Predicted mutation
evidence seq id position mutation freq annotation gene description
RA NC_007779 1,170,573 C→T 100% intergenic (‑164/‑77) ycfQ ← / → ycfR DNA‑binding transcriptional regulator/hypothetical protein

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  seq id position change freq score reads annotation genes product
*NC_0077791,170,5730C→T100.0% 1289.2 311intergenic (‑164/‑77)ycfQ/ycfRDNA‑binding transcriptional regulator/hypothetical protein
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                                                                         tataAAAAATATCTTGTATGTGATCTAGATCACATCTATCATTTAGTTATCGATCGTTAAGTAATTGCTTGCGACGTCATTCATCTGCATAAGGCCACtat                        >  1:8890847/1‑101 (MQ=255)
                                                                          ataAAAAATATCTTGTATGTGATCTAGATCACATCTATCATTTAGTTATCGATCGTTAAGTAATTGCTTGCGACGTCATTCATCTGCATAAGGCCACtatt                       <  1:13458062/101‑1 (MQ=255)
                                                                          ataAAAAATATCTTGTATGTGATCTAGATCACATCTATCATTTAGTTATCGATCGTTAAGTAATTGCTTGCGACGTCATTCATCTGCATAAGGCCACtatt                       >  1:14168518/1‑101 (MQ=255)
                                                                           taAAAAATATCTTGTATGTGATCTAGATCACATCTATCATTTAGTTATCGATCGTTAAGTAATTGCTTGCGACGTCATTCATCTGCATAAGGCCACtatta                      >  1:6117015/1‑101 (MQ=255)
                                                                            aaaaaaTATCTTGTATGTGATCTAGATCACATCTATCATTTAGTTATCGATCGTTAAGTAATTGCTTGCGACGTCATTCATCTGCATAAGGCCACtattat                     >  1:2771946/1‑101 (MQ=255)
                                                                            aaaaaaTATCTTGTATGTGATCTAGATCACATCTATCATTTAGTTATCGATCGTTAAGTAATTGCTTGCGACGTCATTCATCTGCATAAGGCCACtattat                     >  1:3574735/1‑101 (MQ=255)
                                                                            aaaaaaTATCTTGTATGTGATCTAGATCACATCTATCATTTAGTTATCGATCGTTAAGTAATTGCTTGCGACGTCATTAATCTGAATAAGGCCACtattat                     >  1:5972151/1‑101 (MQ=255)
                                                                               aaaTATCTTGTATGTGATCTAGATCACATCTATCATTTAGTTATCGATCGTTAAGTAATTGCTTGCGACGTCATTCATCTGCATAAGGCCACTATTATGaa                  >  1:1636021/1‑101 (MQ=255)
                                                                               aaaTATCTTGTATGTGATCTAGATCACATCTATCATTTAGTTATCGATCGTTAAGTAATTGCTTGCGACGTCATTCATCTGCATAAGGCCACTATTATGaa                  <  1:937952/101‑1 (MQ=255)
                                                                                     cTTGTATGTGATCTAGATCACATCTATCATTTAGTTATCGATCGTTAAGTAATTGCTTGCGACGTCATTCATCTGCATAAGGCCACTATTATGAAAAACGt            >  1:4157387/1‑101 (MQ=255)
                                                                                     cTTGTATGTGATCTAGATCACATCTATCATTTAGTTATCGATCGTTAAGTAATTGCTTGCGACGTCATTCATCTGCATAAGGCCACTATTATGAAAAACGt            >  1:2292624/1‑101 (MQ=255)
                                                                                     cTTGTATGTGATCTAGATCACATCTATCATTTAGTTATCGATCGTTAAGTAATTGCTTGCGACGTCATTCATCTGCATAAGGCCACTATTATGAAAAACGt            <  1:3780947/101‑1 (MQ=255)
                                                                                       tGTATGTGATCTAGATCACATCTATCATTTAGTTATCGATCGTTAAGTAATTGCTTGCGACGTCATTCATCTGCATAAGGCCACTATTATGAAAAACGTaa          >  1:823026/1‑101 (MQ=255)
                                                                                        gTATGTGATCTAGATCACATCTATCATTTAGTTATCGATCGTTAAGTAATTGCTTGCGACGTCATTCATCTGCATAAGGCCACTATTATGAAAAACGTaaa         >  1:13812754/1‑101 (MQ=255)
                                                                                         tATGTGATCTAGATCACATCTATCATTTAGTTATCGATCGTTAAGTAATTGCTTGCGACGTCATTCATCTGCATAAGGCCACTATTATGAAAAACGTaaaa        >  1:910727/1‑101 (MQ=255)
                                                                                            gtgATCTAGATCACATCTATCATTTAGTTATCGATCGTTAAGTAATTGCTTGCGACGTCATTCATCTGCATAAGGCCACTATTATGAAAAACGTAAAAAcc     <  1:4267502/101‑1 (MQ=255)
                                                                                            gtgATCTAGATCACATCTATCATTTAGTTATCGATCGTTAAGTAATTGCTTGCGACGTCATTCATCTGCATAAGGCCACTATTATGAAAAACGTAAAAAcc     <  1:8740230/101‑1 (MQ=255)
                                                                                            gtgATCTAGATCACATCTATCATTTAGTTATCGATCGTTAAGTAATTGCTTGCGACGTCATTCATCTGCATAAGGCCACTATTATGAAAAACGTAAAAAcc     >  1:6299460/1‑101 (MQ=255)
                                                                                               aTCTAGATCACATCTATCATTTAGTTATCGATCGTTAAGTAATTGCTTGCGACGTCATTCATCTGCATAAGGCCACTATTATGAAAAACGTAAAAACCCTc  >  1:7556335/1‑101 (MQ=255)
                                                                                                  |                                                                                                 
GTCCAGATCCCATAAAAATAATTGCTTTCTATTTAACTGAAATTTAAAGATTTTTAAATTAATTAATGATTGTTATAAAAAATATCTTGTATGTGATCCAGATCACATCTATCATTTAGTTATCGATCGTTAAGTAATTGCTTGCGACGTCATTCATCTGCATAAGGCCACTATTATGAAAAACGTAAAAACCCTC  >  NC_007779/1170475‑1170670

Alignment Legend
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 26 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG
Unaligned base: atcg    Masked matching base: atcg    Alignment gap:     Deleted base: 
Reads not counted as support for junction
read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint.
read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication.