New junction evidence | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
* | ? | NC_007779 | = 1221495 | 0 (0.000) | 192 (0.770) | 105/180 | NT | 100% | intergenic (+717/+2387) | ymgF/ymgD | hypothetical protein/hypothetical protein |
? | NC_007779 | = 1302369 | NA (NA) | intergenic (+11/‑527) | insD/oppA | IS2 element protein/oligopeptide transporter subunit |
Only 100 of 204 total aligned reads displayed.
TGGATATATAAATAATGCCAGTGTGATGACTAGTGGTGATGGATCTTATGGTATTTCTGTTGATAGTCAAAACAAAGTATTATATATAAGCGATAGCGAT‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ > NC_007779/1221396‑1221495 ‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑TGGATTTGCCCCTATATTTCCAGACATCTGTTATCACTTAACCCATTACAAGCCCGCTGCCGCAGATATTCCCGTGGCGAGCGATAAC < NC_007779/1302369‑1302282 TGGATATATAAATAATGCCAGTGTGATGACTAGTGGTGATGGATCTTATGGTATTTCTGTTGATAGTCAAAACAAAGTATTATATATAAGCGATAGCGATT > 1:1907951/1‑101 TGGATATATAAATAATGCCAGTGTGATGACTAGTGGTGATGGATCTTATGGTATTTCTGTTGATAGTCAAAACAAAGTATTATATATAAGCGATAGCGATT < 1:4009076/101‑1 TGGATATATAAATAATGCCAGTGTGATGACTAGTGGTGATGGATCTTATGGTATTTCTGTTGATAGTCAAAACAAAGTATTATATATAAGCGATAGCGATT > 1:11136991/1‑101 GATATATAAATAATGCCAGTGTGATGACTAGTGGTGATGGATCTTATGGTATTTCTGTTGATAGTCAAAACAAAGTATTATATATAAGCGATAGCGATTGG > 1:1076875/1‑101 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TGCCAGTGTGATGACTAGTGGTGATGGATCTTATGGTATTTCTGTTGATAGTCAAAACAAAGTATTATATATAAGCGATAGCGATTGGATTTGCCCCTATA < 1:2700129/101‑1 TGCCAGTGTGATGACTAGTGGTGATGGATCTTATGGTATTTCTGTTGATAGTCAAAACAAAGTATTATATATAAGCGATAGCGATTGGATTTGCCCCTATA < 1:2310202/101‑1 GCCAGTGTGATGACTAGTGGTGATGGATCTTATGGTATTTCTGTTGATAGTCAAAACAAAGTATTATATATAAGCGATAGCGATTGGATTTGCCCCTATAT > 1:5403174/1‑101 CAGTGTGATGACTAGTGGTGATGGATCTTATGGTATTTCTGTTGATAGTCAAAACAAAGTATTATATATAAGCGATAGCGATTGGATTTGCCCCTATATTT > 1:8095268/1‑101 CAGTGTGATGACTAGTGGTGATGGATCTTATGGTATTTCTGTTGATAGTCAAAACAAAGTATTATATATAAGCGATAGCGATTGGATTTGCCCCTATATTT > 1:6348964/1‑101 GTGTGATGACTAGTGGTGATGGATCTTATGGTATTTCTGTTGATAGTCAAAACAAAGTATTATATATAAGCGATAGCGATTGGATTTGCCCCTATATTTCC < 1:7151806/101‑1 GTGTGATGACTAGTGGTGATGGATCTTATGGTATTTCTGTTGATAGTCAAAACAAAGTATTATATATAAGCGATAGCGATTGGATTTGCCCCTATATTTCC > 1:7120438/1‑101 TGTGATGACTAGTGGTGATGGATCTTATGGTATTTCTGTTGATAGTCAAAACAAAGTATTATATATAAGCGATAGCGATTGGATTTGCCCCTATATTTCCA > 1:8492324/1‑101 TGTGATGACTAGTGGTGATGGATCTTATGGTATTTCTGTTGATAGTCAAAACAAAGTATTATATATAAGCGATAGCGATTGGATTTGCCCCTATATTTCCA < 1:3392564/101‑1 TGTGATGACTAGTGGTGATGGATCTTATGGTATTTCTGTTGATAGTCAAAACAAAGTATTATATATAAGCGATAGCGATTGGATTTGCCCCTATATTTCCA > 1:2944842/1‑101 GTGATGACTAGTGGTGATGGATCTTATGGTATTTCTGTTGATAGTCAAAACAAAGTATTATATATAAGCGATAGCGATTGGATTTGCCCCTATATTTCCAG > 1:9510377/1‑101 ATGACTAGTGGTGATGGATCTTATGGTATTTCTGTTGATAGTCAAAACAAAGTATTATATATAAGCGATAGCGATTGGATTTGCCCCTATATTTCCAGACA > 1:10349429/1‑101 ATGACTAGTGGTGATGGATCTTATGGTATTTCTGTTGATAGTCAAAACAAAGTATTATATATAAGCGATAGCGATTGGATTTGCCCCTATATTTCCAGACA > 1:6021649/1‑101 TGACTAGTGGTGATGGATCTTATGGTATTTCTGTTGATAGTCAAAACAAAGTATTATATATAAGCGATAGCGATTGGATTTGCCCCTATATTTCCAGACAT < 1:9085755/101‑1 ACTAGTGGTGATGGATCTTATGGTATTTCTGTTGATAGTCAAAACAAAGTATTATATATAAGCGATAGCGATTGGATTTGCCCCTATATTTCCAGACATCT > 1:8295115/1‑101 CTAGTGGTGATGGATCTTATGGTATTTCTGTTGATAGTCAAAACAAAGTATTATATATAAGCGATAGCGATTGGATTTGCCCCTATATTTCCAGACATCTG < 1:718960/101‑1 CTAGTGGTGATGGATCTTATGGTATTTCTGTTGATAGTCAAAACAAAGTATTATATATAAGCGATAGCGATTGGATTTGCCCCTATATTTCCAGACATCTG < 1:6109767/101‑1 AGTGGTGATGGATCTTATGGTATTTCTGTTGATAGTCAAAACAAAGTATTATATATAAGCGATAGCGATTGGATTTGCCCCTATATTTCCAGACATCTGTT < 1:12131416/101‑1 GTGGTGATGGATCTTATGGTATTTCTGTTGATAGTCAAAACAAAGTATTATATATAAGCGATAGCGATTGGATTTGCCCCTATATTTCCAGACATCTGTTA < 1:1542296/101‑1 GGTGATGGATCTTATGGTATTTCTGTTGATAGTCAAAACAAAGTATTATATATAAGCGATAGCGATTGGATTTGCCCCTATATTTCCAGACATCTGTTATC > 1:6422433/1‑101 TGATGGATCTTATGGTATTTCTGTTGATAGTCAAAACAAAGTATTATATATAAGCGATAGCGATTGGATTTGCCCCTATATTTCCAGACATCTGTTATCAC < 1:1948266/101‑1 GATGGATCTTATGGTATTTCTGTTGATAGTCAAAACAAAGTATTATATATAAGCGATAGCGATTGGATTTGCCCCTATATTTCCAGACATCTGTTATCACT > 1:5615830/1‑101 TGGATCTTATGGTATTTCTGTTGATAGTCAAAACAAAGTATTATATATAAGCGATAGCGATTGGATTTGCCCCTATATTTCCAGACATCTGTTATCACTTA > 1:7592254/1‑101 GGATCTTATGGTATTTCTGTTGATAGTCAAAACAAAGTATTATATATAAGCGATAGCGATTGGATTTGCCCCTATATTTCCAGACATCTGTTATCACTTAA > 1:5661843/1‑101 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ATAGTCAAAACAAAGTATTATATATAAGCGATAGCGATTGGATTTGCCCCTATATTTCCAGACATCTGTTATCACTTAACCCATTACAAGCCCGCTGCCGC < 1:12738220/101‑1 ATAGTCAAAACAAAGTATTATATATAAGCGATAGCGATTGGATTTGCCCCTATATTTCCAGACATCTGTTATCACTTAACCCATTACAAGCCCGCTGCCGC < 1:5560581/101‑1 ATAGTCAAAACAAAGTATTATATATAAGCGATAGCGATTGGATTTGCCCCTATATTTCCAGACATCTGTTATCACTTAACCCATTACAAGCCCGCTGCCGC < 1:9557161/101‑1 TCAAAACAAAGTATTATATATAAGCGATAGCGATTGGATTTGCCCCTATATTTCCAGACATCTGTTATCACTTAACCCATTACAAGCCCGCTGCCGCAGAT < 1:6954894/101‑1 AAAACAAAGTATTATATATAAGCGATAGCGATTGGATTTGCCCCTATATTTCCAGACATCTGTTATCACTTAACCCATTACAAGCCCGCTGCCGCAGATAT > 1:8590355/1‑101 AAAACAAAGTATTATATATAAGCGATAGCGATTGGATTTGCCCCTATATTTCCAGACATCTGTTATCACTTAACCCATTACAAGCCCGCTGCCGCAGATAT > 1:6536385/1‑101 AAAACAAAGTATTATATATAAGCGATAGCGATTGGATTTGCCCCTATATTTCCAGACATCTGTTATCACTTAACCCATTACAAGCCCGCTGCCGCAGATAT > 1:6841195/1‑101 AACAAAGTATTATATATAAGCGATAGCGATTGGATTTGCCCCTATATTTCCAGACATCTGTTATCACTTAACCCATTACAAGCCCGCTGCCGCAGATATTC > 1:9845629/1‑101 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TGGATATATAAATAATGCCAGTGTGATGACTAGTGGTGATGGATCTTATGGTATTTCTGTTGATAGTCAAAACAAAGTATTATATATAAGCGATAGCGAT‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ > NC_007779/1221396‑1221495 ‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑TGGATTTGCCCCTATATTTCCAGACATCTGTTATCACTTAACCCATTACAAGCCCGCTGCCGCAGATATTCCCGTGGCGAGCGATAAC < NC_007779/1302369‑1302282 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 29 ≤ ATCG/ATCG < 34 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
Reads not counted as support for junction |
read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |