New junction evidence | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
* | ? | NC_007779 | 3987186 = | NA (NA) | 292 (1.140) | 143/178 | NT | 100% | intergenic (‑732/‑31) | slp/insH | outer membrane lipoprotein/IS5 transposase and trans‑activator |
? | NC_007779 | = 4009203 | 0 (0.000) | coding (1379/1623 nt) | yhiJ | hypothetical protein |
Only 100 of 365 total aligned reads displayed.
TTCACTGTCGGCGAAGGTAAGTTGATGACTCATGATGAACCCTGTTCTATGGCTCCAGATGACAAACATGATCTCATATCAGGGACTTGTTCGCACCTTCc‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ < NC_007779/3987285‑3987186 ‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑CCTAACATTTGTGAACATGCTAATAGTGCTTCAAGTTTAGGTCTGTAATCTGTCGAAACAGAAAAATAACGATTAAAGGATCGACAAGAGATAGCCCGGCT < NC_007779/4009203‑4009103 TTCACTGTCGGCGAAGGTAAGTTGATGACTCATGATGAACCCTGTTCTATGGCTCCAGATGACAAACATGATCTCATATCAGGGACTTGTTCGCACCTTCC > 1:9898586/1‑101 TTCACTGTCGGCGAAGGTAAGTTGATGACTCATGATGAACCCTGTTCTATGGCTCCAGATGACAAACATGATCTCATATCAGGGACTTGTTCGCACCTTCC > 1:3392908/1‑101 TTCACTGTCGGCGAAGGTAAGTTGATGACTCATGATGAACCCTGTTCTATGGCTCCAGATGACAAACATGATCTCATATCAGGGACTTGTTCGCACCTTCC > 1:9654750/1‑101 TTCACTGTCGGCGAAGGTAAGTTGATGACTCATGATGAACCCTGTTCTATGGCTCCAGATGACAAACATGATCTCATATCAGGGACTTGTTCGCACCTTCC < 1:8207331/101‑1 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TGTCGGCGAAGGTAAGTTGATGACTCATGATGAACCCTGTTCTATGGCTCCAGATGACAAACATGATCTCATATCAGGGACTTGTTCGCACCTTCCCTAAC > 1:8988879/1‑101 GTCGGCGAAGGTAAGTTGATGACTCATGATGAACCCTGTTCTATGGCTCCAGATGACAAACATGATCTCATATCAGGGACTTGTTCGCACCTTCCCTAACA > 1:7591358/1‑101 CGGCGAAGGTAAGTTGATGACTCATGATGAACCCTGTTCTATGGCTCCAGATGACAAACATGATCTCATATCAGGGACTTGTTCGCACCTTCCCTAACATT < 1:7158057/101‑1 GGCGAAGGTAAGTTGATGACTCATGATGAACCCTGTTCTATGGCTCCAGATGACAAACATGATCTCATATCAGGGACTTGTTCGCACCTTCCCTAACATTT > 1:12355032/1‑101 GGCGAAGGTAAGTTGATGACTCATGATGAACCCTGTTCTATGGCTCCAGATGACAAACATGATCTCATATCAGGGACTTGTTCGCACCTTCCCTAACATTT < 1:1031278/101‑1 GCGAAGGTAAGTTGATGACTCATGATGAACCCTGTTCTATGGCTCCAGATGACAAACATGATCTCATATCAGGGACTTGTTCGCACCTTCCCTAACATTTG < 1:8087020/101‑1 GCGAAGGTAAGTTGATGACTCATGATGAACCCTGTTCTATGGCTCCAGATGACAAACATGATCTCATATCAGGGACTTGTTCGCACCTTCCCTAACATTTG < 1:8148843/101‑1 CGAAGGTAAGTTGATGACTCATGATGAACCCTGTTCTATGGCTCCAGATGACAAACATGATCTCATATCAGGGACTTGTTCGCACCTTCCCTAACATTTGT < 1:9045189/101‑1 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TAAGTTGATGACTCATGATGAACCCTGTTCTATGGCTCCAGATGACAAACATGATCTCATATCAGGGACTTGTTCGCACCTTCCCTAACATTTGTGAACAT > 1:6924967/1‑101 AAGTTGATGACTCATGATGAACCCTGTTCTATGGCTCCAGATGACAAACATGATCTCATATCAGGGACTTGTTCGCACCTTCCCTAACATTTGTGAACATG > 1:3193736/1‑101 GTTGATGACTCATGATGAACCCTGTTCTATGGCTCCAGATGACAAACATGATCTCATATCAGGGACTTGTTCGCACATTCCCTAACCTTTGTGAACATGCT > 1:1799479/1‑101 TTGATGACTCATGATGAACCCTGTTCTATGGCTCCAGATGACAAACATGATCTCATATCAGGGACTTGTTCGCACCTTCCCTAACATTTGTGAACATGCTA < 1:5313181/101‑1 TTGATGACTCATGATGAACCCTGTTCTATGGCTCCAGATGACAAACATGATCTCATATCAGGGACTTGTTCGCACCTTACCTAACATTTGTGAACATGCTA > 1:4491861/1‑101 TGATGACTCATGATGAACCCTGTTCTATGGCTCCAGATGACAAACATGATCTCATATCAAGGACTTGTTCGCACCTTCCCTAACATTTGTGAACATGCTAA > 1:9387569/1‑101 GATGACTCATGATGAACCCTGTTCTATGGCTCCAGATGACAAACATGATCTCATATCAGGGACTTGTTCGCACCTTCCCTAACATTTGTGAACATGCTAAT > 1:8365453/1‑101 GATGACTCATGATGAACCCTGTTCTATGGCTCCAGATGACAAACATGATCTCATATCAGGGACTTGTTCGCACCTTCCCTAACATTTGTGAACATGCTAAT < 1:5735734/101‑1 ATGACTCATGATGAACCCTGTTCTATGGCTCCAGATGACAAACATGATCTCATATCAGGGACTTGTTCGCACCTTCCCTAACATTTGTGAACATGCTAATA < 1:1647555/101‑1 TGACTCATGATGAACCCTGTTCTATGGCTCCAGATGACAAACATGATCTCATATCAGGGACTTGTTCGCACCTTCCCTAACATTTGTGAACATGCTAATAG < 1:8472829/101‑1 TCATGATGAACCCTGTTCTATGGCTCCAGATGACAAACATGATCTCATATCAGGGACTTGTTCGCACCTTCCCTAACATTTGTGAACATGCTAATAGTGCT > 1:12543014/1‑101 TCATGATGAACCCTGTTCTATGGCTCCAGATGACAAACATGATCTCATATCAGGGACTTGTTCGCACCTTCCCTAACATTTGTGAACATGCTAATAGTGCT > 1:6172010/1‑101 CATGATGAACCCTGTTCTATGGCTCCAGATGACAAACATGATCTCATATCAGGGACTTGTTCGCACCTTCCCTAACATTTGTGAACATGCTAATAGTGCTT > 1:4806181/1‑101 ATGATGAACCCTGTTCTATGGCTCCAGATGACTAACATGATCTCATATCAGGGACTTGTTCGCACCTTCCCTAACATTTGTGAACATGCTAATAGTGCTTC < 1:10077426/101‑1 ATGATGAACCCTGTTCTATGGCTCCAGATGACAAACATGATCTCATATCAGGGACTTGTTCGCACCTTCCCTAACATTTGTGAACATGCTAATAGTGCTTC > 1:11629435/1‑101 ATGAACCCTGTTCTATGGCTCCAGATGACAAACATGATCTCATATCAGGGACTTGTTCGCACCTTCCCTAACATTTGTGAACATGCTAATAGTGCTTCAAG > 1:4270595/1‑101 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TGGCTCCAGATGACAAACATGATCTCATATCAGGGACTTGTTCGCACCTTCCCTAACATTTGTGAACATGCTAATAGTGCTTCAAGTTTAGGTCTGTAATC < 1:3940307/101‑1 CTCCAGATGACAAACATGATCTCATATCAGGGACTTGTTCGCACCTTCCCTAACATTTGTGAACATGCTAATAGTGCTTCAAGTTTAGGTCTGTAATCTGT > 1:12766773/1‑101 CTCCAGATGACAAACATGATCTCATATCAGGGACTTGTTCGCACCTTCCCTAACATTTGTGAACATGCTAATAGTGCTTCAAGTTTAGGTCTGTAATCTGT > 1:5205863/1‑101 CTCCAGATGACAAACATGATCTCATATCAGGGACTTGTTCGCACCTTCCCTAACATTTGTGAACATGCTAATAGTGCTTCAAGTTTAGGTCTGTAATCTGT > 1:3693103/1‑101 CTCCAGATGACAAACATGATCTCATATCAGGGACTTGTTCGCACCTTCCCTAACATTTGTGAACATGCTAATAGTGCTTCAAGTTTAGGTCTGTAATCTGT > 1:2851743/1‑101 CAGATGACAAACATGATCTCATATCAGGGACTTGTTCGCACCTTCCCTAACATTTGTGAACATGCTAATAGTGCTTCAAGTTTAGGTCTGTAATCTGTCGc < 1:12446891/101‑2 CAGATGACAAACATGATCTCATATCAGGGACTTGTTCGCACCTTCCCTAACATTTGTGAACATGCTAATAGTGCTTCAAGTTTAGGTCTGTAATCTGTCGA < 1:11348273/101‑1 ATGACAAACATGATCTCATATCAGGGACTTGTTCGCACCTTCCCTAACATTTGTGAACATGCTAATAGTGCTTCAAGTTTAGGTCTGTAATCTGTCGAAAC > 1:10579041/1‑101 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TTCACTGTCGGCGAAGGTAAGTTGATGACTCATGATGAACCCTGTTCTATGGCTCCAGATGACAAACATGATCTCATATCAGGGACTTGTTCGCACCTTCc‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ < NC_007779/3987285‑3987186 ‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑CCTAACATTTGTGAACATGCTAATAGTGCTTCAAGTTTAGGTCTGTAATCTGTCGAAACAGAAAAATAACGATTAAAGGATCGACAAGAGATAGCCCGGCT < NC_007779/4009203‑4009103 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 29 ≤ ATCG/ATCG < 34 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
Reads not counted as support for junction |
read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |