New junction evidence | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
* | ? | NC_007779 | 20804 = | 278 (1.080) | 5 (0.020) | 4/172 | NT | 1.8% | intergenic (‑296/+11) | insA/rpsT | IS1 repressor protein InsA/30S ribosomal protein S20 |
? | NC_007779 | 20828 = | 266 (1.080) | coding (251/264 nt) | rpsT | 30S ribosomal protein S20 |
Only 100 of 324 total aligned reads displayed.
GTGTGTTCTCTCACGCATCACAAAAGCAGCAGGCATAAAAAAACCCGCTTGCGCGGGCTTTTTCACAAAGCTTCAGCAAATTGGCGATTAAGCCAGTTTGTTGATCTGTGCAGTCAGGTTAGCCTTATGACGTGCAGCTTTGTTTTTGTGGATCAGACCTTTAGCAGCCTGACGGTCCACGATCGGTTGCATTTCGTTAAA > NC_007779/20728‑20928 | tgtgtTCTCTCACGCATCACAAAAGCAGCAGGCATAAAAAAACCCGCTTGCGCGGGCTTTTTCACAAAGCTTCAGCAAATTGGCGATTAAGCCAGTttgtt < 1:2099873/101‑1 (MQ=255) tgtgtTCTCTCACGCATCACAAAAGCAGCAGGCATAAAAAAACCCGCTTGCGCGGGCTTTTTCACAAAGCTTCAGCAAATTGGCGATTAAGCCAGTttgtt > 1:12488691/1‑101 (MQ=255) gtgtTCTCTCACGCATCACAAAAGCAGCAGGCATAAAAAAACCCGCTTGCGCGGGCTTTTTCACAAAGCTTCAGCAAATTGGCGATTAAGCCAGTttgttg < 1:10079365/101‑1 (MQ=255) ttCTCTCACGCATCACAAAAGCAGCAGGCATAAAAAAACCCGCTTGCGCGGGCTTTTTCACAAAGCTTCAGCAAATTGGCGATTAAGCCAGTTTGTTGATc > 1:53421/1‑101 (MQ=255) tctcACGCATCACAAAAGCAGCAGGCATAAAAAAACCCGCTTGCGCGGGCTTTTTCACAAAGCTTCAGCAAATTGGCGATTAAGCCAGTTTGTTGATCtgt > 1:1464291/1‑101 (MQ=255) tcACGCATCACAAAAGCAGCAGGCATAAAAAAACCCGCTTGCGCGGGCTTTTTCACAAAGCTTCAGCAAATTGGCGATTAAGCCAGTTTGTTGATCTGTGc < 1:9168858/101‑1 (MQ=255) tcACGCATCACAAAAGCAGCAGGCATAAAAAAACCCGCTTGCGCGGGCTTTTTCACAAAGCTTCAGCAAATTGGCGATTAAGCCAGTTTGTTGATCTGTGc < 1:9678836/101‑1 (MQ=255) aCGCATCACAAAAGCAGCAGGCATAAAAAAACCCGCTTGCGCGGGCTTTTTCACAAAGCTTCAGCAAATTGGCGATTAAGCCAGTTTGTTGATCTGTGCAg < 1:3204390/101‑1 (MQ=255) aCGCATCACAAAAGCAGCAGGCATAAAAAAACCCGCTTGCGCGGGCTTTTTCACAAAGCTTCAGCAAATTGGCGATTAAGCCAGTTTGTTGATCTGTGCAg > 1:9949053/1‑101 (MQ=255) cGCATCACAAAAGCAGCAGGCATAAAAAAACCCGCTTGCGCGGGCTTTTTCACAAAGCTTCAGCAAATTGGCGATTAAGCCAGTTTGTTGATCTGTGCAGt < 1:3570554/101‑1 (MQ=255) cGCATCACAAAAGCAGCAGGCATAAAAAAACCCGCTTGCGCGGGCTTTTTCACAAAGCTTCAGCAAATTGGCGATTAAGCCAGTTTGTTGATCTGTGCAGt > 1:10424583/1‑101 (MQ=255) aaggtctgatccacaaaaacaaagctgcacgtcataaggctaacctgactgcacagatcaacaaactggcttaatcgccaatttgTTGATCTGTGCAGTCa < 1:6273515‑M2/16‑1 (MQ=255) tCACAAAAGCAGCAGGCATAAAAAAACCCGCTTGCGCGGGCTTTTTCACAAAGCTTCAGCAAATTGGCGATTAAGCCAGTTTGTTGATCTGTGCAGTCAgg > 1:7594709/1‑101 (MQ=255) 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agcagcAGGCATAAAAAAACCCGCTTGCGCGGGCTTTTTCACAAAGCTTCAGCAAATTGGCGATTAAGCCAGTTTGTTGATCTGTGCAGTCAGGTTAGCCt > 1:11920094/1‑101 (MQ=255) cagcagGCATAAAAAAACCCGCTTGCGCGGGCTTTTTCACAAAGCTTCAGCAAATTGGCGATTAAGCCAGTTTGTTGATCTGTGCGGTCAGGTTAGCCTTa > 1:2938573/1‑101 (MQ=255) cagcagGCATAAAAAAACCCGCTTGCGCGGGCTTTTTCACAAAGCTTCAGCAAATTGGCGATTAAGCCAGTTTGTTGATCTGTGCAGTCAGGTTAGCCTTa > 1:2363484/1‑101 (MQ=255) agcagGCATAAAAAAACCCGCTTGCGCGGGCTTTTTCACAAAGCTTCAGCAAATTGGCGATTAAGCCAGTTTGTTGATCTGTGCAGTCAGGTTAGCCTTAt > 1:1714552/1‑101 (MQ=255) agcagGCATAAAAAAACCCGCTTGCGCGGGCTTTTTCACAAAGCTTCAGCAAATTGGCGATTAAGCCAGTTTGTTGATCTGTGCAGTCAGGTTAGCCTTAt < 1:11360858/101‑1 (MQ=255) cagGCATAAAAAAACCCGCTTGCGCGGGCTTTTTCACAAAGCTTCAGCAAATTGGCGATTAAGCCAGTTTGTTGATCTGTGCAGTCTGGTTAGCCTTATGa < 1:9085389/101‑1 (MQ=255) cagGCATAAAAAAACCCGCTTGCGCGGGCTTTTTCACAAAGCTTCAGCAAATTGGCGATTAAGCCAGTTTGTTGATCTGTGCAGTCAGGTTAGCCTTATGa < 1:7161395/101‑1 (MQ=255) agGCATAAAAAAACCCGCTTGCGCGGGCTTTTTCACAAAGCTTCAGCAAATTGGCGATTAAGCCAGTTTGTTGATCTGTGCAGTCAGGTTAGCCTTATGAc > 1:10948077/1‑101 (MQ=255) ggCATAAAAAAACCCGCTTGCGCGGGCTTTTTCACAAAGCTTCAGCAAATTGGCGATTAAGCCAGTTTGTTGATCTGTGCAGTCAGGTTAGCCTTATGACg < 1:9367910/101‑1 (MQ=255) gCATAAAAAAACCCGCTTGCGCGGGCTTTTTCACAAAGCTTCAGCAAATTGGCGATTAAGCCAGTTTGTTGATCTGTGCAGTCAGGTTAGCCTTATGACGt < 1:4231503/101‑1 (MQ=255) gCATAAAAAAACCCGCTTGCGCGGGCTTTTTCACAAAGCTTCAGCAAATTGGCGATTAAGCCAGTTTGTTGATCTGTGCAGTCAGGTTAGCCTTATGACGt > 1:10268253/1‑101 (MQ=255) aTAAAAAAACCCGCTTGCGCGGGCTTTTTCACAAAGCTTCAGCAAATTGGCGATTAAGCCAGTTTGTTGATCTGTGCAGTCAGGTTAGCCTTATGACGTGc < 1:4157996/101‑1 (MQ=255) aTAAAAAAACCCGCTTGCGCGGGCTTTTTCACAAAGCTTCAGCAAATTGGCGATTAAGCCAGTTTGTTGATCTGTGCAGTCAGGTTAGCCTTATGACGTGc > 1:10152789/1‑101 (MQ=255) tAAAAAAACCCGCTTGCGCGGGCTTTTTCACAAAGCTTCAGCAAATTGGCGATTAAGCCAGTTTGTTGATCTGTGCAGTCAGGTTAGCCTTATGACGTGCa > 1:8588941/1‑101 (MQ=255) tAAAAAAACCCGCTTGCGCGGGCTTTTTCACAAAGCTTCAGCAAATTGGCGATTAAGCCAGTTTGTTGATCTGTGCAGTCAGGTTAGCCTTATGACGTGCa < 1:3772417/101‑1 (MQ=255) aagctgcacgtcataaggctaacctgactgcacagatcaacaagctggcttaatcgccaatttgTTGATCTGTGCAGTCAGGTTAGCCTTATGACGTGCAg < 1:5355367‑M2/37‑1 (MQ=255) aaaaaaaCCCGCTTGCGCGGGCTTTTTCACAAAGCTTCAGCAAATTGGCGATTAAGCCAGTTTGTTGATCTGTGCAGTCAGGTTAGCCTTATGACGTGCAg < 1:9872180/101‑1 (MQ=255) aaaaaaaCCCGCTTGCGCGGGCTTTTTCACAAAGCTTCAGCAAATTGGCGATTAAGCCAGTTTGTTGATCTGTGCAGTCAGGTTAGCCTTATGACGTGCAg < 1:9790117/101‑1 (MQ=255) aaaaCCCGCTTGCGCGGGCTTTTTCACAAAGCTTCAGCAAATTGGCGATTAAGCCAGTTTGTTGATCTGTGCAGTCAGGTTAGCCTTATGACGTGCAGCtt < 1:10605480/101‑1 (MQ=255) aaaCCCGCTTGCGCGGGCTTTTTCACAAAGCTTCAGCAAATTGGCGATTAAGCCAGTTTGTTGATCTGTGCAGTCAGGTTAGCCTTATGACGTGCAGCttt < 1:2147492/101‑1 (MQ=255) aaCCCGCTTGCGCGGGCTTTTTCACAAAGCTTCAGCAAATTGGCGATTAAGCCAGTTTGTTGATCTGTGCAGTCAGGTTAGCCTTATGACGTGCAGCTTTg > 1:4523051/1‑101 (MQ=255) cccGCTTGCGCGGGCTTTTTCACAAAGCTTCAGCAAATTGGCGATTAAGCCAGTTTGTTGATCTGTGCAGTCAGGTTAGCCTTATGACGTGCAGCTTTGtt > 1:6976940/1‑101 (MQ=255) cGCTTGCGCGGGCTTTTTCACAAAGCTTCAGCAAATTGGCGATTAAGCCAGTTTGTTGATCTGTGCAGTCAGGTTAGCCTTATGACGTGCAGCTTTGtttt < 1:5646683/101‑1 (MQ=255) cGCTTGCGCGGGCTTTTTCACAAAGCTTCAGCAAATTGGCGATTAAGCCAGTTTGTTGATCTGTGCAGTCAGGTTAGCCTTATGACGTGCAGCTTTGtttt > 1:6460829/1‑101 (MQ=255) cGCTTGCGCGGGCTTTTTCACAAAGCTTCAGCAAATTGGCGATTAAGCCAGTTTGTTGATCTGTGCAGTCAGGTTAGCCTTATGACGTGCAGCTTTGtttt < 1:4109964/101‑1 (MQ=255) tcataaggctaacctgactgcacagatcaaCAAATTGGCGATTAAGCCAGTTTGTTGATCTGTGCAGTCAGGTTAGCCTTATGACGTGCAGCTTTGttttt < 1:10494369‑M1/71‑1 (MQ=255) gCTTGCGCGGGCTTTTTCACAAAGCTTCAGCAAATTGGCGATTAAGCCAGTTTGTTGATCTGTGCAGTCAGGTTAGCCTTATGACGTGCAGCTTTGttttt < 1:4654824/101‑1 (MQ=255) gCTTGCGCGGGCTTTTTCACAAAGCTTCAGCAAATTGGCGATTAAGCCAGTTTGTTGATCTGTGCAGTCAGGTTAGCCTTATGACGTGCAGCTTTGttttt < 1:4968141/101‑1 (MQ=255) 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Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 29 ≤ ATCG/ATCG < 34 ≤ ATCG/ATCG < 35 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
Reads not counted as support for junction |
read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |