 1:3134602/101‑1 GACTTGTTCGCACCTTCCTTAGTGAAACGATATCAATGAATTTGGGTTATCACGCTAATCCACGTATTGTCGGGATCTGCACAGCCATTTTCGTTGCCAGC > 1:9778971/1‑101 CTTGTTCGCACCTTCCTTAGTGAAACGATATCAATGAATTTGGGTTATCACGCTAATCCACGTATTGTCGGGATCTGCACAGCCATTTTCGTTGCCAGCGT < 1:6064035/101‑1 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CCTTCCTTAGTGAAACGATATCAATGAATTTGGGTTATCACGCTAATCCACGTATTGTCGGGATCTGCACAGCCATTTTCGTTGCCAGCGTATTGTGGTTA < 1:8557037/101‑1 CCTTCCTTAGTGAAACGATATCAATGAATTTGGGTTATCACGCTAATCCACGTATTGTCGGGATCTGCACAGCCATTTTCGTTGCCAGCGTATTGTGGTTA > 1:11021206/1‑101 CTTCCTTAGTGAAACGATATCAATGAATTTGGGTTATCACGCTAATCCACGTATTGTCGGGATCTGCACAGCCATTTTCGTTGCCAGCGTATTGTGGTTAA > 1:648258/1‑101 TTCCTTAGTGAAACGATATCAATGAATTTGGGTTATCACGCTAATCCACGTATTGTCGGGATCTGCACAGCCATTTTCGTTGCCAGCGTATTGTGGTTAAG > 1:11226612/1‑101 TTCCTTAGTGAAACGATATCAATGAATTTGGGTTATCACGCTAATCCACGTATTGTCGGGATCTGCACAGCCATTTTCGTTGCCAGCGTATTGTGGTTAAG > 1:11070403/1‑101 TTCCTTAGTGAAACGATATCAATGAATTTGGGTTATCACGCTAATCCACGTATTGTCGGGATCTGCACAGCCATTTTCGTTGCCAGCGTATTGTGGTTAAG > 1:7751008/1‑101 TTCCTTAGTGAAACGATATCAATGAATTTGGGTTATCACGCTAATCCACGTATTGTCGGGATCTGCACAGCCATTTTCGTTGCCAGCGTATTGTGGTTAAG > 1:3024567/1‑101 CCTTAGTGAAACGATATCAATGAATTTGGGTTATCACGCTAATCCACGTATTGTCGGGATCTGCACAGCCATTTTCGTTGCCAGCGTATTGTGGTTAAGTT < 1:4446741/101‑1 TGTCGGCGAAGGTAAGTTGATGACTCATGATGAACCCTGTTCTATGGCTCCAGATGACAAACATGATCTCATATCAGGGACTTGTTCGCACCTTCC‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ < NC_007779/3747006‑3746911 ‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑TTAGTGAAACGATATCAATGAATTTGGGTTATCACGCTAATCCACGTATTGTCGGGATCTGCACAGCCATTTTCGTTGCCAGCGTATTGTGGTTAAGTTC < NC_007779/3748646‑3748547 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 26 ≤ ATCG/ATCG < 31 ≤ ATCG/ATCG < 35 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
Reads not counted as support for junction |
read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |