| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | NC_007779 | = 2412225 | NA (NA) | 246 (0.810) | 124/180 | NT | 94.3% | intergenic (‑55/‑782) | insA/yfbQ | IS1 element protein/aminotransferase |
| ? | NC_007779 | 2985047 = | 15 (0.050) | coding (545/1230 nt) | yqeG | transporter | |||||
Only 100 of 578 total aligned reads displayed.
ACTATTCGGGTAATGGGATTTTTGGTATTCCCATTGATTGCCTATTTCTTATTTCTTTCCATTTACCTTGTCGGTAGTTGGCAACCTGATCTATTAACAACCCAGGTAGAGTTCAATCAGAATACCCTTCACCAGATATGGATATCGATTCCCGTGATGGTTTTCGCCTTTAGCCATACGCCCATTATTTCTACGTTTGCC > NC_007779/2984947‑2985147 | tATTCGGGTAATGGGATTTTTGGTATTCCCATTGATTGCCTATTTCTTATTTCTTTCCATTTACCTTGTCGGTAGTTGGCAACCTGATCTATTAACAAccc < 1:12595487/101‑1 (MQ=255) aTTCGGGTAATGGGATTTTTGGTATTCCCATTGATTGCCTATTTCTTATTTCTTTCCATTTACCTTGTCGGTAGTTGGCAACCTGATCTATTAACAACCCa < 1:13865177/101‑1 (MQ=255) aTTCGGGTAATGGGATTTTTGGTATTCCCATTGATTGCCTATTTCTTATTTCTTTCCATTTACCTTGTCGGTAGTTGGCAACCTGATCTATTAACAACCCa < 1:9307544/101‑1 (MQ=255) ttCGGGTAATGGGATTTTTGGTATTCCCATTGATTGCCTATTTCTTATTTCTTTCCATTTACCTTGTCGGTAGTTGGCAACCTGATCTATTAACAACCCAg < 1:3158540/101‑1 (MQ=255) cGGGTAATGGGATTTTTGGTATTCCCATTGATTGCCTATTTCTTATTTCTTTCCATTTACCTTGTCGGTAGTTGGCAACCTGATCTATTAACAACCCAGGt < 1:5030597/101‑1 (MQ=255) tAATGGGATTTTTGGTATTCCCATTGATTGCCTATTTCTTATTTCTTTCCATTTACCTTGTCGGTAGTTGGCAACCTGATCTATTAACAACCCAGGTAGgg > 1:2064473‑M2/1‑99 (MQ=255) aaTGGGATTTTTGGTATTCCCATTGATTGCCTATTTCTTATTTCTTTCCATTTACCTTGTCGGTAGTTGGCAACCTGATCTATTAACAACCCAGGTAGggt > 1:2988627‑M2/1‑98 (MQ=255) acaggagggacagctgatagaaacagaagccactggagcacctcaaaaacaccatcatacactaaatcagtaagttggcagcatcaccCCCAGGTAGAGtt < 1:8721272‑M2/13‑1 (MQ=255) aTGGGATTTTTGGTATTCCCATTGATTGCCTATTTCTTATTTCTTTCCATTTACCTTGTCGGTAGTTGGCAACCTGATCTATTAACAACCCAGGTAGggta < 1:1718143‑M2/101‑5 (MQ=255) tGGGATTTTTGGTATTCCCATTGATTGCCTATTTCTTATTTCTTTCCATTTACCTTGTCGGTAGTTGGCAACCTGATCTATTAACAACCCAGGTAGggtaa < 1:13425533‑M2/101‑6 (MQ=255) gggATTTTTGGTATTCCCATTGATTGCCTATTTCTTATTTCTTTCCATTTACCTTGTCGGTAGTTGGCAACCTGATCTATTAACAACCCAGGTAGggtaat > 1:8548394‑M2/1‑95 (MQ=255) aggagggacagctgatagaaacagaagccactggagcacctcaaaaacaccatcatacactaaatcagtaagttggcagcatcaccCCCAGGTAGAGTTCa < 1:3717626‑M2/15‑1 (MQ=255) ggagggacagctgatagaaacagaagccactggagcacctcaaaaacaccatcatacactaaatcagtaagttggcagcatcaccCCCAGGTAGAGTTCaa < 1:11900621‑M2/16‑1 (MQ=255) ggagggacagctgatagaaacagaagccactggagcacctcaaaaacaccatcatacactaaatcagtaagttggcagcatcaccCCCAGGTAGAGTTCaa < 1:6862880‑M2/16‑1 (MQ=255) gagggacagctgatagaaacagaagccactggagcacctcaaaaacaccatcatacactaaatcagtaagttggcagcatcaccCCCAGGTAGAGTTCAAt > 1:4377823‑M2/85‑101 (MQ=255) agggacagctgatagaaacagaagccactggagcacctcaaaaacaccatcatacactaaatcagtaagttggcagcatcaccCCCAGGTAGAGTTCAATc < 1:2782356‑M2/18‑1 (MQ=255) ggTATTCCCATTGATTGCCTATTTCTTATTTCTTTCCATTTACCTTGTCGGTAGTTGGCAACCTGATCTATTAACAACCCAGGTAGggtaatgactccaac < 1:12719328‑M2/101‑16 (MQ=255) tATTCCCATTGATTGCCTATTTCTTATTTCTTTCCATTTACCTTGTCGGTAGTTGGCAACCTGATCTATTAACAACCCAGGTAGggtaatgactccaactt > 1:4646600‑M2/1‑84 (MQ=255) atagaaacagaagccactggagcacctcaaaaacaccatcatacactaaatcagtaagttggcagcatcaccCCCAGGTAGAGTTCAATCAGAATACCCtt < 1:4228351‑M2/29‑1 (MQ=255) tagaaacagaagccactggagcacctcaaaaacaccatcatacactaaatcagtaagttggcagcatcaccCCCAGGTAGAGTTCAATCAGAATACCCTTc > 1:5279104‑M2/72‑101 (MQ=255) gaaacagaagccactggagcacctcaaaaacaccatcatacactaaatcagtaagttggcagcatcaccCCCAGGTAGAGTTCAATCAGAATACCCTTCAc > 1:4771565‑M2/70‑101 (MQ=255) aaacagaagccactggagcacctcaaaaacaccatcatacactaaatcagtaagttggcagcatcaccCCCAGGTAGAGTTCAATCAGAATACCCTTCAcc > 1:8446498‑M2/69‑101 (MQ=255) ttgattgCCTATTTCTTATTTCTTTCCATTTACCTTGTCGGTAGTTGGTAACCTGATCTATTAACAACCCAGGTAGggtaatgactccaacttattgatag < 1:11032083‑M2/101‑26 (MQ=255) ttatttccTATTTCTTATTTCTTTCCATTTACCTTGTCGGTAGTTGGCAACCTGATCTATTAACAACCCAGGTAGggtaatgactccaacttattgatagt > 1:6009125‑M2/3‑75 (MQ=255) tgattgCCTATTTCTTATTTCTTTCCATTTACCTTGTCGGTAGTTGGCAACCTGATCTATTAACAACCCAGGTAGggtaatgactccaacttattgatagt < 1:11494456‑M2/101‑27 (MQ=255) tgattgCCTATTTCTTATTTCTTTCCATTTACCTTGTCGGTAGTTGGCAACCTGATCTATTAACAACCCAGGTAGggtaatgactccaacttattgatagt < 1:2000083‑M2/101‑27 (MQ=255) acagaagccactggagcacctcaaaaacaccatcatacactaaatcagtaagttggcagcatcaccCCCAGGTAGAGTTCAATCAGAATACCCTTCACCAg < 1:7393807‑M2/35‑1 (MQ=255) gaagccactggagcacctcaaaaacaccatcatacactaaatcagtaagttggcagcatcaccCCCAGGTAGAGTTCAATCAGAATACCCTTCACCAGata < 1:11676290‑M2/38‑1 (MQ=255) gaagccactggagcacctcaaaaacaccatcatacactaaatcagtaagttggcagcatcaccCCCAGGTAGAGTTCAATCAGAATACCCTTCACCAGata > 1:7026387‑M2/64‑101 (MQ=255) aagccactggagcacctcaaaaacaccatcatacactaaatcagtaagttggcagcatcaccCCCAGGTAGAGTTCAATCAGAATACCCTTCACCAGatat > 1:10138926‑M2/63‑101 (MQ=255) agccactggagcacctcaaaaacaccatcatacactaaatcagtaagttggcagcatcaccCCCAGGTAGAGTTCAATCAGAATACCCTTCACCAGATATg > 1:13976420‑M2/62‑101 (MQ=255) cTATTTCTTATTTCTTTCCATTTACCTTGTCGGTAGTTGGCAACCTGATCTATTAACAACCCAGGTAGggtaatgactccaacttattaatatggttttat < 1:964433‑M2/101‑34 (MQ=255) atttcttatttcttTCCATTTACCTTGTCGGTAGTTGGCAACCTGATCTATTAACAGCCCAGGTAGggtaatgactccaacttattgatagtgttttatgt < 1:9190831‑M2/101‑36 (MQ=255) actggagcacctcaaaaacaccatcatacactaaatcagtaagttggcagcatcaccCCCAGGTAGAGTTCAATCAGAATACCCTTCACCAGATATGGata > 1:10845416‑M2/58‑101 (MQ=255) tttcttatttcttTCCATTTACCTTGTCGGTAGTTGGCAACCTGATCTATTAACAACCCAGGTAGggtaatgactccaacttattgatagtgttttatgtt < 1:13503673‑M2/101‑37 (MQ=255) ctggagcacctcaaaaacaccatcatacactaaatcagtaagttggcagcatcaccCCCAGGTAGAGTTCAATCAGAATACCCTTCACCAGATATGGatat < 1:1375463‑M2/45‑1 (MQ=255) tggagcacctcaaaaacaccatcatacactaaatcagtaagttggcagcatcaccCCCAGGTAGAGTTCAATCAGAATACCCTTCACCAGATATGGATATc > 1:10249140‑M2/56‑101 (MQ=255) tggagcacctcaaaaacaccatcatacactaaatcagtaagttggcagcatcaccCCCAGGTAGAGTTCAATCAGAATACCCTTCACCAGATATGGATATc > 1:8372014‑M2/56‑101 (MQ=255) tcttatttcttTCCATTTACCTTGTCGGTAGTTGGCAACCTGATCTATTAACAACCCAGGTAGggtaatgactccaacttattgatagtgttttatgttca > 1:7774652‑M2/1‑63 (MQ=255) tcttatttcttTCCATTTACCTTGTCGGTAGTTGGCAACCTGATCTATTAACAACCCAGGTAGggtaatgactccaacttattgatagtgttttatgttca < 1:10526553‑M2/101‑39 (MQ=255) cttatttcttTCCATTTACCTTGTCGGTAGTTGGCAACCTGATCTATTAACAACCCAGGTAGggtaatgactccaacttattgatagtgttttatgttcag < 1:5435008‑M2/101‑40 (MQ=255) cttatttcttTCCATTTACCTTGTCGGTAGTTGGCAACCTGATCTATTAACAACCCAGGTAGggtaatgactccaacttattgatagtgttttatgttcag > 1:14921152‑M2/1‑62 (MQ=255) cttatttcttTCCATTTACCTTGTCGGTAGTTGGCAACCTGATCTATTAACAACCCAGGTAGggtaatgactccaacttattgatagtgttttatgttcag > 1:2246442‑M2/1‑62 (MQ=255) tttctttcCATTTACCTTGTCGGTAGTTGGCAACCTGATCTATTAACAACCCGGGTAGggtaatgactccaacttattgatagtgttttatgttcagataa > 1:10310897‑M2/1‑58 (MQ=255) ttctttcCATTTACCTTGTCGGTAGTTGGCAACCTGATCTATTAACAACCCAGGTAGggtaatgactccaacttattgatagtgttttatgttcagataat < 1:3362800‑M2/101‑45 (MQ=255) tctttcCATTTACCTTGTCGGTAGTTGGCAACCTGATCTATTAACAACCCAGGTAGggtaatgactccaacttattgatagtgttttatgttcagataatg < 1:15021660‑M2/101‑46 (MQ=255) ctcaaaaacaccatcatacactaaatcagtaagttggcagcatcaccCCCAGGTAGAGTTCAATCAGAATACCCTTCACCAGATATGGATATCGATTCCCg > 1:183247‑M2/48‑101 (MQ=255) tcaaaaacaccatcatacactaaatctgtaagttggcagcatcaccCCCAGGTAGAGTTCAATCAGAATACCCTTCACCAGATATGGATATCGATTCCCGt < 1:11120697‑M2/55‑1 (MQ=255) tcaaaaacaccatcatacactaaatcagtaagttggcagcatcaccCCCAGGTAGAGTTCAATCAGAATACCCTTCACCAGATATGGATATCGATTCCCGt < 1:12912826‑M2/55‑1 (MQ=255) tcaaaaacaccatcatacactaaatcagtaagttggcagcatcaccCCCAGGTAGAGTTCAATCAGAATACCCTTCACCAGATATGGATATCGATTCCCGt > 1:146742‑M2/47‑101 (MQ=255) ctttcCATTTACCTTGTCGGTAGTTGGCAACCTGATCTATTAACAACCCAGGTAGggtaatgactccaacttattgatagtgttttatgttcagataatgc > 1:12418212‑M2/1‑55 (MQ=255) ctttcCATTTACCTTGTCGGTAGTTGGCAACCTGATCTATTAACAACCCAGGTAGggtaatgactccaacttattgatagtgttttatgttcagataatgc < 1:8287969‑M2/101‑47 (MQ=255) ctttcCATTTACCTTGTCGGTAGTTGGCAACCTGATCTATTAACAACCCAGGTAGggtaatgactccaacttattgatagtgttttatgttcagataatgc < 1:1623372‑M2/101‑47 (MQ=255) aaaaacaccatcatacactaaatcagtaagttggcagcatcaccCCCAGGTAGAGTTCAATCAGAATACCCTTCACCAGATATGGATATCGATTCCCGTGa < 1:559700‑M2/57‑1 (MQ=255) ccATTTACCTTGTCGGTAGTTGGCAACCTGATCTATTAACAACCCAGGTAGggtaatgactccaacttattgatagtgttttatgttcagataatgcccga < 1:9503588‑M2/101‑51 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 33 ≤ ATCG/ATCG < 35 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |