New junction evidence | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
* | ? | NC_007779 | = 3744263 | NA (NA) | 217 (0.860) | 120/180 | NT | 100% | intergenic (‑91/+30) | insC/yidZ | IS2 element protein/DNA‑binding transcriptional regulator |
? | NC_007779 | 3903274 = | 0 (0.000) | coding (37/825 nt) | bax | hypothetical protein |
Only 100 of 232 total aligned reads displayed.
TCTGTTCTCCAATGACTAGTCTAAAAACTAGTATTAAGACTATCACTTATTTAAGTGATATTGGTTGTCTGGAGATTCAGGGGGCCAGTCTA‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ > NC_007779/3744172‑3744263 ‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ATTCTTATGTTACTCACTCTGGTGTTTTCGAGTGAGGTGTTAGCGAAGACGCACACAACAACAGCGAGTCAAAAGTCCCACTTAACTAAAGCTAGTAATA > NC_007779/3903274‑3903373 CTCCAATGACTAGTCTAAAAACTAGTATTAAGACTATCACTTATTTAAGTGATATTGGTTGTCTGGAGATTCAGGGGGCCAGTCTAATTCTTATGTTACTC < 1:8430768/101‑1 ttCAATGACTAGTCTAAAAACTAGTATTAAGACTATCACTTATTTAAGTGATATTGGTTGTCTGGAGATTCAGGGGGCCAGTCTAATTCTTATGTTACTCA < 1:10081311/99‑1 TCCAATGACTAGTCTAAAAACTAGTATTAAGACTATCACTTATTTAAGTGATATTGGTTGTCTGGAGATTCAGGGGGCCAGTCTAATTCTTATGTTACTCA > 1:11875690/1‑101 TCCAATGACTAGTCTAAAAACTAGTATTAAGACTATCACTTATTTAAGTGATATTGGTTGTCTGGAGATTCAGGGGGCCAGTCTAATTCTTATGTTACTCA > 1:4180510/1‑101 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AAGACTATCACTTATTTAAGTGATATTGGTTGTCTGGAGATTCAGGGGGCCAGTCTAATTCTTATGTTACTCACTCTGGTGTTTTCGAGTGAGGTGTTAGC > 1:1676064/1‑101 ACTATCACTTATTTAAGTGATATTGGTTGTCTGGAGATTCAGGGGGCCAGTCTAATTCTTATGTTACTCACTCTGGTGTTTTCGAGTGAGGTGTTAGCGAA > 1:2316265/1‑101 CTATCACTTATTTAAGTGATATTGGTTGTCTGGAGATTCAGGGGGCCAGTCTAATTCTTATGTTACTCACTCTGGTGTTTTCGAGTGAGGTGTTAGCGAAG < 1:10742532/101‑1 TATCACTTATTTAAGTGATATTGGTTGTCTGGAGATTCAGGGGGCCAGTCTAATTCTTATGTTACTCACTCTGGTGTTTTCGAGTGAGGTGTTAGCGAAGA > 1:7041501/1‑101 ATCACTTATTTAAGTGATATTGGTTGTCTGGAGATTCAGGGGGCCAGTCTAATTCTTATGTTACTCACTCTGGTGTTTTCGAGTGAGGTGTTAGCGAAGAC < 1:3461317/101‑1 ATCACTTATTTAAGTGATATTGGTTGTCTGGAGATTCAGGGGGCCAGTCTAATTCTTATGTTACTCACTCTGGTGTTTTCGAGTGAGGTGTTAGCGAAGAC < 1:3810988/101‑1 ATCACCTATTTAAGTGATATTGGTTGTCTGGAGATTCAGGGGGCCAGTCTAATTCTTATGTTACTCACTCTGGTGTTTTCGAGTGAGGTGTTAGCGAAGAC < 1:4912508/101‑1 TCACTTATTTAAGTGATATTGGTTGTCTGGAGATTCAGGGGGCCAGTCTAATTCTTATGTTACTCACTCTGGTGTTTTCGAGTGAGGTGTTAGCGAAGACG > 1:5765981/1‑101 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TATTGGTTGTCTGGAGATTCAGGGGGCCAGTCTAATTCTTATGTTACTCACTCTGGTGTTTTCGAGTGAGGTGTTAGCGAAGACGCACACAACAACAGCGA < 1:7354655/101‑1 ATTGGTTGTCTGGAGATTCAGGGGGCCAGTCTAATTCTTATGTTACTCACTCTGGTGTTTTCGAGTGAGGTGTTAGCGAAGACGCACACAACAACAGCGAG > 1:8071853/1‑101 TTGGTTGTCTGGAGATTCAGGGGGCCAGTCTAATTCTTATGTTACTCGCTCTGGTGTTTTCGAGTGAGGTGTTAGCGAAGACGCACACAACAACAGCGAGT < 1:3847392/101‑1 TGGTTGTCTGGAGATTCAGGGGGCCAGTCTAATTCTTATGTTACTCTCTCTGGTGTTTTCGAGTGAGGTGTTAGCGAAGACGCACACAACAACAGCGAGTC < 1:1135063/101‑1 TGGTTGTCTGGAGATTCAGGGGGCCAGTCTAATTCTTATGTTACTCACTCTGGTGTTTTCGAGTGAGGTGTTAGCGAAGACGCACACAACAACAGCGAGTC > 1:10184932/1‑101 TGGTTGTCTGGAGATTCAGGGGGCCAGTCTAATTCTTATGTTACTCACTCTGGTGTTTTCGAGTGAGGTGTTAGCGAAGACGCACACAACAACAGCGAGTC > 1:12380129/1‑101 TGGTTGTCTGGAGATTCAGGGGGCCAGTCTAATTCTTATGTTACTCACTCTGGTGTTTTCGAGTGAGGTGTTAGCGAAGACGCACACAACAACAGCGAGTC > 1:11064891/1‑101 GGTTGTCTGGAGATTCAGGGGGCCAGTCTAATTCTTATGTTACTCACTCTGGTGTTTTCGAGTGAGGTGTTAGCGAAGACGCACACAACAACAGCGAGTCA < 1:6750618/101‑1 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Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 26 ≤ ATCG/ATCG < 33 ≤ ATCG/ATCG < 35 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
Reads not counted as support for junction |
read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |