| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | NC_007779 | = 2322124 | NA (NA) | 280 (1.160) | 147/180 | NT | 100% | intergenic (‑91/‑2589) | insC/atoS | IS2 element protein/sensory histidine kinase in two‑component regulatory system with AtoC |
| ? | NC_007779 | 2589830 = | 0 (0.000) | intergenic (+466/‑73) | acrD/yffB | aminoglycoside/multidrug efflux system/hypothetical protein | |||||
Only 100 of 650 total aligned reads displayed.
GACAGATAACAAGATGAATATTCTTAATGTTTACGTTAAAAATGTTTAATATTATTTAATAGTTGTTAATTTGAATACTTCGATAATGTTATATTTCCTGATAATCATTTGCAGGCAAAATGTTTTCACCCTTAAATGAGTATTTATTCTCATAAATCGAAAAAGGATTCATTATGGTTACACTTTACGGTATCAAAAATT > NC_007779/2589730‑2589930 | atcaatcatctgttctccaatgactagtctaaaaactagtattaagactatcacttatttaagtgatattggttgtctggagattcagggggccagtctaa > 1:6009692‑M2/101‑101 (MQ=255) tcaatcatctgttctccaatgactagtctaaaaactagtattaagactatcacttatttaagtgatattggttgtctggagattcagggggccagtctaat > 1:738376‑M2/100‑101 (MQ=255) tcaatcatctgttctccaatgactagtctaaaaactagtattaagactatcacttatttaagtgatattggttgtctggagattcagggggccagtctaat < 1:2089063‑M2/2‑1 (MQ=255) tcaatcatctgttctccaatgactagtctaaaaactagtattaagactatcacttatttaagtgatattggttgtctggagattcagggggccagtctaat < 1:3346389‑M2/2‑1 (MQ=255) caatcatctgttctccaatgactagtctaaaaactagtattaagactatcacttatttaagtgatattggttgtctggagattcagggggccagtctaata > 1:527481‑M2/99‑101 (MQ=255) aatcatctgttctccaatgactagtctaaaaactagtattaagactatcacttatttaagtgatattggttgtctggagattcagggggccagtctaataa > 1:9838557‑M2/98‑101 (MQ=255) atcatctgttctccaatgactagtctaaaaactagtattaagactatcacttatttaagtgatattggttgtctggagattcagggggccagtctaataat > 1:4348382‑M2/97‑101 (MQ=255) tcatctgttctccaatgactagtctaaaaactagtattaagactatcacttatttaagtgatattggttgtctggagattcagggggccagtctaATAATc < 1:3740327‑M2/6‑1 (MQ=255) aTAACAAGATGAATATTCTTAATGTTTACGTTAAAAATGTTTAATATTATTTAATAGTTGTTAATTTGAATACTTCGATAATGTTATATTTCCTGATAATt < 1:4665619‑M2/101‑2 (MQ=255) aTAACAAGATGAATATTCTTAATGTTTACGTTAAAAATGTTTAATATTATTTAATAGTTGTTAATTTGAATACTTCGATAATGTTATATTTCCTGATAATt < 1:12113998‑M2/101‑2 (MQ=255) catctgttctccaatgactagtctaaaaactagtattaagactatcacttatttaagtgatattggttgtctggagattcagggggccagtctaATAATCa < 1:3613250‑M2/7‑1 (MQ=255) atctgttctccaatgactagtctaaaaactagtattaagactatcacttatttaagtgatattggttgtctggagattcagggggccagtctaataattta > 1:412966‑M2/94‑98 (MQ=255) atctgttctccaatgactagtctaaaaactagtattaagactatcacttatttaagtgatattggttgtctggagattcagggggccagtctaATAATCAt > 1:11881033‑M2/94‑101 (MQ=255) tctgttctccaatgactagtctaaaaactagtattaagactatcacttatttaagtgatattggttgtctggagattcagggggccagtctaattcttatg > 1:1861846‑M2/93‑94 (MQ=255) tctgttctccaatgactagtctaaaaactagtattaagactatcacttatttaagtgatattggttgtctggagattcagggggccagtctaataatttac < 1:10181376‑M2/9‑5 (MQ=255) ctgttctccaatgactagtctaaaaactagtattaagactatcacttatttaagtgatattggttgtctggagattcagggggccagtctaattcttatgt < 1:1606138‑M2/10‑9 (MQ=255) ctgttctccaatgactagtctaaaaactagtattaagactatcacttatttaagtgatattggttgtctggagattcagggggccagtctaataatttact < 1:2361385‑M2/10‑6 (MQ=255) ctgttctccaatgactagtctaaaaactagtattaagactatcacttatttaagtgatattggttgtctggagattcagggggccagtctaATAATCAttt > 1:9670557‑M2/92‑101 (MQ=255) tgttctccaatgactagtctaaaaactagtattaagactatcacttatttaagtgatattggttgtctggagattcagggggccagtctaattcttatgtt < 1:3663080‑M2/11‑10 (MQ=255) tgttctccaatgactagtctaaaaactagtattaagactatcacttatttaagtgatattggttgtctggagattcagggggccagtctaataatttactg > 1:820012‑M2/91‑95 (MQ=255) tgttctccaatgactagtctaaaaactagtattaagactatcacttatttaagtgatattggttgtctggagattcagagggccagtctaATAATCATTTg < 1:5124454‑M2/11‑1 (MQ=255) ttctccaatgactagtctaaaaactagtattaagactatcacttatttaagtgatattggttgtctggagattcagggggccagtctaataatttactgca > 1:11303874‑M2/89‑93 (MQ=255) tctccaatgactagtctaaaaactagtattaagactatcacttatttaagtgatattggttgtctggagattcagggggccagtctaATAATCATTTGCAg < 1:8143755‑M2/14‑1 (MQ=255) tGAATATTCTTAATGTTTACGTTAAAAATGTTTAATATTATTTAATAGTTGTTAATTTGAATACTTCGATAATGTTATATTTCCTGATAATtggatttgcc < 1:1101876‑M2/101‑11 (MQ=255) gAATATTCTTAATGTTTACGTTAAAAATGTTTAATATTATTTAATAGTTGTTAATTTGAATACTTCGATAATGTTATATTTCCTGATAATtggatttgccc < 1:2810716‑M2/101‑12 (MQ=255) ttCTTAATGTTTACGTTAAAAATGTTTAATATTATTTAATAGTTGTTAATTTGAATACTTCGATAATGTTATATTTCCTGATAATtggatttgcccctata > 1:12189713‑M2/1‑85 (MQ=255) tCTTAATGTTTACGTTAAAAATGTTTAATATTATTTAATAGTTGTTAATTTGAATACTTCGATAATGTTATATTTCCTGATAATtggatttgcccctatat < 1:10395384‑M2/101‑18 (MQ=255) tCTTAATGTTTACGTTAAAAATGTTTAATATTATTTAATAGTTGTTAATTTGAATACTTCGATAATGTTATATTTCCTGATAATtggatttgcccctatat > 1:6311019‑M2/1‑84 (MQ=255) gactagtctaaaaactagtattaagactatcacttatttaagtgatattggttgtctggagattcagggggccagtctaATAATCATTTGCAGGCAAAATg > 1:4062412‑M2/80‑101 (MQ=255) cTTAATGTTTACGTTAAAAATGTTTAATATTATTTAATAGTTGTTAATTTGAATACTTCGATAATGTTATATTTCCTGATAATtggatttgcccctatatt > 1:11206314‑M2/1‑83 (MQ=255) agtctaaaaactagtattaagactatcacttatttaagtgatattggttgtctggagattcagggggccagtctaATAATCATTTGCAGGCAAAATGtttt > 1:988866‑M2/76‑101 (MQ=255) agtctaaaaactagtattaagactatcacttatttaagtgatattggttgtctggagattcagggggccagtctaATAATCATTTGCAGGCAAAATGtttt < 1:9416056‑M2/26‑1 (MQ=255) aaTGTTTACGTTAAAAATGTTTAATATTATTTAATAGTTGTTAATTTGAATACTTCGATAATGTTATATTTCCTGATAATtggatttgcccctatatttcc < 1:2593482‑M2/101‑22 (MQ=255) gtctaaaaactagtattaagactatcacttatttaagtgatattggttgtctggagattcagggggccagtctaATAATCATTTGCAGGCAAAATGTTTTc < 1:8629307‑M2/27‑1 (MQ=255) tACGTTAAAAATGTTTAATATTATTTAATAGTTGTTAATTTGAATACTTCGATAATGTTATATTTCCTGATAATtggatttgcccctatatttccagacat < 1:9343305‑M2/101‑28 (MQ=255) aaaactagtattaagactatcacttatttaagtgatattggttgtctggagattaagggggccagtctaATAATCATTTGCAGGCAAAATGTTTTCACCCt > 1:10918183‑M2/70‑101 (MQ=255) aaactagtattaagactatcacttatttaagtgatattggttgtctggagattcagggggccagtctaATAATCATTTGCAGGCAAAATGTTTTCACCCtt < 1:11567302‑M2/33‑1 (MQ=255) cGTTAAAAATGTTTAATATTATTTAATAGTTGTTAATTTGAATACTTCGATAATGTTATATTTCCTGATAATtggatttgcccctatatttccagacatct < 1:3086383‑M2/101‑30 (MQ=255) cGTTAAAAATGTTTAATATTATTTAATAGTTGTTAATTTGAATACTTCGATAATGTTATATTTCCTGATAATtggatttgcccctatatttccagacatct < 1:9495206‑M2/101‑30 (MQ=255) ttAAAAATGTTTAATATTATTTAATAGTTGTTAATTTGAATACTTCGATAATGTTATATTTCCTGATAATtggatttgcccctatatttccagacatctgt < 1:8303347‑M2/101‑32 (MQ=255) tAAAAATGTTTAATATTATTTAATAGTTGTTAATTTGAATACTTCGATAATGTTATATTTCCTGATAATtggatttgcccctatatttccagacatctgtt < 1:3916169‑M2/101‑33 (MQ=255) agtattaagactatcacttatttaagtgatattggttgtctggagattcagggggccagtctaATAATCATTTGCAGGCAAAATGTTTTCACCCTTAAATg > 1:7103319‑M2/64‑101 (MQ=255) aaaaTGTTTAATATTATTTAATAGTTGTTAATTTGAATACTTCGATAATGTTATATTTCCTGATAATtggatttgcccctatatttccagacatctgttat < 1:1755089‑M2/101‑35 (MQ=255) attaagactatcacttatttaagtgatattggttgtctggagattcagggggccagtctaATAATCATTTGCAGGCAAAATGTTTTCACCCTTAAATGAGt < 1:4884530‑M2/41‑1 (MQ=255) aaTGTTTAATATTATTTAATAGTTGTTAATTTGAATACTTCGATAATGTTATATTTCCTGATAATtggatttgcccctatatttccagacatctgttatca > 1:11763899‑M2/1‑65 (MQ=255) tttAATATTATTTAATAGTTGTTAATTTGAATACTTCGATAATGTTATATTTCCTGATAATtggatttgcccctatatttccagacatctgttatcactta < 1:6397415‑M2/101‑41 (MQ=255) ttAATATTATTTAATAGTTGTTAATTTGAATACTTCGATAATGTTATATTTCCTGATAATtggatttgcccctatatttccagacatctgttatcacttaa < 1:2898074‑M2/101‑42 (MQ=255) ttAATATTATTTAATAGTTGTTAATTTGAATACTTCGATAATGTTATATTTCCTGATAATtggatttgcccctatatttccagacatctgttatcacttaa < 1:6755360‑M2/101‑42 (MQ=255) gactatcacttatttaagtgatattggttgtctggagattcagggggccagtctaATAATCATTTGCAGGCAAAATGTTTTCACCCTTAAATGAGtattta > 1:6186980‑M2/56‑101 (MQ=255) tAATATTATTTAATAGTTGTTAATTTGAATACTTCGATAATGTTATATTTCCTGATAATtggatttgcccctatatttccagacatctgttatcacttaac > 1:9260271‑M2/1‑59 (MQ=255) ctatcacttatttaagtgatattggttgtctggagattcagggggccagtctaATAATCATTTGCAGGCAAAATGTTTTCACCCTTAAATGAGtatttatt > 1:3267787‑M2/54‑101 (MQ=255) atcacttatttaagtgatattggttgtctggagattcagggggccagtctaATAATCATTTGCAGGCAAAATGTTTTCACCCTTAAATGAGTATTTATtct > 1:11097332‑M2/52‑101 (MQ=255) atcacttatttaagtgatattggttgtctggagattcagggggccagtctaATAATCATTTGCAGGCAAAATGTTTTCACCCTTAAATGAGTATTTATtct < 1:5466099‑M2/50‑1 (MQ=255) tcacttatttaagtgatattggttgtctggagattcagggggccagtctaATAATCATTTGCAGGCAAAATGTTTTCACCCTTAAATGAGTATTTATtctc > 1:6465432‑M2/51‑101 (MQ=255) attattTAATAGTTGTTAATTTGAATACTTCGATAATGTTATATTTCCTGATAATtggatttgcccctatatttccagacatctgttatcacttaacccat < 1:7006068‑M2/101‑47 (MQ=255) ttattTAATAGTTGTTAATTTGAATACTTCGATAATGTTATATTTCCTGATAATtggatttgcccctatatttccagacatctgttatcacttaacccatt < 1:4565447‑M2/101‑48 (MQ=255) cacttatttaagtgatattggttgtctggagattcagggggccagtctaATAATCATTTGCAGGCAAAATGTTTTCACCCTTAAATGAGTATTTATTCTCa > 1:3561976‑M2/50‑101 (MQ=255) cacttatttaagtgatattggttgtctggagattcagggggccagtctaAT‑ATCATTTGCAGGCAAAATGTTTTCACCCTTAAATGAGTATTTATTCTCAt < 1:5804001‑M2/52‑1 (MQ=255) tattTAATAGTTGTTAATTTGAATACTTCGATAATGTTATATTTCCTGATAATtggatttgcccctatatttccagacatctgttatcacttaacccatta < 1:2258770‑M2/101‑49 (MQ=255) cttatttaagtgatattggttgtctggagattcagggggccagtctaATAATCATTTGCAGGCAAAATGTTTTCACCCTTAAATGAGTATTTATTCTCATa < 1:5596151‑M2/54‑1 (MQ=255) attTAATAGTTGTTAATTTGAATACTTCGATAATGTTATATTTCCTGATAATtggatttgcccctatatttccagacatctgttatcacttaacccattac > 1:7724341‑M2/1‑52 (MQ=255) ttatttaagtgatattggttgtctggagattcagggggccagtctaATAATCATTTGCAGGCAAAATGTTTTCACCCTTAAATGAGTATTTATTCTCATaa < 1:7244489‑M2/55‑1 (MQ=255) tatttaagtgatattggttgtctggagattcagggggccagtctaATAATCATTTGCAGGCAAAATGTTTTCACCCTTAAATGAGTATTTATTCTCATaaa < 1:9159330‑M2/56‑1 (MQ=255) tAATAGTTGTTAATTTGAATACTTCGATAATGTTATATTTCCTGATAATtggatttgcccctatatttccagacatctgtgatcacttaacccattacaag < 1:8811790‑M2/101‑53 (MQ=255) gttgttAATTTGAATACTTCGATAATGTTATATTTCCTGATAATtggatttgcccctatatttccagacatctgttatcactttacccattacaagcccgc < 1:3491978‑M2/101‑58 (MQ=255) gttgttAATTTGAATACTTCGATAATGTTATATTTCCTGATAATtggatttgcccctatatttccagacatctgttatcacttaacccattacaagcccgc < 1:8935524‑M2/101‑58 (MQ=255) ttgttAATTTGAATACTTCGATAATGTTATATTTCCTGATAATtggatttgcccctatatttccagacatctgttatcacttaacccattacaagcccgct < 1:9613660‑M2/101‑59 (MQ=255) tgatattggttgtctggagattcagggggccagtctaATAATCATTTGCAGGCAAAATGTTTTCACCCTTAAATGAGTATTTATTCTCATAAATCGaaaaa > 1:7833882‑M2/38‑101 (MQ=255) gatattggttgtctggagattcagggggccagtctaATAATCATTTGCAGGCAAAATGTTTTCACCCTTAAATGAGTATTTATTCTCATAAATCGAAAAAg < 1:10091786‑M2/65‑1 (MQ=255) 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cagtctaATAATCATTTGCAGGCAAAATGTTTTCACCCTTAAATGAGTATTTATTCTCATAAATCGAAAAAGGATTCATTATGGTTACACTTTACGGTATc > 1:8069914‑M2/8‑101 (MQ=255) ctaATAATCATTTGCAGGCAAAATGTTTTCACCCTTAAATGAGTATTTATTCTCATAAATCGAAAAAGGATTCATTATGGTTACACTTTACGGTATCaaaa > 1:8515265‑M2/4‑101 (MQ=255) aTAATCATTTGCAGGCAAAATGTTTTCACCCTTAAATGAGTATTTATTCTCATAAATCGAAAAAGGATTCATTATGGTTACACTTTACGGTATCAAAAAtt < 1:146544/101‑1 (MQ=255) | GACAGATAACAAGATGAATATTCTTAATGTTTACGTTAAAAATGTTTAATATTATTTAATAGTTGTTAATTTGAATACTTCGATAATGTTATATTTCCTGATAATCATTTGCAGGCAAAATGTTTTCACCCTTAAATGAGTATTTATTCTCATAAATCGAAAAAGGATTCATTATGGTTACACTTTACGGTATCAAAAATT > NC_007779/2589730‑2589930 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 28 ≤ ATCG/ATCG < 33 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |