| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | NC_007779 | 3746911 = | NA (NA) | 266 (1.110) | 125/180 | NT | 100% | intergenic (‑509/‑68) | mdtL/insH | multidrug efflux system protein/IS5 element protein |
| ? | NC_007779 | = 3748646 | 0 (0.000) | intergenic (+687/+425) | insH/tnaA | IS5 element protein/tryptophanase/L‑cysteine desulfhydrase, PLP‑dependent | |||||
Only 100 of 301 total aligned reads displayed.
TGTCGGCGAAGGTAAGTTGATGACTCATGATGAACCCTGTTCTATGGCTCCAGATGACAAACATGATCTCATATCAGGGACTTGTTCGCACCTTCC‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ < NC_007779/3747006‑3746911‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑TTAGTGAAACGATATCAATGAATTTGGGTTATCACGCTAATCCACGTATTGTCGGGATCTGCACAGCCATTTTCGTTGCCAGCGTATTGTGGTTAAGTTC < NC_007779/3748646‑3748547 TGTCGGCGAAGGTAAGTTGATGACTCATGATGAACCCTGTTCTATGGCTCCAGATGACAAACATGATCTCATATCAGGGACTTGTTCGCACCTTCCTTAGT < 1:2618372/101‑1TGTCGGCGAAGGTAAGTTGATGACTCATGATGAACCCTGTTCTATGGCTCCAGATGACAAACATGATCTCATATCAGGGACTTGTTCGCACCTTCCTTAGT > 1:2991146/1‑101TGTCGGCGAAGGTAAGTTGATGACTCATGATGAACCCTGTTCTATGGCTCCAGATGACAAACATGATCTCATATCAGGGACTTGTTCGCACCTTCCTTAGT > 1:361434/1‑101TGTCGGCGAAGGTAAGTTGATGACTCATGATGAACCCTGTTCTATGGCTCCAGATGACAAACATGATCTCATATCAGGGACTTGTTCGCACCTTCCTTAGT < 1:1604684/101‑1TGTCGGCGAAGGTAAGTTGATGACTCATGATGAACCCTGTTCTATGGCTCCAGATGACAAACATGATCTCATATCAGGGACTTGTTCGCACCTTCCTTAGT > 1:4627944/1‑101 GTCGGCGAAGGTAAGTTGATGACTCATGATGAACCCTGTTCTATGGCTCCAGATGACAAACATGATCTCATATCAGGGACTTGTTCGCACCTTCCTTAGTG < 1:1300550/101‑1 GTCGGCGAAGGTAAGTTGATGACTCATGATGAACCCTGTTCTATGGCTCCAGATGACAAACATGATCTCATATCAGGGACTTGTTCGCACCTTCCTTAGTG > 1:6161096/1‑101 TCGGCGAAGGTAAGTTGATGACTCATGATGAACCCTGTTCTATGGCTCCAGATGACAAACATGATCTCATATCAGGGACTTGTTCGCACCTTCCTTAGTGA > 1:7000963/1‑101 TCGGCGAAGGTAAGTTGATGACTCATGATGAACCCTGTTCTATGGCTCCAGATGACAAACATGATCTCATATCAGGGACTTGTTCGCACCTTCCTTAGTGA < 1:5295383/101‑1 TCGGCGAAGGTAAGTTGATGACTCATGATGAACCCTGTTCTATGGCTCCAGATGACAAACATGATCTCATATCAGGGACTTGTTCGCACCTTCCTTAGTGA < 1:570588/101‑1 CGGCGAAGGTAAGTTGATGACTCATGATGAACCCTGTTCTATGGCTCCAGATGACAAACATGATCTCATATCAGGGACTTGTTCGCACCTTCCTTAGTGta > 1:8729747/1‑99 GGCGAAGGTAAGTTGATGACTCATGATGAACCCTGTTCTATGGCTCCAGATGACAAACATGATCTCATATCAGGGACTTGTTCGCACCTTCCTTAGTGAAA > 1:4214775/1‑101 GCGAAGGTAAGTTGATGACTCATGATGAACCCTGTTCTATGGCTCCAGATGACAAACATGATCTCATATCAGGGACTTGTTCGCACCTTCCTTAGTGAAAC > 1:5452403/1‑101 CGAAGGTAAGTTGATGACTCATGATGAACCCTGTTCTATGGCTCCAGATGACAAACATGATCTCATATCAGGGACTTGTTCGCACCTTCCTTAGTGAAACG > 1:1974199/1‑101 CGAAGGTAAGTTGATGACTCATGATGAACCCTGTTCTATGGCTCCAGATGACAAACATGATCTCATATCAGGGACTTGTTCGCACCTTCCTTAGTGAAACG > 1:7172214/1‑101 CGAAGGTAAGTTGATGACTCATGATGAACCCTGTTCTATGGCTCCAGATGACAAACATGATCTCATATCAGGGACTTGTTCGCACCTTCCTTAGTGAAACG < 1:4488368/101‑1 AAGGTAAGTTGATGACTCATGATGAACCCTGTTCTATGGCTCCAGATGACAAACATGATCTCATATCAGGGACTTGTTCGCACCTTCCTTAGTGAAACGAT > 1:5511996/1‑101 GTAAGTTGATGACTCATGATGAACCCTGTTCTATGGCTCCAGATGACAAACATGATCTCATATCAGGGACTTGTTCGCACCTTCCTTAGTGAAACGATATC > 1:2707815/1‑101 GTAAGTTGATGACTCATGATGAACCCTGTTCTATGGCTCCAGATGACAAACATGATCTCATATCAGGGACTTGTTCGCACCTTCCTTAGTGAAACGATATC < 1:4098969/101‑1 TAAGTTGATGACTCATGATGAACCCTGTTCTATGGCTCCAGATGACAAACATGATCTCATATCAGGGACTTGTTCGCACCTTCCTTAGTGAAACGATATCA < 1:6722147/101‑1 TAAGTTGATGACTCATGATGAACCCTGTTCTATGGCTCCAGATGACAAACATGATCTCATATCAGGGACTTGTTCGCACCTTCCTTAGTGAAACGATATCA > 1:10644842/1‑101 TAAGTTGATGACTCATGATGAACCCTGTTCTATGGCTCCAGATGACAAACATGATCTCATATCAGGGACTTGTTCGCACCTTCCTTAGTGAAACGATATCA > 1:6584047/1‑101 TGATGACTCATGATGAACCCTGTTCTATGGCTCCAGATGACAAACATGATCTCATATCAGGGACTTGTTCGCACCTTCCTTAGTGAAACGATATCAATGAA > 1:4432901/1‑101 GATGACTCATGATGAACCCTGTTCTATGGCTCCAGATGACAAACATGATCTCATATCAGGGACTTGTTCGCACCTTCCTTAGTGAAACGATATCAATGAAT > 1:1022205/1‑101 ATGACTCATGATGAACCCTGTTCTATGGCTCCAGATGACAAACATGATCTCATATCAGGGACTTGTTCGCACCTTCCTTAGTGAAACGATATCAATGAATT < 1:5104063/101‑1 TGACTCATGATGAACCCTGTTCTATGGCTCCAGATGACAAACATGATCTCATATCAGGGACTTGTTCGCACCTTCCTTAGTGAAACGATATCAATGAATTT < 1:6884842/101‑1 TGACTCATGATGAACCCTGTTCTATGGCTCCAGATGACAAACATGATCTCATATCAGGGACTTGTTCGCACCTTCCTTAGTGAAACGATATCAATGAATTT < 1:338270/101‑1 TGACTCATGATGAACCCTGTTCTATGGCTCCAGATGACAAACATGATCTCATATCAGGGACTTGTTCGCACCTTCCTTAGTGAAACGATATCAATGAATTT < 1:10880835/101‑1 TGACTCATGATGAACCCTGCTCTATGGCTCCAGATGACAAACATGATCTCATATCAGGGACTTGTTCGCACCTTCCTTAGTGAAACGATATCAATGAATTT < 1:7814440/101‑1 GACTCATGATGAACCCTGTTCTATGGCTCCAGATGACAAACATGATCTCATATCAGGGACTTGTTCGCACCTTCCTTAGTGAAACGATATCAATGAATTTG > 1:5638631/1‑101 ACTCATGATGAACCCTGTTCTATGGCTCCAGATGACAAACATGATCTCATATCAGGGACTTGTTCGCACCTTCCTTAGTGAAACGATATCAATGAATTTGG > 1:6687551/1‑101 ACTCATGATGAACCCTGTTCTATGGCTCCAGATGACAAACATGATCTCATATCAGGGACTTGTTCGCACCTTCCTTAGTGAAACGATATCAATGAATTTGG > 1:11926206/1‑101 ACTCATGATGAACCCTGTTCTATGGCTCCAGATGACAAACATGATCTCATATCAGGGACTTGTTCGCACCTTCCTTAGTGAAACGATATCAATGAATTTGG > 1:10021375/1‑101 CTCATGATGAACCCTGTTCTATGGCTCCAGATGACAAACATGATCTCATATCAGGGACTTGTTCGCACCTTCCTTAGTGAAACGATATCAATGAATTTGGG > 1:8573355/1‑101 ATGATGAACCCTGTTCTATGGCTCCAGATGACAAACATGATCTCATGTCAGGGACTTGTTCGCACCTTCCTTAGTGAAACGATATCAATGAATTTGGGTTA > 1:9478483/1‑101 ATGATGAACCCTGTTCTATGGCTCCAGATGACAAACATGATCTCATATCAGGGACTTGTTCGCACCTTCCTTAGTGAAACGATATCAATGAATTTGGGTTA > 1:11957974/1‑101 GATGAACCCTGTTCTATGGCTCCAGATGGCAAACATGATCTCATATCAGGGACTTGTTAGCACCTTCCTTAGTGAAACGATATCAATGAATTTGGGTTATC > 1:7519879/1‑101 GATGAACCCTGTTCTATGGCTCCAGATGACAAACATGATCTCATATCAGGGACTTGTTCGCACCTTCCTTAGTGAAACGATATCAATGAATTTGGGTTATC < 1:2424010/101‑1 TGAACCCTGTTCTATGGCTCCAGATGACAAACATGATCTCATATCAGGGACTTGTTCGCACCTTCCTTAGTGAAACGATATCAATGAATTTGGGTTATCAC > 1:967359/1‑101 TGAACCCTGTTCTATGGCTCCAGATGACAAACATGATCTCATATCAGGGACTTGTTCGCACCTTCCTTAGTGAAACGATATCAATGAATTTGGGTTATCAC < 1:10392150/101‑1 AACCCTGTTCTATGGCTCCAGATGACAAACATGATCTCATATCAGGGACTTGTTCGCACCTTCCTTAGTGAAACGATATCAATGAATTTGGGTTATCACGC < 1:2492845/101‑1 AACCCTGTTCTATGGCTCCAGATGACAAACATGATCTCATATCAGGGACTTGTTCGCACCTTCCTTAGTGAAACGATATCAATGAATTTGGGTTATCACGC > 1:2851101/1‑101 AACCCTGTTCTATGGCTCCAGATGACAAACATGATCTCATATCAGGGACTTGTTCGCACCTTCCTTAGTGAAACGATATCAATGAATTTGGGTTATCACGC > 1:1114669/1‑101 AACCCTGTTCTATGGCTCCAGATGACAAACATGATCTCATATCAGGGACTTGTTCGCACCTTCCTTAGTGAAACGATATCAATGAATTTGGGTTATCACGC > 1:10136252/1‑101 ACCCTGTTCTATGGCTCCAGATGACAAACATGATCTCATATCAGGGACTTGTTCGCACCTTCCTTAGTGAAACGATATCAATGAATTTGGGTTATCACGCT < 1:3250416/101‑1 CCTGTTCTATGGCTCCAGATGACAAACATGATCTCATATCAGGGACTTGTTCGCACCTTCCTTAGTGAAACGATATCAATGAATTTGGGTTATCACGCTAA > 1:2936664/1‑101 CTGTTCTATGGCTCCAGATGACAAACATGATCTCATATCAGGGACTTGTTCGCACCTTCCTTAGTGAAACGATATCAATGAATTTGGGTTATCACGCTAAT < 1:8077029/101‑1 GTTCTATGGCTCCAGATGACAAACATGATCTCATATCAGGGACTTGTTCGCACCTTCCTTAGTGAAACGATATCAATGAATTTGGGTTATCACGCTAATCC < 1:8209571/101‑1 GTTCTATGGCTCCAGATGACAAACATGATCTCATATCAGGGACTTGTTCGCACCTTCCTTAGTGAAACGATATCAATGAATTTGGGTTATCACGCTAATCC < 1:1342984/101‑1 TCTATGGCTCCAGATGACAAACATGATCTCATATCAGGGACTTGTTCGCACCTTCCTTAGTGAAACGATATCAATGAATTTGGGTTATCACGCTAATCCAC < 1:1499900/101‑1 CTATGGCTCCAGATGACAAACATGATCTCATATCAGGGACTTGTTCGCACCTTCCTTAGTGAAACGATATCAATGAATTTGGGTTATCACGCTAATCCACG > 1:8378402/1‑101 CTATGGCTCCAGATGACAAACATGATCTCATATCAGGGACTTGTTCGCACCTTCCTTAGTGAAACGATATCAATGAATTTGGGTTATCACGCTAATCCACG > 1:9592887/1‑101 GGCTCCAGATGACAAACATGATCTCATATCAGGGACTTGTTCGCACCTTCCTTAGTGAAACGATATCAATGAATTTGGGTTATCACGCTAATCCACGTATT > 1:2368782/1‑101 GGCTCCAGATGACAAACATGATCTCATATCAGGGACTTGTTCGCACCTTCCTTAGTGAAACGATATCAATGAATTTGGGTTATCACGCTAATCCACGTATT < 1:4771577/101‑1 GCTCCAGATGACAAACATGATCTCATATCAGGGACTTGTTCGCACCTTCCTTAGTGAAACGATATCAATGAATTTGGGTTATCACGCTAATCCACGTATTG > 1:8898391/1‑101 CTCCAGATGACAAACATGATCTCATATCAGGGACTTGTTCGCACCTTCCTTAGTGAAACGATATCAATGAATTTGGGTTATCACGCTAATCCACGTATTGT > 1:5807016/1‑101 CTCCAGATGACAAACATGATCTCATATCAGGGACTTGTTCGCACCTTCCTTAGTGAAACGATATCAATGAATCTGGGTTATCACGCTAATCCACGTATTGT > 1:5591492/1‑101 CCAGATGACAAACATGATCTCATATCAGGGACTTGTTCGCACCTTCCTTAGTGAAACGATATCAATGAATTTGGGTTATCACGCTAATCCACGTATTGTCG < 1:11089150/101‑1 AGATGACAAACATGATCTCATATCAGGGACTTGTTCGCACCTTCCTTAGTGAAACGATATCAATGAATTTGGGTTATCACGCTAATCCACGTATTGTCGGG > 1:3099430/1‑101 AGATGACAAACATGATCTCATATCAGGGACTTGTTCGCACCTTCCTTAGTGAAACGATATCAATGAATTTGGGTTATCACGCTAATCCACGTATTGTCGGG > 1:775257/1‑101 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 26 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 35 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |