Predicted mutation
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RA	NC_007779	1,288,364	G→A	100%	A27T (GCG→ACG)	ychS →	hypothetical protein

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*	NC_007779	1,288,364	0	G→A	100.0%	55.1	21	A27T (GCG→ACG)	ychS	hypothetical protein
Reads supporting (aligned to +/- strand):  new base (10/10):  ref base (1/0):  total (11/10)

TTTGATTATTTAAGGAAGCGATGGTGGTGGGGGAAGGATTACTCAGCGCTGCGCGCTTCGCCCTTCGGGTCGTTGCCTGCGGCAACGCTCTCTCGCTGGCGCTCAAGTCGAAC  >  NC_007779/1288266‑1288378                                                                                                   |               tttGATTATTTAAGGAAGCGATGGTGGTGGGGGAAGGATTACTCAGCGCTGCGCGCTTCGCCCTTCGGGTCGTTGCCTGCGGCAACGCTCTCTCGCTGacg              <  1:2718911/101‑1 (MQ=255) tttGATTATTTAAGGAAGCGATGGTGGTGGGGGAAGGATTACTCAGCGCTGCGCGCTTCGCCCTTCGGGTCGTTGCCTGCGGCAACGCTCTCTCGCTGacg              >  1:9007683/1‑101 (MQ=255) tttGATTATTTAAGGAAGCGATGGTGGTGGGGGAAGGATTACTCAGCGCTGCGCGCTTCGCCCTTCGGGTCGTTGCCTGCGGCAACGCTCTCTCGCTGacg              <  1:3907945/101‑1 (MQ=255)  ttGATTATTTAAGGAAGCGATGGTGGTGGGGGAAGGATTACTCAGCGCTGCGCGCTTCGCCCTTCGGGTCGTTGACTGCGGCAACGCTCTCTCGCTGacgc             >  1:12909095/1‑101 (MQ=255)  ttGATTATTTAAGGAAGCGAGGGGGGTGGGGGAAGGATTACTCGGGGCTGCGCGCTTCGCCCTTCGGGTCGTTGCCTGCGGCACCGCTCTTTCGCTGacgc             >  1:3905615/1‑101 (MQ=14) 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                                                                                                  |               TTTGATTATTTAAGGAAGCGATGGTGGTGGGGGAAGGATTACTCAGCGCTGCGCGCTTCGCCCTTCGGGTCGTTGCCTGCGGCAACGCTCTCTCGCTGGCGCTCAAGTCGAAC  >  NC_007779/1288266‑1288378

Alignment Legend
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 20 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 33 ≤ ATCG/ATCG < 40 ≤ ATCG/ATCG
Unaligned base: atcg    Masked matching base: atcg    Alignment gap: ‑    Deleted base: ‑
Reads not counted as support for junction
read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint.
read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication.