| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | NC_007779 | 2320794 = | NA (NA) | 213 (0.820) | 109/180 | NT | 100% | intergenic (+633/+11) | rcsB/insD | DNA‑binding response regulator in two‑component regulatory system with RcsC and YojN/IS2 element protein |
| ? | NC_007779 | = 2589834 | 0 (0.000) | intergenic (+470/‑69) | acrD/yffB | aminoglycoside/multidrug efflux system/hypothetical protein | |||||
Only 100 of 579 total aligned reads displayed.
GATAACAAGATGAATATTCTTAATGTTTACGTTAAAAATGTTTAATATTATTTAATAGTTGTTAATTTGAATACTTCGATAATGTTATATTTCCTGATAATCATTTGCAGGCAAAATGTTTTCACCCTTAAATGAGTATTTATTCTCATAAATCGAAAAAGGATTCATTATGGTTACACTTTACGGTATCAAAAATTGTGA > NC_007779/2589734‑2589934 | catctgttctccaatgactagtctaaaaactagtattaagactatcacttatttaagtgatattggttgtctggagattcagggggccagtctaataattt < 1:1694528‑M2/7‑3 (MQ=255) catctgttctccaatgactagtctaaaaactagtattaagactatcacttatttaagtgatattggttgtctggagattcagggggccagtctaataattt > 1:4395355‑M2/95‑99 (MQ=255) catctgttctccaatgactagtctaaaaactagtattaagactatcacttatttaagtgatattggttgtctggagattcagggggccagtctaataattt > 1:5118254‑M2/95‑99 (MQ=255) atctgttctccaatgactagtctaaaaactagtattaagactatcacttatttaagtgatattggttgtctggagattcagggggccagtctaATAATCAt < 1:12150018‑M2/8‑1 (MQ=255) tctgttctccaatgactagtctaaaaactagtattaagactatcacttatttaagtgatattggttgtctggagattcagggggccagtctaataatttac > 1:12035068‑M2/93‑97 (MQ=255) tctgttctccaatgactagtctaaaaactagtattaagactatcacttatttaagtgatattggttgtctggagattcagggggccagtctaataatttac < 1:8427801‑M2/9‑5 (MQ=255) tctgttctccaatgactagtctaaaaactagtattaagactatcacttatttaagtgatattggttgtctggagattcagggggccagtctaATAATCAtt < 1:4324065‑M2/9‑1 (MQ=255) aCAAGATGAATATTCTTAATGTTTACGTTAAAAATGTTTAATATTATTTAATAGTTGTTAATTTGAATACTTCGATAATGTTATATTTCCTGATAATtgga < 1:3721190‑M2/101‑5 (MQ=255) aCAAGATGAATATTCTTAATGTTTACGTTAAAAATGTTTAATATTATTTAATAGTTGTTAATTTGAATACTTCGATAATGTTATATTTCCTGATAATtgga > 1:6918135‑M2/1‑97 (MQ=255) ctgttctccaatgactagtctaaaaactagtattaagactatcacttatttaagtgatattggttgtctggagattcagggggccagtctaATAATCAttt > 1:2160632‑M2/92‑101 (MQ=255) tgttctccaatgactagtctaaaaactagtattaagactatcacttatttaagtgatattggttgtctggagattcagggggccagtctaATAATCATTTg < 1:6486270‑M2/11‑1 (MQ=255) tgttctccaatgactagtctaaaaactagtattaagactatcacttatttaagtgatattggttgtctggagattcagggggccagtctaATAATCATTTg < 1:8963864‑M2/11‑1 (MQ=255) tgatctccaatgactagtctaaaaactagtattaagactatcacttatttaagtgatattggttgtctggagattcagggggccagtctaataatttactg > 1:9300906‑M2/91‑95 (MQ=255) aaGATGAATATTCTTAATGTTTACGTTAAAAATGTTTAATATTATTTAATAGTTGTTAATTTGAATACTTCGATAATGTTATATTTCCTGATAATtggatt > 1:12720668‑M2/1‑95 (MQ=255) ttctccaatgactagtctaaaaactagtattaagactatcacttatttaagtgatattggttgtctggagattcagggggccagtctaataatttactgca > 1:12459837‑M2/89‑93 (MQ=255) gATGAATATTCTTAATGTTTACGTTAAAAATGTTTAATATTATTTAATAGTTGTTAATTTGAATACTTCGATAATGTTATATTTCCTGATAATtggatttg > 1:11336007‑M2/1‑93 (MQ=255) tctccaatgactagtctaaaaactagtattaagactatcacttatttaagtgatattggttgtctggagattcagggggccagtctaataatttactgcat > 1:11514695‑M2/88‑92 (MQ=255) tctccaatgactagtctaaaaactagtattaagactatcacttatttaagtgatattggttgtctggagattcagggggccagtctaATAATCATTTGCAg < 1:269970‑M2/14‑1 (MQ=255) tctccaatgactagtctaaaaactagtattaagactatcacttatttaagtgatattggttgtctggagattcagggggccagtctaATAATCATTTGCAg > 1:9137501‑M2/88‑101 (MQ=255) tctccaatgactagtctaaaaactagtattaagactatcacttatttaagtgatattggttgtctggagattcagggggccagtctaATAATCATTTGCAg > 1:7346889‑M2/88‑101 (MQ=255) ctccaatgactagtctaaaaactagtattaagactatcacttatttaagtgatattggttgtctggagattcagggggccagtctaATAATCATTTGCAgg > 1:741129‑M2/87‑101 (MQ=255) ctccaatgactagtctaaaaactagtattaagactatcacttatttaagtgatattggttgtctggagattcagggggccagtctaATAATCATTTGCAgg < 1:7103698‑M2/15‑1 (MQ=255) tccaatgactagtctaaaaactagtattaagactatcacttatttaagtgatattggttgtctggagattcagggggccagtctaATAATCATTTGCAGGc < 1:10943197‑M2/16‑1 (MQ=255) atatTCTTAATGTTTACGTTAAAAATGTTTAATATTATTTAATAGTTGTTAATTTGAATACTTCGCTAATGTTATATTTCCTGATAATtggatttgcccct < 1:9680699‑M2/101‑14 (MQ=255) atatTCTTAATGTTTACGTTAAAAATGTTTAATATTATTTAATAGTTGTTAATTTGAATACTTCGATAATGTTATATTTCCTGATAATtggatttgcccct < 1:1910549‑M2/101‑14 (MQ=255) tatTCTTAATGTTTACGTTAAAAATGTTTAATATTATTTAATAGTTGTTAATTTGAATACTTCGATAATGTTATATTTCCTGATAATtggatttgccccta < 1:11780896‑M2/101‑15 (MQ=255) atTCTTAATGTTTACGTTAAAAATGTTTAATATTATTTAATAGTTGTTAATTTGAATACTTCGATAATGTTATATTTCCTGATAATtggatttgcccctat > 1:11088265‑M2/1‑86 (MQ=255) atTCTTAATGTTTACGTTAAAAATGTTTAATATTATTTAATAGTTGTTAATTTGAATACTTCGATAATGTTATATTTCCTGATAATtggatttgcccctat > 1:1311846‑M2/1‑86 (MQ=255) tgactagtctaaaaactagtattaagactatcacttatttaagtgatattggttgtctggagattcagggggccagtctaATAATCATTTGCAGGCAAAAt > 1:7863756‑M2/81‑101 (MQ=255) tCTTAATGTTTACGTTAAAAATGTTTAATATTATTTAATAGTTGTTAATTTGAATACTTCGATAATGTTATATTTCCTGATAATtggatttgcccctatat < 1:12266475‑M2/101‑18 (MQ=255) tagtctaaaaactagtattaagactatcacttatttaagtgatattggttgtctggagattcagggggccagtctaATAATCATTTGCAGGCAAAATGttt < 1:1044514‑M2/25‑1 (MQ=255) agtctaaaaactagtattaagactatcacttatttaagtgatattggttgtctggagattcagggggccagtctaATAATCATTTGCAGGCAAAATGtttt < 1:5011042‑M2/26‑1 (MQ=255) gtctaaaaactagtattaagactatcacttatttaagtgatattggttgtctggagattcagggggccagtctaATAATCATTTGCAGGCAAAATGTTTTc > 1:2518538‑M2/75‑101 (MQ=255) aTGTTTACGTTAAAAATGTTTAATATTATTTAATAGTTGTTAATTTGAATACTTCGATAATGTTATATTTCCTGATAATtggatttgcccctatatttcca < 1:5439872‑M2/101‑23 (MQ=255) gTTTACGTTAAAAATGTTTAATATTATTTAATAGTTGTTAATTTGAATACTTCGATAATGTTATATTTCCTGATAATtggatttgcccctatatttccaga < 1:6568610‑M2/101‑25 (MQ=255) tttACGTTAAAAATGTTTAATATTATTTAATAGTTGTTAATTTGAATACTTCGATAATGTTATATTTCCTGATAATtggatttgcccctatatttccagac < 1:4531922‑M2/101‑26 (MQ=255) ttACGTTAAAAATGTTTAATATTATTTAATAGTTGTTAATTTGAATACTTCGATAATGTTATATTTCCTGATAATtggatttgcccctatatttccagaca < 1:4126419‑M2/101‑27 (MQ=255) aaaactagtattaagactatcacttatttaagtgatattggttgtctggagattcagggggccagtctaATAATCATTTGCAGGCAAAATGTTTTCACCCt > 1:6729869‑M2/70‑101 (MQ=255) aaaactagtattaagactatcacttatttaagtgatattggttgtctggagattcagggggccagtctaATAATCATTTGCAGGCAAAATGTTTTCACCCt > 1:12815671‑M2/70‑101 (MQ=255) aactagtattaagactatcacttatttaagtgatattggttgtctggagattcagggggccagtctaATAATCATTTGCAGGCAAAATGTTTTCACCCTTa > 1:9762123‑M2/68‑101 (MQ=255) ctagtattaagactatcacttatttaagtgatattggttgtctggagattcagggggccagtctaATAATCATTTGCAGGCAAAATGTTTTCACCCTTaaa > 1:2386492‑M2/66‑101 (MQ=255) tagtattaagactatcacttatttaagtgatattggttgtctggagattcagggggccagtctaATAATCATTTGCAGGCAAAATGTTTTCACCCTTAAAt < 1:8349232‑M2/37‑1 (MQ=255) tagtattaagactatcacttatttaagtgatattggttgtctggagattcagggggccagtctaATAATCATTTGCAGGCAAAATGTTTTCACCCTTAAAt > 1:10361161‑M2/65‑101 (MQ=255) tagtattaagactagcacttatttaagtgatattggttgtctggagattcagggggccagtctaATAATCATTTGCAGGCAAAATGTTTTCACCCTTAAAt < 1:4229629‑M2/37‑1 (MQ=255) tAAAAATGTTTAATATTATTTAATAGTTGTTAATTTGAATACTTCGATAATGTTATATTTCCTGATAATtggatttgcccctatatttccagacatctgtt < 1:10126817‑M2/101‑33 (MQ=255) gtattaagactatcacttatttaagtgatattggttgtctggagattcagggggccagtctaATAATCATTTGCAGGCAAAATGTTTTCACCCTTAAATGa > 1:12555682‑M2/63‑101 (MQ=255) aaaTGTTTAATATTATTTAATAGTTGTTAATTTGAATACTTCGATAATGTTATATTTCCTGATAATtggatttgcccctatatttccagacatctgttatc < 1:3356662‑M2/101‑36 (MQ=255) aaTGTTTAATATTATTTAATAGTTGTTAATTTGAATACTTCGATAATGTTATATTTCCTGATAATtggatttgcccctatatttccagacatctgttatca > 1:11253785‑M2/1‑65 (MQ=255) ttaagactatcacttatttaagtgatattggttgtctggagattcagggggccagtctaATAATCATTTGCAGGCAAAATGTTTTCACCCTTAAATGAGta < 1:8823085‑M2/42‑1 (MQ=255) taagactatcacttatttaagtgatattggttgtctggagattcagggggccagtctaATAATCATTTGCAGGCAAAATGTTTTCACCCTTAAATGAGtat < 1:11675514‑M2/43‑1 (MQ=255) taagactatcacttatttaagtgatattggttgtctggagattcagggggccagtctaATAATCATTTGCAGGCAAAATGTTTTCACCCTTAAATGAGtat > 1:2259184‑M2/59‑101 (MQ=255) tGTTTAATATTATTTAATAGTTGTTAATTTGAATACTTCGATAATGTTATATTTCCTGATAATtggatttgcccctatatttccagacatctgttatcact < 1:1071270‑M2/101‑39 (MQ=255) tGTTTAATATTATTTAATAGTTGTTAATTTGAATACTTCGATAATGTTATATTTCCTGATAATtggatttgcccctatatttccagacatctgttatcact < 1:1412589‑M2/101‑39 (MQ=255) tttAATATTATTTAATAGTTGTTAATTTGAATACTTCGATAATGTTATATTTCCTGATAATtggatttgcccctatatttccagacatctgttatcactta < 1:2967653‑M2/101‑41 (MQ=255) agactatcacttatttaagtgatattggttgtctggagattcagggggccagtctaATAATCATTTGCAGGCAAAATGTTTTCACCCTTAAATGAGtattt < 1:4638024‑M2/45‑1 (MQ=255) 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agtctaATAATCATTTGCAGGCAAAATGTTTTCACCCTTAAATGAGTATTTATTCTCATAAATCGAAAAAGGATTCATTATGGTTACACTTTACGGTATCa > 1:9572315‑M2/7‑101 (MQ=255) tctaATAATCATTTGCAGGCAAAATGTTTTCACCCTTAAATGAGTATTTATTCTCATAAATCGAAAAAGGATTCATTATGGTTACACTTTACGGTATCaaa > 1:6150768‑M2/5‑101 (MQ=255) aATAATCATTTGCAGGCAAAATGTTTTCACCCTTAAATGAGTATTTATTCTCATAAATCGAAAAAGGATTCATTATGGTTACACTTTACGGTATCAAAAAt > 1:5904345‑M2/2‑101 (MQ=255) | GATAACAAGATGAATATTCTTAATGTTTACGTTAAAAATGTTTAATATTATTTAATAGTTGTTAATTTGAATACTTCGATAATGTTATATTTCCTGATAATCATTTGCAGGCAAAATGTTTTCACCCTTAAATGAGTATTTATTCTCATAAATCGAAAAAGGATTCATTATGGTTACACTTTACGGTATCAAAAATTGTGA > NC_007779/2589734‑2589934 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 28 ≤ ATCG/ATCG < 33 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |