New junction evidence | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
* | ? | NC_007779 | = 3744263 | NA (NA) | 322 (1.170) | 135/180 | NT | 100% | intergenic (‑91/+30) | insC/yidZ | IS2 element protein/DNA‑binding transcriptional regulator |
? | NC_007779 | 3903274 = | 0 (0.000) | coding (37/825 nt) | bax | hypothetical protein |
Only 100 of 332 total aligned reads displayed.
TTCTCCAATGACTAGTCTAAAAACTAGTATTAAGACTATCACTTATTTAAGTGATATTGGTTGTCTGGAGATTCAGGGGGCCAGTCTA‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ > NC_007779/3744176‑3744263 ‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ATTCTTATGTTACTCACTCTGGTGTTTTCGAGTGAGGTGTTAGCGAAGACGCACACAACAACAGCGAGTCAAAAGTCCCACTTAACTAAAGCTAGTAATA > NC_007779/3903274‑3903373 TTCTCCAATGACTAGTCTAAAAACTAGTATTAAGACTATCACTTATTTAAGTGATATTGGTTGTCTGGAGATTCAGGGGGCCAGTCTAATTCTTATGTTAC > 1:13018452/1‑101 TTCTCCAATGACTAGTCTAAAAACTAGTATTAAGACTATCACTTATTTAAGTGATATTGGTTGTCTGGAGATTCAGGGGGCCAGTCTAATTCTTATGTTAC > 1:6434067/1‑101 CTCCAATGACTAGTCTAAAAACTAGTATTAAGACTATCACTTATTTAAGTGATATTGGTTGTCTGGAGATTCAGGGGGCCAGTCTAATTCTTATGTTACTC > 1:8460622/1‑101 CTCCAATGACTAGTCTAAAAACTAGTATTAAGACTATCACTTATTTAAGTGATATTGGTTGTCTGGAGATTCAGGGGGCCAGTCTAATTCTTATGTTACTC > 1:4229889/1‑101 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ATATTGGTTGTCTGGAGATTCAGGGGGCCAGACTAATTCTTATGTTACTCACTCTGGTGTTTTCGAGTGAGGTGTTAGCGAAGACGCACACAACAACAGCG < 1:10008866/101‑1 TATTGGTTGTCTGGAGATTCAGGGGGCCAGTCTAATTCTTATGTTACTCACTCTGGTGTTTTCGAGTGTGGTGTTAGCGAAGACGCACACAACAACAGCGA > 1:404690/1‑101 TATTGGTTGTCTGGAGATTCAGGGGGCCAGTCTAATTCTTATGTTACTCACTCTGGTGTTTTCGAGTGAGGTGTTAGCGAAGACGCACACAACAACAGCGA > 1:7947606/1‑101 ATTGGTTGTCTGGAGATTCAGGGGGCCAGTCTAATTCTTATGTTACTCACTCTGGTGTTTTCGAGTGAGGTGTTAGCGAAGACGCACACAACAACAGCGAG < 1:2156445/101‑1 ATTGGTTGGCTGGAGATTCAGGGGGCCAGTCTAATTCTTATGTTACTCACTCTGGTGTTTTCGAGTGAGGTGTTAGCGAAGACGCACACAACAACAGCGAG < 1:3410970/101‑1 TTGGTTGTCTGGAGATTCAGGGGGCCAGTCTAATTCTTATGTTACTCACTCTGGTGTTTTCGAGTGAGGTGTTAGCGAAGACGCACACAACAACAGCGAGT < 1:1523820/101‑1 GGTTGTCTGGAGATTCAGGGGGCCAGTCTAATTCTTATGTTACTCACTCTGGTGTTTTCGAGTGAGGTGTTAGCGAAGACGCACACAACAACAGCGAGTCA > 1:2787999/1‑101 GTTGTCTGGAGATTCAGGGGGCCAGTCTAATTCTTATGTTACTCACTCTGGTGTTTTCGAGTGAGGTGTTAGCGAAGACGCACACAACAACAGCGAGTCAA > 1:12745026/1‑101 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Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 31 ≤ ATCG/ATCG < 35 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
Reads not counted as support for junction |
read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |