New junction evidence | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
* | ? | NC_007779 | = 2412225 | NA (NA) | 4 (0.020) | 4/180 | NT | 1.8% | intergenic (‑55/‑782) | insA/yfbQ | IS1 element protein/aminotransferase |
? | NC_007779 | 3183921 = | 216 (0.890) | intergenic (+135/‑149) | yqiC/ygiL | hypothetical protein/fimbrial‑like adhesin protein |
Only 100 of 242 total aligned reads displayed.
AATCCTCTAATTTATAGTGCTTTCTATTACCTTATCGCGTAATCCCATTCAGAAAACCATCACAAAAATGAATGAGTACAATTGAAAGTATAATTGCAATGTATTTTTTAAGTTTTACTTAATCGATATTTAGATAAACTAATTTTATAAAAAACACAAAATAAAATATCATATTTCAATGATTAGTAGTCCTTAAATAA > NC_007779/3183821‑3184020 | tCCTCTAATTTATAGTGCTTTCTATTACCTTATCGCGTAATCCCATTCAGAAAACCATCACAAAAATGAATGAGTACAATTGAAAGTATAATTGCAATGTa < 1:4816014/101‑1 (MQ=255) ccTCTAATTTATAGTGCTTTCTATTACCTTATCGCGTAATCCCATTCAGAAAACCATCACAAAAATGAATGAGTACAATTGAAAGTATAATTGCAATGTAt > 1:9652425/1‑101 (MQ=255) ccTCTAATTTATAGTGCTTTCTATTACCTTATCGCGTAATCCCATTCAGAAAACCATCACAAAAATGAATGAGTACAATTGAAAGTATAATTGCAATGTAt < 1:8886360/101‑1 (MQ=255) ccTCTAATTTATAGTGCTTTCTATTACCTTATCGCGTAATCCCATTCAGAAAACCATCACAAAAATGAATGAGTACAATTGAAAGTATAATTGCAATGTAt < 1:4857370/101‑1 (MQ=255) ctctAATTTATAGTGCTTTCTATTACCTTATCGCGTAATCCCATTCAGAAAACCATCACAAAAATGAATGAGTACAATTGAAAGTATAATTGCAATGTAtt < 1:10025853/101‑1 (MQ=255) tctAATTTATAGTGCTTTCTATTACCTTATCGCGTAATCCCATTCAGAAAACCATCACAAAAATGAATGAGTACAATTGAAAGTATAATTGCAATGTAttt < 1:11865450/101‑1 (MQ=255) tAATTTATAGTGCTTTCTATTACCTTATCGCGTAATCCCATTCAGAAAACCATCACAAAAATGAATGAGTACAATTGAAAGTATAATTGCAATGTAttttt > 1:12276235/1‑101 (MQ=255) tAATTTATAGTGCTTTCTATTACCTTATCGCGTAATCCCATTCAGAAAACCATCACAAAAATGAATGAGTACAATTGAAAGTATAATTGCAATGTAttttt > 1:12182025/1‑101 (MQ=255) aTTTATAGTGCTTTCTATTACCTTATCGCGTAATCCCATTCAGAAAACCATCACAAAAATGAATGAGTACAATTGAAAGTATAATTGCAATGTATTTTTTa < 1:5050917/101‑1 (MQ=255) tttATAGTGCTTTCTATTACCTTATCGCGTAATCCCATTCAGAAAACCATCACAAAAATGAATGAGTACAATTGAAAGTATAATTGCAATGTATTTTTTaa < 1:9943466/101‑1 (MQ=255) tttATAGTGCTTTCTATTACCTTATCGCGTAATCCCATTCAGAAAACCATCACAAAAATGAATGAGTACAATTGAAAGTATAATTGCAATGTATTTTTTaa < 1:10812005/101‑1 (MQ=255) ttATAGTGCTTTCTATTACCTTATCGCGTAATCCCATTCAGAAAACCATCACAAAAATGAATGAGTACAATTGAAAGTATAATTGCAATGTATTTTTTAAg < 1:9268721/101‑1 (MQ=255) ttATAGTGCTTTCTATTACCTTATCGCGTAATCCCATTCAGAAAACCATCACAAAAATGAATGAGTACAATTGAAAGTATAATTGCAATGTATTTTTTAAg < 1:1237092/101‑1 (MQ=255) ttATAGTGCTGTCTATTACCTTATCGCGTAATCCCATTCAGAAAAGCATCACAAAAATGCATGAGAACAATTGAGAGTATAATTGAAATGAATTTTTTAAg > 1:6783546/1‑101 (MQ=255) tataGTGCTTTCTATTACCTTATCGCGTAATCCCATTCAGAAAACCATCACAAAAATGAATGAGTACAATTGAAAGTATAATTGCAATGTATTTTTTAAGt < 1:1893980/101‑1 (MQ=255) ataGTGCTTTCTATTACCTTATCGCGTAATCCCATTCAGAAAACCATCACAAAAATGAATGAGTACAATTGAAAGTATAATTGCAATGTATTTTTTAAGtt > 1:8169506/1‑101 (MQ=255) ataGTGCTTTCTATTACCTTATCGCGTAATCCCATTCAGAAAACCATCACAAAAATGAATGAGTACAATTGAAAGTATAATTGCAATGTATTTTTTAAGtt > 1:8759160/1‑101 (MQ=255) aGTGCTTTCTATTACCTTATCGCGTAATCCCATTCAGAAAACCATCACAAAAATGAATGAGTACAATTGAAAGTATAATTGCAATGTATTTTTTAAGtttt > 1:11150399/1‑101 (MQ=255) aGTGCTTTCTATTACCTTATCGCGTAATCCCATTCAGAAAACCATCACAAAAATGAATGAGTACAATTGAAAGTATAATTGCAATGTATTTTTTAAGtttt > 1:1976492/1‑101 (MQ=255) aGTGCTTTCTATTACCTTATCGCGTAATCCCATTCAGAAAACCATCACAAAAATGAATGAGTACAATTGAAAGTATAATTGCAATGTATTTTTTAAGtttt < 1:9169513/101‑1 (MQ=255) gTGCTTTCTATTACCTTATCGCGTAATCCCATTCAGAAAACCATCACAAAAATGAATGAGTACAATTGAAAGTATAATTGCAATGTATTTTTTAAGTTTTa > 1:9549738/1‑101 (MQ=255) gTGCTTTCTATTACCTTATCGCGTAATCCCATTCAGAAAACCATCACAAAAATGAATGAGTACAATTGAAAGTATAATTGCAATGTATTTTTTAAGTTTTa < 1:7569250/101‑1 (MQ=255) cTTTCTATTACCTTATCGCGTAATCCCATTCAGAAAACCATCACAAAAATGAATGAGTACAATTGAAAGTATAATTGCAATGTATTTTTTAAGTTTTACtt < 1:7741898/101‑1 (MQ=255) cTTTCTATTACCTTATCGCGTAATCCCATTCAGAAAACCATCACAAAAATGAATGACTACGATTGAAAGTATAATTGCAATGTATTTTTTAAGTTTTACtt > 1:11392714/1‑101 (MQ=255) tCTATTACCTTATCGCGTAATCCCATTCAGAAAACCATCACAAAAATGAATGAGTACAATTGAAAGTATAATTGCAATGTATTTTTTAAGTTTTACTTAAt < 1:1685499/101‑1 (MQ=255) tATTACCTTATCGCGTAATCCCATTCAGAAAACCATCACAAAAATGAATGAGTACAATTGAAAGTATAATTGCAATGTATTTTTTAAGTTTTACTTAATCg < 1:7513306/101‑1 (MQ=255) tATTACCTTATCGCGTAATCCCATTCAGAAAACCATCACAAAAATGAATGAGTACAATTGAAAGTATAATTGCAATGTATTTTTTAAGTTTTACTTAATCg > 1:9894153/1‑101 (MQ=255) cTTATCGCGTAATCCCATTCAGAAAACCATCACAAAAATGAATGAGTACAATTGAAAGTATAATTGCAATGTATTTTTTAAGTTTTACTTAATCGATAttt > 1:6423870/1‑101 (MQ=255) agaaacagaagccactggagcacctcaaaaacaccatcatacactaaatcagtaagttggcagcatcaccGTATTTTTTAAGTTTTACTTAATCGATAttt < 1:9378516‑M2/31‑1 (MQ=255) ttATCGCGTAATCCCATTCAGAAAACCATCACAAAAATGAATGAGTACAATTGAAAGTATAATTGCAATGTATTTTTTAAGTTTTACTTAATCGATATTTa > 1:5892312/1‑101 (MQ=255) ttATCGCGTAATCCCATTCAGAAAACCATCACAAAAATGAATGAGTACAATTGAAAGTATAATTGCAATGTATTTTTTAAGTTTTACTTAATCGATATTTa < 1:4722640/101‑1 (MQ=255) tATCGCGTAATCCCATTCAGAAAACCATCACAAAAATGAATGAGTACAATTGAAAGTATAATTGCAATGTATTTTTTAAGTTTTACTTAATCGATATTTAg > 1:8146903/1‑101 (MQ=255) tATCGCGTAATCCCATTCAGAAAACCATCACAAAAATGAATGAGTACAATTGAAAGTATAATTGCAATGTATTTTTTAAGTTTTACTTAATCGATATTTAg > 1:9351732/1‑101 (MQ=255) tATCGCGTAATCCCATTCAGAAAACCATCACAAAAATGAATGAGTACAATTGAAAGTATAATTGCAATGTATTTTTTAAGTTTTACTTAATCGATATTTAg < 1:9643570/101‑1 (MQ=255) aacagaagccactggagcacctcaaaaacaccatcatacactaaatcagtaagttggcagcatcaccGTATTTTTTAAGTTTTACTTAATCGATATTTAGa < 1:11896073‑M2/34‑1 (MQ=255) aTCGCGTAATCCCATTCAGAAAACCATCACAAAAATGAATGAGTACAATTGAAAGTATAATTGCAATGTATTTTTTAAGTTTTACTTAATCGATATTTAGa < 1:1488103/101‑1 (MQ=255) cgcgTAATCCCATTCAGAAAACCATCACAAAAATGAATGAGTACAATTGAAAGTATAATTGCAATGTATTTTTTAAGTTTTACTTAATCGATATTTAGATa < 1:11924884/101‑1 (MQ=255) cgcgTAATCCCATTCAGAAAACCATCACAAAAATGAATGAGTACAATTGAAAGTATAATTGCAATGTATTTTTTAAGTTTTACTTAATCGATATTTAGATa > 1:7705345/1‑101 (MQ=255) cgcgTAATCCCATTCAGAAAACCATCACAAAAATGAATGAGTACAATTGAAAGTATAATTGCAACGTATTTTTTAAGTTTTACTTAATCGATATTTAGATa < 1:7155112/101‑1 (MQ=255) cgTAATCCCATTCAGAAAACCATCACAAAAATGAATGAGTACAATTGAAAGTATAATTGCAATGTATTTTTTAAGTTTTACTTAATCGATATTTAGATaaa < 1:1046645/101‑1 (MQ=255) gTAATCCCATTCAGAAAACCATCACAAAAATGAATGAGTACAATTGAAAGTATAATTGCAATGTATTTTTTAAGTTTTACTTAATCGATATTTAGATAAAc > 1:8083572/1‑101 (MQ=255) cccATTCAGAAAACCATCACAAAAATGAATGAGTACAATTGAAAGTATAATTGCAATGTATTTTTTAAGTTTTACTTAATCGATATTTAGATAAACTAAtt < 1:5759006/101‑1 (MQ=255) ccATTCAGAAAACCATCACAAAAATGAATGAGTACAATTGAAAGTATAATTGCAATGTATTTTTTAAGTTTTACTTAATCGATATTTAGATAAACTAAttt > 1:11798021/1‑101 (MQ=255) ttCAGAAAACCATCACAAAAATGAATGAGTACAATTGAAAGTATAATTGCAATGTATTTTTTAAGTTTTACTTAATCGATATTTAGATAAACTAATTTtat < 1:9700195/101‑1 (MQ=255) tCAGAAAACCATCACAAAAATGAATGAGTACAATTGAAAGTATAATTGCAATGTATTTTTTAAGTTTTACTTAATCGATATTTAGATAAACTAATTTtata < 1:3600379/101‑1 (MQ=255) cAGAAAACCATCACAAAAATGAATGAGTACAATTGAAAGTATAATTGCAATGTATTTTTTAAGTTTTACTTAATCGATATTTAGATAAACTAATTTTATaa < 1:5840849/101‑1 (MQ=255) cAGAAAACCATCACAAAAATGAATGAGTACAATTGAAAGTATAATTGCAATGTATTTTTTAAGTTTTACTTAATCGATATTTAGATAAACTAATTTTATaa < 1:775354/101‑1 (MQ=255) aGAAAACCATCACAAAAATGAATGAGTACAATTGAAAGTATAATTGCAATGTATTTTTTAAGTTTTACTTAATCGATATTTAGATAAACTAATTTTATaaa < 1:3208414/101‑1 (MQ=255) aGAAAACCATCACAAAAATGAATGAGTACAATTGAAAGTATAATTGCAATGTATTTTTTAAGTTTTACTTAATCGATATTTAGATAAACTAATTTTATaaa < 1:7332962/101‑1 (MQ=255) aGAAAACCATCACAAAAATGAATGAGTACAATTGAAAGTATAATTGCAATGTATTTTTTAAGTTTTACTTAATCGATATTTAGATAAACTAATTTTATaaa < 1:8133714/101‑1 (MQ=255) gAAAACCATCACAAAAATGAATGAGTACAATTGAAAGTATAATTGCAATGTATTTTTTAAGTTTTACTTAATCGATATTTAGATAAACTAATTTTATaaaa < 1:2573999/101‑1 (MQ=255) aaaaCCATCACAAAAATGAATGAGTACAATTGAAAGTATAATTGCAATGTATTTTTTAAGTTTTACTTAATCGATATTTAGATAAACTAATTTTATaaaaa > 1:11742383/1‑101 (MQ=255) aaaCCATCACAAAAATGAATGAGTACAATTGAAAGTATAATTGCAATGTATTTTTTAAGTTTTACTTAATCGATATTTAGATAAACTAATTTTATaaaaaa < 1:2077745/101‑1 (MQ=255) aaCCATGACAAAAATGAATGAGTACAATTGAAAGTATAATTACAATGTATTTTTTAAGTTTTACTTAATCGATATTTAGATAAACTAATTTTATAAAAAac > 1:10896384/1‑101 (MQ=255) aaCCATCACAAAAATGAATGAGTACAATTGAAAGTATAATTGCAATGTATTTTTTAAGTTTTACTTAATCGATATTTAGATAAACTAATTTTATAAAAAac < 1:11981479/101‑1 (MQ=255) aCCATCACAAAAATGAATGAGTACAATTGAAAGTATAATTGCAATGTATTTTTTAAGTTTTACTTAATCGATATTTAGATAAACTAATTTTATAAAAAaca > 1:10140764/1‑101 (MQ=255) ccATCACAAAAATGAATGAGTACAATTGAAAGTATAATTGCAATGTATTTTTTAAGTTTTACTTAATCGATATTTAGATAAACTAATTTTATAAAAAacac > 1:7108097/1‑101 (MQ=255) cATCACAAAAATGAATGAGTACAATTGAAAGTATAATTGCAATGTATTTTTTAAGTTTTACTTAATCGATATTTAGATAAACTAATTTTATAAAAAAcaca < 1:7087551/101‑1 (MQ=255) cATCACAAAAATGAATGAGTACAATTGAAAGTATAATTGCAATGTATTTTTTAAGTTTTACTTAATCGATATTTAGATAAACTAATTTTATAAAAAAcaca < 1:1108388/101‑1 (MQ=255) aTCACAAAAATGAATGAGTACAATTGAAAGTATAATTGCAATGTATTTTTTAAGTTTTACTTAATCGATATTTAGATAAACTAATTTTATAAAAAACACaa < 1:8387256/101‑1 (MQ=255) caAAAATGAATGAGTACAATTGAAAGTATAATTGCAATGTATTTTTTAAGTTTTACTTAATCGATATTTAGATAAACTAATTTTATAAAAAACACaaaata < 1:2070978/101‑1 (MQ=255) aaaaaTGAATGAGTACAATTGAAAGTATAATTGCAATGTATTTTTTAAGTTTTACTTAATCGATATTTAGATAAACTAATTTTATAAAAAACACaaaataa < 1:5363649/101‑1 (MQ=255) aaaaaTGAATGAGTACAATTGAAAGTATAATTGCAATGTATTTTTTAAGTTTTACTTAATCGATATTTAGATAAACTAATTTTATAAAAAACACaaaataa < 1:10699938/101‑1 (MQ=255) aaaTGAATGAGTACAATTGAAAGTATAATTGCAATGTATTTTTTAAGTTTTACTTAATCGATATTTAGATAAACTAATTTTATAAAAAACACaaaataaaa < 1:10271394/101‑1 (MQ=255) aatgaatgAGTACAATTGAAAGTATAATTGCAATGTATTTTTTAAGTTTTACTTAATCGATATTTAGATAAACTAATTTTATAAAAAACACaaaataaaat < 1:6683948/101‑1 (MQ=255) aatgaatgAGTACAATTGAAAGTATAATTGCAATGTATTTTTTAAGTTTTACTTAATCGATATTTAGATAAACTAATTTTATAAAAAACACaaaataaaat < 1:6961031/101‑1 (MQ=255) tgaatgaGTACAATTGAAAGTATAATTGCAATGTATTTTTTAAGTTTTACTTAATCGATATTTAGATAAACTAATTTTATAAAAAACACAAAATAAAatat > 1:3911517/1‑101 (MQ=255) tgaatgaGTACAATTGAAAGTATAATTGCAATGTATTTTTTAAGTTTTACTTAATCGATATTTAGATAAACTAATTTTATAAAAAACACAAAATAAAatat < 1:7205124/101‑1 (MQ=255) aatgaGTACAATTGAAAGTATAATTGCAATGTATTTTTTAAGTTTTACTTAATCGATATTTAGATAAACTAATTTTATAAAAAACACAAAATAAAATATCa < 1:3732488/101‑1 (MQ=255) 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tataATTGCAATGTATTTTTTAAGTTTTACTTAATCGATATTTAGATAAACTAATTTTATAAAAAACACAAAATAAAATATCATATTTCAATGATtagtag < 1:12133622/101‑1 (MQ=255) tataATTGCAATGTATTTTTTAAGTTTTACTTAATCGATATTTAGATAAACTAATTTTATAAAAAACACAAAATAAAATATCATATTTCAATGATtagtag > 1:7401424/1‑101 (MQ=255) ataATTGCAATGTATTTTTTAAGTTTTACTTAATCGATATTTAGATAAACTAATTTTATAAAAAACACAAAATAAAATATCATATTTCAATGATTagtagt < 1:4924434/101‑1 (MQ=255) ataATTGCAATGTATTTTTTAAGTTTTACTTAATCGATATTTAGATAAACTAATTTTATAAAAAACACAAAATAAAATATCATATTTCAATGATTagtagt > 1:4279729/1‑101 (MQ=255) gCAATGTATTTTTTAAGTTTTACTTAATCGATATTTAGATAAACTAATTTTATAAAAAACACAAAATAAAATATCATATTTCAATGATTAGTAGTCCTTaa < 1:1734925/101‑1 (MQ=255) gCAATGTATTTTTTAAGTTTTACTTAATCGATATTTAGATAAACTAATTTTATAAAAAACACAAAATAAAATATCATATTTCAATGATTAGTAGTCCTTaa < 1:1421842/101‑1 (MQ=255) cAATGTATTTTTTAAGTTTTACTTAATCGATATTTAGATAAACTAATTTTATAAAAAACACAAAATAAAATATCATATTTCAATGATTAGTAGTCCTTaaa > 1:1926088/1‑101 (MQ=255) cAATGTATTTTTTAAGTTTTACTTAATCGATATTTAGATAAACTAATTTTATAAAAAACACAAAATAAAATATCATATTTCAATGATTAGTAGTCCTTaaa > 1:8663675/1‑101 (MQ=255) aaTGTATTTTTTAAGTTTTACTTAATCGATATTTAGATAAACTAATTTTATAAAAAACACAAAATAAAATATCATATTTCAATGATTAGTAGTCCTTAAAt < 1:3345090/101‑1 (MQ=255) aaTGTATTTTTTAAGTTTTACTTAATCGATATTTAGATAAACTAATTTTATAAAAAACACAAAATAAAATATCATATTTCAATGATTAGTAGTCCTTAAAt > 1:5954016/1‑101 (MQ=255) | AATCCTCTAATTTATAGTGCTTTCTATTACCTTATCGCGTAATCCCATTCAGAAAACCATCACAAAAATGAATGAGTACAATTGAAAGTATAATTGCAATGTATTTTTTAAGTTTTACTTAATCGATATTTAGATAAACTAATTTTATAAAAAACACAAAATAAAATATCATATTTCAATGATTAGTAGTCCTTAAATAA > NC_007779/3183821‑3184020 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 30 ≤ ATCG/ATCG < 34 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
Reads not counted as support for junction |
read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |