| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | NC_007779 | 3746911 = | NA (NA) | 301 (1.040) | 135/180 | NT | 100% | intergenic (‑509/‑68) | mdtL/insH | multidrug efflux system protein/IS5 element protein |
| ? | NC_007779 | = 3748646 | 0 (0.000) | intergenic (+687/+425) | insH/tnaA | IS5 element protein/tryptophanase/L‑cysteine desulfhydrase, PLP‑dependent | |||||
Only 100 of 324 total aligned reads displayed.
TGTCGGCGAAGGTAAGTTGATGACTCATGATGAACCCTGTTCTATGGCTCCAGATGACAAACATGATCTCATATCAGGGACTTGTTCGCACCTTCC‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ < NC_007779/3747006‑3746911‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑TTAGTGAAACGATATCAATGAATTTGGGTTATCACGCTAATCCACGTATTGTCGGGATCTGCACAGCCATTTTCGTTGCCAGCGTATTGTGGTTAAGTTC < NC_007779/3748646‑3748547 TGTCGGCGAAGGTAAGTTGATGACTCATGATGAACCCTGTTCTATGGCTCCAGATGACAAACATGATCTCATATCAGGGACTTGTTCGCACCTTCCTTAGT > 1:11734095/1‑101 GTCGGCGAAGGTAAGTTGATGACTCATGATGAACCCTGTTCTATGGCTCCAGATGACAAACATGATCTCATATCAGGGACTTGTTCGCACCTTCCTTAGTG > 1:4024360/1‑101 GTCGGCGAAGGTAAGTTGATGACTCATGATGAACCCTGTTCTATGGCTCCAGATGACAAACATGATCTCATATCAGGGACTTGTTCGCACCTTCCTTAGTG < 1:5754941/101‑1 CGGCGAAGGTAAGTTGATGACTCATGATGAACCCTGTTCTATGGCTCCAGATGACAAACATGATCTCATATCAGGGACTTGTTCGCACCTTCCTTAGTGAA > 1:14570202/1‑101 CGGCGAAGGTAAGTTGATGACTCATGATGAACCCTGTTCTATGGCTCCAGATGACAAACATGATCTCATATCAGGGACTTGTTCGCACCTTCCTTAGTGAA > 1:3289235/1‑101 GGCGAAGGTAAGTTGATGACTCATGATGAACCCTGTTCTATGGCTCCAGATGACAAACATGATCTCATATCAGGGACTTGTTCGCACCTTCCTTAGTGAAA > 1:9792690/1‑101 GCGAAGGTAAGTTGATGACTCATGATGACCCCTGTTCTATGGCTCCAGATGACAAACATGATCTCATATCAGGGACTTGTTCGCCCCTTCCTTAGTGAAAC < 1:689926/101‑1 GCGAAGGTAAGTTGATGACTCATGATGAACCCTGTTCTATGGCTCCAGATGACAAACATGATCTCATATCAGGGACTTGTTCGCACCTTCCTTAGTGAAAC < 1:13431790/101‑1 CGAAGGTAAGTTGATGACTCATGATGAACCCTGTTCTATGGCTCCAGATGACAAACATGATCTCATATCAGGGACTTGTTCGCACCTTCCTTAGTGAAACG < 1:4604787/101‑1 CGAAGGTAAGTTGATGACTCATGATGAACCCTGTTCTATGGCTCCAGATGACAAACATGATCTCATATCAGGGACTTGTTCGCACCTTCCTTAGTGAAACG < 1:11403001/101‑1 AAGGTAAGTTGATGACTCATGATGAACCCTGTTCTATGGCTCCAGATGACAAACATGATCTCATATCAGGGACTTGTTCGCACCTTCCTTAGTGAAACGAT > 1:7448288/1‑101 AGGTAAGTTGATGACTCATGATGAACCCTGTTCTATGGCTCCAGATGACAAACATGATCTCATATCAGGGACTTGTTCGCACCTTCCTTAGTGAAACGATA < 1:1396739/101‑1 GGTAAGTTGATGACTCATGATGAACCCTGTTCTATGGCTCCAGATGACAAACATGATCTCATATCAGGGACTTGTTCGCACCTTCCTTAGTGAAACGATAT > 1:9489106/1‑101 GGTAAGTTGATGACTCATGATGAACCCTGTTCTATGGCTCCAGATGACAAACATGATCTCATATCAGGGACTTGTTCGCACCTTCCTTAGTGAAACGATAT > 1:5712712/1‑101 GTAAGTTGATGACTCATGATGAACCCTGTTCTATGGCTCCAGATGACAAACATGATCTCATATCAGGGACTTGTTCGCACCTTCCTTAGTGAAACGATATC > 1:11825474/1‑101 AAGTTGATGACTCATGATGAACCCTGTTCTATGGCTCCAGATGACAAACATGATCTCATATCAGGGACTTGTTCGCACCTTCCTTAGTGAAACGATATCAA > 1:749797/1‑101 AGTTGATGACTCATGATGAACCCTGTTCTATGGCTCCAGATGACAAACATGATCTCATATCAGGGACTTGTTCGCACCTTCCTTAGTGAAACGATATCAAT < 1:13550510/101‑1 AGTTGATGACTCATGATGAACCCTGTTCTATGGCTCCAGATGACAAACATGATCTCATATCAGGGACTTGTTCGCACCTTCCTTAGTGAAACGATATCAAT < 1:3492778/101‑1 TTGATGACTCATGATGAACCCTGTTCTATGGCTCCAGATGACAAACATGATCTCATATCAGGGACTTGTTCGCACCTTCCTTAGTGAAACGATATCAATGA < 1:14503587/101‑1 TTGATGACTCATGATGAACCCTGTTCTATGGCTCCAGATGACAAACATGATCTCATATCAGGGACTTGTTCGCACCTTCCTTAGTGAAACGATATCAATGA > 1:7388611/1‑101 TGATGACTCATGATGAACCCTGTTCTATGGCTCCAGATGACAAACATGATCTCATATCAGGGACTTGTTCGCACCTTCCTTAGTGAAACGATATCAATGAA > 1:3003306/1‑101 TGATGACTCATGATGAACCCTGTTCTATGGCTCCAGATGACAAACATGATCTCATATCAGGGACTTGTTCGCACCTTCCTTAGTGAAACGATATCAATGAA < 1:755119/101‑1 ATGACTCATGATGAACCCTGTTCTATGGCTCCAGATGACAAACATGATCTCATATCAGGGACTTGTTCGCACCTTCCTTAGTGAAACGATATCAATGAATT > 1:526999/1‑101 TGACTCATGATGAACCCTGTTCTATGGCTCCAGATGACAAACATGATCTCATATCAGGGACTTGTTCGCACCTTCCTTAGTGAAACGATATCAATGAATTT > 1:4901520/1‑101 ACTCATGATGAACCCTGTTCTATGGCTCCAGATGACAAACATGATCTCATATCAGGGACTTGTTCGCACCTTCCTTAGTGAAACGATATCAATGAATTTGG > 1:9094260/1‑101 ATGATGAACCCTGTTCTATGGCTCCAGATGACAAACATGATCTCATATCAGGGACTTGTTCGCACCTTCCTTAGTGAAACGATATCAATGAATTTGGGTTA > 1:7989875/1‑101 TGATGAACCCTGTTCTATGGCTCCAGATGACAAACATGATCTCATATCAGGGACTTGTTCGCACCTTCCTTAGTGAAACGATATCAATGAATTTGGGTTAT < 1:1659068/101‑1 TGATGAACCCTGTTCTATGGCTCCAGATGACAAACATGATCTCATATCAGGGACTTGTTCGCACCTTCCTTAGTGAAACGATATCAATGAATTTGGGTTAT > 1:6693015/1‑101 TGAACCCTGTTCTATGGCTCCAGATGACAAACATGATCTCATATCAGGGACTTGTTCGCACCTTCCTTAGTGAAACGATATCAATGAATTTGGGTTATCAC > 1:14366266/1‑101 TGAACCCTGTTCTATGGCTCCAGATGACAAACATGATCTCATATCAGGGACTTGTTCGCACCTTCCTTAGTGAAACGATATCAATGAATTTGGGTTATCAC < 1:3314409/101‑1 GAACCCTGTTCTATGGCTCCAGATGACAAACATGATCTCATATCAGGGACTTGTTCGCACCTTCCTTAGTGAAACGATATCAATGAATTTGGGTTATCACG < 1:4566716/101‑1 AACCCTGTTCTATGGCTCCAGATGACAAACATGATCTCATATCAGGGACTTGTTCGCACCTTCCTTAGTGAAACGATATCAATGAATTTGGGTTATCACGC > 1:10757824/1‑101 AACCCTGTTCTATGGCTCCAGATGACAAACATGATCTCATATCAGGGACTTGTTCGCACCTTCCTTAGTGAAACGATATCAATGAATTTGGGTTATCACGC > 1:12855555/1‑101 AACCCTGTTCTATGGCTCCAGATGACAAACATGATCTCATATCAGGGACTTGTTCGCACCTTCCTTAGTGAAACGATATCAATGAATTTGGGTTATCACGC > 1:2226417/1‑101 ACCCTGTTCTATGGCTCCAGATGACAAACATGATCTCATATCAGGGACTTGTTCGCACCTTCCTTAGTGAAACGATATCAATGAATTTGGGTTATCACGCT > 1:6239160/1‑101 CCCTGTTCTATGGCTCCAGATGACAAACATGATCTCATATCAGGGACTTGTTCGCACCTTCCTTAGTGAAACGATATCAATGAATTTGGGTTATCACGCTA < 1:10556058/101‑1 CCCTGTTCTATGGCTCCAGATGACAAACATGATCTCATATCAGGGACTTGTTCGCACCTTCCTTAGTGAAACGATATCAATGAATTTGGGTTATCACGCTA < 1:6470582/101‑1 CCTGTTCTATGGCTCCAGATGACAAACATGATCTCATATCAGGGACTTGTTCGCACCTTCCTTAGTGAAACGATATCAATGAATTTGGGTTATCACGCTAA > 1:1033236/1‑101 CCTGTTCTATGGCTCCAGATGACAAACATGATCTCATATCAGGGACTTGTTCGCACCTTCCTTAGTGAAACGATATCAATGAATTTGGGTTATCACGCTAA < 1:7173116/101‑1 CTGTTCTATGGCTCCAGATGACAAACATGATCTCATATCAGGGACTTGTTCGCACCTTCCTTAGTGAAACGATATCAATGAATTTGGGTTATCACGCTAAT > 1:10180459/1‑101 TGTTCTATGGCTCCAGATGACAAACATGATCTCATATCAGGGACTTGTTCGCACCTTCCTTAGTGAAACGATATCAATGAATTTGGGTTATCACGCTAATC < 1:9525903/101‑1 CTATGGCTCCAGATGACAAACATGATCTCATATCAGGGACTTGTTCGCACCTTCCTTAGTGAAACGATATCAATGAATTTGGGTTATCACGCTAATCCACG > 1:12674887/1‑101 CTATGGCTCCAGATGACAAACATGATCTCATATCAGGGACTTGTTCGCACCTTCCTTAGTGAAACGATATCAATGAATTTGGGTTATCACGCTAATCCACG < 1:9913524/101‑1 TATGGCTCCAGATGACAAACATGATCTCATATCAGGGACTTGTTCGCACCTTCCTTAGTGAACCGATATCAATGAATTTGGGTTATCACGCTAATCCACGT < 1:9129045/101‑1 TATGGCTCCAGATGACAAACATGATCTCATATCAGGGACTTGTTCGCACCTTCCTTAGTGAAACGATATCAATGAATTTGGGTTATCACGCTAATCCACGT > 1:3109368/1‑101 TATGGCTCCAGATGACAAACATGATCTCATATCAGGGACTTGTTCGCACCTTCCTTAGTGAAACGATATCAATGAATTTGGGTTATCACGCTAATCCACGT > 1:3893944/1‑101 TGGCTCCAGATGACAAACATGATCTCATATCAGGGACTTGTTCGCACCATCCTTAGTGAAACGATATCAATGAATTTGGGTTATCACGCTAATCCACGTAT < 1:5012861/101‑1 GGCTCCAGATGACAAACATGATCTCATATCAGGGACTTGTTCGCACCTTCCTTAGTGAAACGATATCAATGAATTTGGGTTATCACGCTAATCCACGTATT < 1:8132731/101‑1 GCTCCAGATGACAAACATGATCTCATATCAGGGACTTGTTCGCACCTTCCTTAGTGAAACGATATCAATGAATTTGGGTTATCACGCTAATCCACGTATTG > 1:6825435/1‑101 GCTCCAGATGACAAACATGATCTCATATCAGGGACTTGTTCGCACCTTCCTTAGTGAAACGATATCAATGAATTTGGGTTATCACGCTAATCCACGTATTG > 1:8805983/1‑101 GCTCCAGATGACAAACATGATCTCATATCAGGGACTTGTTCGCACCTTCCTTAGTGAAACGATATCAATGAATTTGGGTTATCACGCTAATCCACGTATTG > 1:4446332/1‑101 TCCAGATGACAAACATGATCTCATATCAGGGACTTGTTCGCACCTTCCTTAGTGAAACGATATCAATGAATTTGGGTTATCACGCTAATCCACGTATTGTC < 1:5372948/101‑1 TCCAGATGACAAACATGATCTCATATCAGGGACTTGTTCGCACCTTCCTTAGTGAAACGATATCAATGAATTTGGGTTATCACGCTAATCCACGTATTGTC > 1:14167384/1‑101 TCCAGATGACAAACATGATCTCATATCAGGGACTTGTTCGCACCTTCCTTAGTGAAACGATATCAATGAATTTGGGTTATCACGCTAATCCACGTATTGTC < 1:10601997/101‑1 CCAGATGACAAACATGATCTCATATCAGGGACTTGTTCGCACCTTCCTTAGTGAAACGATATCAATGAATTTGGGTTATCACGCTAATCCACGTATTGTCG < 1:5165228/101‑1 CCAGATGACAAACATGATCTCATATCAGGGACTTGTTCGCACCTTCCTTAGTGAAACGATATCAATGAATTTGGGTTATCACGCTAATCCACGTATTGTCG < 1:3568269/101‑1 GATGACAAACATGATCTCATATCAGGGACTTGTTCGCACCTTCCTTAGTGAAACGATATCAATGAATTTGGGTTATCACGCTAATCCACGTATTGTCGGGA < 1:6346438/101‑1 ATGACAAACATGATCTCATATCAGGGACTTGTTCGCACCTTCCTTAGTGAAACGATATCAATGAATTTGGGTTATCACGCTAATCCACGTATTGTCGGGAT < 1:12006947/101‑1 ATGACAAACATGATCTCATATCAGGGACTTGTTCGCACCTTCCTTAGTGAAACGATATCAATGAATTTGGGTTATCACGCTAATCCACGTATTGTCGGGAT > 1:12104843/1‑101 GACAAACATGATCTCATATCAGGGACTTGTTCGCACCTTCCTTAGTGAAACGATATCAATGAATTTGGGTTATCACGCTAATCCACGTATTGTCGGGATCT < 1:508311/101‑1 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TGTCGGCGAAGGTAAGTTGATGACTCATGATGAACCCTGTTCTATGGCTCCAGATGACAAACATGATCTCATATCAGGGACTTGTTCGCACCTTCC‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ < NC_007779/3747006‑3746911‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑TTAGTGAAACGATATCAATGAATTTGGGTTATCACGCTAATCCACGTATTGTCGGGATCTGCACAGCCATTTTCGTTGCCAGCGTATTGTGGTTAAGTTC < NC_007779/3748646‑3748547 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 30 ≤ ATCG/ATCG < 34 ≤ ATCG/ATCG < 35 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |