| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | NC_007779 | = 3186081 | NA (NA) | 274 (1.150) | 133/178 | NT | 98.6% | coding (26/2466 nt) | yqiG | outer membrane usher protein |
| ? | NC_007779 | 3512753 = | 4 (0.020) | coding (529/1026 nt) | cytR | DNA‑binding transcriptional dual regulator | |||||
Only 100 of 312 total aligned reads displayed.
AGTGCGCTGGGTTATCGCTCGCCACGGGAATATCTGCGGCAGCGGGCTTGTAAT‑GGGTTAAGTGATAACAGATGTCTGGAAATATAGGGGCAAATCCAGTTATC‑ATCATTGGTTGTGCGTCAGCTTATGCCGTTGAATTCAACAAAGATTTAATCGAAGCCGAAGATCGTGAAAACGTTAACCTTTCCCAATTTGAA > NC_007779/3185985‑3186181 | aGTGCGCTGGGTTATCGCTCGCCACGGGAATATCTGCGGCAGCGGGCTTGTAAT‑GGGTTAAGTGATAACAGATGTCTGGAAATATAGGGGCAAATCCAGtt > 1:7211397/1‑101 (MQ=31) gcgcTGGGTTATCGCTCGCCACGGGAATATCTGCGGCAGCGGGCTTGTAAT‑GGGTTAAGTGATAACAGATGTCTGGAAATATAGGGGCAAATCCAGTTatc < 1:8113670/101‑1 (MQ=33) gcTGGGTTATCGCTCGCCACGGGAATATCTGCGGCAGCGGGCTTGTAAT‑GGGTTAAGTGATAACAGATGTCTGGAAATATAGGGGCAAATCCAGTTatc‑at > 1:1890406/1‑101 (MQ=35) cTGGGTTATCGCTCGCCACGGGAATATCTGCGGCAGCGGGCTTGTAAT‑GGGTTAAGTGATAACAGATGTCTGGAAATATAGGGGCAAATCCAGTTatc‑atc < 1:9582948/101‑1 (MQ=37) tGGGTTATCGCTCGCCACGGGAATATCTGCGGCAGCGGGCTTGTAAT‑GGGTTAAGTGATAACAGATGTCTGGAAATATAGGGGCAAATCCAGTTAtc‑atca < 1:10001580/101‑1 (MQ=38) gggTTATCGCTCGCCACGGGAATATCTGCGGCAGCGGGCTTGTAAT‑GGGTTAAGTGATAACAGATGTCTGGAAATATAGGGGCAAATCCAGTTATc‑atcat > 1:9957018/1‑101 (MQ=39) gTTATCGCTCGCCACGGGAATATCTGCGGCAGCGGGCTTGTAAT‑GGGTTAAGTGATAACAGATGTCTGGAAATATAGGGGCAAATCCAGTTATC‑ATCATTg < 1:6961305/101‑1 (MQ=40) gTTATCGCTCGCCACGGGAATATCTGCGGCAGCGGGCTTGTAAT‑GGGTTAAGTGATAACAGATGTCTGGAAATATAGGGGCAAATCCAGTTATC‑ATCATTg < 1:7047596/101‑1 (MQ=40) gTTATCGCTCGCCACGGGAATATCTGCGGCAGCGGGCTTGTAAT‑GGGTTAAGTGATAACAGATGTCTGGAAATATAGGGGCAAATCCAGTTATC‑ATCATTg < 1:8386667/101‑1 (MQ=40) ttATCGCTCGCCACGGGAATATCTGCGGCAGCGGGCTTGTAAT‑GGGTTAAGTGATAACAGATGTCTGGAAATATAGGGGCAAATCCAGTTATC‑ATCATTgg > 1:6212757/1‑101 (MQ=255) tATCGCTCGCCACGGGAATATCTGCGGCAGCGGGCTTGTAAT‑GGGTTAAGTGATAACAGATGTCTGGAAATATAGGGGCAAATCCAGTTatc‑atcgcccca < 1:6706206/101‑7 (MQ=255) tATCGCTCGCCACGGGAATATCTGCGGCAGCGGGCTTGTAAT‑GGGTTAAGTGATAACAGATGTCTGGAAATATAGGGGCAAATCCAGTTATC‑ATCATTGGt > 1:2455822/1‑101 (MQ=255) tATCGCTCGCCACGGGAATATCTGCGGCAGCGGGCTTGTAAT‑GGGTTAAGTGATAACAGATGTCTGGAAATATAGGGGCAAATCCAGTTATC‑ATCATTGGt > 1:4618197/1‑101 (MQ=255) tcgctcgcCACGGGAATATCTGCGGCAGCGGGCTTGTAAT‑GGGTTAAGTGATAACAGATGTCTGGAAATATAGGGGCAAATCCAGTTATC‑ATCATTGGTtg < 1:7497347/101‑1 (MQ=255) tcgctcgcCACGGGAATATCTGCGGCAGCGGGCTTGTAAT‑GGGTTAAGTGATAACAGATGTCTGGAAATATAGGGGCAAATCCAGTTATC‑ATCATTGGTtg < 1:12154665/101‑1 (MQ=255) tcgctcgcCACGGGAAT‑TCTGCGGCAGCGGGCTTGGAATGGGGTTAAG‑GGTAAAAGGAGTCTGGGAATATAAGGGGAAAACCAGTTATCAATCTTTGGttt > 1:5886194/1‑100 (MQ=2) gctcgcCACGGGAATATCTGCGGCAGCGGGCTTGTAAT‑GGGTTAAGTGATAACAGATGTCTGGAAATATAGGGGCAAATCCAGTTATC‑ATCATTGGTtgtg > 1:9887344/1‑101 (MQ=255) gctcgcCACGGGAATATCTGCGGCAGCGGGCTTGTAAT‑GGGTTAAGTGATAACAGATGTCTGGAAATATAGGGGCAAATCCAGTTATC‑ATCATTGGTtgtg > 1:2607971/1‑101 (MQ=255) tcgcCACGGGAATATCTGCGGCAGCGGGCTTGTAAT‑GGGTTAAGTGATAACAGATGTCTGGAAATATAGGGGCAAATCCAGTTATC‑ATCATTGGTTGTGCg < 1:5582403/101‑1 (MQ=255) tcgcCACGGGAATATCTGCGGCAGCGGGCTTGTAAT‑GGGTTAAGTGATAACAGATGTCTGGAAATATAGGGGCAAATCCAGTTATC‑ATCATTGGTTGTGCg > 1:5238709/1‑101 (MQ=255) gcCACGGGAATATCTGCGGCAGCGGGCTTGTAAT‑GGGTTAAGTGATAACAGATGTCTGGAAATATAGGGGCAAATCCAGTTATC‑ATCATTGGTTGTGCGTc < 1:3934058/101‑1 (MQ=255) ccACGGGAATATCTGCGGCAGCGGGCTTGTAAT‑GGGTTAAGTGATAACAGATGTCTGGAAATATAGGGGCAAATCCAGTTATC‑ATCATTGGTTGTGCGTCa < 1:9042813/101‑1 (MQ=255) ccACGGGAATATCTGCGGCAGCGGGCTTGTAAT‑GGGTTAAGTGATAACAGATGTCTGGAAATATAGGGGCAAATCCAGTTATC‑ATCATTGGTTGTGCGTCa < 1:9176651/101‑1 (MQ=255) ccACGGGAATATCTGCGGCAGCGGGCTTGTAAT‑GGGTTAAGTGATAACAGATGTCTGGAAATATAGGGGCAAATCCAGTTATC‑ATCATTGGTTGTGCGTCa < 1:1360082/101‑1 (MQ=255) ccACGGGAATATCTGCGGCAGCGGGCTTGTAAT‑GGGTTAAGTGATAACAGATGTCTGGAAATATAGGGGCAAATCCAGTTATC‑ATCATTGGTTGTGCGTCa > 1:1647869/1‑101 (MQ=255) cACGGGAATATCTGCGGCAGCGGGCTTGTAAT‑GGGTTAAGTGATAACAGATGTCTGGAAATATAGGGGCAAATCCAGTTATC‑ATCATTGGTTGTGCGTCAg < 1:4760114/101‑1 (MQ=255) cACGGGAATATCTGCGGCAGCGGGCTTGTAAT‑GGGTTAAGTGATAACAGATGTCTGGAAATATAGGGGCAAATCCAGTTATC‑ATCATTGGTTGTGCGTCAg > 1:8503754/1‑101 (MQ=255) cACGGGAATATCTGCGGCAGCGGGCTTGTAAT‑GGGTTAAGTGATAACAGATGTCTGGAAATATAGGGGCAAATCCAGTTATC‑ATCATTGGTTGTGCGTCAg > 1:2196427/1‑101 (MQ=255) cACGGGAATATCTGCGGCAGCGGGCTTGTAAT‑GGGTTAAGTGATAACAGATGTCTGGAAATATAGGGGCAAATCCAGTTATC‑ATCATTGGTTGTGCGTCAg > 1:11915555/1‑101 (MQ=255) aCGGGAATATCTGCGGCAGCGGGCTTGTAAT‑GGGTTAAGTGATAACAGATGTCTGGAAATATAGGGGCAAATCCAGTTATC‑ATCATTGGTTGTGCGTCAGc < 1:6330610/101‑1 (MQ=255) ggAATATCTGCGGCAGCGGGCTTGTAAT‑GGGTTAAGTGATAACAGATGTCTGGAAATATAGGGGCAAATCCAGTTATC‑ATCATTGGTTGTGCGTCAGCTTa > 1:8528033/1‑101 (MQ=255) gAATATCTGCGGCAGCGGGCTTGTAAT‑GGGTTAAGTGATAACAGATGTCTGGAAATATAGGGGCAAATCCAGTTATC‑ATCATTGGTTGTGCGTCAGCTTAt < 1:4342904/101‑1 (MQ=255) tatCTGCGGCAGCGGGCTTGTAAT‑GGGTTAAGTGATAACAGATGTCTGGAAATATAGGGGCAAATCCAGTTATC‑ATCATTGGTTGTGCGTCAGCTTATGcc > 1:274793/1‑101 (MQ=255) tatCTGCGGCAGCGGGCTTGTAAT‑GGGTTAAGTGATAACAGATGTCTGGAAATATAGGGGCAAATCCAGTTATC‑ATCATTGGTTGTGCGTCAGCTTATGcc < 1:128198/101‑1 (MQ=255) tatCTGCGGCAGCGGGCTTGTAAT‑GGGTTAAGTGATAACAGATGTCTGGAAATATAGGGGCAAATCCAGTTATC‑ATCATTGGTTGTGCGTCAGCTTATGcc < 1:5684850/101‑1 (MQ=255) ttCTGCGGCAGCGGGCTTGTAAT‑GGGTTAAGTGATAACAGATGTCTGGAAATATAGGGGCAAATCCAGTTATC‑ATCATTGGTTGTGCGTCAGCTTATGCCg < 1:9253787/100‑1 (MQ=255) atCTGCGGCAGCGGGCTTGTAAT‑GGGTTAAGTGATAACAGATGTCTGGAAATATAGGGGCAAATCCAGTTATC‑ATCATTGGTTGTGCGTCAGCTTATGCCg > 1:7763571/1‑101 (MQ=255) tCTGCGGCAGCGGGCTTGTAAT‑GGGTTAAGTGATAACAGATGTCTGGAAATATAGGGGCAAATCCAGTTATC‑ATCATTGGTTGTGCGTCAGCTTATGCCGt < 1:3146276/101‑1 (MQ=255) cTGCGGCAGCGGGCTTGTAAT‑GGGTTAAGTGATAACAGATGTCTGGAAATATAGGGGCAAATCCAGTTATC‑ATCATTGGTTGTGCGTCAGCTTATGCCGtt < 1:7238361/101‑1 (MQ=255) cTGCGGCAGCGGGCTTGTAAT‑GGGTTAAGTGATAACAGATGTCTGGAAATATAGGGGCAAATCCAGTTATC‑ATCATTGGTTGTGCGTCAGCTTATGCCGtt < 1:8796019/101‑1 (MQ=255) tGCGGCAGCGGGCTTGTAAT‑GGGTTAAGTGATAACAGATGTCTGGAAATATAGGGGCAAATCCAGTTATC‑ATCATTGGTTGTGCGTCAGCTTATGCCGTTg < 1:5316305/101‑1 (MQ=255) gCGGCAGCGGGCTTGTAAT‑GGGTTAAGTGATAACAGATGTCTGGAAATATAGGGGCAAATCCAGTTATC‑ATCATTGGTTGTGCGTCAGCTTATGCCGTTGa < 1:11364265/101‑1 (MQ=255) cGGCAGCGGGCTTGTAAT‑GGGTTAAGTGATAACAGATGTCTGGAAATATAGGGGCAAATCCAGTTATC‑ATCATTGGTTGTGCGTCAGCTTATGCCGTTGaa > 1:3083561/1‑101 (MQ=255) cGGCAGCGGGCTTGTAAT‑GGGTTAAGTGATAACAGATGTCTGGAAATATAGGGGCAAATCCAGTTATC‑ATCATTGGTTGTGCGTCAGCTTATGCCGTTGaa > 1:6577798/1‑101 (MQ=255) aGCGGGCTTGTAAT‑GGGTTAAGTGATAACAGATGTCTGGAAATATAGGGGCAAATCCAGTTATC‑ATCATTGGTTGTGCGTCAGCTTATGCCGTTGAATTca > 1:3727947/1‑101 (MQ=255) aGCGGGCTTGTAAT‑GGGTTAAGTGATAACAGATGTCTGGAAATATAGGGGCAAATCCAGTTATC‑ATCATTGGTTGTGCGTCAGCTTATGCCGTTGAATTca > 1:8665449/1‑101 (MQ=255) aGCGGGCTTGTAAT‑GGGTTAAGTGATAACAGATGTCTGGAAATATAGGGGCAAATCCAGTTATC‑ATCATTGGTTGTGCGTCAGCTTATGCCGTTGAATTca > 1:6449868/1‑101 (MQ=255) gggCTTGTAAT‑GGGTTAAGTGATAACAGATGTCTGGAAATATAGGGGCAAATCCAGTTATC‑ATCATTGGTTGTGCGTCAGCTTATGCCGTTGAATTcaaca > 1:700034/1‑101 (MQ=255) gTAAT‑GGGTTAAGTGATAACAGATGTCTGGAAATATAGGGGCAAATCCAGTTATC‑ATCATTGGTTGTGCGTCAGCTTATGCCGTTGAATTCAACAAAGAtt < 1:8207444/101‑1 (MQ=255) gTAAT‑GGGTTAAGTGATAACAGATGTCTGGAAATATAGGGGCAAATCCAGTTATC‑ATCATTGGTTGTGCGTCAGCTTATGCCGTTGAATTCAACAAAGAtt > 1:3468571/1‑101 (MQ=255) gTAAT‑GGGTTAAGTGATAACAGATGTCTGGAAATATAGGGGCAAATCCAGTTATC‑ATCATTGGTTGTGCGTCAGCTTATGCCGTTGAATTCAACAAAGAtt > 1:10687656/1‑101 (MQ=255) t‑GGGTTAAGTGATAACAGATGTCTGGAAATATAGGGGCAAATCCAGTTATC‑ATCATTGGTTGTGCGTCAGCTTATGCCGTTGAATTCAACAAAGATTTAAt < 1:3983384/101‑1 (MQ=255) t‑GGGTTAAGTGATAACAGATGTCTGGAAATATAGGGGCAAATCCAGTTATC‑ATCATTGGTTGTGCGTCAGCTTATGCCGTTGAATTCAACAAAGATTTAAt > 1:1453135/1‑101 (MQ=255) t‑GGGTTAAGTGATAACAGATGTCTGGAAATATAGGGGCAAATCCAGTTATC‑ATCATTGGTTGTGCGTCAGCTTATGCCGTTGAATTCAACAAAGATTTAAt > 1:11796834/1‑101 (MQ=255) gggTTAAGTGATAACAGATGTCTGGAAATATAGGGGCAAATCCAGTTATC‑ATCATTGGTTGTGCGTCAGCTTATGCCGTTGAATTCAACAAAGATTTAATc < 1:7444127/101‑1 (MQ=255) ggTTAAGTGATAACAGATGTCTGGAAATATAGGGGCAAATCCAGTTATC‑ATCATTGGTTGTGCGTCAGCTTATGCCGTTGAATTCAACAAAGATTTAATCg < 1:6494120/101‑1 (MQ=255) gTTAAGTGATAACAGATGTCTGGAAATATAGGGGCAAATCCAGTTATC‑ATCATTGGTTGTGCGTCAGCTTATGCCGTTGAATTCAACAAAGATTTAATCGa > 1:3268702/1‑101 (MQ=255) gTTAAGTGATAACAGATGTCTGGAAATATAGGGGCAAATCCAGTTATC‑ATCATTGGTTGTGCGTCAGCTTATGCCGTTGAATTCAACAAAGATTTAATCGa > 1:10874721/1‑101 (MQ=255) ttAAGTGATAACAGATGTCTGGAAATATAGGGGCAAATCCAGTTATC‑ATCATTGGTTGTGCGTCAGCTTATGCCGTTGAATTCAACAAAGATTTAATCGaa < 1:451873/101‑1 (MQ=255) ttAAGTGATAACAGATGTCTGGAAATATAGGGGCAAATCCAGTTATC‑ATCATTGGTTGTGCGTCAGCTTATGCCGTTGAATTCAACAAAGATTTAATCGaa > 1:6642904/1‑101 (MQ=255) tAAGTGATAACAGATGTCTGGAAATATAGGGGCAAATCCAGTTATC‑ATCATTGGTTGTGCGTCAGCTTATGCCGTTGAATTCAACAAAGATTTAATCGAAg > 1:267417/1‑101 (MQ=255) tAAGTGATAACAGATGTCTGGAAATATAGGGGCAAATCCAGTTATC‑ATCATTGGTTGTGCGTCAGCTTATGCCGTTGAATTCAACAAAGATTTAATCGAAg < 1:2516860/101‑1 (MQ=255) aaGTGATAACAGATGTCTGGAAATATAGGGGCAAATCCAGTTATC‑ATCATGGGTTGTGCGTCAGCTTATGCCGTTGAATTCAACAAAGATTTAATCGAAGc > 1:7861680/1‑101 (MQ=255) aGTGATAACAGATGTCTGGAAATATAGGGGCAAATCCAGTTATC‑ATCATTGGTTCTGCGTCAGCTTATGCCGTTGAATTCAACAAAGATTTAATCGAAGcc < 1:11587540/101‑1 (MQ=255) aGTGATAACAGATATCTGGAAATATAGGGGCAAATCCAGTTATC‑ATCATTGGTTGTGCGTCAGCTTATGCCGTTGAATTCAACAAAGATTTAATCGAAGcc < 1:1025343/101‑1 (MQ=255) gTGATAACAGATGTCTGGAAATATAGGGGCAAATCCAGTTATC‑ATCATTGGTTGTGCGTCAGCTTATGCCGTTGAATTCAACAAAGATTTAATCGAAGCCg > 1:11825298/1‑101 (MQ=255) tGATAACAGATGTCTGGAAATATAGGGGCAAATCCAGTTATC‑ATCATTGGTTGTGCGTCAGCTTATGCCGTTGAATTCAACAAAGATTTAATCGAAGCCGa < 1:11696565/101‑1 (MQ=255) gATAACAGATGTCTGGAAATATAGGGGCAAATCCAGTTATC‑ATCATTGGTTGTGCGTCAGCTTATGCCGTTGAATTCAACAAAGATTTAATCGAAGCCGaa < 1:10820695/101‑1 (MQ=255) gATAACAGATGTCTGGAAATATAGGGGCAAATCCAGTTATC‑ATCATTGGTTGTGCGTCAGCTTATGCCGTTGAATTCAACAAAGATTTAATCGAAGCCGaa > 1:1553271/1‑101 (MQ=255) aTAACAGATGTCTGGAAATATAGGGGCAAATCCAGTTATC‑ATCATTGGTTGTGCGTCAGCTTATGCCGTTGAATTCAACAAAGATTTAATCGAAGCCGAAg < 1:9486252/101‑1 (MQ=255) aCAGATGTCTGGAAATATAGGGGCAAATCCAGTTATC‑ATCATTGGTTGTGCGTCAGCTTATGCCGTTGAATTCAACAAAGATTTAATCGAAGCCGAAGATc > 1:11989531/1‑101 (MQ=255) aCAGATGTCTGGAAATATAGGGGCAAATCCAGTTATC‑ATCATTGGTTGTGCGTCAGCTTATGCCGTTGAATTCAACAAAGATTTAATCGAAGCCGAAGATc < 1:4790274/101‑1 (MQ=255) aCAGATGTCTGGAAATATAGGGGCAAATCCAGTTATC‑ATCATTGGTTGTGCGTCAGCTTATGCCGTTGAATTCAACAAAGATTTAATCGAAGCCGAAGATc < 1:5066679/101‑1 (MQ=255) cAGATGTCTGGAAATATAGGGGCAAATCCAGTTATC‑ATCATTGGTTGTGCGTCAGCTTATGCCGTTGAATTCAACAAAGATTTAATCGAAGCCGAAGATCg < 1:7596852/101‑1 (MQ=255) aGATGTCTGGAAATATAGGGGCAAATCCAGTTATC‑ATCATTGGTTGTGCGTCAGCTTATGCCGTTGAATTCAACAAAGATTTAATCGAAGCCGAAGATCGt > 1:5943872/1‑101 (MQ=255) aGATGTCTGGAAATATAGGGGCAAATCCAGTTATC‑ATCATTGGTTGTGCGTCAGCTTATGCCGTTGAATTCAACAAAGATTTAATCGAAGCCGAAGATCGt > 1:7682591/1‑101 (MQ=255) 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tCCAGTTATC‑ATCATTGGTTGTGCGTCAGCTTATGCCGTTGAATTCAACAAAGATTTAATCGAAGCCGAAGATCGTGAAAACGTTAACCTTTCCCAATTTg < 1:7331114/101‑1 (MQ=255) ccAGTTATC‑ATCATTGGTTGTGCGTCAGCTTATGCCGTTGAATTCAACAAAGATTTAATCGAAGCCGAAGATCGTGAAAACGTTAACCTTTCCCAATTTGa > 1:3227224/1‑101 (MQ=255) ccAGTTATC‑ATCATTGGTTGTGCGTCAGCTTATGCCGTTGAATTCAACAAAGATTTAATCGAAGCCGAAGATCGTGAAAACGTTAACCTTTCCCAATTTGa > 1:8889178/1‑101 (MQ=255) | AGTGCGCTGGGTTATCGCTCGCCACGGGAATATCTGCGGCAGCGGGCTTGTAAT‑GGGTTAAGTGATAACAGATGTCTGGAAATATAGGGGCAAATCCAGTTATC‑ATCATTGGTTGTGCGTCAGCTTATGCCGTTGAATTCAACAAAGATTTAATCGAAGCCGAAGATCGTGAAAACGTTAACCTTTCCCAATTTGAA > NC_007779/3185985‑3186181 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 29 ≤ ATCG/ATCG < 33 ≤ ATCG/ATCG < 35 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |