| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | NC_007779 | 3987186 = | NA (NA) | 240 (0.960) | 126/178 | NT | 100% | intergenic (‑732/‑31) | slp/insH | outer membrane lipoprotein/IS5 transposase and trans‑activator |
| ? | NC_007779 | = 4009203 | 0 (0.000) | coding (1379/1623 nt) | yhiJ | hypothetical protein | |||||
Only 100 of 264 total aligned reads displayed.
TGTCGGCGAAGGTAAGTTGATGACTCATGATGAACCCTGTTCTATGGCTCCAGATGACAAACATGATCTCATATCAGGGACTTGTTCGCACCTTCc‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ < NC_007779/3987280‑3987186‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑CCTAACATTTGTGAACATGCTAATAGTGCTTCAAGTTTAGGTCTGTAATCTGTCGAAACAGAAAAATAACGATTAAAGGATCGACAAGAGATAGCCCGGCT < NC_007779/4009203‑4009103 TGTCGGCGAAGGTAAGTTGATGACTCATGATGAACCCTGTTCTATGGCTCCAGATGACAAACATGATCTCATATCAGGGACTTGTTCGCACCTTCCCTAAC < 1:7240136/101‑1TGTCGGCGAAGGTAAGTTGATGACTCATGATGAACCCTGTTCTATGGCTCCAGATGACAAACATGATCTCATATCAGGGACTTGTTCGCACCTTCCCTAAC > 1:11542258/1‑101TGTCGGCGAAGGTAAGTTGATGACTCATGATGAACCCTGTTCTATGGCTCCAGATGACAAACATGATCTCATATCAGGGACTTGTTCGCACCTTCCCTAAC > 1:6626831/1‑101 TCGGCGAAGGTAAGTTGATGACTCATGATGAACCCTGTTCTATGGCTCCAGATGACAAACATGATCTCATATCAGGGACTTGTTCGCACCTTCCCTAACAT < 1:8701874/101‑1 CGGCGAAGGTAAGTTGATGACTCATGATGAACCCTGTTCTATGGCTCCAGATGACAAACATGATCTCATATCAGGGACTTGTTCGCACCTTCCCTAACATT > 1:8459950/1‑101 CGGCGAAGGTAAGTTGATGACTCATGATGAACCCTGTTCTATGGCTCCAGATGACAAACATGATCTCATATCAGGGACTTGTTCGCACCTTCCCTAACATT < 1:9152419/101‑1 GGCGAAGGTAAGTTGATGACTCATGATGAACCCTGTTCTATGGCTCCAGATGACAAACATGATCTCATATCAGGGACTTGTTCGCACCTTCCCTAACATTT < 1:9649302/101‑1 GAAGGTAAGTTGATGACTCATGATGAACCCTGTTCTATGGCTCCAGATGACAAACATGATCTCATATCAGGGACTTGTTCGCACCTTCCCTAACATTTGTG > 1:2176241/1‑101 GAAGGTAAGTTGATGACTCATGATGAACCCTGTTCTATGGCTCCAGATGACAAACATGATCTCATATCAGGGACTTGTTCGCACCTTCCCTAACATTTGTG > 1:9002845/1‑101 GAAGGTAAGTTGATGACTCATGATGAACCCTGTTCTATGGCTCCAGATGACAAACATGATCTCATATCAGGGACTTGTTCGCACCTTCCCTAACATTTGTG < 1:9257575/101‑1 AAGGTAAGTTGATGACTCATGATGAACCCTGTTCTATGGCTCCAGATGACAAACATGATCTCATATCAGGGACTTGTTCGCACCTTCCCTAACATTTGTGA < 1:5802963/101‑1 AGGTAAGTTGATGACTCATGATGAACCCTGTTCTATGGCTCCAGATGACAAACATGATCTCATATCAGGGACTTGTTCGCACCTTCCCTAACATTTGTGAA < 1:2711063/101‑1 GGTAAGTTGATGACTCATGATGAACCCTGTTCTATGGCTCCAGATGACAAACATGATCTCATATCAGGGACTTGTTCGCACCTTCCCTAACATTTGTGAAC > 1:10592311/1‑101 GGTAAGTTGATGACTCATGATGAACCCTGTTCTATGGCTCCAGATGACAAACATGATCTCATATCAGGGACTTGTTCGCACCTTCCCTAACATTTGTGAAC < 1:10137144/101‑1 AGTTGATGACTCATGATGAACCCTGTTCTATGGCTCCAGATGACAAACATGATCTCATATCAGGGACTTGTTCGCACCTTCCCTAACATTTGTGAACATGC > 1:5887666/1‑101 AGTTGATGACTCATGATGAACCCTGTTCTATGGCTCCAGATGACAAACATGATCTCATATCAGGGACTTGTTCGCACCTTCCCTAACATTTGTGAACATGC > 1:11961743/1‑101 GTTGATGACTCATGATGAACCCTGTTCTATGGCTCCAGATGACAAACATGATCTCATATCAGGGACTTGTTCGCACCTTCCCTAACATTTGTGAACATGCT < 1:12649225/101‑1 GTTGATGACTCATGATGAACCCTGTTCTATGGCTCCAGATGACAAACATGATCTCATATCAGGGACTTGTTCGCACCTTCCCTAACATTTGTGAACATGCT < 1:4347565/101‑1 GATGACTCATGATGAACCCTGTTCTATGGCTCCAGATGACAAACATGATCTCATATCAGGGACTTGTTCGCACCTTCCCTAACATTTGTGAACATGCTAAT < 1:8311632/101‑1 GATGACTCATGATGAACCCTGTTCTATGGCTCCAGATGACAAACATGATCTCATATCAGGGACTTGTTCGCACCTTCCCTAACATTTGTGAACATGCTAAT > 1:4753472/1‑101 CTCATGATGAACCCTGTTCTATGGCTCCAGATGACAAACATGATCTCATATCAGGGACTTGTTCGCACCTTCCCTAACATTTGTGAACATGCTAATAGTGC > 1:7182397/1‑101 TCATGATGAACCCTGTTCTATGGCTCCAGATGACAAACATGATCTCATATCAGGGACTTGTTCGCACCTTCCCTAACATTTGTGAACATGCTAATAGTGCT > 1:7117959/1‑101 CATGATGAACCCTGTTCTATGGCTCCAGATGACAAACATGATCTCATATCAGGGACTTGTTCGCACCTTCCCTAACATTTGTGAACATGCTAATAGTGCTT < 1:2788281/101‑1 CATGATGAACCCTGTTCTATGGCTCCAGATGACAAACATGATCTCATATCAGGGACTTGTTCGCACCTTCCCTAACATTTGTGAACATGCTAATAGTGCTT < 1:10995171/101‑1 CATGATGAACCCTGTTCTATGGCTCCAGATGACAAACATGATCTCATATCAGGGACTTGTTCGCACCTTCCCTAACATTTGTGAACATGCTAATAGTGCTT < 1:1260384/101‑1 ATGATGAACCCTGTTCTATGGCTCCAGATGACAAACATGATCTCATATCAGGGACTTGTTCGCACCTTCCCTAACATTTGTGAACATGCTAATAGTGCTTC > 1:2264769/1‑101 ATGATGAACCCTGTTCTATGGCTCCAGATGACAAACATGATCTCATATCAGGGACTTGTTCGCACCTTCCCTAACATTTGTGAACATGCTAATAGTGCTTC > 1:2437193/1‑101 ATGATGAACCCTGTTCTATGGCTCCAGATGACAAACATGATCTCATATCAGGGACTTGTTCGCACCTTCCCTAACATTTGTGAACATGCTAATAGTGCTTC < 1:4061373/101‑1 GATGAACCCTGTTCTATGGCTCCAGATGACAAACATGATCTCATATCAGGGACTTGTTCGCACCTTCCCTAACATTTGTGAACATGCTAATAGTGCTTCAA < 1:12261472/101‑1 TGAACCCTGTTCTATGGCTCCAGATGACAAACATGATCTCATATCAGGGACTTGTTCGCACCTTCCCTAACATTTGTGAACATGCTAATAGTGCTTCAAGT > 1:508038/1‑101 TGAACCCTGTTCTATGGCTCCAGATGACAAACATGATCTCATATCAGGGACTTGTTCGCACCTTCCCTAACATTTGTGAACATGCTAATAGTGCTTCAAGT < 1:3498288/101‑1 GAACCCTGTTCTATGGCTCCAGATGACAAACATGATCTCATATCAGGGACTTGTTCGCACCTTCCCTAACATTTGTGAACATGCTAATAGTGCTTCAAGTT > 1:2096909/1‑101 AACCCTGTTCTATGGCTCCAGATGACAAACATGATCTCATATCAGGGACTTGTTCGCACCTTCCCTAACATTTGTGAACATGCTAATAGTGCTTCAAGTTT < 1:3580914/101‑1 ACCCTGTTCTATGGCTCCAGATGACAAACATGATCTCATATCAGGGACTTGTTCGCACCTTCCCTAACATTTGTGAACATGCTAATAGTGCTTCAAGTTTA > 1:8172012/1‑101 CCTGTTCTATGGCTCCAGATGACAAACATGATCTCATATCAGGGACTTGTTCGCACCTTCCCTAACATTTGTGAACATGCTAATAGTGCTTCAAGTTTAGG > 1:7564454/1‑101 CTGTTCTATGGCTCCAGATGACAAACATGATCTCATATCAGGGACTTGTTCGCACCTTCCCTAACATTTGTGAACATGCTAATAGTGCTTCAAGTTTAGGT < 1:3107106/101‑1 CTGTTCTATGGCTCCAGATGACAAACATGATCTCATATCAGGGACTTGTTCGCACCTTCCCTAACATTTGTGAACATGCTAATAGTGCTTCAAGTTTAGGT < 1:6142763/101‑1 TGTTCTATGGCTCCAGATGACAAACATGATCTCATATCAGGGACTTGTTCGCACCTTCCCTAACATTTGTGAACATGCTAATAGTGCTTCAAGTTTAGGTC > 1:6837628/1‑101 GTTCTATGGCTCCAGATGACAAACATGATCTCATATCAGGGACTTGTTCGCACCTTCCCTAACATTTGTGAACATGCTAATAGTGCTTCAAGTTTAGGTCT > 1:11222791/1‑101 GTTCTATGGCTCCAGATGACAAACATGATCTCATATCAGGGACTTGTTCGCACCTTCCCTAACATTTGTGAACATGCTAATAGTGCTTCAAGTTTAGGTCT > 1:10889425/1‑101 GTTCTATGGCTCCAGATGACAAACATGATCTCATATCAGGGACTTGTTCGCACCTTCCCTAACATTTGTGAACATGCTAATAGTGCTTCAAGTTTAGGTCT < 1:6542453/101‑1 TTCTATGGCTCCAGATGACAAACATGATCTCATATCAGGGACTTGTTCGCACCTTCCCTAACATTTGTGAACATGCTAATAGTGCTTCAAGTTTAGGTCTG < 1:7443381/101‑1 TCTATGGCTCCAGATGACAAACATGATCTCGTATCAGGGACTTGTTCGCACCTTCCCTAACATTTGTGAACATGCTAATAGTGCTTCAAGTTTAGGTCTGT > 1:7700071/1‑101 TCTATGGCTCCAGATGACAAACATGATCTCATATCAGGGACTTGTTCGCACCTTCCCTAACATTTGTGAACATGCTAATAGTGCTTCAAGTTTAGGTCTGT > 1:2910336/1‑101 TCTATGGCTCCAGATGACAAACATGATCTCATATCAGGGACTTGTTCGCACCTTCCCTAACATTTGTGAACATGCTAATAGTGCTTCAAGTTTAGGTCTGT > 1:9212588/1‑101 CTATGGCTCCAGATGACAAACATGATCTCATATCAGGGACTTGTTCGCACCTTCCCTAACATTTGTGAACATGCTAATAGTGCTTCAAGTTTAGGTCTGTA > 1:5198624/1‑101 TATGGCTCCAGATGACAAACATGATCTCATATCAGGGACTTGTTCGCACCTTCCCTAAGATTTGTGAACATGCTAATAGTGCTTCAAGTTTAGGTCTGTAA < 1:1114173/101‑1 ATGGCTCCAGATGACAAACATGATCTCATATCAGGGACTTGTTCGCACCTTCCCTAACATTTGTGAACATGCTAATAGTGCTTCAAGTTTAGGTCTGTAAT > 1:6389332/1‑101 TGGCTCCAGATGACAAACATGATCTCATATCAGGGACTTGTTCGCACCTTCCCTAACATTTGTGAACATGCTAATAGTGCTTCAAGTTTAGGTCTGTAATC < 1:3565924/101‑1 TGGCTCCAGATGACAAACATGATCTCATATCAGGGACTTGTTCGCACCTTCCCTAACATTTGTGAACATGCTAATAGTGCTTCAAGTTTAGGTCTGTAATC < 1:10107050/101‑1 GGCTCCAGATGACAAACATGATCTCATATCAGGGACTTGTTCGCACCTTCCCTAACATTTGTGAACATGCTAATAGTGCTTCAAGTTTAGGTCTGTAATCT < 1:5099123/101‑1 GGCTCCAGATGACAAACATGATCTCATATCAGGGACTTGTTCGCACCTTCCCTAACATTTGTGAACATGCTAATAGTGCTTCAAGTTTAGGTCTGTAATCT < 1:1077521/101‑1 GCTCCAGATGACAAACATGATCTCATATCAGGGACTTGTTCGCACCTTCCCTAACATTTGTGAACATGCTAATAGTGCTTCAAGTTTAGGTCTGTAATCTG < 1:4299984/101‑1 GCTCCAGATGACAAACATGATCTCATATCAGGGACTTGTTCGCACCTTCCCTAACATTTGTGAACATGCTAATAGTGCTTCAAGTTTAGGTCTGTAATCTG > 1:2618950/1‑101 CTCCAGATGACAAACATGATCTCATATCAGGGACTTGTTCGCACCTTCCCTAACATTTGTGAACATGCTAATAGTGCTTCAAGTTTAGGTCTGTAATCTGT > 1:187581/1‑101 CAGATGACAAACATGATCTCATATCAGGGACTTGTTCGCACCTTCCCTAACATTTGTGAACATGCTAATAGTGCTTCAAGTTTAGGTCTGTAATCTGTCGA > 1:3135679/1‑101 AGATGACAAACATGATCTCATATCAGGGACTTGTTCGCACCTTCCCTAACATTTGTGAACATGCTAATAGTGCTTCAAGTTTAGGTCTGTAATCTGTCGAA > 1:6742413/1‑101 AGATGACAAACATGATCTCATATCAGGGACTTGTTCGCACCTTCCCTAACATTTGTGAACATGCTAATAGTGCTTCAAGTTTAGGTCTGTAATCTGTCGAA < 1:2639692/101‑1 TGACAAACATGATCTCATATCAGGGACTTGTTCGCACCTTCCCTAACATTTGTGAACATGCTAATAGTGCTTCAAGTTTAGGTCTGTAATCTGTCGAAACA > 1:1559778/1‑101 GACAAACATGATCTCATATCAGGGACTTGTTCGCACCTTCCCTAACATTTGTGAACATGCTAATAGTGCTTCAAGTTTAGGTCTGTAATCTGTCGAAACAG > 1:9871063/1‑101 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TCTCATATCAGGGACTTGTTCGCACCTTCCCTAACATTTGTGAACATGCTAATAGTGCTTCAAGTTTAGGTCTGTAATCTGTCGAAACAGAAAAATAACGA < 1:6005742/101‑1 ATCAGGGACTTGTTCGCACCTTCCCTAACATTTGTGAACATGCTAATAGTGCTTCAAGTTTAGGTCTGTAATCTGTCGAAACAGAAAAATAACGATTAAAG < 1:6089592/101‑1 ATCAGGGACTTGTTCGCACCTTCCCTAACATTTGTGAACATGCTAATAGTGCTTCAAGTTTAGGTCTGTAATCTGTCGAAACAGAAAAATAACGATTAAAG > 1:503534/1‑101 CAGGGACTTGTTCGCACCTTCCCTAACATTTGTGAACATGCTAATAGTGCTTCAAGTTTAGGTCTGTAATCTGTCGAAACAGAACAATAACGATTAAAGGA < 1:10636726/101‑1 CAGGGACTTGTTCGCACCTTCCCTAACATTTGTGAACATGCTAATAGTGCTTCAAGTTTAGGTCTGTAATCTGTCGAAACAGAAAAATAACGATTAAAGGA < 1:11483030/101‑1 CAGGGACTTGTTCGCACCTTCCCTAACATTTGTGAACATGCTAATAGTGCTTCAAGTTTAGGTCTGTAATCTGTCGAAACAGAAAAATAACGATTAAAGGA < 1:9525563/101‑1 AGGGACTTGTTCGCACCTTCCCTAACATTTGTGAACATGCTAATAGTGCTTCAAGTTTAGGTCTGTAATCTGTCGAAACAGAAAAATAACGATTAAAGGAT < 1:12128636/101‑1 AGGGACTTGTTCGCACCTTCCCTAACATTTGTGAACATGCTAATAGTGCTTCAAGTTTAGGTCTGTAATCTGTCGAAACAGAAAAATAACGATTAAAGGAT < 1:5607416/101‑1 AGGGACTTGTTCGCACCTTCCCTAACATTTGTGAACATGCTAATAGTGCTTCAAGTTTAGGTCTGTAATCTGTCGAAACAGAAAAATAACGATTAAAGGAT > 1:1304321/1‑101 GGGACTTGTTCGCACCTTCCCTAACATTTGTGAACATGCTAATAGTGCTTCAAGTTTAGGTCTGTAATCTGTCGAAACAGAAAAATAACGATTAAAGGATC < 1:11452619/101‑1 GGACTTGTTCGCACCTTCCCTAACATTTGTGAACATGCTAATAGTGCTTCAAGTTTAGGTCTGTAATCTGTCGAAACAGAAAAATAACGATTAAAGGATCG < 1:5741413/101‑1 GACTTGTTCGCACCTTCCCTAACATTTGTGAACATGCTAATAGTGCTTCAAGTTTAGGTCTGTAATCTGTCGAAACAGAAAAATAACGATTAAAGGATCGA > 1:11884644/1‑101 ACTTGTTCGCACCTTCCCTAACATTTGTGAACATGCTAATAGTGCTTCAAGTTTAGGTCTGTAATCTGTCGAAACAGAAAAATAACGATTAAAGGATCGAC < 1:10239792/101‑1 CTTGTTCGCACCTTCCCTAACATTTGTGAACATGCTAATAGTGCTTCAAGTTTAGGTCTGTAATCTGTCGAAACAGAAAAATAACGATTAAAGGATCGACA > 1:4544895/1‑101 TGTTCGCACCTTCCCTAACATTTGTGAACATGCTAATAGTGCTTCAAGTTTAGGTCTGTAATCTGTCGAAACAGAAAAATAACGATTAAAGGATCGACAAG < 1:4879192/101‑1 TGTTCGCACCTTCCCTAACATTTGTGAACATGCTAATAGTGCTTCAAGTTTAGGTCTGTAATCTGTCGAAACAGAAAAATAACGATTAAAGGATCGACAAG > 1:5472208/1‑101 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TGTCGGCGAAGGTAAGTTGATGACTCATGATGAACCCTGTTCTATGGCTCCAGATGACAAACATGATCTCATATCAGGGACTTGTTCGCACCTTCc‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ < NC_007779/3987280‑3987186‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑CCTAACATTTGTGAACATGCTAATAGTGCTTCAAGTTTAGGTCTGTAATCTGTCGAAACAGAAAAATAACGATTAAAGGATCGACAAGAGATAGCCCGGCT < NC_007779/4009203‑4009103 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 29 ≤ ATCG/ATCG < 34 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |