| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | NC_007779 | = 1221495 | 0 (0.000) | 226 (0.760) | 125/180 | NT | 100% | intergenic (+717/+2387) | ymgF/ymgD | hypothetical protein/hypothetical protein |
| ? | NC_007779 | = 1302369 | NA (NA) | intergenic (+11/‑527) | insD/oppA | IS2 element protein/oligopeptide transporter subunit | |||||
Only 100 of 482 total aligned reads displayed.
CTGGATATATAAATAATGCCAGTGTGATGACTAGTGGTGATGGATCTTATGGTATTTCTGTTGATAGTCAAAACAAAGTATTATATATAAGCGATAGCGATATTAAGACCTCTGGAAGCGTATCTGACAAAGAAAATGGAGGGATAACAGCCAGCGCAGTAGTCAGTGAATTTGGTGGCACCATCTTTATGAATGGTGATA > NC_007779/1221395‑1221595 | ggATATATAAATAATGCCAGTGTGATGACTAGTGGTGATGGATCTTATGGTATTTCTGTTGATAGTCAAAACAAAGTATTATATATAAGCGATAGCGATtg < 1:4599625‑M1/101‑3 (MQ=255) atataAATAATGCCAGTGTGATGACTAGTGGTGATGGATCTTATGGTATTTCTGTTGATAGTCAAAACAAAGTATTATATATAAGCGATAGCGATtggatt < 1:6685214‑M1/101‑7 (MQ=255) atataAATAATGCCAGTGTGATGACTAGTGGTGATGGATCTTATGGTATTTCTGTTGATAGTCAAAACAAAGTATTATATATAAGCGATAGCGATtggatt < 1:14746316‑M1/101‑7 (MQ=255) atataAATAATGCCAGTGTGATGACTAGTGGTGATGGATCTTATGGTATTTCTGTTGATAGTCAAAACAAAGTATTATATATAAGCGATAGCGATtggatt > 1:4010413‑M1/1‑95 (MQ=255) tataAATAATGCCAGTGTGATGACTAGTGGTGATGGATCTTATGGTATTTCTGTTGATAGTCAAAACAAAGTATTATATATAAGCGATAGCGATtggattt < 1:4657022‑M1/101‑8 (MQ=255) ataaataaTGCCAGTGTGATGACTAGTGGTGATGGATCTTATGGTATTTCTGTTGATAGTCAAAACAAAGTATTATATATAAGCGATAGCGATtggatttg > 1:4392548‑M1/1‑93 (MQ=255) tctccaatgactagtctaaaaactagtattaagactatcacttatttaagtgatattggttgtctggagattcagggggccagtcTAGCGATATTAAGAcc < 1:175526‑M1/16‑1 (MQ=255) tccaatgactagtctaaaaactagtattaagactatcacttatttaagtgatattggttgtctggagattcagggggccagtcTAGCGATATTAAGACctc < 1:1526483‑M1/18‑1 (MQ=255) tccaatgactagtctaaaaactagtattaagactatcacttatttaagtgatattggttgtctggagattcagggggccagtcTAGCGATATTAAGACctc < 1:15149974‑M1/18‑1 (MQ=255) ataatGCCAGTGTGATGACTAGTGGTGATGGATCTTATGGTATTTCTGTTGATAGTCAAAACAAAGTATTATATATAAGCGATAGCGATtggatttgcccc < 1:1284874‑M1/101‑13 (MQ=255) taatGCCAGTGTGATGACTAGTGGTGATGGATCTTATGGTATTTCTGTTGATAGTCAAAACAAAGTATTATATATAAGCGATAGCGATtggatttgcccct < 1:7388705‑M1/101‑14 (MQ=255) caatgactagtctaaaaactagtattaagactatcacttatttaagtgatattggttgtctggagattcagggggccagtcTAGCGATATTAAGACCTCTg > 1:2819896‑M1/82‑101 (MQ=255) aatgactagtctaaaaactagtattaatactatcacttatttaagtgatattggttgtctggagattcagggggccagtcTAGCGATATTAAGACCTCTgg > 1:7688815‑M1/81‑101 (MQ=255) aatgactagtctaaaaactagtattaagactatcacttatttaagtgatattggttgtctggagattcagggggccagtcTAGCGATATTAAGACCTCTgg < 1:6082372‑M1/21‑1 (MQ=255) atGCCAGTGTGATGACTAGTGGTGATGGATCTTATGGTATTTCTGTTGATAGTCAAAACAAAGTATTATATATAAGCGATAGCGATtggatttgcccctat > 1:3244954‑M1/1‑86 (MQ=255) tGCCAGTGTGATGACTAGTGGTGATGGATCTTATGGTATTTCTGTTGATAGTCACAACAAAGTATTATATATAAGCGATAGCGATtggatttgcccctata < 1:14537194‑M1/101‑17 (MQ=255) actagtctaaaaactagtattaagactatcacttatttaagtgatattggttgtctggagattcagggggccagtcTAGCGATATTAAGACCTCTGGAAGc > 1:6268491‑M1/77‑101 (MQ=255) aGTGTGATGACTAGTGGTGATGGATCTTATGGTATTTCTGTTGATAGTCAAAACAAAGTATTATATATAAGCGATAGCGATtggatttgcccctatatttc > 1:5575621‑M1/1‑81 (MQ=255) aGTGTGATGACTAGTGGTGATGGATCTTATGGTATTTCTGTTGATAGTCAAAACAAAGTATTATATATAAGCGATAGCGATtggatttgcccctatatttc < 1:14462295‑M1/101‑21 (MQ=255) aGTGTGATGACTAGTGGTGATGGATCTTATGGTATTTCTGTTGATAGTCAAAACAAAGTATTATATATAAGCGATAGCGATtggatttgcccctatatttc > 1:13040451‑M1/1‑81 (MQ=255) gtgtGATGACTAGTGGTGATGGATCTTATGGTATTTCTGTTGATAGTCAAAACAAAGTATTATATATAAGCGATAGCGATtggatttgcccctatatttcc < 1:9395672‑M1/101‑22 (MQ=255) agtctaaaaactagtattaagactatcacttatttaagtgatattggttgtctggagattcagggggccagtcTAGCGATATTAAGACCTCTGGAAGCGTa < 1:14995464‑M1/28‑1 (MQ=255) gtgATGACTAGTGGTGATGGATCTTATGGTATTTCTGTTGATAGTCAAAACAAAGTATTATATATAAGCGATAGCGATtggatttgcccctatatttccag < 1:9025294‑M1/101‑24 (MQ=255) tgatgaCTAGTGGTGATGGATCTTATGGTATTTCTGTTGATAGTCAAAACAAAGTATTATATATAAGCGATAGCGATtggatttgcccctatatttccaga < 1:4094549‑M1/101‑25 (MQ=255) ctaaaaactagtattaagactatcacttatttaagtgatattggttgtctggagattcagggggccagtcTAGCGATATTAAGACCTCTGGAAGCGTATCt < 1:10960251‑M1/31‑1 (MQ=255) ctaaaaactagtattaagactatcacttatttaagtgatattggttgtctggagattcagggggccagtcTAGCGATATTAAGACCTCTGGAAGCGTATCt > 1:12650847‑M1/71‑101 (MQ=255) taaaaactagtattaagactatcacttatttaagtgatattggttgtctggagattcagggggccagtcTAGCGATATTAAGACCTCTGGAAGCGTATCTg < 1:2710590‑M1/32‑1 (MQ=255) gatgaCTAGTGGTGATGGATCTTATGGTATTTCTGTTGATAGTCAAAACAAAGTATTATATATAAGCGATAGCGATtggatttgcccctatatttccagac < 1:1923789‑M1/101‑26 (MQ=255) aaaaactagtattaagactatcacttatttaagtgatattggttgtctggagattcagggggccagtcTAGCGATATTAAGACCTCTGGAAGCGTATCTGa < 1:14251545‑M1/33‑1 (MQ=255) aactagtattaagactatcacttatttaagtgatattggttgtctggagattcagggggccagtcTAGCGATATTAAGACCTCTGGAAGCGTATCTGACaa < 1:3837517‑M1/36‑1 (MQ=255) actagtattaagactatcacttatttaagtgatattggttgtctggagattcagggggccagtcTAGCGATATTAAGACCTCTGGAAGCGTATCTGACaaa > 1:9193287‑M1/65‑101 (MQ=255) tagtattaagactatcacttatttaagtgatattggttgtctggagattcagggggccagtcTAGCGATATTAAGACCTCTGGAAGCGTATCTGACAAAGa < 1:2460139‑M1/39‑1 (MQ=255) gtggtgATGGATCTTATGGTATTTCTGTTGATATTCAAAACAAAGTATTATATATAAGCGATAGCGATtggatttgcccctatatttctagacatctgtta > 1:7305896‑M1/1‑68 (MQ=255) gtgATGGATCTTATGGTATTTCTGTTGATAGTCAAAACAAAGTATTATATATAAGCGATAGCGATtggatttgcccctatatttccagacatctgttatca < 1:11528569‑M1/101‑37 (MQ=255) taagactatcacttatttaagtgatattggttgtctggagattcagggggccagtcTAGCGATATTAAGACCTCTGGAAGCGTATCTGACAAAGAAAATgg < 1:9532610‑M1/45‑1 (MQ=255) aagactatcacttatttaagggatattggttgtctggagattcagggggccagtcTAGCGATATTAAGACCTCTGGATGCGTATCTGACAAAGAAAATGGa < 1:14819877‑M1/46‑1 (MQ=255) aTGGATCTTATGGTATTTCTGTTGATAGTCAAAACAAAGTATTATATATAAGCGATAGCGATtggatttgcccctatatttccagacatctgttatcactt < 1:11355048‑M1/101‑40 (MQ=255) gATCTTATGGTATTTCTGTTGATAGTCAAAACAAAGTATTATATATAAGCGATAGCGATtggatttgcccctatatttccagacatctgttatcacttaac > 1:13250245‑M1/1‑59 (MQ=255) tCTTATGGTATTTCTGTTGATAGTCAAAACAAAGTATTATATATAAGCGATAGCGATtggatttgcccctatatttccagacatctgttatcacttaaccc < 1:4278180‑M1/101‑45 (MQ=255) cacttatttaagtgatattggttgtctggagattcagggggcaagtcTAGCGATATTAAGACCTCTGGAAGCGTATCTGACAAAGAAAATGGAGGGATAAc < 1:12121169‑M1/54‑1 (MQ=255) acttatttaagtgatattggttgtctggagattcagggggccagtcTAGCGATATTAAGACCTCTGGAAGCGTATCTGACAAAGAAAATGGAGGGATAAca > 1:10646238‑M1/47‑101 (MQ=255) cttatttaagtgatattggttgtctggagattcagggggccagtcTAGCGATATTAAGACCTCTGGAAGCGTATCTGACAAAGAAAATGGAGGGATAAcag > 1:869217‑M1/46‑101 (MQ=255) attatttaagtgatattggttgtctggagattcagggggccagtcTAGCGATATTAAGACCTCTGGAAGCGTATCTGACAAAGAAAATGGAGGGATAAcag < 1:10092228‑M1/56‑1 (MQ=255) ttatttaagtgatattggttgtctggagattcagggggccagtcTAGCGATATTAAGACCTCTGGAAGCGTATCTGACAAAGAAAATGGAGGGATAAcagc < 1:5741655‑M1/57‑1 (MQ=255) ggTATTTCTGTTGATAGTCAAAACAAAGTATTATATATAAGCGATAGCGATtggatttgcccctatatttccagacatctgttatcacttaacccattaca < 1:6608894‑M1/101‑51 (MQ=255) ggTATTTCTGTTGATAGTCAAAACAAAGTATTATATATAAGCGATAGCGATtggatttgcccctatatttccagacatctgttatcacttaacccattaca < 1:3446078‑M1/101‑51 (MQ=255) gTATTTCTGTTGATAGTCAAAACAAAGTATTATATATAAGCGATAGCGATtggatttgcccctatatttccagacatctgttatcacttaacccattacaa > 1:13339642‑M1/1‑50 (MQ=255) tATTTCTGTTGATAGTCAAAACAAAGTATTATATATAAGCGATAGCGATtggatttgcccctatatttccagacatctgttatcacttaacccattacaag > 1:6809966‑M1/1‑49 (MQ=255) tATTTCTGTTGATAGTCAAAACAAAGTATTATATATAAGCGATAGCGATtggatttgcccctatatttccagacatctgttatcacttaacccattacaag > 1:12960910‑M1/1‑49 (MQ=255) tttCTGTTGATAGTCAAAACAAAGTATTATATATAAGCGATAGCGATtggatttgcccctatatttccagacatctgttatcacttaacccattacaagcc < 1:13601959‑M1/101‑55 (MQ=255) ttCTGTTGATAGTCAAAACAAAGTATTATATATAAGCGATAGCGATtggatttgcccctatatttccagacatctgttatcacttaacccattacaagccc > 1:3151913‑M1/1‑46 (MQ=255) tCTGTTGATAGTCAAAACAAAGTATTATATATAAGCGATAGCGATtggatttgcccctatatttccagacatctgttatcacttaacccattacaagcccg < 1:7088211‑M1/101‑57 (MQ=255) tCTGTTGATAGTCAAAACAAAGTATTATATATAAGCGATAGCGATtggatttgcccctatatttccagacatctgttatcacttaacccattacaagcccg < 1:11721702‑M1/101‑57 (MQ=255) aagtgatattggttgtctggagattcagggggccagtcTAGCGATATTAAGACCTCTGGAAGCGTATCTGACAAAGAAAATGGAGGGATAACAGCCAgcgc < 1:9129768‑M1/63‑1 (MQ=255) aagtgatattggttgtctggagattcagggggccagtcTAGCGATATTAAGACCTCTGGAAGCGTATCTGACAAAGAAAATGGAGGGATAACAGCCAgcgc < 1:4519569‑M1/63‑1 (MQ=255) 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attcagggggccagtcTAGCGATATTAAGACCTCTGGAAGCGTATCTGACAAAGAAAATGGAGGGATAACAGCCAGCGCAGTAGTCAGTGAATTTGGTGGc < 1:5042339‑M1/85‑1 (MQ=255) cagggggccagtcTAGCGATATTAAGACCTCTGGAAGCGTATCTGACAAAGAAAATGGAGGGATAACAGCCAGCGCAGTAGTCAGTGAATTTGGTGGCAcc < 1:7943239‑M1/88‑1 (MQ=255) atatataAGCGATAGCGATtggatttgcccctatatttccagacatctgttatcacttaacccattacaagcccgctgccgcagatattcccgtggcgagc < 1:4725771‑M1/101‑83 (MQ=255) atatataAGCGATAGCGATtggatttgcccctatatttccagacatctgttatcacttaacccattacaagcccgctgccgcagatattcccgtggcgagc > 1:305319‑M1/1‑19 (MQ=255) atatataAGCGATAGCGATtggatttgcccctatatttccagacatctgttatcacttaacccattacaagcccgctgccgcagatattcccgtggcgagc < 1:1643186‑M1/101‑83 (MQ=255) tatataAGCGATAGCGATtggatttgcccctatatttccagacatctgttatcacttaacccattacaagcccgctgccgcagatattcccgtggcgagcg > 1:7853240‑M1/1‑18 (MQ=255) tatataAGCGATAGCGATtggatttgcccctatatttccagacatctgttatcacttaacccattacaagcccgctgccgcagatattcccgtggcgagcg > 1:8082976‑M1/1‑18 (MQ=255) tatataAGCGATAGCGATtggatttgcccctatatttccagacatctgttatcacttaacccattacaagcccgctgccgcagatattcccgtggcgagcg > 1:4460948‑M1/1‑18 (MQ=255) tatataAGCGATAGCGATtggatttgcccctatatttccagacatctgttatcacttaacccattacaagcccgctgccgcagatattcccgtggcgagcg > 1:14667814‑M1/1‑18 (MQ=255) gggggccagtcTAGCGATATTAAGACCTCTGGAAGCGTATCTGACAAAGAAAATGGAGGGATAACAGCCAGCGCAGTAGTCAGTGAATTTGGTGGCACCAt < 1:4928360‑M1/90‑1 (MQ=255) ggggccagtcTAGCGATATTAAGACCTCTGGAAGCGTATCTGACAAAGAAAATGGAGGGATAACAGCCAGCGCAGTAGTCAGTGAATTTGGTGGCACCATc < 1:11821409‑M1/91‑1 (MQ=255) atataAGCGATAGCGATtggatttgcccctatatttccagacatctgttatcacttaacccattacaagcccgctgccgcagatattcccgtggcgagcga < 1:1051432‑M1/101‑85 (MQ=255) ataAGCGATAGCGATtggatttgcccctatatttccagacatctgttatcacttaacccattacaagcccgctgccgcagatattcccgtggcgagcgata > 1:9326399‑M1/1‑15 (MQ=255) ataAGCGATAGCGATtggatttgcccctatatttccagacatctgttatcacttaacccattacaagcccgctgccgcagatattcccgtggcgagcgata < 1:12297837‑M1/101‑87 (MQ=255) gccagtcTAGCGATATTAAGACCTCTGGAAGCGTATTTGACAAAGAAAATGGAGGGATAACAGCCAGCGCAGTAGTCAGTGAATTTGGTGGCACCATCttt < 1:6334378‑M1/94‑1 (MQ=255) tcTAGCGATATTAAGACCTCTGGAAGCGTATCTGACAAAGAAAATGGAGGGATAACAGCCAGCGCAGTAGTCAGTGAATTTGGTGGCACCATCTTTATGaa > 1:14147899‑M1/3‑101 (MQ=255) atatTAAGACCTCTGGAAGCGTATCTGACAAAGAAAATGGAGGGATAACAGCCAGCGCAGTAGTCAGTGAATTTGGTGGCACCATCTTTATGAATGGTGAt < 1:12526206/101‑1 (MQ=255) | CTGGATATATAAATAATGCCAGTGTGATGACTAGTGGTGATGGATCTTATGGTATTTCTGTTGATAGTCAAAACAAAGTATTATATATAAGCGATAGCGATATTAAGACCTCTGGAAGCGTATCTGACAAAGAAAATGGAGGGATAACAGCCAGCGCAGTAGTCAGTGAATTTGGTGGCACCATCTTTATGAATGGTGATA > NC_007779/1221395‑1221595 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 33 ≤ ATCG/ATCG < 35 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |