| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | NC_007779 | = 1305037 | 14 (0.060) | 250 (1.040) | 129/172 | NT | 94.9% | coding (425/921 nt) | oppB | oligopeptide transporter subunit |
| ? | NC_007779 | 2519723 = | NA (NA) | intergenic (+33/‑54) | nupC/insL | nucleoside (except guanosine) transporter/transposase | |||||
Only 100 of 324 total aligned reads displayed.
GTAATACTGGGTGTTAGTGCTGGCGTTATTGCCGCATTAAAACAAAACACCAAATGGGACTATACCGTGATGGGGCTGGCAATGACCGGGGTTGTTATCCC‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ > NC_007779/1304937‑1305037‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑tcccATAAGCGCTAACTTAAGGGTTGTGGTATTACGCCTGATATGATTTAACGTGCCGATGAATTACTCTCACGATAACTGGTCAGCAATTCTGGCCCATATTG > NC_007779/2519723‑2519822 AATACTGGGCGTTAGTGCTGGCGTTATTGCCGCATTAAAACAAAACACCAAATGGGACTATACCGAGATGGGGCTGGCAATGACCGGGGGTGTTATCCCAT > 1:4799904/1‑101 ATACTGGGTGTTAGTGCTGGCGTTATTGCCGCATTAAAACAAAACACCAAATGGGACTATACCGTGATGGGGCTGGCAATGACCGGGGTTGTTATCCCATA < 1:9117041/101‑1 ACTGGGTGTTAGTGCTGGCGTTATTGCCGCATTAAAACAAAACACCAAATGGGACTATACCGTGATGGGGCTGGCAATGACCGGGGTTGTTATCCCATAAG < 1:5954953/101‑1 CTGGGTGTTAGTGCTGGCGTTATTGCCGCATTAAAACAAAACACCAAATGGGACTATACCGTGATGGGGCTGGCAATGACCGGGGTTGTTATCCCATAAGC < 1:8915151/101‑1 TGGGTGTTAGTGCTGGCGTTATTGCCGCATTAAAACAAAACACCAAATGGGACTATACCGTGATGGGGCTGGCAATGACCGGGGTTGTTATCCCATAAGCG > 1:2142372/1‑101 GGGTGTTAGTGCTGGCGTTATTGCCGCATTAAAACAAAACACCAAATGGGACTATACCGTGATGGGGCTGGCAATGACCGGGGTTGTTATCCCATAAGCGC > 1:6547509/1‑101 GGGTGTTAGTGCTGGCGTTATTGCCGCATTAAAACAAAACACCAAATGGGACTATACCGTGATGGGGCTGGCAATGACCGGGGTTGTTATCCCATAAGCGC < 1:6036971/101‑1 GGTGTTAGTGCTGGCGTTATTGCCGCATTAAAACAAAACACCAAATGGGACTATACCGTGATGGGGCTGGCAATGACCGGGGTTGTTATCCCATAAGCGCT < 1:1286811/101‑1 GGTGTTAGTGCTGGCGTTATTGCCGCATTAAAACAAAACACCAAATGGGACTATACCGTGATGGGGCTGGCAATGACCGGGGTTGTTATCCCATAAGCGCT > 1:7085921/1‑101 GTGCTGGCGTTATTGCCGCATTAAAACAAAACACCAAATGGGACTATACCGTGATGGGGCTGGCAATGACCGGGGTTGTTATCCCATAAGCGCTAACTTAA > 1:10167826/1‑101 GCTGGCGTTATTGCCGCATTAAAACAAAACACCAAATGGGACTATACCGTGATGGGGCTGGCAATGACCGGGGTTGTTATCCCATAAGCGCTAACTTAAGG > 1:4691418/1‑101 CTGGCGTTATTGCCGCATTAAAACAAAACACCAAATGGGACTATACCGTGATGGGGCTGGCAATGACCGGGGTTGTTATCCCATAAGCGCTAACTTAAGGG < 1:5716293/101‑1 TGGCGTTATTGCCGCATTAAAACAAAACACCAAATGGGACTATACCGTGATGGGGCTGGCAATGACCGGGGTTGTTATCCCATAAGCGCTAACTTAAGGGT > 1:8099129/1‑101 GGCGTTATTGCCGCATTAAAACAAAACACCAAATGGGACTATACCGTGATGGGGCTGGCAATGACCGGGGTTGTTATCCCATAAGCGCTAACTTAAGGGTT < 1:5573987/101‑1 GGCGTTATTGCCGCATTAAAACAAAACACCAAATGGGACTATACCGTGATGGGGCTGGCAATGACCGGGGTTGTTATCCCATAAGCGCTAACTTAAGGGTT > 1:6176185/1‑101 GCGTTATTGCCGCATTAAAACAAAACACCAAATGGGACTATACCGTGATGGGGCTGGCAATGACCGGGGTTGTTATCCCATAAGCGCTAACTTAAGGGTTG > 1:6397843/1‑101 CGTTATTGCCGCATTAAAACAAAACACCAAATGGGACTATACCGTGATGGGGCTGGCAATGACCGGGGTTGTTATCCCATAAGCGCTAACTTAAGGGTTGT > 1:4505077/1‑101 CGTTATTGCCGCATTAAAACAAAACACCAAATGGGACTATACCGTGATGGGGCTGGCAATGACCGGGGTTGTTATCCCATAAGCGCTAACTTAAGGGTTGT > 1:3052639/1‑101 GTTATTGCCGCATTAAAACAAAACACCAAATGGGACTATACCGTGATGGGGCTGGCAATGACCGGGGTTGTTATCCCATAAGCGCTAACTTAAGGGTTGTG > 1:1165569/1‑101 GTTATTGCCGCATTAAAACAAAACACCAAATGGGACTATACCGTGATGGGGCTGGCAATGACCGGGGTTGTTATCCCATAAGCGCTAACTTAAGGGTTGTG < 1:5784235/101‑1 TTATTGCCGCATTAAAACAAAACACCAAATGGGACTATACCGTGATGGGGCTGGCAATGACCGGGGTTGTTATCCCATAAGCGCTAACTTAAGGGTTGTGG > 1:21841/1‑101 TTGCCGCATTAAAACAAAACACCAAATGGGACTATACCGTGATGGGGCTGGCAATGACCGGGGTTGTTATCCCATAAGCGCTAACTTAAGGGTTGTGGTAT < 1:7198622/101‑1 TTGCCGCATTAAAACAAAACACCAAATGGGACTATACCGTGATGGGGCTGGCAATGACCGGGGTTGTTATCCCATAAGCGCTAACTTAAGGGTTGTGGTAT < 1:10118265/101‑1 GCCGCATTAAAACAAAACACCAAATGGGACTATACCGTGATGGGGCTGGCAATGACCGGGGTTGTTATCCCATAAGCGCTAACTTAAGGGTTGTGGTATTA > 1:11163218/1‑101 GCCGCATTAAAACAAAACACCAAATGGGACTATACCGTGATGGGGCTGGCAATGACCGGGGTTGTTATCCCATAAGCGCTAACTTAAGGGTTGTGGTATTA < 1:10807304/101‑1 CCGCATTAAAACAAAACACCAAATGGGACTATACCGTGATGGGGCTGGCAATGACCGGGGTTGTTATCCCATAAGCGCTAACTTAAGGGTTGTGGTATTAC > 1:8698953/1‑101 CGCATTAAAACAAAACACCAAATGGGACTATACCGTGATGGGGCTGGCAATGACCGGGGTTGTTATCCCATAAGCGCTAACTTAAGGGTTGTGGTATTACG > 1:12317869/1‑101 GCATTAAAACAAAACACCAAATGGGACTATACCGTGATGGGGCTGGCAATGACCGGGGTTGTTATCCCATAAGCGCTAACTTAAGGGTTGTGGTATTACGC > 1:6863114/1‑101 CATTAAAACAAAACACCAAATGGGACTATACCGTGATGGGGCTGGCAATGACCGGGGTTGTTATCCCATAAGCGCTAACTTAAGGGTTGTGGTATTACGCC > 1:6308206/1‑101 TTAAAACAAAACACCAAATGGGACTATACCGTGATGGGGCTGGCAATGACCGGGGTTGTTATCCCATAAGCGCTAACTTAAGGGTTGTGGTATTACGCCTG > 1:3381890/1‑101 TAAAACAAAACACCAAATGGGACTATACCGTGATGGGGCTGGCAATGACCGGGGTTGTTATCCCATAAGCGCTAACTTAAGGGTTGTGGTATTACGCCTGA < 1:7747707/101‑1 TAAAACAAAACACCAAATGGGACTATACCGTGATGGGGCTGGCAATGACCGGGGTTGTTATCCCATAAGCGCTAACTTAAGGGTTGTGGTATTACGCCTGA > 1:2877011/1‑101 AAAACAAAACACCAAATGGGACTATACCGTGATGGGGCTGGCAATGACCGGGGTTGTTATCCCATAAGCGCTAACTTAAGGGTTGTGGTATTACGCCTGAT > 1:6609881/1‑101 AACAAAACACCAAATGGGACTATACCGTGATGGGGCTGGCAATGACCGGGGTTGTTATCCCATAAGCGCTAACTTAAGGGTTGTGGTATTACGCCTGATAT < 1:9421743/101‑1 CAAAACACCAAATGGGACTATACCGTGATGGGGCTGGCAATGACCGGGGTTGTTATCCCATAAGCGCTAACTTAAGGGTTGTGGTATTACGCCTGATATGA < 1:7011310/101‑1 CACCAAATGGGACTATACCGTGATGGGGCTGGCAATGACCGGGGTTGTTATCCCATAAGCGCTAACTTAAGGGTTGTGGTATTACGCCTGATATGATTTAA < 1:968517/101‑1 CACCAAATGGGACTATACCGTGATGGGGCTGGCAATGACCGGGGTTGTTATCCCATAAGCGCTAACTTAAGGGTTGTGGTATTACGCCTGATATGATTTAA < 1:10311637/101‑1 AAATGGGACTATACCGTGATGGGGCTGGCAATGACCGGGGTTGTTATCCCATAAGCGCTAACTTAAGGGTTGTGGTATTACGCCTGATATGATTTAACGTG > 1:6652057/1‑101 ATGGGACTATACCGTGATGGGGCTGGCAATGACCGGGGTTGTTATCCCATAAGCGCTAACTTAAGGGTTGTGGTATTACGCCTGATATGATTTAACGTGCC > 1:9320028/1‑101 TGGGACTATACCGTGATGGGGCTGGCAATGACCGGGGTTGTTATCCCATAAGCGCTAACTTAAGGGTTGTGGTATTACGCCTGATATGATTTAACGTGCCG < 1:7136959/101‑1 TGGGACTATACCGTGATGGGGCTGGCAATGACCGGGGTTGTTATCCCATAAGCGCTAACTTAAGGGTTGTGGTATTACGCCTGATATGATTTAACGTGCCG > 1:3998305/1‑101 TGGGACTATACCGTGATGGGGCTGGCAATGACCGGGGTTGTTATCCCATAAGCGCTAACTTAAGGGTTGTGGTATTACGCCTGATATGATTTAACGTGCCG < 1:9765791/101‑1 GGACTATACCGTGATGGGGCTGGCAATGACCGGGGTTGTTATCCCATAAGCGCTAACTTAAGGGTTGTGGTATTACGCCTGATATGATTTAACGTGCCGAT < 1:1198557/101‑1 GACTATACCGTGATGGGGCTGGCAATGACCGGGGTTGTTATCCCATAAGCGCTAACTTAAGGGTTGTGGTATTACGCCTGATATGATTTAACGTGCCGATc < 1:10652135/101‑2 CTATACCGTGATGGGGCTGGCAATGACCGGGGTTGTTATCCCATAAGCGCTAACTTAAGGGTTGTGGTATTACGCCTGATATGATTTAACGTGCCGATGAA > 1:8803436/1‑101 CTATACCGTGATGGGGCTGGCAATGACCGGGGTTGTTATCCCATAAGCGCTAACTTAAGGGTTGTGGTATTACGCCTGATATGATTTAACGTGCCGATGAA < 1:5251222/101‑1 TATACCGTGATGGGGCTGGCAATGACCGGGGTTGTTATCCCATAAGCGCTAACTTAAGGGTTGTGGTATTACGCCTGATATGATTTAACGTGCCGATGAAT < 1:5333943/101‑1 ATACCGTGATGGGGCTGGCAATGACCGGGGTTGTTATCCCATAAGCGCTAACTTAAGGGTTGTGGTATTACGCCTGATATGATTTAACGTGCCGACGAATT < 1:3817153/101‑1 ACCGTGATGGGGCTGGCAATGACCGGGGTTGTTATCCCATAAGCGCTAACTTAAGGGTTGTGGTATTACGCCTGATATGATTTAACGTGCCGATGAATTAC < 1:12104302/101‑1 CCGTGATGGGGCTGGCAATGACCGGGGTTGTTATCCCATAAGCGCTAACTTAAGGGTTGTGGTATTACGCCTGATATGATTTAACGTGCCGCTGAATTACT > 1:1841453/1‑101 CGTGATGGGGCTGGCAATGACCGGGGTTGTTATCCCATAAGCGCTAACTTAAGGGTTGTGGTATTACGCCTGATATGATTTAACGTGCCGATGAATTACTC > 1:4181033/1‑101 CGTGATGGGGCTGGCAATGACCGGGGTTGTTATCCCATAAGCGCTAACTTAAGGGTTGTGGTATTACGCCTGATATGATTTAACGTGCCGATGAATTACTC < 1:4286581/101‑1 TGATGGGGCTGGCAATGACCGGGGTTGTTATCCCATAAGCGCTAACTTAAGGGTTGTGGTATTACGCCTGATATGATTTAACGTGCCGATGAATTACTCTC > 1:3460255/1‑101 TGATGGGGCTGGCAATGACCGGGGTTGTTATCCCATAAGCGCTAACTTAAGGGTTGTGGTATTACGCCTGATATGATTTAACGTGCCGATGAATTACTCTC < 1:1223285/101‑1 TGATGGGGCTGGCAATGACCGGGGTTGTTATCCCATAAGCGCTAACTTAAGGGTTGTGGTATTACGCCTGATATGATTTAACGTGCCGATGAATTACTCTC > 1:1098618/1‑101 GATGGGGCTGGCAATGACCGGGGTTGTTATCCCATAAGCGCTAACTTAAGGGTTGTGGTATTACGCCTGATATGATTTAACGTGCCGATGAATTACTCTCA > 1:12581899/1‑101 ATGGGGCTGGCAATGACCGGGGTTGTTATCCCATAAGCGCTAACTTAAGGGTTGTGGTATTACGCCTGATATGATTTAACGTGCCGATGAATTACTCTCAC > 1:10361624/1‑101 ATGGGGCTGGCAATGACCGGGGTTGTTATCCCATAAGCGCTAACTTAAGGGTTGTGGTATTACGCCTGATATGATTTAACGTGCCGATGAATTACTCTCAC < 1:10271827/101‑1 GGGGCTGGCAATGACCGGGGTTGTTATCCCATAAGCGCTAACTTAAGGGTTGTGGTATTACGCCTGATATGATTTAACGTGCCGATGAATTACTCTCACGA > 1:5086925/1‑101 GGCTGGCAATGACCGGGGTTGTTATCCCATAAGCGCTAACTTAAGGGTTGTGGTATTACGCCTGATATGATTTAACGTGCCGATGAATTACTCTCACGATA < 1:2676728/101‑1 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CCCATAAGCGCTAACTTAAGGGTTGTGGTATTACGCCTGATATGATTTAACGTGCCGATGAATTACTCTCACGATAACTGGTCAGCAATTCTGGCCCATAT > 1:8167411/1‑101 CCCATAAGCGCTAACTTAAGGGTTGTGGTATTACGCCTGATATGATTTAACGTGCCGATGAATTACTCTCACGATAACTGGTCAGCAATTCTGGCCCATAT < 1:1316990/101‑1 CCCATAAGCGCTAACTTAAGGGTTGTGGTATTACGCCTGATATGATTTAACGTGCCGATGAATTACTCTCACGATAACTGGTCAGCAATTCTGGCCCATAT > 1:3425616/1‑101 CCCATAAGCGCTAACTTAAGGGTTGTGGTATTACGCCTGATATGATTTAACGTGCCGATGAATTACTCTCACGATAACTGGTCAGCAATTCTGGCCCATAT < 1:4378958/101‑1 CCCATAAGCGCTAACTTAAGGGTTGTGGTATTACGCCTGATATGATTTAACGTGCCGATGAATTACTCTCACGATAACTGGTCAGCAATTCTGGCCCATAT < 1:2487777/101‑1 CCCATAAGCGCTAACTTAAGGGTTGTGGTATTACGCCTGATATGATTTAACGTGCCGATGAATTACTCTCACGATAACTGGTCAGCAATTCTGGCCCATAT < 1:9253349/101‑1 CCATAAGCGCTAACTTAAGGGTTGTGGTATTACGCCTGATATGATTTAACGTGCCGATGAATTACTCTCACGATAACTGGTCAGCAATTCTGGCCCATATT < 1:3551017/101‑1 CCATAAGCGCTAACTTAAGGGTTGTGGTATTACGCCTGATATGATTTAACGTGCCGATGAATTACTCTCACGATAACTGGTCAGCAATTCTGGCCCATATT > 1:10502493/1‑101 CCATAAGCGCTAACTTAAGGGTTGTGGTATTACGCCTGATATGATTTAACGTGCCGATGAATTACTCTCACGATAACTGGTCAGCAATTCTGGCCCATATT < 1:5303877/101‑1 CCATAAGCGCTAACTTAAGGGTTGTGGTATTACGCCTGATATGATTTAACGTGCCGATGAATTACTCTCACGATAACTGGCCAGCAATTCTGGCCCATATT > 1:11302288/1‑101 CATAAGCGCTAACTTAAGGGTTGTGGTATTACGCCTGATATGATTTAACGTGCCGATGAATTACTCTCACGATAACTGGTCAGCAATTCTGGCCCATATTG < 1:10955593/101‑1 CATAAGCGCTAACTTAAGGGTTGTGGTATTACGCCTGATATGATTTAACGTGCCGATGAATTACTCTCACGATAACTGGTCAGCAATTCTGGCCCATATTG > 1:2318300/1‑101 CATAAGCGCTAACTTAAGGGTTGTGGTATTACGCCTGATATGATTTAACGTGCCGATGAATTACTCTCACGATAACTGGTCAGCAATTCTGGCCCATATTG > 1:2047115/1‑101 CATAAGCGCTAACTTAAGGGTTGTGGTATTACGCCTGATATGATTTAACGTGCCGATGAATTACTCTCACGATAACTGGTCAGCAATTCTGGCCCATATTG < 1:2001126/101‑1 CATAAGCGCTAACTTAAGGGTTGTGGTATTACGCCTGATATGATTTAACGTGCCGATGAATTACTCTCACGATAACTGGTCAGCAATTCTGGCCCATATTG < 1:160856/101‑1 CATAAGCGCTAACTTAAGGGTTGTGGTATTACGCCTGATATGATTTAACGTGCCGATGAATTACTCTCACGATAACTGGTCAGCAATTCTGGCCCATATTG < 1:11578942/101‑1 GTAATACTGGGTGTTAGTGCTGGCGTTATTGCCGCATTAAAACAAAACACCAAATGGGACTATACCGTGATGGGGCTGGCAATGACCGGGGTTGTTATCCC‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ > NC_007779/1304937‑1305037‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑tcccATAAGCGCTAACTTAAGGGTTGTGGTATTACGCCTGATATGATTTAACGTGCCGATGAATTACTCTCACGATAACTGGTCAGCAATTCTGGCCCATATTG > NC_007779/2519723‑2519822 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 33 ≤ ATCG/ATCG < 35 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |