| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | NC_007779 | = 2322124 | NA (NA) | 236 (1.190) | 130/180 | NT | 100% | intergenic (‑91/‑2589) | insC/atoS | IS2 element protein/sensory histidine kinase in two‑component regulatory system with AtoC |
| ? | NC_007779 | 2589830 = | 0 (0.000) | intergenic (+466/‑73) | acrD/yffB | aminoglycoside/multidrug efflux system/hypothetical protein | |||||
Only 100 of 316 total aligned reads displayed.
ATCAATCATCTGTTCTCCAATGACTAGTCTAAAAACTAGTATTAAGACTATCACTTATTTAAGTGATATTGGTTGTCTGGAGATTCAGGGGGCCAGTCTA‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ > NC_007779/2322025‑2322124‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ATAATCATTTGCAGGCAAAATGTTTTCACCCTTAAATGAGTATTTATTCTCATAAATCGAAAAAGGATTCATTATGGTTACACTTTACGGTATCAAAAA > NC_007779/2589830‑2589928 ATCAATCATCTGTTCTCCAATGACTAGTCTAAAAACTAGTATTAAGACTATCACTTATTTAAGTGATATTGGTTGTCTGGAGATTCAGGGGGCCAGTCTAA < 1:2804421/101‑1ATCAATCATCTGTTCTCCAATGACTAGTCTAAAAACTAGTATTAAGACTATCACTTATTTAAGTGATATTGGTTGTCTGGAGATTCAGGGGGCCAGTCTAA > 1:5074658/1‑101ATCAATCATCTGTTCTCCAATGACTAGTCTAAAAACTAGTATTAAGACTATCACTTATTTAAGTGATATTGGTTGTCTGGAGATTCAGGGGGCCAGTCTAA < 1:6428781/101‑1ATCAATCATCTGTTCTCCAATGACTAGTCTAAAAACTAGTATTAAGACTATCACTTATTTAAGTGATATTGGTTGTCTGGAGATTCAGGGGGCCAGTCTAA > 1:7693336/1‑101 TCAATCATCTGTTCTCCAATGACTAGTCTAAAAACTAGTATTAAGACTATCACTTATTTAAGTGATATTGGTTGTCTGGAGATTCAGGGGGCCAGTCTAAT > 1:2573643/1‑101 CAATCATCTGTTCTCCAATGACTAGTCTAAAAACTAGTATTAAGACTATCACTTATTTAAGTGATATTGGTTGTCTGGAGATTCAGGGGGCCAGTCTAATt < 1:3071404/101‑2 CAATCATCTGTTCTCCAATGACTAGTCTAAAAACTAGTATTAAGACTATCACTTATTTAAGTGATATTGGTTGTCTGGAGATTCAGGGGGCCAGTCTAATt > 1:9121665/1‑100 CAATCATCTGTTCTCCAATGACTAGTCTAAAAACTAGTATTAAGACTATCACTTATTTAAGTGATATTGGTTGTCTGGAGATTCAGGGGGCCAGTCTAATA < 1:2677775/101‑1 CAATCATCTGTTCTCCAATGACTAGTCTAAAAACTAGTATTAAGACTATCACTTATTTAAGTGATATTGGTTGTCTGGAGATTCAGGGGGCCAGTCTAATA > 1:5271549/1‑101 CAATCATCTGTTCTCCAATGACTAGTCTAAAAACTAGTATTAAGACTATCACTTATTTAAGTGATATTGGTTGTCTGGAGATTCAGGGGGCCAGTCTAATA > 1:6774944/1‑101 AATCATCTGTTCTCCAATGACTAGTCTAAAAACTAGTATTAAGACTATCACTTATTTAAGTGATATTGGTTGTCTGGAGATTCAGGGGGCCAGTCTAATtc > 1:1757244/1‑99 ATCATCTGTTCTCCAATGACTAGTCTAAAAACTAGTATTAAGACTATCACTTATTTAAGTGATATTGGTTGTCTGGAGATTCAGGGGGCCAGTCTAATtct < 1:5525220/101‑4 ATCATCTGTTCTCCAATGACTAGTCTAAAAACTAGTATTAAGACTATCACTTATTTAAGTGATATTGGTTGTCTGGAGATTCAGGGGGCCAGTCTAATAAT > 1:2435222/1‑101 ATCATCTGTTCTCCAATGACTAGTCTAAAAACTAGTATTAAGACTATCACTTATTTAAGTGATATTGGTTGTCTGGAGATTCAGGGGGCCAGTCTAATAAT < 1:9517531/101‑1 ATCATCTGTTCTCCAATGACTAGTCTAAAAACTAGTATTAAGACTATCACTTATTTAAGTGATATTGGTTGTCTGGAGATTCAGGGGGCCAGTCTAATAAT > 1:9621283/1‑101 TCATCTGTTCTCCAATGACTAGTCTAAAAACTAGTATTAAGACTATCACTTATTTAAGTGATATTGGTTGTCTGGAGATTCAGGGGGCCAGTCTAATtctt < 1:3244828/101‑5 TCATCTGTTCTCCAATGACTAGTCTAAAAACTAGTATTAAGACTATCACTTATTTAAGTGATATTGGTTGTCTGGAGATTCAGGGGGCCAGTCTAATAATt < 1:8806199/101‑2 TCATCTGTTCTCCAATGACTAGTCTAAAAACTAGTATTAAGACTATCACTTATTTAAGTGATATTGGTTGTCTGGAGATTCAGGGGGCCAGTCTAATAATC > 1:9373209/1‑101 CATCTGTTCTCCAATGACTAGTCTAAAAACTAGTATTAAGACTATCACTTATTTAAGTGATATTGGTTGTCTGGAGATTCAGGGGGCCAGTCTAATAATtt < 1:3295777/101‑3 ATCTGTTCTCCAATGACTAGTCTAAAAACTAGTATTAAGACTATCACTTATTTAAGTGATATTGGTTGTCTGGAGATTCAGGGGGCCAGTCTAATtcttat > 1:2220431/1‑95 ATCTGTTCTCCAATGACTAGTCTAAAAACTAGTATTAAGACTATCACTTATTTAAGTGATATTGGTTGTCTGGAGATTCAGGGGGCCAGTCTAATAATtta > 1:5631122/1‑98 ATCTGTTCTCCAATGACTAGTCTAAAAACTAGTATTAAGACTATCACTTATTTAAGTGATATTGGTTGTCTGGAGATTCAGGGGGCCAGTCTAATAATCAT > 1:4631416/1‑101 ATCTGTTCTCCAATGACTAGTCTAAAAACTAGTATTAAGACTATCACTTATTTAAGTGATATTGGTTGTCTGGAGATTCAGGGGGCCAGTCTAATAATCAT < 1:3650526/101‑1 TCTGTTCTCCAATGACTAGTCTAAAAACTAGTATTAAGACTATCACTTATTTAAGTGATATTGGTTGTCTGGAGATTCAGGGGGCCAGTCTAATAATttac < 1:8876686/101‑5 TCTGTTCTCCAATGACTAGTCTAAAAACTAGTATTAAGACTATCACTTATTTAAGTGATATTGGTTGTCTGGAGATTCAGGGGGCCAGTCTAATAATCATT > 1:634873/1‑101 CTGTTCTCCAATGACTAGTCTAAAAACTAGTATTAAGACTATCACTTATTTAAGTGATATTGGTTGTCTGGAGATTCAGGGGGCCAGTCTAATAATCATTT < 1:589968/101‑1 TGTTCTCCAATGACTAGTCTNNNAACTAGTATTAAGACTATCACNTATTTAAGTGATATTGGTTGTCTGGAGATTCAGGGGGCCAGTCTAATAATCATTTG > 1:9813784/1‑101 TGTTCTCCAATGACTAGTCTAAAAACTAGTATTAAGACTATCACTTATTTAAGTGATATTGGTTGTCTGGAGATTCAGGGGGCCAGTCTAATtcttatgtt > 1:5374061/1‑92 TGTTCTCCAATGACTAGTCTAAAAACTAGTATTAAGACTATCACTTATTTAAGTGATATTGGTTGTCTGGAGATTCAGGGGGCCAGTCTAATtcttatgtt > 1:4438707/1‑92 TGTTCTCCAATGACTAGTCTAAAAACTAGTATTAAGACTATCACTTATTTAAGTGATATTGGTTGTCTGGAGATTCAGGGGGCCAGTCTAATAATttactg < 1:6674880/101‑7 TGTTCTCCAATGACTAGTCTAAAAACTAGTATTAAGACTATCACTTATTTAAGTGATATTGGTTGTCTGGAGATTCAGGGGGCCAGTCTAATAATCATTTG < 1:8494629/101‑1 TGTTCTCCAATGACTAGTCTAAAAACTAGTATTAAGACTATCACTTATTTAAGTGATATTGGTTGTCTGGAGATTCAGGGGGCCAGTCTAATAATCATTTG < 1:6538227/101‑1 GTTCTCCAATGACTAGTCTAAAAACTAGTATTAAGACTATCACTTATTTAAGTGATATTGGTTGTCTGGAGATTCAGGGGGCCAGTCTAATtcttatgtta < 1:4557808/101‑11 GTTCTCCAATGACTAGTCTAAAAACTAGTATTAAGACTATCACTTATTTAAGTGATATTGGTTGTCTGGAGATTCAGGGGGCCAGTCTAATAATttactgc < 1:7535961/101‑8 GTTCTCCAATGACTAGTCTAAAAACTAGTATTAAGACTATCACTTATTTAAGTGATATTGGTTGTCTGGAGATTCAGGGGGCCAGTCTAATAATttactgc > 1:406409/1‑94 GTTCTCCAATGACTAGTCTAAAAACTAGTATTAAGACTATCACTTATTTAAGTGATATTGGTTGTCTGGAGATTCAGGGGGCCAGTCTAATAATttactgc > 1:9203000/1‑94 GTTCTCCAATGACTAGTCTAAAAACTAGTATTAAGACTATCACTTATTTAAGTGATATTGGTTGTCTGGAGATTCAGGGGGCCAGTCTAATAATCATTTGC > 1:7780013/1‑101 GTTCTCCAATGACTAGTCTAAAAACTAGTATTAAGACTATCACTTATTTAAGTGATATTGGTTGTCTGGAGATTCAGGGGGCCAGTCTAATAATCATTTGC > 1:3154335/1‑101 TTCTCCAATGACTAGTCTAAAAACTAGTATTAAGACTATCACTTATTTAAGTGATATTGGTTGTCTGGAGATTCAGGGGGCCAGTCTAATAATCATTTGCA > 1:8167584/1‑101 TCTCCAATGACTAGTCTAAAAACTAGTATTAAGACTATCACTTATTTAAGTGATATTGGTTGTCTGGAGATTCAGGGGGCCAGTCTAATAATttactgcat < 1:8778215/101‑10 TCTCCAATGACTAGTCTAAAAACTAGTATTAAGACTATCACTTATTTAAGTGATATTGGTTGTCTGGAGATTCAGGGGGCCAGTCTAATAATttactgcat < 1:3309832/101‑10 TCCAATGACTAGTCTAAAAACTAGTATTAAGACTATCACTTATTTAAGTGATATTGGTTGTCTGGAGATTCAGGGGGCCAGTCTAATAATCATTTGCAGGC > 1:890607/1‑101 cGACTAGTCTAAAAACTAGTATTAAGACTATCACTTATTTAAGTGATATTGGTTGTCTGGAGATTCAGGGGGCCAGTCTAATAATCATTTGCAGGCAAAAT < 1:10010575/100‑1 TGACTAGTCTAAAAACTAGTATTAAGACTATCACTTATTTAAGTGATATTGGTTGTCTGGAGATTCAGGGGGCCAGTCTAATAATCATTTGCAGGCAAAAT < 1:4248875/101‑1 TAGTCTAAAAACTAGTATTAAGACTATCACTTATTTAAGTGATATTGGTTGTCTGGAGATTCAGGGGGCCAGTCTAATAATCATTTGCAGGCAAAATGTTT < 1:8276158/101‑1 CTAAAAACTAGTATTAAGACTATCACTTATTTAAGTGATATTGGTTGTCTGGAGATTCAGGGGGCCAGTCTAATAATCATTTGCAGGCAAAATGTTTTCAC < 1:1590500/101‑1 CTAAAAACTAGTATTAAGACTATCACTTATTTAAGTGATATTGGTTGTCTGGAGATTCAGGGGGCCAGTCTAATAATCATTTGCAGGCAAAATGTTTTCAC < 1:599264/101‑1 CTAAAAACTAGTATTAAGACTATCACTTATTTAAGTGATATTGGTTGTCTGGAGATTCAGGGGGCCAGTCTAATAATCATTTGCAGGCAAAATGTTTTCAC > 1:907661/1‑101 CTAAAAACTAGTATTAAGACTATCACTTATTTAAGTGATATTGGTTGTCTGGAGATTCAGGGGGCCAGTCTAATAATCATTTGCAGGCAAAATGTTTTCAC > 1:4800038/1‑101 TAAAAACTAGTATTAAGACTATCACTTATTTAAGTGATATTGGTTGTCTGGAGATTCAGGGGGCCAGTCTAATAATCATTTGCAGGCAAAATGTTTTTACC > 1:10039183/1‑101 TAAAAACTAGTATTAAGACTATCACTTATTTAAGTGATATTGGTTGTCTGGAGATTCAGGGGGCCAGTCTAATAATCATTTGCAGGCAAAATGTTTTCACC < 1:4237618/101‑1 AAAAACTAGTATTAAGACTATCACTTATTTAAGTGATATTGGTTGTCTGGAGATTCAGGGGGCCAGTCTAATAATCATTTGCAGGCAAAATGTTTTCACCC > 1:9781301/1‑101 ACTAGTATTAAGACTATCACTTATTTAAGTGATATTGGTTGTCTGGAGATTCAGGGGGCCAGTCTAATAATCATTTGCAGGCAAAATGTTTTCACCCTTAA < 1:7047419/101‑1 ACTAGTATTAAGACTATCACTTATTTAAGTGATATTGGTTGTCTGGAGATTCAGGGGGCCAGTCTAATAATCATTTGCAGGCAAAATGTTTTCACCCTTAA < 1:3527557/101‑1 ACTAGTATTAAGACTATCACTTATTTAAGTGATATTGGTTGTCTGGAGATTCAGGGGGCCAGTCTAATAATCATTTGCAGGCAAAATGTTTTCACCCTTAA < 1:7885972/101‑1 CTAGTATTAAGACTATCACTTATTTAAGTGATATTGGTTGTCTGGAGATTCAGGGGGCCAGTCTAATAATCATTTGCAGGCAAAATGTTTTCACCCTTAAA > 1:4983350/1‑101 GTATTAAGACTATCACTTATTTAAGTGATATTGGTTGTCTGGAGATTCAGGGGGCCAGTCTAATAATCATTTGCAGGCAAAATGTTTTCACCCTTAAATGA < 1:9740776/101‑1 GTATTAAGACTATCACTTATTTAAGTGATATTGGTTGTCTGGAGATTCAGGGGGCCAGTCTAATAATCATTTGCAGGCAAAATGTTTTCACCCTTAAATGA < 1:9465430/101‑1 GTATTAAGACTATCACTTATTTAAGTGATATTGGTTGTCTGGAGATTCAGGGGGCCAGCCTAATAATCATTTGCAGGCAAAATGTTTTCACCCTTAAATGA > 1:2535134/1‑101 TATTAAGACTATCACTTATTTAAGTGATATTGGTTGTCTGGAGATTCAGGGGGCCAGTCTAATAATCATTTGCAGGCAAAATGTTTTCACCCTTAAATGAG > 1:7588088/1‑101 TATTAAGACTATCACTTATTTAAGTGATATTGGTTGTCTGGAGATTCAGGGGGCCAGTCTAATAATCATTTGCAGGCAAAATGTTTTCACCCTTAAATGAG < 1:6292369/101‑1 ATTAAGACTATCACTTATTTAAGTGATATTGGTTGTCTGGAGATTCAGGGGGCCAGTCTAATAATCATTTGCAGGCAAAATGTTTTCACCCTTAAATGAGT > 1:8203515/1‑101 TTAAGACTATCACTTATTTAAGTGATATTGGTTGTCTGGAGATTCAGGGGGCCAGTCTAATAATCATTTGCAGGCAAAATGTTTTCACCCTTAAATGAGTA < 1:4273233/101‑1 AGACTATCACTTATTTAAGTGATATTGGTTGTCTGGAGATTCAGGGGGCCAGTCTAATAATCATTTGCAGGCAAAATGTTTTCACCCTTAAATGAGTATTT < 1:2995569/101‑1 AGACTATCACTTATTTAAGTGATATTGGTTGTCTGGAGATTCAGGGGGCCAGTCTAATAATCATTTGCAGGCAAAATGTTTTCACCCTTAAATGAGTATTT > 1:9554098/1‑101 TATCACTTATTTAAGTGATATTGGTTGTCTGGAGATTCAGGGGGCCAGTCTAATAATCATTTGCAGGCAAAATGTTTTCACCCTTAAATGAGTATTTATTC > 1:6848769/1‑101 ACTTATTTAAGTGATATTGGTTGTCTGGAGATTCAGGGGGCCAGTCTAATAATCATTTGCAGGCAAAATGTTTTCACCCTTAAATGAGTATTTATTCTCAT < 1:6225220/101‑1 ACTTATTTAAGTGATATTGGTTGTCTGGAGATTCAGGGGGCCAGTCTAATAATCATTTGCAGGCAAAATGTTTTCACCCTTAAATGAGTATTTATTCTCAT > 1:7437979/1‑101 TTTAAGTGATATTGGTTGTCTGGAGATTCAGGGGGCCAGTCTAATAATCATTTGCAGGCAAAATGTTTTCACCCTTAAATGAGTATTTATTCTCATAAATC > 1:8075761/1‑101 TTTAAGTGATATTGGTTGTCTGGAGATTCAGGGGGCCAGTCTAATAATCATTTGCAGGCAAAATGTTTTCACCCTTAAATGAGTATTTATTCTCATAAATC < 1:110667/101‑1 TTAAGTGATATTGGTTGTCTGGAGATTCAGGGGGCCAGTCTAATAATCATTTGCAGGCAAAATGTTTTCACCCTTAAATGAGTATTTATTCTCATAAATCG < 1:1526093/101‑1 AGTGATATTGGTTGTCTGGAGATTCAGGGGGCCAGTCTAATAATCATTTGCAGGCAAAATGTTTTCACCCTTAAATGAGTATTTATTCTCATAAATCGAAA < 1:7849403/101‑1 AGTGATATTGGTTGTCTGGAGATTCAGGGGGCCAGTCTAATAATCATTTGCAGGCAAAATGTTTTCACCCTTAAATGAGTATTTATTCTCATAAATCGAAA > 1:4712991/1‑101 AGTGATATTGGTTGTCTGGAGATTCAGGGGGCCAGTCTAATAATCATTTGCAGGCAAAATGTTTTCACCCTTAAATGAGTATTTATTCTCATAAATCGAAA < 1:3569346/101‑1 TGATATTGGTTGTCTGGAGATTCAGGGGGCCAGTCTAATAATCATTTGCAGGCAAAATGTTTTCACCCTTAAATGAGTATTTATTCTCATAAATCGAAAAA > 1:1214541/1‑101 ATATTGGTTGTCTGGAGATTCAGGGGGCCAGTCTAATAATCATTTGCAGGCAAAATGTTTTCACCCTTAAATGAGTATTTATTCTCATAAATCGTAAAAGG < 1:7133361/101‑1 TATTGGTTGTCTGGAGATTCAGGGGGCCAGTCTAATAATCATTTGCAGGCAAAATGTTTTCACCCTTAAATGAGTATTTATTCTCATAAATCGAAAAAGGA < 1:5579153/101‑1 TATTGGTTGTCTGGAGATTCAGGGGGCCAGTCTAATAATCATTTGCAGGCAAAATGTTTTCACCCTTAAATGAGTATTTATTCTCATAAATCGAAAAAGGA > 1:8433755/1‑101 ATTGGTTGTCTGGAGATTCAGGGGGCCAGTCTAATAATCATTTGCAGGCAAAATGTTTTCACCCTTAAATGAGTATTTATTCTCATAAATCGAAAAAGGAT > 1:195377/1‑101 TTGGTTGTCTGGAGATTCAGGGGGCCAGTCTAATAATCATTTGCAGGCAAAATGTTTTCACCCTTAAATGAGTATTTATTCTCATAAATCGAAAAAGGATT < 1:8004735/101‑1 TGGTTGTCTGGAGATTCAGGGGGCCAGTCTAATAATCATTTGCAGGCAAAATGTTTTCACCCTTAAATGAGTATTTATTCTCATAAATCGAAAAAGGATTC < 1:3391619/101‑1 TCTGGAGATTCAGGGGGCCAGTCTAATAATCATTTGCAGGCAAAATGTTTTCACCCTTAAATGAGTATTTATTCTCATAAATCGAAAAAGGATTCATTATG > 1:1843365/1‑101 CTGGAGATTCAGGGGGCCAGTCTAATAATCATTTGCAGGCAAAATGTTTTCACCCTTAAATGAGTATTTATTCTCATAAATCGAAAAAGGATTCATTATGG < 1:8546643/101‑1 TGGAGATTCAGGGGGCCAGTCTAATAATCATTTGCAGGCAAAATGTTTTCACCCTTAAATGAGTATTTATTCTCATAAATCGAAAAAGGATTCATTATGGT > 1:6942308/1‑101 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ATCAATCATCTGTTCTCCAATGACTAGTCTAAAAACTAGTATTAAGACTATCACTTATTTAAGTGATATTGGTTGTCTGGAGATTCAGGGGGCCAGTCTA‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ > NC_007779/2322025‑2322124‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ATAATCATTTGCAGGCAAAATGTTTTCACCCTTAAATGAGTATTTATTCTCATAAATCGAAAAAGGATTCATTATGGTTACACTTTACGGTATCAAAAA > NC_007779/2589830‑2589928 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 29 ≤ ATCG/ATCG < 34 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |