| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | NC_007779 | 1221489 = | 4 (0.010) | 219 (0.740) | 113/176 | NT | 98.2% | intergenic (+711/+2393) | ymgF/ymgD | hypothetical protein/hypothetical protein |
| ? | NC_007779 | 1301041 = | NA (NA) | intergenic (+219/‑89) | ychE/insC | inner membrane protein/IS2 element protein | |||||
Only 100 of 526 total aligned reads displayed.
GTGTAACTGGATATATAAATAATGCCAGTGTGATGACTAGTGGTGATGGATCTTATGGTATTTCTGTTGATAGTCAAAACAAAGTATTATATATAAGCGATAGCGATATTAAGACCTCTGGAAGCGTATCTGACAAAGAAAATGGAGGGATAACAGCCAGCGCAGTAGTCAGTGAATTTGGTGGCACCATCTTTATGAATG > NC_007779/1221389‑1221589 | acatcaatcatctgttctccaatgactagtctaaaaactagtattaagactatcacttatttaagtgatattggttgtctggagattcagggggccagtct > 1:782738‑M1/101‑101 (MQ=255)acatcaatcatctgttctccaatgactagtctaaaaactagtattaagactatcacttatttaagtgatattggttgtctggagattcagggggccagtct < 1:10452334‑M1/1‑1 (MQ=255) gtAACTGGATATACAAATAATGCCAGTGTGATGACTAGTGGTGATGGATCTTATGGTATTTCTGTTGATAGTCAAAACAAAGTATTATATATAagcgatag < 1:10032490/101‑1 (MQ=255) tAACTGGATATATAAATAATGCCAGTGTGATGACTAGTGGTGATGGATCTTATGGTATTTCTGTTGATAGTCAAAACAAAGTATTATATATAagcgatagc < 1:12406798/101‑1 (MQ=255) tAACTGGATATATAAATAATGCCAGTGTGATGACTAGTGGTGATGGATCTTATGGTATTTCTGTTGATAGTCAAAACAAAGTATTATATATAagcgatagc > 1:2547414/1‑101 (MQ=255) tGGATATATAAATAATGCCAGTGTGATGACTAGTGGTGATGGATCTTATGGTATTTCTGTTGATAGTCAAAACAAAGTATTATATATAAGCGATAGCGATt < 1:7252664‑M1/101‑2 (MQ=255) tGGATATATAAATAATGCCAGTGTGATGACTAGTGGTGATGGATCTTATGGTATTTCTGTTGATAGTCAAAACAAAGTATTATATATAAGCGATAGCGATt < 1:12515649‑M1/101‑2 (MQ=255) atatatAAATAATGCCAGTGTGATGACTAGTGGTGATGGATCTTATGGTATTTCTGTTGATAGTCAAAACAAAGTATTATATATAAGCGATAGCGATtgga < 1:6903696‑M1/101‑5 (MQ=255) tatataAATAATGCCAGTGTGATGACTAGTGGTGATGGATCTTATGGTATTTCTGTTGATAGTCAAAACAAAGTATTATATATAAGCGATAGCGATtggat > 1:11969044‑M1/1‑96 (MQ=255) atataAATAATGCCAGTGTGATGACTAGTGGTGATGGATCTTATGGTATTTCTGTTGATAGTCAAAACAAAGTATTATATATAAGCGATAGCGATtggatt < 1:3681739‑M1/101‑7 (MQ=255) tataAATAATGCCAGTGTGATGACTAGTGGTGATGGATCTTATGGTATTTCTGTTGATAGTCAAAACAAAGTATTATATATAAGCGATAGCGATtggattt < 1:2484796‑M1/101‑8 (MQ=255) tataAATAATGCCAGTGTGATGACTAGTGGTGATGGATCTTATGGTATTTCTGTTGATAGTCAAAACAAAGTATTATATATAAGCGATAGCGATtggattt < 1:12213170‑M1/101‑8 (MQ=255) ccaatgactagtctaaaaactagtattaagactatcacttatttaagtgatattggttgtctggagattcagggggccagtcTAGCGATATTAAGACctct < 1:4715859‑M1/19‑1 (MQ=255) ataatGCCAGTGTGATGACTAGTGGTGATGGATCTTATGGTATTTCTGTTGATAGTCAAAACAAAGTATTATATATAAGCGATAGCGATtggatttgcccc < 1:6831386‑M1/101‑13 (MQ=255) taatGCCAGTGTGATGACTAGTGGTGATGGATCTTATGGTATTTCTGTTGATAGTCAAAACAAAGTATTATATATAAGCGATAGCGATtggatttgcccct < 1:9090012‑M1/101‑14 (MQ=255) aatgactagtctaaaaactagtattaagactatcacttatttaagtgatattggttgtctggagattcagggggccagtcTAGCGATATTAAGACCTCTgg > 1:14279647‑M1/81‑101 (MQ=255) aatGCCAGTGTGATGACTAGTGGTGATGGATCTTATGGTATTTCTGTTGATAGTCAAAACAAAGTATTATATATAAGCGATAGCGATtggatttgccccta < 1:9714245‑M1/101‑15 (MQ=255) atgactagtctaaaaactagtattaagactatcacttatttaagtgatattggttgtctggagattcagggggccagtcTAGCGATATTAAGACCTCTGGa > 1:14160458‑M1/80‑101 (MQ=255) tgactagtctaaaaactagtattaagactatcacttatttaagtgatattggttgtctggagattcagggggccagtcTAGCGATATTAGGACCTCTGGaa > 1:9888391‑M1/79‑101 (MQ=255) tgactagtctaaaaactagtattaagactatcacttatttaagtgatattggttgtctggagattcagggggccagtcTAGCGATATTAAGACCTCTGGaa < 1:10338843‑M1/23‑1 (MQ=255) tgactagtctaaaaactagtattaagactatcacttatttaagtgatattggttgtctggagattcagggggccagtcTAGCGATATTAAGACCTCTGGaa > 1:434954‑M1/79‑101 (MQ=255) gactagtctaaaaactagtattaagactatcacttatttaagtgatattggttgtctggagattcagggggccagtcTAGCGATATTAAGACCTCTGGAAg > 1:3110027‑M1/78‑101 (MQ=255) actagtctaaaaactagtattaagactatcacttatttaagtgatattggttgtctggagattcagggggccagtcTAGCGATATTAAGACCTCTGGAAGc > 1:14507202‑M1/77‑101 (MQ=255) ctagtctaaaaactagtattaagactatcacttatttaagtgatattggttgtctggagattcagggggccagtcTAGCGATATTAAGACCTCTGGAAGCg > 1:7076520‑M1/76‑101 (MQ=255) cAGTGTGATGACTAGTGGTGATGGATCTTATGGTATTTCTGTTGATAGTCAAAACAAAGTATTATATATAAGCGATAGCGATtggatttgcccctatattt > 1:3970123‑M1/1‑82 (MQ=255) aGTGTGATGACTAGTGGTGATGGATCTTATGGTATTTCTGTTGATAGTCAAAACAAAGTATTATATATAAGCGATAGCGATtggatttgcccctatatttc < 1:950783‑M1/101‑21 (MQ=255) gtgtGATGACTAGTGGTGATGGATCTTATGGTATTTCTGTTGATAGTCAAAACAAAGTATTATATATAAGCGATAGCGATtggatttgcccctatatttcc > 1:10914285‑M1/1‑80 (MQ=255) agtctaaaaactagtattaagactatcacttatttaagtgatattggttgtctggagattcagggggccagtcTAGCGATATTAAGACCTCTGGAAGCGTa < 1:13257883‑M1/28‑1 (MQ=255) gtctaaaaactagtattaagactatcacttatttaagtgatattggttgtctggagattcagggggccagtcTAGCGATATTAAGACCTCTGGAAGCGTAt > 1:4402709‑M1/73‑101 (MQ=255) tctaaaaactagtattaagactatcacttatttaagtgatattggttgtctggagattcagggggccagtcTAGCGATATTAAGACCTCTGGAAGCGTATc < 1:4560076‑M1/30‑1 (MQ=255) gtgATGACTAGTGGTGATGGATCTTATGGTATTTCTGTTGATAGTCAAAACAAAGTATTATATATAAGCGATAGCGATtggatttgcccctatatttccag > 1:5449114‑M1/1‑78 (MQ=255) taaaaactagtattaagactatcacttatttaagtgatattggttgtctggagattcagggggccagtcTAGCGATATTAAGACCTCTGGAAGCGTATCTg > 1:10731158‑M1/70‑101 (MQ=255) gaaaaactagtattaagactatcacttatttaagtgatattggttgtctggagattcagggggccagtcTAGCGATATTAAGGCCTCTGGAAGCGTATCTg > 1:647572‑M1/70‑101 (MQ=255) tgaCTAGTGGTGATGGATCTTATGGTATTTCTGTTGATAGTCAAAACAAAGTATTATATATAAGCGATAGCGATtggatttgcccctatatttccagaaat > 1:3215013‑M1/1‑74 (MQ=255) tgaCTAGTGGTGACGGATCTTATGGTATTTCTGTTGATAGTCAAAACAAAGTATTATATATAAGCGATAGCGATtggatttgcccctatatttccagacat > 1:12847437‑M1/1‑74 (MQ=255) aactagtattaagactatcacttatttaagtgatattggttgtctggagattcagggggccagtcTAGCGATATTAAGACCTCTGGAAGCGTATCTGACaa < 1:8266696‑M1/36‑1 (MQ=255) aactagtattaagactatcacttatttaagtgatattggttgtctggagattcagggggccagtcTAGCGATATTAAGACCTCTGGAAGCGTATCTGACaa > 1:2159588‑M1/66‑101 (MQ=255) aCTAGTGGTGATGGATCTTATGGTATTTCTGTTGATAGTCAAAACAAAGTATTATATATAAGCGATAGCGATtggatttgcccctatatttccagacatct < 1:232891‑M1/101‑30 (MQ=255) actagtattaagactatcacttatttaagtgatattggttgtctggagattcagggggccagtcTAGCGATATTAAGACCTCTGGAAGCGTATCTGACaaa > 1:1018443‑M1/65‑101 (MQ=255) aGTGGTGATGGATCTTATGGTATTTCTGTTGATAGTCAAAACAAAGTATTATATATAAGCGATAGCGATtggatttgcccctatatttccagacatctgtt > 1:4908073‑M1/1‑69 (MQ=255) aGTGGTGATGGATCTTATGGTATTTCTGTTGATAGTCAAAACAAAGTATTATATATAAGCGATAGCGATtggatttgcccctatatttccagacatctgtt > 1:6628626‑M1/1‑69 (MQ=255) gtggtgATGGATCTTATGGTATTTCTGTTGATAGTCAAAACAAAGTATTATATATAAGCGATAGCGATtggatttgcccctatatttccagacatctgtta > 1:11838151‑M1/1‑68 (MQ=255) tattaagactatcacttatttaagtgatattggttgtctggagattcagggggccagtcTAGCGATATTAAGACCTCTGGAAGCGTATCTGACAAAGaaaa < 1:5632698‑M1/42‑1 (MQ=255) ggtgATGGATCTTATGGTATTTCTGTTGATAGTCAAAACAAAGTATTATATATAAGCGATAGCGATtggatttgcccctatatttccagacatctgttatc < 1:14575964‑M1/101‑36 (MQ=255) ttaagactatcacttatttaagtgatattggttgtctggagattcagggggccagtcTAGCGATATTAAGACCTCTGGAAGCGTATCTGACAAAGAAAATg > 1:8013377‑M1/58‑101 (MQ=255) gATGGATCTTATGGTATTTCTGTTGATAGTCAAAACAAAGTATTATATATAAGCGATAGCGATtggatttgcccctatatttccagacatctgttatcact < 1:4198622‑M1/101‑39 (MQ=255) gATGGATCTTATGGTATTTCTGTTGATAGTCAAAACAAAGTATTATATATAAGCGATAGCGATtggatttgcccctatatttccagacatctgttatcact < 1:12583008‑M1/101‑39 (MQ=255) gactatcacttatttaagtgatattggttgtctggagattcagggggccagtcTAGCGATATTAAGACCTCTGGAAGCGTATCTGACAAAGAAAATGGAgg < 1:14067743‑M1/48‑1 (MQ=255) gATCTTATGGTATTTCTGTTGATAGTCAAAACAAAGTATTATATATAAGCGATAGCGATtggatttgcccctatatttccagacatctgttatcacttaac < 1:11016999‑M1/101‑43 (MQ=255) actatcacttatttaagtgatattggttgtctggagattcagggggccagtcTAGCGATATTAAGACCTCTGGAAGCGTATCTGACAAAGAAAATGGAggg < 1:6142530‑M1/49‑1 (MQ=255) actatcacttatttaagtgatattggttgtctggagattcagggggccagtcTAGCGATATTAAGACCTCTGGAAGCGTATCTGACAAAGAAAATGGAggg < 1:13560812‑M1/49‑1 (MQ=255) aTCTTATGGTATTTCTGTTGATAGTCAAAACAAAGTATTATATATAAGCGATAGCGATtggatttgcccctatatttccagacatctgttatcacttaacc < 1:2068507‑M1/101‑44 (MQ=255) tatcacttatttaagtgatattggttgtctggagattcagggggccagtcTAGCGATATTAAGACCTCTGGAAGCGTATCTGACAAAGAAAATGGAGGGAt > 1:14864436‑M1/51‑101 (MQ=255) tatcacttatttaagtgatattggttgtctggagattcagggggccagtcTAGCGATATTAAGACCTCTGGAAGCGTATCTGACAAAGAAAATGGAGGGAt < 1:1668567‑M1/51‑1 (MQ=255) cTTATGGTATTTCTGTTGATAGTCAAAACAAAGTATTATATATAAGCGATAGCGATtggatttgcccctatatttccagacatctgttatcacttaaccca < 1:13652723‑M1/101‑46 (MQ=255) tATGGTATTTCTGTTGATAGTCAAAACAAAGTATTATATATAAGCTATAGCGATttgatttgcccctatatttccagacatctgttatcacttaacccatt < 1:407291‑M1/101‑48 (MQ=255) aTGGTATTTCTGTTGATAGTCAAAACAAAGTATTATATATAAGCGATAGCGATtggatttgcccctatatttccagacatctgttatcacttaacccatta > 1:14397079‑M1/1‑53 (MQ=255) tGGTATTTCTGTTGATAGTCAAAACAAAGTATTATATATAAGCGATAGCGATtggatttgcccctatatttccagacatctgttatcacttaacccattac > 1:9268575‑M1/1‑52 (MQ=255) cttatttaagtgatattggttgtctggagattcagggggccagtcTAGCGATATTAAGACCTCTGGAAGCGTATCTGACAAAGAAAATGGAGGGATAAcag < 1:2805149‑M1/56‑1 (MQ=255) tATTTCTGTTGATAGTCAAAACAAAGTATTATATATAAGCGATAGCGATtggatttgcccctatatttccagacatctgttatcacttaacccattacaag > 1:1547828‑M1/1‑49 (MQ=255) atttaagtgatattggttgtctggagattcagggggccagtcTAGCGATATTAAGACCTCTGGAAGCGTATCTGACAAAGAAAATGGAGGGATAAcagcca < 1:15034944‑M1/59‑1 (MQ=255) tttCTGTTGATAGTCAAAACAAAGTATTATATATAAGCGATAGCGATtggatttgcccctatatttccagccatctgttatcacttaacccattacaagcc > 1:1389242‑M1/1‑47 (MQ=255) ttaagtgatattggttgtctggagattcagggggccagtcTAGCGATATTAAGACCTCTGGAAGCGTATCTGACAAAGAAAATGGAGGGATAAcagccagc > 1:9416544‑M1/41‑101 (MQ=255) ttCTGTTGATAGTCAAAACAAAGTATTATATATAAGCGATAGCGATtggatttgcccctatatttccagacatctgttatcacttaacccattacaagccc < 1:12289080‑M1/101‑56 (MQ=255) ttCTGTTGATAGTCAAAACAAAGTATTATATATAAGCGATAGCGATtggatttgaccctatatttccagacatctgttatcacttaacccattacaagccc > 1:13022124‑M1/1‑46 (MQ=255) agtgatattggttgtctggagattcagggggccagtcTAGCGATATTAAGACCTCTGGAAGCGTATCTGACAAAGAAAATGGAGGGATAACAGCCAGCGCa > 1:8763794‑M1/38‑101 (MQ=255) tGTTGATAGTCAAAACAAAGTATTATATATAAGCGATAGCGATtggatttgcccctatatttccagacatctgttatcacttaacccattacaagcccgct > 1:5282359‑M1/1‑43 (MQ=255) tGTTGATAGTCAAAACAAAGTATTATATATAAGCGATAGCGATtggatttgcccctatatttccagacatctgttatcacttaacccattacaagcccgct > 1:3406991‑M1/1‑43 (MQ=255) tGTTGATAGTCAAAACAAAGTATTATATATAAGCGATAGCGATtggatttgcccctatatttccagacatctgttatcacttaacccattacaagcccgct > 1:3846244‑M1/1‑43 (MQ=255) 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tatatataAGCGATAGCGATtggatttgcccctatatttccagacatctgttatcacttaacccattacaagcccgctgccgcagatattcccgtggcgag > 1:3601555‑M1/1‑20 (MQ=255) tatatataAGCGATAGCGATtggatttgcccctatatttccagacatctgttatcacttaacccattacaagcccgctgccgcagatattcccgtggcgag < 1:11672386‑M1/101‑82 (MQ=255) tatataAGCGATAGCGATtggatttgcccctatatttccagacatctgttatcacttaacccattacaagcccgctgccgcagatattcccgtggcgagcg < 1:6266649‑M1/101‑84 (MQ=255) gggggccagtcTAGCGATATTAAGACCTCTGGAAGCGTATCTGACAAAGAAAATGGAGGGATAACAGCCAGCGCAGTAGTCAGTGAATTTGGTGGCACCAt < 1:9530809‑M1/90‑1 (MQ=255) ggggccagtcTAGCGATATTAAGACCTCTGGAAGCGTATCTGACAAAGAAAATGGAGGGATAACAGCCAGCGCAGTAGTCAGTGAATTTGGTGGCACCATc > 1:11119335‑M1/11‑101 (MQ=255) taAGCGATAGCGATtggatttgcccctatatttccagacatctgttatcacttaacccattacaagcccgctgccgcagatattcccgtggcgagcgataa < 1:886789‑M1/101‑88 (MQ=255) taAGCGATAGCGATtggatttgcccctatatttccagacatctgttatcacttaacccattacaagcccgctgccgcagatattcccgtggcgagcgataa < 1:10615240‑M1/101‑88 (MQ=255) gccagtcTAGCGATATTAAGACCTCTGGAAGCGTATCTGACAAAGAAAATGGAGGGATAACAGCCAGCGCAGTAGTCAGTGAATTTGGTGGCACCATCttt > 1:5040048‑M1/8‑101 (MQ=255) agtcTAGCGATATTAAGACCTCTGGAAGCGTATCTGACAAAGAAAATGGAGGGATAACAGCCAGCGCAGTAGTCAGTGAATTTGGTGGCACCATCTTTATg > 1:7157218‑M1/5‑101 (MQ=255) tcTAGCGATATTAAGACCTCTGGAAGCGTATCTGACAAAGAAAATGGAGGGATAACAGCCAGCGCAGTAGTCAGTGAATTTGGTGGCACCATCTTTATGaa < 1:8528021‑M1/99‑1 (MQ=255) | GTGTAACTGGATATATAAATAATGCCAGTGTGATGACTAGTGGTGATGGATCTTATGGTATTTCTGTTGATAGTCAAAACAAAGTATTATATATAAGCGATAGCGATATTAAGACCTCTGGAAGCGTATCTGACAAAGAAAATGGAGGGATAACAGCCAGCGCAGTAGTCAGTGAATTTGGTGGCACCATCTTTATGAATG > NC_007779/1221389‑1221589 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 31 ≤ ATCG/ATCG < 35 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |