New junction evidence | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
* | ? | NC_007779 | 289856 = | NA (NA) | 190 (1.200) | 87/114 | NT | 100% | intergenic (‑327/+17) | argF/insB | ornithine carbamoyltransferase 2, chain F/IS1 transposase InsAB' |
? | NC_007779 | = 2176982 | 0 (0.000) | intergenic (‑281/‑69) | gatB/insH | PTS system galactitol‑specific transporter subunit IIB/IS5 element protein |
Only 100 of 300 total aligned reads displayed.
CAACGCAATAACCAACGATACCGCCACGTCGTTATCATCATCCGCTTGCTGAAAATGAACTTTATTTGTTGGCCTTAACAGATAAATGGCTGACGACTTAGGGAAGGTGCGAACAAGTCCCTGATATGAGATCATGTTTGTCATCTGGAGCCATAGAACAGGGTTCATCATGAGTCATCAACTTACCTTCGCCGACAGTGA > NC_007779/2176882‑2177082 | aCGCAATAACCAACGATACCGCCACGTCGTTATCATCATCCGCTTGCTGAAAATGAACTTTATTTGTTGGCCTTAACAGATAAATGGCTGACGACTTAGca < 1:11885702‑M2/101‑3 (MQ=255) cGCAATAACCAACGATACCGCCACGTCGTTATCATCATCCGCTTGCTGAAAATGAACTTTATTTGTTGGCCTTAACAGATAAATGGCTGACGACTTAGcat > 1:8450280‑M2/1‑98 (MQ=255) gCAATAACCAACGATACCGCCACGTCGTTATCATCATCCGCTTGCTGAAAATGAACTTTATTTGTTGGCCTTAACAGATAAATGGCTGACGACTTAGcatg < 1:2136371‑M2/101‑5 (MQ=255) aaTAACCAACGATACCGCCACGTCGTTATCATCATCCGCTTGCTGAAAATGAACTTTATTTGTTGGCCTTAACAGATAAATGGCTGACGACTTAGcatgaa > 1:12285370‑M2/1‑95 (MQ=255) aaTAACCAACGATACCGCCACGTCGTTATCATCATCCGCTTGCTGAAAATGAACTTTATTTGTTGGCCTTAACAGATAAATGGCTGACGACTTAGcatgaa < 1:4089850‑M2/101‑7 (MQ=255) aTAACCAACGATACCGCCACGTCGTTATCATCATCCGCTTGCTGAAAATGAACTTTATTTGTTGGCCTTAACAGATAAATGGCTGACGACTTAGcatgaat < 1:2205605‑M2/101‑8 (MQ=255) tAACCAACGATACCGCCACGTCGTTATCATCATCCGCTTGCTGAAAATGAACTTTATTTGTTGGCCTTAACAGATAAATGGCTGACGACTTAGcatgaatc > 1:11366852‑M2/1‑93 (MQ=255) aCCAACGATACCGCCACGTCGTTATCATCATCCGCTTGCTGAAAATGAACTTTATTTGTTGGCCTTAACAGATAAATGGCTGACGACTTAGcatgaatcgc > 1:5491498‑M2/1‑91 (MQ=255) ccAACGATACCGCCACGTCGTTATCATCATCCGCTTGCTGAAAATGAACTTTATTTGTTGGCCTTAACAGATAAATGGCTGACGACTTAGcatgaatcgcc < 1:7010563‑M2/101‑12 (MQ=255) cAACGATACCGCCACGTCGTTATCATCATCCGCTTGCTGAAAATGAACTTTATTTGTTGGCCTTAACAGATAAATGGCTGACGACTTAGcatgaatcgcct > 1:2791562‑M2/1‑89 (MQ=255) aCGATACCGCCACGTCGTTATCATCATCCGCTTGCTGAAAATGAACTTTATTTGTTGGCCTTAACAGATAAATGGCTGACGACTTAGcatgaatcgcctca > 1:10556133‑M2/1‑87 (MQ=255) aCGATACCGCCACGTCGTTATCATCATCCGCTTGCTGAAAATGAACTTTATTTGTTGGCCTTAACAGATAAATGGCTGACGACTTAGcatgaatcgcctca > 1:9480892‑M2/1‑87 (MQ=255) cGATACCGCCACGTCGTTATCATCATCCGCTTGCTGAAAATGAACTTTATTTGTTGGCCTTAACAGATAAATGGCTGACGACTTAGcatgaatcgcctcac > 1:11054210‑M2/1‑86 (MQ=255) aCCGCCACGTCGTTATCATCATCCGCTTGCTGAAAATGAACTTTATTTGTTGGCCTTAACAGATAAATGGCTGACGACTTAGcatgaatcgcctcacaatg > 1:5208155‑M2/1‑82 (MQ=255) aCCGCCACGTCGTTATCATCATCCGCTTGCTGAAAATGAACTTTATTTGTTGGCCTTAACAGATAAATGGCTGACGACTTAGcatgaatcgcctcacaatg > 1:7123680‑M2/1‑82 (MQ=255) ccGCCACGTCGTTATCATCATCCGCTTGCTGAAAATGAACTTTATTTGTTGGCCTTAACAGATAAATGGCTGACGACTTAGcatgaatcgcctcacaatgc > 1:5012799‑M2/1‑81 (MQ=255) cACGTCGTTATCATCATCCGCTTGCTGAAAATGAACTTTATTTGTTGGCCTTAACAGATAAATGGCTGACGACTTAGcatgaatcgcctcacaatgcggta < 1:9862186‑M2/101‑25 (MQ=255) cACGTCGTTATCATCATCCGCTTGCTGAAAATGAACTTTATTTGTTGGCCTTAACAGATAAATGGCTGACGACTTAGcatgaatcgcctcacaatgcggta > 1:4487241‑M2/1‑77 (MQ=255) gtcgtTATCATCATCCGCTTGCTGAAAATGAACTTTATTTGTTGGCCTTAACAGATAAATGGCTGACGACTTAGcatgaatcgcctcacaatgcggtattg > 1:4361134‑M2/1‑74 (MQ=255) gtcgtTATCATCATCCGCTTGCTGAAAATGAACTTTATTTGTTGGCCTTAACAGATAAATGGCTGACGACTTAGcatgaatcgcctcacaatgcggtattg < 1:7314303‑M2/101‑28 (MQ=255) gtcgtTATCATCATCCGCTTGCTGAAAATGAACTTTATTTGTTGGCCTTAACAGATAAATGGCTGACGACTTAGcatgaatcgcctcacaatgcggtattg > 1:8136623‑M2/1‑74 (MQ=255) cgtTATCATCATCCGCTTGCTGAAAATGAACTTTATTTGTTGGCCTTAACAGATAAATGGCTGACGACTTAGcatgaatcgcctcacaatgcggtattgca > 1:6388877‑M2/1‑72 (MQ=255) cgtTATCATCATCCGCTTGCTGAAAATGAACTTTATTTGTTGGCCTTAACAGATAAATGGCTGACGACTTAGcatgaatcgcctcacaatgcggtattgca > 1:9620677‑M2/1‑72 (MQ=255) gtTATCATCATCCGCTTGCTGAAAATGAACTTTATTTGTTGGCCTTAACAGATAAATGGCTGACGACTTAGcatgaatcgcctcacaatgcggtattgcaa < 1:10908635‑M2/101‑31 (MQ=255) tATCATCATCCGCTTGCTGAAAATGAACTTTATTTGTTGGCCTTAACAGATAAATGGCTGACGACTTAGcatgaatcgcctcacaatgcggtattgcaata > 1:8646222‑M2/1‑69 (MQ=255) atcatcatcCGCTTGCTGAAAATGAACTTTATTTGTTGGCCTTAACAGATAAATGGCTGACGACTTAGcatgaatcgcctcacaatgcggtattgcaatag < 1:7995450‑M2/101‑34 (MQ=255) catcatcCGCTTGCTGAAAATGAACTTTATTTGTTGGCCTTAACAGATAAATGGCTGACGACTTAGcatgaatcgcctcacaatgcggtattgcaatagcg > 1:4763252‑M2/1‑66 (MQ=255) tcatcCGCTTGCTGAAAATGAACTTTATTTGTTGGCCTTAACAGATAAATGGCTGACGACTTAGcatgaatcgcctcacaatgcggtattgcaatagcggg < 1:7353399‑M2/101‑38 (MQ=255) catcCGCTTGCTGAAAATGAACTTTATTTGTTGGCCTTAACAGATAAATGGCTGACGACTTAGcatgaatcgcctcacaatgcggtattgcaatagcgggt > 1:7734280‑M2/1‑63 (MQ=255) catcCGCTTGCTGAAAATGAACTTTATTTGTTGGCCTTAACAGATAAATGGCTGACGACTTAGcatgaatcgcctcacaatgcggtattgcaatagcgggt < 1:5150930‑M2/101‑39 (MQ=255) atcCGCTTGCTGAAAATGAACTTTATTTGTTGGCCTTAACAGATAAATGGCTGACGACTTAGcatgaatcgcctcacaatgcggtattgcaatagcgggta < 1:2085763‑M2/101‑40 (MQ=255) cGCTTGCTGAAAATGAACTTTATTTGTTGGCCTTAACAGATAAATGGCTGACGACTTAGcatgaatcgcctcacaatgcggtattgcaatagcgggtaatg > 1:1846359‑M2/1‑59 (MQ=255) cGCTTGCTGAAAATGAACTTTATTTGTTGGCCTTAACAGATAAATGGCTGACGACTTAGcatgaatcgcctcacaatgcggtattgcaatagcgggtaatg > 1:3496659‑M2/1‑59 (MQ=255) cGCTTGCTGAAAATGAACTTTATTTGTTGGCCTTAACAGATAAATGGCTGACGACTTAGcatgaaccgcctcacaatgcggtattgcaatagcgggtaatg > 1:11435506‑M2/1‑59 (MQ=255) gCTTGCTGAAAATGAACTTTATTTGTTGGCCTTAACAGATAAATGGCTGACGACTTAGcatgaatcgcctcacaatgcggtattgcaatagcgggtaatga > 1:4169116‑M2/1‑58 (MQ=255) gCTTGCTGAAAATGAACTTTATTTGTTGGCCTTAACAGATAAATGGCTGACGACTTAGcatgaatcgcctcacaatgcggtattgcaatagcgggtaatga > 1:5884948‑M2/1‑58 (MQ=255) cTTGCTGAAAATGAACTTTATTTGTTGGCCTTAACAGATAAATGGCTGACGACTTAGcatgaatcgcctcacaatgcggtattgcaatagcgggtaatgac < 1:11598329‑M2/101‑45 (MQ=255) cTTGCTGAAAATGAACTTTATTTGTTGGCCTTAACAGATAAATGGCTGACGACTTAGcatgaatcgcctcacaatgcggtattgcaatagcgggtaatgac > 1:11936551‑M2/1‑57 (MQ=255) cTGAAAATGAACTTTATTTGTTGGCCTTAACAGATAAATGGCTGACGACTTAGcatgaatcgcctcacaatgcggtattgcaatagcgggtaatgactcca > 1:2273904‑M2/1‑53 (MQ=255) tGAAAATGAACTTTATTTGTTGGCCTTAACAGATAAATGGCTGACGACTTAGcatgaatcgcctcacaatgcggtattgcaatagcgggtaatgactccaa < 1:579622‑M2/101‑50 (MQ=255) gAAAATGAACTTTATTTGTTGGCCTTAACAGATAAATGGCTGACGACTTAGcatgaatcgcctcacaatgcggtattgcaatagcgggtaatgactccaac > 1:6610547‑M2/1‑51 (MQ=255) aaaaTGAACTTTATTTGTTGGCCTTAACAGATAAATGGCTGACGACTTAGcatgaatcgcctcacaatgcggtattgcaatagcgggtaatgactccaact < 1:2927348‑M2/101‑52 (MQ=255) aaaaTGAACTTTATTTGTTGGCCTTAACAGATAAATGGCTGACGACTTAGcatgaatcgcctcacaatgcggtattgcaatagcgggtaatgactccaact < 1:8325789‑M2/101‑52 (MQ=255) aaaaTGAACTTTATTTGTTGGCCTTAACAGATAAATGGCTGACGACTTAGcatgaatcgcctcacaatgcggtattgcaatagcgggtaatgactccaact < 1:12734662‑M2/101‑52 (MQ=255) aaaTGAACTTTATTTGTTGGCCTTAACAGATAAATGGCTGACGACTTAGcatgaatcgcctcacaatgcggtattgcaatagcgggtaatgactccaactt < 1:10405143‑M2/101‑53 (MQ=255) aaaTGAACTTTATTTGTTGGCCTTAACAGATAAATGGCTGACGACTTAGcatgaatcgcctcacaatgcggtattgcaatagcgggtaatgactccaactt < 1:5964373‑M2/101‑53 (MQ=255) aaTGAACTTTATTTGTTGGCCTTAACAGATAAATGGCTGACGACTTAGcatgaatcgcctcacaatgcggtattgcaatagcgggtaatgactccaactta > 1:2523747‑M2/1‑48 (MQ=255) aaTGAACTTTATTTGTTGGCCTTAACAGATAAATGGCTGACGACTTAGcatgaatcgcctcacaatgcggtattgcaatagcgggtaatgactccaactta > 1:1765512‑M2/1‑48 (MQ=255) aTGAACTTTATTTGTTGGCCTTAACAGATAAATGGCTGACGACTTAGcatgaatcgcctcacaatgcggtattgcaatagcgggtaatgactccaacttat > 1:243230‑M2/1‑47 (MQ=255) aTGAACTTTATTTGTTGGCCTTAACAGATAAATGGCTGACGACTTAGcatgaatcgcctcacaatgcggtattgcaatagcgggtaatgactccaacttat < 1:1139185‑M2/101‑55 (MQ=255) tGAACTTTATTTGTTGGCCTTAACAGATAAATGGCTGACGACTTAGcatgaatcgcctcacaatgcggtattgcaatagcgggtaatgactccaacttatt > 1:4662135‑M2/1‑46 (MQ=255) gAACTTTATTTGTTGGCCTTAACAGATAAATGGCTGACGACTTAGcatgaatcgcctcacaatgcggtattgcaatagcgggtaatgactccaacttattg > 1:1512822‑M2/1‑45 (MQ=255) gAACTTTATTTGTTGGCCTTAACAGATAAATGGCTGACGACTTAGcatgaatcgcctcacaatgcggtattgcaatagcgggtaatgactccaacttattg > 1:3885369‑M2/1‑45 (MQ=255) gAACTTTATTTGTTGGCCTTAACAGATAAATGGCTGACGACTTAGcatgaatcgcctcacaatgcggtattgcaatagcgggtaatgactccaacttattg < 1:2347954‑M2/101‑57 (MQ=255) aaCTTTATTTGTTGGCCTTAACAGATAAATGGCTGACGACTTAGcatgaatcgcctcacaatgcggtattgcaatagcgggtaatgactccaacttattga > 1:2288620‑M2/1‑44 (MQ=255) cTTTATTTGTTGGCCTTAACAGATAAATGGCTGACGACTTAGcatgaatcgcctcacaatgcggtattgcaatagcgggtaatgactccaacttattgata < 1:12203388‑M2/101‑60 (MQ=255) tttATTTGTTGGCCTTAACAGATAAATGGCTGACGACTTAGcatgaatcgcctcacaatgcggtattgcaatagcgggtaatgactccaacttattgatag < 1:6791059‑M2/101‑61 (MQ=255) ttATTTGTTGGCCTTAACAGATAAATGGCTGACGACTTAGcatgaatcgcctcacaatgcggtattgcaatagcgggtaatgactccaacttattgatagt > 1:9009109‑M2/1‑40 (MQ=255) ttATTTGTTGGCCTTAACAGATAAATGGCTGACGACTTAGcatgaatcgcctcacaatgcggtattgcaatagcgggtaatgactccaacttattgatagt < 1:5994613‑M2/101‑62 (MQ=255) gttgGCCTTAACAGATAAATGGCTGACGACTTAGcatgaatcgcctcacaatgcggtattgcaatagcgggtaatgactccaacttattgatagtgtttta > 1:6199338‑M2/1‑34 (MQ=255) ggCCTTAACAGATAAATGGCTGACGACTTAGcatgaatcgcctcacaatgcggtattggaatagcgggtaatgactccaacttattgatagtgttttatgt > 1:11478908‑M2/1‑31 (MQ=255) ggCCTTAACAGATAAATGGCTGACGACTTAGcatgaatcgcctcacaatgcggtattgcaatagcgggtaatgactccaacttattgatagtgttttatgt < 1:1931769‑M2/101‑71 (MQ=255) ggCCTTAACAGATAAATGGCTGACGACTTAGcatgaatcgcctcacaatgcggtattgcaatagcgggtaatgactccaacttattgatagtgttttatgt > 1:12024009‑M2/1‑31 (MQ=255) ggCCTTAACAGATAAATGGCTGACGACTTAGcatgaatcgcctcacaatgcggtattgcaatagcgggtaatgactccaacttattgatagtgttttatgt < 1:3341182‑M2/101‑71 (MQ=255) gCCTTAACAGATAAATGGCTGACGACTTAGcatgaatcgcctcacaatgcggtattgcaatagcgggtaatgactccaacttattgatagtgttttatgtt < 1:6261736‑M2/101‑72 (MQ=255) gCCTTAACAGATAAATGGCTGACGACTTAGcatgaatcgcctcacaatgcggtattgcaatagcgggtaatgactccaacttattgatagtgttttatgtt > 1:3090603‑M2/1‑30 (MQ=255) ccTTAACAGATAAATGGCTGACGACTTAGcatgaatcgcctcacaatgcggtattgcaatagcgggtaatgactccaacttattgatagtgttttatgttc < 1:2712639‑M2/101‑73 (MQ=255) cTTAACAGATAAATGGCTGACGACTTAGcatgaatcgcctcacaatgcggtattgcaatagcgggtaatgactccaacttattgatagtgttttatgttca < 1:10018505‑M2/101‑74 (MQ=255) cTTAACAGATAAATGGCTGACGACTTAGcatgaatcgcctcacaatgcggtattgcaatagcgggtaatgactccaacttattgatagtgttttatgttca < 1:3549740‑M2/101‑74 (MQ=255) tAACAGATAAATGGCTGACGACTTAGcatgaatcgcctcacaatgcggtattgcaatagcgggtaatgactccaacttattgatagtgttttatgttcaga < 1:10718488‑M2/101‑76 (MQ=255) aaCAGATAACTGGCTGACGACTTAGcatgaatcgcctcacactgcggtattgcaatagcgggtaatgactccaacttattgatagtgttttatgttcagat < 1:5540984‑M2/101‑77 (MQ=255) aCAGATAAATGGCTGACGACTTAGcatgaatcgcctcacaatgcggtattgcaatagcgggtaatgactccaacttattgatagtgttttatgttcagata > 1:3637190‑M2/1‑24 (MQ=255) aCAGATAAATGGCTGACGACTTAGcatgaatcgcctcacaatgcggtattgcaatagcgggtaatgactccaacttattgatagtgttttatgttcagata > 1:7185953‑M2/1‑24 (MQ=255) cAGATAAATGGCTGACGACTTAGcatgaatcgcctcacaatgcggtattgcaatagcgggtaatgactccaacttattgatagtgttttatgttcagataa > 1:4874789‑M2/1‑23 (MQ=255) cAGATAAATGGCTGACGACTTAGcatgaatcgcctcacaatgcggtattgcaatagcgggtaatgactccaacttattgatagtgttttatgttcagataa > 1:4561800‑M2/1‑23 (MQ=255) cAGATAAATGGCTGACGACTTAGcatgaatcgcctcacaatgcggtattgcaatagcgggtaatgactccaacttattgatagtgttttatgttcagataa < 1:9036438‑M2/101‑79 (MQ=255) 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aaaTGGCTGACGACTTAGcatgaatcgcctcacaatgcggtattgcaatagcgggtaatgactccaacttattgatagtgttttatgttcagataatgccc > 1:172756‑M2/1‑18 (MQ=255) aaaTGGCTGACGACTTAGcatgaatcgcctcacaatgcggtattgcaatagcgggtaatgactccaacttattgatagtgttttatgttcagataatgccc < 1:789243‑M2/101‑84 (MQ=255) aTGGCTGACGACTTAGcatgaatcgcctcacaatgcggtattgcaatagcgggtaatgactccaacttattgatagtgttttatgttcagataatgcccga < 1:9923721‑M2/101‑86 (MQ=255) aTGGCTGACGACTTAGcatgaatcgcctcacaatgcggtattgcaatagcgggtaatgactccaacttattgatagtgttttatgttcagataatgcccga > 1:2608021‑M2/1‑16 (MQ=255) gCTGACGACTTAGcatgaatcgcctcacaatgcggtattgcaatagcgggtaatgactccaacttattgatagtgttttatgttcagataatgcccgatga < 1:8866551‑M2/101‑89 (MQ=255) ggcgacttAGcatgaatcgcctcacaatgcggtattgcaatagcgggtaatgcctccaacttattgatagtgttttatgttcagataatgcccgatgactt > 1:2741731‑M2/3‑10 (MQ=255) gacgacTTAGcatgaatcgcctcacaatgcggtattgcaatagcgggtaatgactccaacttattgatagtgttttatgttcagataatgcccgatgactt > 1:6523675‑M2/1‑10 (MQ=255) acgacTTAGcatgaatcgcctcacaatgcggtattgcaatagcgggtaatgactccaacttattgatagtgttttatgttcagataatgcccgatgacttt > 1:4416553‑M2/1‑9 (MQ=255) gacTTAGcatgaatcgcctcacaatgcggtattgcaatagcgggtaatgactccaacttattgatagtgttttatgttcagataatgcccgatgactttgt < 1:7782840‑M2/101‑95 (MQ=255) gacTTAGcatgaatcgcctcacaatgcggtattgcaatagcgggtaatgactccaacttattgatagtgttttatgttcagataatgcccgatgactttgt < 1:3975151‑M2/101‑95 (MQ=255) gacTTAGcatgaatcgcctcacaatgcggtattgcaatagcgggtaatgactccaacttattgatagtgttttatgttcagataatgcccgatgactttgt < 1:9162144‑M2/101‑95 (MQ=255) gacTTAGcatgaatcgcctcacaatgcggtattgcaatagcgggtaatgactccaacttattgatagtgttttatgttcagataatgcccgatgactttgt < 1:9561643‑M2/101‑95 (MQ=255) cTTAGcatgaatcgcctcacaatgcggtattgcaatagcgggtaatgactccaacttattgatagtgttttatgttcagataatgcccgatgactttgtca > 1:5862137‑M2/1‑5 (MQ=255) aGcatgaatcgcctcacaatgcggtattgcaatagcgggtaatgactccaacttattgatagtgttttatgttcagataatgcccgatgactttgtcatgc > 1:8564873‑M2/1‑2 (MQ=255) aGcatgaatcgcctcacaatgcggtattgcaatagcgggtaatgactccaacttattgatagtgttttatgttcagataatgcccgatgactttgtcatgc > 1:11126747‑M2/1‑2 (MQ=255) aGcatgaatcgcctcacaatgcggtattgcaatagcgggtaatgactccaacttattgatagtgttttatgttcagataatgcccgatgactttgtcatgc > 1:10265140‑M2/1‑2 (MQ=255) gcatgaatcgcctcacaatgcgctattgcaatagcgggtaatgactccaacttattgatagtgttttatgttcagataatgcccgatgactttgtcatgca > 1:5334394‑M2/1‑1 (MQ=255) | CAACGCAATAACCAACGATACCGCCACGTCGTTATCATCATCCGCTTGCTGAAAATGAACTTTATTTGTTGGCCTTAACAGATAAATGGCTGACGACTTAGGGAAGGTGCGAACAAGTCCCTGATATGAGATCATGTTTGTCATCTGGAGCCATAGAACAGGGTTCATCATGAGTCATCAACTTACCTTCGCCGACAGTGA > NC_007779/2176882‑2177082 |
Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 29 ≤ ATCG/ATCG < 34 ≤ ATCG/ATCG < 35 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
Reads not counted as support for junction |
read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |