| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | NC_007779 | 2320794 = | NA (NA) | 227 (0.950) | 115/180 | NT | 100% | intergenic (+633/+11) | rcsB/insD | DNA‑binding response regulator in two‑component regulatory system with RcsC and YojN/IS2 element protein |
| ? | NC_007779 | = 2589834 | 0 (0.000) | intergenic (+470/‑69) | acrD/yffB | aminoglycoside/multidrug efflux system/hypothetical protein | |||||
Only 100 of 573 total aligned reads displayed.
GATAACAAGATGAATATTCTTAATGTTTACGTTAAAAATGTTTAATATTATTTAATAGTTGTTAATTTGAATACTTCGATAATGTTATATTTCCTGATAATCATTTGCAGGCAAAATGTTTTCACCCTTAAATGAGTATTTATTCTCATAAATCGAAAAAGGATTCATTATGGTTACACTTTACGGTATCAAAAATTGTGA > NC_007779/2589734‑2589934 | atcatctgttctccaatgactagtctaaaaactagtattaagactatcacttatttaagtgatattggttgtctggagattcagggggccagtctaataat < 1:5636501‑M2/5‑1 (MQ=255) tAACAAGATGAATATTCTTAATGTTTACGTTAAAAATGTTTAATATTATTTAATAGTTGTTAATTTGAATACTTCGATAATGTTATATTTCCTGATAATtg < 1:9600455‑M2/101‑3 (MQ=255) catctgttctccaatgactagtctaaaaactagtattaagactatcacttatttaagtgatattggttgtctggagattcagggggccagtctaataattt > 1:5289268‑M2/95‑99 (MQ=255) catctgttctccaatgactagtctaaaaactagtattaagactatcacttatttaagtgatattggttgtctggagattcagggggccagtctaATAATCa > 1:2487914‑M2/95‑101 (MQ=255) aaCAAGATGAATATTCTTAATGTTTACGTTAAAAATGTTTAATATTATTTAATAGTTGTTAATTTGAATACTTCGATAATGTTATATTTCCTGATAATtgg < 1:7777524‑M2/101‑4 (MQ=255) aaCAAGATGAATATTCTTAATGTTTACGTTAAAAATGTTTAATATTATTTAATAGTTGTTAATTTGAATACTTCGATAATGTTATATTTCCTGATAATtgg < 1:3787619‑M2/101‑4 (MQ=255) tctgttctccaatgactagtctaaaaactagtattaagactatcacttatttaagtgatattggttgtctggagattcagggggccagtctaataatttac < 1:5060418‑M2/9‑5 (MQ=255) ctgttctccaatgactagtctaaaaactagtattaagactatcacttatttaagtgatattggttgtctggagattcagggggccagtctaATAATCAttt < 1:6891598‑M2/10‑1 (MQ=255) cAAGATGAATATTCTTAATGTTTACGTTAAAAATGTTTAATATTATTTAATAGTTGTTAATTTGAATACTTCGATAATGTTATATTTCCTGATAATtggat < 1:10513554‑M2/101‑6 (MQ=255) tgttctccaatgactagtctaaaaactagtattaagactatcacttatttaagtgatattggttgtctggagattcaggggggcagtctaataatttactg < 1:10860650‑M2/11‑7 (MQ=255) ttctccaatgactagtctaaaaactagtattaagactatcacttatttaagtgatattggttgtctggagattcagggggccagtctaataatttactgca > 1:10728078‑M2/89‑93 (MQ=255) ttctccaatgactagtctaaaaactagtattaagactatcacttatttaagtgatattggttgtctggagattcagggggccagtctaATAATCATTTGCa > 1:9895110‑M2/89‑101 (MQ=255) gATGAATATTCTTAATGTTTACGTTAAAAATGTTTAATATTATTTAATAGTTGTTAATTTGAATACTTCGATAATGTTATATTTCCTGATAATtggatttg > 1:7641359‑M2/1‑93 (MQ=255) tctccaatgactagtctaaaaactagtattaagactatcacttatttaagtgatattggttgtctggagattcagggggccagtctaataatttactgcat > 1:11548007‑M2/88‑92 (MQ=255) aTGAATATTCTTAATGTTTACGTTAAAAATGTTTAATATTATTTAATAGTTGTTAATTTGAATACTTCGATAATGTTATATTTCCTGATAATtggatttgc < 1:2930574‑M2/101‑10 (MQ=255) aTGAATATTCTTAAAATTTACGTTACAAATGTTTAATATTATTTAATAGTTGTTAATTTGAATACTTCGCTAATGTTATATTTCTTGTTAAtgggatttcc > 1:6679352/1‑92 (MQ=255) ctccaatgactagtctaaaaactagtattaagactatcacttatttaagtgatattggttgtctggagattcagggggccagtctaATAATCATTTGCAgg < 1:8488618‑M2/15‑1 (MQ=255) atgactagtctaaaaactagtattaagactatcacttatttaagtgatattggttgtctggagattcagggggccagtctaATAATCATTTGCAGGCaaaa < 1:5197163‑M2/20‑1 (MQ=255) atgactagtctaaaaactagcattaagactatcacttatttaagtgatattggttgtctggagattcagggggccagtctaATAATCATTTGCAGGCaaaa < 1:8124278‑M2/20‑1 (MQ=255) gactagtctaaaaactagtattaagactatcacttatttaagtgatattggttgtctggagattcagggggccagtctaATAATCATTTGCAGGCAAAATg < 1:6096279‑M2/22‑1 (MQ=255) actagtctaaaaactagtattaagactatcacttatttaagtgatattggttgtctggagattcagggggccagtctaATAATCATTTGCAGGCAAAATGt < 1:1667996‑M2/23‑1 (MQ=255) tagtctaaaaactagtattaagactatcacttatttaagtgatattggttgtctggagattcagggggccagtctaATAATCATTTGCAGGCAAAATGttt < 1:4674099‑M2/25‑1 (MQ=255) tagtctaaaaactagtattaagactatcacttatttaagtgatattggttgtctggagattcagggggccagtctaATAATCATTTGCAGGCAAAATGttt > 1:11781780‑M2/77‑101 (MQ=255) tctaaaaactagtattaagactatcacttatttaagtgatattggttgtctggagattcagggggccagtctaATAGTCATTTGCAGGCAAAATGTTTTCa > 1:3864676‑M2/74‑101 (MQ=255) tctaaaaactagtattaagactatcacttatttaagtgatattggttgtctggagattcagggggccagtctaATAATCATTTGCAGGCAAAATGTTTTCa < 1:7317286‑M2/28‑1 (MQ=255) gTTTACGTTAAAAATGTTTAATATTATTTAATAGTTGTTAATTTGAATACTTCGATAATGTTATATTTCCTGATAATtggatttgcccctatatttccaga > 1:11102725‑M2/1‑77 (MQ=255) ctaaaaactagtattaagactatcacttatttaagtgatattggttgtctggagattcagggggccagtctaATAATCATTTGCAGGCAAAATGTTTTCAc > 1:12151711‑M2/73‑101 (MQ=255) ctaaaaactagtattaagactatcacttatttaagtgatattggttgtctggagattcagggggccagtctaATAATCATTTGCAGGCAAAATGTTTTCAc < 1:445186‑M2/29‑1 (MQ=255) ctaaaaactagtattaagactatcacttatttaagtgatattggttgtctggagattcagggggccagtctaATAATCATTTGCAGGCAAAATGTTTTCAc > 1:10980806‑M2/73‑101 (MQ=255) ctaaaaactagtattaagactatcacttatttaagtgatattggttgtctggagattcagggggccagtctaATAATCATTTGCAGGCAAAATGTTTTCAc < 1:2585795‑M2/29‑1 (MQ=255) aaaaactagtattaagactatcacttatttaagtgatattggttgtctggagattcagggggccagtctaATAATCATTTGCAGGCAAAATGTTTTCAccc > 1:3154456‑M2/71‑101 (MQ=255) aCGTTAAAAATGTTTAATATTATTTAATAGTTGTTAATTTGAATACTTCGATAATGTTATATTTCCTGATAATtggatttgcccctatatttccagacatc > 1:4037785‑M2/1‑73 (MQ=255) cGTTAAAAATGTTTAATATTATTTAATAGTTGTTAATTTGAATACTTCGATAATGTTATATTTCCTGATAATtggatttgcccctatatttccagacatct > 1:11498149‑M2/1‑72 (MQ=255) cGTTAAAAATGTTTAATATTATTTAATAGTTGTTAATTTGAATACTTCGATAATGTTATATTTCCTGATAATtggatttgcccctatatttccagacatct < 1:3110659‑M2/101‑30 (MQ=255) ctagtattaagactatcacttatttaagtgatattggttgtctggagattcagggggccagtctaATAATCATTTGCAGGCAAAATGTTTTCACCCTTaaa > 1:2855542‑M2/66‑101 (MQ=255) aaaaTGTTTAATATTATTTAATAGTTGTTAATTTGAATACTTCGATAATGTTATATTTCCTGATAATtggatttgcccctatatttccagacatctgttat < 1:11946737‑M2/101‑35 (MQ=255) aaaaTGTTTAATATTATTTAATAGTTGTTAATTTGAATACTTCGATAATGTTATATTTCCTGATAATtggatttgcccctatatttccagacatctgttat > 1:7406833‑M2/1‑67 (MQ=255) taagactatcacttatttaagtgatattggttgtctggagattcagggggccagtctaATAATCATTTGCAGGCAAAATGTTTTCACCCTTAAATGAGtat < 1:9210076‑M2/43‑1 (MQ=255) tGTTTAATATTATTTAATAGTTGTTAATTTGAATACTTCGATAATGTTATATTTCCTGATAATtggatttgcccctatatttccagacatctgttatcact < 1:1969030‑M2/101‑39 (MQ=255) aagactatcacttatttaagtgatattggttgtctggagattcagggggccagtctaATAATCATTTGCAGGCAAAATGTTTTCACCCTTAAATGAGtatt < 1:10156424‑M2/44‑1 (MQ=255) gactatcacttatttaagtgatattggttgtctggagattcagggggccagtctaATAATCATTTGCAGGCAAAATGTTTTCACCCTTAAATGAGtattta < 1:7492538‑M2/46‑1 (MQ=255) gactatcacttatttaagtgatattggttgtctggagattcagggggccagtctaATAATCATTTGCAGGCAAAATGTTTTCACCCTTAAATGAGtattta > 1:3653375‑M2/56‑101 (MQ=255) tatcacttatttaagtgatattggttgtctggagattcagggggccagtctaATAATCATTTGCAGGCAAAATGTTTTCACCCTTAAATGAGTATTTATtc < 1:2419712‑M2/49‑1 (MQ=255) tatcacttatttaagtgatattggttgtctggagattcagggggccagtctaATAATCATTTGCAGGCAAAATGTTTTCACCCTTAAATGAGTATTTATtc < 1:3319825‑M2/49‑1 (MQ=255) tatcacttatttaagtgatattggttgtctggagattcagggggccagtctaATAATCATGTGCAGGCAAAATGTTTTCACCCTTAAATGAGTATTTATtc > 1:8884067‑M2/53‑101 (MQ=255) tattatTTAATAGTTGTTAATTTGAATACTTCGATAATGTTATATTTCCTGATAATtggatttgcccctatatttccagacatctgttatcacttaaccca > 1:7990909‑M2/1‑56 (MQ=255) atcacttatttaagtgatattggttgtctggagattcagggggccagtctaATAATCATTTGCAGGCAAAATGTTTTCACCCTTAAATGAGTATTTATtct < 1:10394030‑M2/50‑1 (MQ=255) attattTAATAGTTGTTAATTTGAATACTTCGATAATGTTATATTTCCTGATAATtggatttgcccctatatttccagacatctgttatcacttaacccat > 1:10422869‑M2/1‑55 (MQ=255) attattTAATAGTTGTTAATTTGAATACTTCGATAATGTTATATTTCCTGATAATtggatttgcccctatatttccagacatctgttatcacttaacccat < 1:5563567‑M2/101‑47 (MQ=255) ttattTAATAGTTGTTAATTTGAATACTTCGATAATGTTATATTTCCTGATAATtggatttgcccctatatttccagacatctgttatcacttaacccatt < 1:8780810‑M2/101‑48 (MQ=255) cacttatttaagtgatattggttgtctggagattcagggggccagtctaATAATCATTTGCAGGCAAAATGTTTTCACCCTTAAATGAGTATTTATTCTCa < 1:4315376‑M2/52‑1 (MQ=255) acttatttaagtgatattggttgtctggagattcagggggccagtctaATAATCATTTGCAGGCAAAATGTTTTCACCCTTAAATGAGTATTTATTCTCAt > 1:2703488‑M2/49‑101 (MQ=255) acttatttaagtgatattggttgtctggagattcagggggccagtctaATAATCATTTGCAGGCAAAATGTTTTCACCCTTAAATGAGTATTTATTCTCAt < 1:11643289‑M2/53‑1 (MQ=255) attTAATAGTTGTTAATTTGAATACTTCGATAATGTTATATTTCCTGATAATtggatttgcccctatatttccagacatctgttatcacttaacccattac < 1:12214082‑M2/101‑50 (MQ=255) attTAATAGTTGTTAATTTGAATACTTCGATAATGTTATATTTCCTGATAATtggatttgcccctatatttccagacatctgttatcacttaacccattac < 1:2237627‑M2/101‑50 (MQ=255) attTAATAGTTGTTAATTTGAATACTTCGATAATGTTATATTTCCTGATAATtggatttgcccctatatttccagacatctgttatcacttaacccattac < 1:5503638‑M2/101‑50 (MQ=255) ttatttaagtgatattggttgtctggagattcagggggccagtctaATAATCATTTGCAGGCAAAATGTTTTCACCCTTAAATGAGTATTTATTCTCATaa > 1:3007216‑M2/47‑101 (MQ=255) ttAATAGTTGTTAATTTGAATACTTCGATAATGTTATATTTCCTGATAATtggatttgcccctatatttccagacatctgttatcacttaacccattacaa < 1:8312129‑M2/101‑52 (MQ=255) tatttaagtgatattggttgtctggagattcagggggccagtctaATAATCATTTGCAGGCAAAATGTTTTCACCCTTAAATGAGTATTTATTCTCATaaa < 1:6231545‑M2/56‑1 (MQ=255) atttaagtgatattggttgtctggagattcagggggccagtctaATAATCATTTGCAGGCAAAATGTTTTCACCCTTAAATGAGTATTTATTCTCATAAAt > 1:11735620‑M2/45‑101 (MQ=255) aaTAGTTGTTAATTTGAATACTTCGATAATGTTATATTTCCTGATAATtggatttgcccctatatttccagacatctgttatcacttaacccattacaagc < 1:5775772‑M2/101‑54 (MQ=255) tAGTTGTTAATTTGAATACTTCGATAATGTTATATTTCCTGATAATtggatttgcccctatatttccagacatctgttatcacttaacccattacaagccc < 1:8926923‑M2/101‑56 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 26 ≤ ATCG/ATCG < 33 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |