| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_007779 | 4,546,535 | T→A | 100% | intergenic (+296/‑182) | fimB → / → fimE | tyrosine recombinase/inversion of on/off regulator of fimA/tyrosine recombinase/inversion of on/off regulator of fimA |
| Read alignment evidence... | ||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | change | freq | score | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_007779 | 4,546,535 | 0 | T→A | 100.0% | 1116.2 | 266 | intergenic (+296/‑182) | fimB/fimE | tyrosine recombinase/inversion of on/off regulator of fimA/tyrosine recombinase/inversion of on/off regulator of fimA |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): new base (150/116): ref base (0/0): total (150/116) | ||||||||||
Only 100 of 286 total aligned reads displayed.
TACACATCACTTAAAATCTCCTGTTTCCGCACTTTTTTCTTTATTTTTTAAGCAACTGGAAGTTAATCCACTGCAATCTATTGTTATATTGAATCAAATCAATGAAAATAGATGTTGTCACATCAGTGATATTTTATTTTTGTATGATATTTAATGTAATTGACTGATAGCCACATCACTCCGTGTGTGGTTATCT > NC_007779/4546437‑4546632 | tACACATCACTTAAAATCTCCTGTTTCCGCACTTTTTTCTTTATTTTTTAAGCAACTGGAAGTTAATCCACTGCAATCTATTGTTATATTGaatcaaaaca > 1:16053820/1‑101 (MQ=255)tACACATCACTTAAAATCTCCTGTTTCCGCACTTTTTTCTTTATTTTTTAAGCAACTGGAAGTTAATCCACTGCAATCTATTGTTATATTGaatcaaaaca > 1:16595036/1‑101 (MQ=255) aTCACTTAAAATCTCCTGTTTCCGCACTTTTTTCTTTATTTTTTAAGCAACTGGAAGTTAATCCACTGCAATCTATTGTTATATTGAATCAAAACAATGaa > 1:9591684/1‑101 (MQ=255) aTCACTTAAAATCTCCTGTTTCCGCACTTTTTTCTTTATTTTTTAAGCAACTGGAAGTTAATCCACTGCAATCTATTGTTATATTGAATCAAAACAATGaa > 1:13735160/1‑101 (MQ=255) aCTTAAAATCTCCTGTTTCCGCACTTTTTTCTTTATTTTTTAAGCAACTGGAAGTTAATCCACTGCAATCTATTGTTATATTGAATCAAAACAATGAAAAt > 1:9196929/1‑101 (MQ=255) tAAAATCTCCTGTTTCCGCACTTTTTTCTTTATTTTTTAAGCAACTGGAAGTTAATCCACTGCAATCTATTGTTATATTGAATCAAAACAATGAAAATAGa > 1:5101751/1‑101 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cTTTTTTCTTTATTTTTTAAGCAACTGGAAGTTAATCCACTGCAATCTATTGTTATATTGAATCAAAACAATGAAAATAGATGTTGTCACATCAGTGatat > 1:5693931/1‑101 (MQ=255) cTTTTTTCTTTATTTTTTAAGCAACTGGAAGTTAATCCACTGCAATCTATTGTTATATTGAATCAAAACAATGAAAATAGATGTTGTCACATCAGTGatat > 1:8694765/1‑101 (MQ=255) ttttttCTTTATTTTTTAAGCAACTGGAAGTTAATCCACTGCAATCTATTGTTATATTGAATCAAAACAATGAAAATAGATGTTGTCACATCAGTGAtatt < 1:12645782/101‑1 (MQ=255) ttttttCTTTATTTTTTAAGCAACTGGAAGTTAATCCACTGCAATCTATTGTTATATTGAATCAAAACAATGAAAATAGATGTTGTCACATCAGTGAtatt > 1:10544579/1‑101 (MQ=255) tttttCTTTATTTTTTAAGCAACTGGAAGTTAATCCACTGCAATCTATTGTTATATTGAATCAAAACAATGAAAATAGATGTTGTCACATCAGTGAtattt > 1:1952028/1‑101 (MQ=255) tttttCTTTATTTTTTAAGCAACTGGAAGTTAATCCACTGCAATCTATTGTTATATTGAATCAAAACAATGAAAATAGATGTTGTCACATCAGTGAtattt > 1:10307463/1‑101 (MQ=255) tttttCTTTATTTTTTAAGCAACTGGAAGTTAATCCACTGCAATCTATTGTTATATTGAATCAAAACAATGAAAATAGATGTTGTCACATCAGTGAtattt < 1:15026586/101‑1 (MQ=255) 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atcaaaacaaTGAAAATAGATGTTGTCACATCAGTGATATTTTATTTTTGTATGATATTTAATGTAATTGACTGATAGCCACATCACTCTGTGTGTGGTTa > 1:2877843/1‑101 (MQ=255) caaaacaaTGAAAATAGATGTTGTCACATCAGTGATATTTTATTTTTGTATGATATTTAATGTAATTGACTGATAGCCACATCACTCCGTGTGTGGTTATc < 1:7487529/101‑1 (MQ=255) aaaacaaTGAAAATAGATGTTGTCACATCAGTGATATTTTATTTTTGTATGATATTTAATGTAATTGACTGATAGCCACATCACTCCGTGTGTGGTTATCt > 1:15403621/1‑101 (MQ=255) | TACACATCACTTAAAATCTCCTGTTTCCGCACTTTTTTCTTTATTTTTTAAGCAACTGGAAGTTAATCCACTGCAATCTATTGTTATATTGAATCAAATCAATGAAAATAGATGTTGTCACATCAGTGATATTTTATTTTTGTATGATATTTAATGTAATTGACTGATAGCCACATCACTCCGTGTGTGGTTATCT > NC_007779/4546437‑4546632 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 31 ≤ ATCG/ATCG < 34 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |