Predicted mutation | |||||||
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RA | NC_007779 | 3,033,077 | A→T | 7.3% | F252I (TTC→ATC) | lysS ← | lysine tRNA synthetase |
Read alignment evidence... | ||||||||||
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* | NC_007779 | 3,033,077 | 0 | A→T | 7.3% | 37.7 ‑1.2 ‑0.1 | 231 | F252I (TTC→ATC) | lysS | lysine tRNA synthetase |
Reads supporting (aligned to +/- strand): new base (7/10): ref base (121/93): total (128/103) | ||||||||||
Fisher's exact test strand distribution p-value = 3.11e-01 | ||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support polymorphism than reference p-value = 8.47e-01 |
Only 100 of 239 total aligned reads displayed.
GCGTAAGCCATGTAGAGTTCCATCATGGTGAACTCTGGGTTATGACGTACGGAAATACCTTCGTTACGGAAGTTACGGTTGATTTCGAATACACGCTCGAAGCCACCAACCAC‑CAGACGCTTGAGGTACAGTTCCGGCGCGATACGCAGGTACATGTCGAGATCCAGCGCGTTATGGTGGGTGATAAACGGACGCGCAGCG > NC_007779/3032977‑3033177 | gCGTAAGCCATGTAGAGTTCCATCATGGTGAACTCTGGGTTATGACGTACGGAAATCCCTTCGTTACGGAAGTTACGGTTGATTTCGAATACACGCTCGaa < 1:3896029/101‑1 (MQ=255) gCGTAAGCCATGTAGAGTTCCATCATGGTGAACTCTGGGTTATGACGTACGGAAATACCTTCGTTACGGAAGTTACGGTTGATTTCGAATACACGCTCGaa > 1:9920270/1‑101 (MQ=255) gTAAGCCATGTAGAGTTCCATCATGGTGAACTCTGGGTTATGACGTACGGAAATACCTTCGTTACGGAAGTTACGGTTGATTTCGAATACACGCTCGAAGc < 1:7654599/101‑1 (MQ=255) tAAGCCATGTAGAGTTCCATCATGGTGAACTCTGGGTTATGACGTACGGAAATACCTTCGTTACGGAAGTTACGGTTGATTTCGAATACACGCTCGAAGcc > 1:6669715/1‑101 (MQ=255) aaGCCATGTAGAGTTCCATCATGGTGAACTCTGGGTTATGACGTACGGAAATACCTTCGTTACGGAAGTTACGGTTGATTTCGAATACACGCTCGAAGcca < 1:11045734/101‑1 (MQ=255) cATGTAGAGTTCCATCATGGTGAACTCTGGGTTATGACGTACGGAAATACCTTCGTTACGGAAGTTACGGTTGATTTCGAATACACGCTCGAAGCCaccaa > 1:13732895/1‑101 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gTTCCATCATGGTGAACTCTGGGTTATGACGTACGGAAATACCTTCGTTACGGAAGTTACGGTTGATTTCGAATACACGCTCGAAGCCACCAACCAC‑CAGa > 1:10341386/1‑101 (MQ=255) gTTCCATCATGGTGAACTCTGGGTTATGACGTACGGAAATACCTTCGTTACGGAAGTTACGGTTGATTTCGAATACACGCTCGAAGCCACCAACCAC‑CAGa > 1:5513674/1‑101 (MQ=255) gTTCCATCATGGTGAACTCTGGGTTATGACGTACGGAAATACCTTCGTTACGGAAGTTACGGTTGATTTCGAATACACGCTCGAAGCCACCAACCAC‑CAGa < 1:13128982/101‑1 (MQ=255) ccATCATGGTGAACTCTGGGTTATGACGTACGGAAATACCTTCGTTACGGAAGTTACGGTTGATTTCGAATACACGCTCGAAGCCACCAACCAC‑CAGACGc < 1:70180/101‑1 (MQ=255) catcatGGTGAACTCTGGGTTATGACGTACGGAAATACCTTCGTTACGGAAGTTACGGTTGATTTCGAATACACGCTCGAAGCCACCAACCAC‑CAGACGCt > 1:12368750/1‑101 (MQ=255) catGGTGAACTCTGGGTTATGACGTACGGAAATACCTTCGTTACGGAAGTTACGGTTGATTTCGAATACACGCTCGAAGCCACCAACCAC‑CAGACGCTTGa < 1:3393369/101‑1 (MQ=255) catGGTGAACTCTGGGTTATGACGTACGGAAATACCTTCGTTACGGAAGTTACGGTTGATTTCGAATACACGCTCGAAGCCACCAACCAC‑CAGACGCTTGa < 1:6390515/101‑1 (MQ=255) atGGTGAACTCTGGGTTATGACGTACGGAAATACCTTCGTTACGGAAGTTACGGTTGATTTCGAATACACGCTCGAAGCCACCAACCAC‑CAGACGCTTGAg < 1:4624818/101‑1 (MQ=255) tGGTGAACTCTGGGTTATGACGTACGGAAATACCTTCGTTACGGAAGTTACGGTTGATTTCGAATACACGCTCGAAGCCACCAACCAC‑CAGACGCTTGAgg < 1:14136018/101‑1 (MQ=255) tGGTGAACTCTGGGTTATGACGTACGGAAATACCTTCGTTACGGAAGTTACGGTTGATTTCGAATACACGCTCGAAGCCACCAACCAC‑CAGACGCTTGAgg < 1:5451665/101‑1 (MQ=255) aaCTCTGGGTTATGACGTACGGAAATACCTTCGTTACGGAAGTTACGGTTGATTTCGAATACACGCTCGAAGCCACCAACCAC‑CAGACGCTTGAGGTACAg < 1:2389590/101‑1 (MQ=255) aCTCTGGGTTATGACGTACGGAAATACCTTCGTTACGGAAGTTACGGTTGATTTCGAATACACGCTCGAAGCCACCAACCAC‑CAGACGCTTGAGGTACAGt < 1:2048809/101‑1 (MQ=255) ctctGGGTTATGACGTACGGAAATACCTTCGTTACGGAAGTTACGGTTGATTTCGAATACACGCTCGAAGCCACCAACCAC‑CAGACGCTTGAGGTACAGtt < 1:121657/101‑1 (MQ=255) ctctGGGTTATGACGTACGGAAATACCTTCGTTACGGAAGTTACGGTTGATTTCGAATACACGCTCGAAGCCACCAACCAC‑CAGACGCTTGAGGTACAGtt < 1:9210511/101‑1 (MQ=255) ctGGGTTATGACGTACGGAAATACCTTCGTTACGGAAGTTACGGTTGATTTCGAATACACGCTCGAAGCCACCAACCAC‑CAGACGCTTGAGGTACAGTTcc > 1:971313/1‑101 (MQ=255) tGGGTTATGACGTACGGAAATACCTTCGTTACGGAAGTTACGGTTGATTTCGAATACACGCTCGAAGCCACCAACCAC‑CAGACGCTTGAGGTACAGTTCCg > 1:6862302/1‑101 (MQ=255) tGGGTTATGACGTACGGAAATACCTTCGTTACGGAAGTTACGGTTGATTTCGAATACACGCTCGAAGCCACCAACCAC‑CAGACGCTTGAGGTACAGTTCCg < 1:2591945/101‑1 (MQ=255) tGGGGTATGACGTACGGAAATATCTTCGTTACGGAAGTTACGGTTGATTTCGAATACACGCTCGAAGCCACCAACCAC‑CAGACGCTTGAGGTACAGTTCCg < 1:6015182/101‑1 (MQ=255) gggTTATGACGTACGGAAATACCTTCGTTACGGAAGTTACGGTTGATTTCGAATACACGCTCGAAGCCACCAACCAC‑CAGACGCTTGAGGTACAGTTCCgg < 1:13433858/101‑1 (MQ=255) ggTTATGACGTACGGAAATACCTTCGTTACGGAAGTTACGGTTGATTTCGAATACACGCTCGAAGCCACCAACCAC‑CAGACGCTTGAGGTACAGTTCCGgc > 1:10467050/1‑101 (MQ=255) gTTATGACGTACGGAAATACCTTCGTTACGGAAGTTACGGTTGATTTCGAATACACGCTCGAAGCCACCAACCAC‑CAGACGCTTGAGGTACAGTTCCGgcg < 1:7788021/101‑1 (MQ=255) ttATGACGTACGGAAATACCTTCGTTACGGAAGTTACGGTTGATTTCGAATACACGCTCGAAGCCACCAACCAC‑CAGACGCTTGAGGTACAGTTCCGgcgc > 1:12114699/1‑101 (MQ=255) ttATGACGTACGGAAATACCTTCGTTACGGAAGTTACGGTTGATTTCGAATACACGCTCGAAGCCACCAACCAC‑CAGACGCTTGAGGTACAGTTCCGgcgc < 1:8751442/101‑1 (MQ=255) aTGACGTACGGAAATACCTTCGTTACGGAAGTTACGGTTGATTTCGAATACACGCTCGAAGCCACCAACCAC‑CAGACGCTTGAGGTACAGTTCCGGCGCGa < 1:11632278/101‑1 (MQ=255) tGACGCACGGAAATACCTTCGTTACGGAAGCTACGGTTGATTTCGAATACACGCTCGAAGCCACCAACCAC‑CAGACGCTTGAGGCACAGTTCCGGCGCGAt > 1:7944320/1‑101 (MQ=255) gACGTACGGAAATACCTTCGTTACGGAAGTTACGGTTGATTTCGAATACACGCTCGAAGCCACCAACCAC‑CAGACGCTTGAGGTACAGTTCCGGCGCGATa < 1:11728326/101‑1 (MQ=255) aCGTACGGAAATACCTTCGTTACGGAAGTTACGGTTGATTTCGAATACACGCTCGAAGCCACCAACCAC‑CAGACGCTTGAGGTACAGTTCCGGCGCGATAc > 1:709100/1‑101 (MQ=255) gTACGGAAATACCTTCGTTACGGAAGTTACGGTTGATTTCGAATACACGCTCGAAGCCACCAACCAC‑CAGACGCTTGAGGTACAGTTCCGGCGCGATACGc < 1:12751775/101‑1 (MQ=255) gTACGGAAATACCTTCGTTACGGAAGTTACGGTTGATTTCGAATACACGCTCGAAGCCACCAACCAC‑CAGACGCTTGAGGTACAGTTCCGGCGCGATACGc > 1:3766614/1‑101 (MQ=255) gTACGGAAATACCTTCGTTACGGAAGTTACGGTTGATTTCGAATACACGCTCGAAGCCACCAACCAC‑CAGACGCTTGAGGTACAGTTCCGGCGCGATACGc < 1:13680284/101‑1 (MQ=255) tACGGAAATACCTTCGTTACGGAAGTTACGGTTGATTTCGAATACACGCTCGAAGCCACCAACCAC‑CAGACGCTTGAGGTACAGTTCCGGCGCGATACGCa < 1:6954288/101‑1 (MQ=255) cGGAAATACCTTCGTTACGGAAGTTACGGTTGATTTCGAATACACGCTCGAAGCCACCAACCAC‑CAGACGCTTGAGGTACAGTTCCGGCGCGATACGCAgg > 1:7897236/1‑101 (MQ=255) gtcgatgccctCGTTACGGAAGTTACGGTTAATCTCAAAGACTCGCTCCATACCGCCGACGACGCAG‑CGCTTGAGGAAAAGCTCCGGCGCGATGCGCAGGt < 1:6275058/91‑1 (MQ=255) ggAAATACCTTCGTTACGGAAGTTACGGTTGATTTCGAACACACGCTCGAAGCCACCAACCAC‑CAGACGCTTGAGGTACAGTTCCGGCGCGATACGCAGGt < 1:12090276/101‑1 (MQ=255) aaaTACCTTCGTTACGGAAGTTACGGTTGATTTCGAATACACGCTCGAAGCCACCAACCAC‑CAGACGCTTGAGGTACAGTTCCGGCGCGATACGCAGGTAc > 1:8788038/1‑101 (MQ=255) aaaTACCTTCGTTACGGAAGTTACGGTTGATTTCGAATACACGCTCGAAGCCACCAACCAC‑CAGACGCTTGAGGTACAGTTCCGGCGCGATACGCAGGTAc > 1:10173841/1‑101 (MQ=255) gatgccctCGTTACGGAAGTTACGGTTAATCTCAAAGACTCGCTCCATACCGCCGACGACGCAG‑CGCTTGAGGAAAAGCTCCGGCGCGATGCGCAGGTaga < 1:5179740/94‑3 (MQ=255) gatgccctCGTTACGGAAGTTACGGTTAATCTCAAAGACTCGCTCCATACCGCCGACGACGCAG‑CGCTTGAGGAAAAGCTCCGGCGCGATGCGCAGGTaga > 1:493968/8‑99 (MQ=255) atgccctCGTTACGGAAGTTACGGTTAATCTCAAAGACTCGCTCCATACCGCCGACGACGCAG‑CGCTTGAGGAAAAGCTCCGGCGCGATGCGCAGGTagag < 1:2199832/95‑4 (MQ=255) aTACCTTCGTTACGGAAGTTACGGTTGATTTCGAATACACGCTCGAAGCCACCAACCAC‑CAGACGCTTGAGGTACAGTTCCGGCGCGATACGCAGGTACAt < 1:10486138/101‑1 (MQ=255) tgccctCGTTACGGAAGTTACGGTTAATCTCAAAGACTCGCTCCATACCGCCGACGACGCAG‑CGCTTGAGGAAAAGCTCCGGCGCGATGCGCAGGTagaga > 1:12974876/6‑97 (MQ=255) tACCTTCGTTACGGAAGTTACGGTTGATTTCGAATACACGCTCGAAGCCACCAACCAC‑CAGACGCTTGAGGTACAGTTCCGGCGCGATACGCAGGTACATg < 1:10401788/101‑1 (MQ=255) tACCTTCGTTACGGAAGTTACGGTTGATTTCGAATACACGCTCGAAGCCACCAACCAC‑CAGACGCTTGAGGTACAGTTCCGGCGCGATACGCAGGTACATg > 1:10787496/1‑101 (MQ=255) gccctCGTTACGGAAGTTACGGTTAATCTCAAAGACTCGCTCCATACCGCCGACGACGCAG‑CGCTTGAGGAAAAGCTCCGGCGCGATGCGCAGGTagagat < 1:3694022/97‑6 (MQ=255) ccctCGTTACGGAAGTTACGGTTAAGCTCAAAGACTCGCTCCATACCGCCGACGACGCAG‑CGCTTGAGGAAAAGCTCCGGCGCGATGCGCAGGTagagatc < 1:1435900/98‑7 (MQ=255) ccTTCGTTACGGAAGTTACGGTTGATTTCGAATACACGCTCGAAGCCACCAACCAC‑CAGACGCTTGAGGTACAGTTCCGGCGCGATACGCAGGTACATGTc < 1:7483681/101‑1 (MQ=255) tCGTTACGGAAGTTACGGTTGATTTCGAATACACGCTCGAAGCCACCAACCAC‑CAGACGCTTGAGGTACAGTTCCGGCGCGATACGCAGGTACATGTCgag < 1:1882187/101‑1 (MQ=255) cGTTACGGAAGTTACGGTTGATTTCGAATACACGCTCGAAGCCACCAACCAC‑CAGACGCTTGAGGTACAGTTCCGGCGCGATACGCAGGTACATGTCgaga < 1:2580091/101‑1 (MQ=255) cGTTACGGAAGTTACGGTTAATCTCAAAGACTCGCTCCATACCGCCGACGACGCAG‑CGCTTGAGGAAAAGCTCCGGCGCGATGCGCAGGTagagatcaatg > 1:11940393/1‑91 (MQ=255) cGTTACGGAAGTTACGGTTAATCTCAAAGACTCGCTCCATACCGCCGACGACGCAG‑CGCTTGAGGAAAAGCTCCGGCGCGATGCGCAGGTagagatcaatg < 1:535685/101‑11 (MQ=255) tACGGAAGTTACGGTTGATTTCGAATACACGCTCGAAGCCACCAACCAC‑CAGACGCTTGAGGTACAGTTCCGGCGCGATACGCAGGTACATGTCGAGATcc > 1:2488278/1‑101 (MQ=255) tACGGAAGTTACGGTTGATTTCGAATACACGCTCGAAGCCACCAACCAC‑CAGACGCTTGAGGTACAGTTCCGGCGCGATACGCAGGTACATGTCGAGATcc > 1:1673062/1‑101 (MQ=255) aCGGAAGTTACGGTTGATTTCGAATACACGCTCGAAGCCACCAACCAC‑CAGACGCTTGAGGTACAGTTCCGGCGCGATACGCAGGTACATGTCGAGATCCa > 1:1752907/1‑101 (MQ=255) cGGAAGTTACGGTTGATTTCGAATACACGCTCGAAGCCACCAACCAC‑CAGACGCTTGAGGTACAGTTCCGGCGCGATACGCAGGTACATGTCGAGATCCAg > 1:14057592/1‑101 (MQ=255) cGGAAGTTACGGTTGATTTCGAATACACGCTCGAAGCCACCAACCAC‑CAGACGCTTGAGGTACAGTTCCGGCGCGATACGCAGGTACATGTCGAGATCCAg < 1:9365950/101‑1 (MQ=255) ggAAGTTACGGTTGATTTCGAATACACGCTCGAAGCCACCAACCAC‑CAGACGCTTGAGGTACAGTTCCGGCGCGATACGCAGGTACATGTCGAGATCCAgc > 1:6523748/1‑101 (MQ=255) 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ttCGAATACACGCTCGAAGCCACCAACCAC‑CAGACGCTTGAGGTACAGTTCCGGCGCGATACGCAGGTACATGTCGAGATCCAGCGCGTTATGGTGGGTGa < 1:7264449/101‑1 (MQ=255) ttCGAATACACGCTCGAAGCCACCAACCAC‑CAGACGCTTGAGGTACAGTTCCGGCGCGATACGCAGGTACATGTCGAGATCCAGCGCGTTATGGTGGGTGa > 1:8221677/1‑101 (MQ=255) cGAATACACGCTCGAAGCCACCAACCAC‑CAGACGCTTGAGGTACAGTTCCGGCGCGATACGCAGGTACATGTCGAGATCCAGCGCGTTATGGTGGGTGATa > 1:1573833/1‑101 (MQ=255) cGAATACACGCTCGAAGCCACCAACCAC‑CAGACGCTTGAGGTACAGTTCCGGCGCGATACGCAGGTACATGTCGAGATCCAGCGCGTTATGGTGGGTGATa < 1:7578456/101‑1 (MQ=255) aaTACACGCTCGAAGCCACCAACCAC‑CAGACGCTTGAGGTACAGTTCCGGCGCGATACGCAGGTACATGTCGAGATCCAGCGCGTTATGGTGGGTGATaaa < 1:6182813/101‑1 (MQ=255) aaTACACGCTCGAAGCCACCAACCAC‑CAGACGCTTGAGGTACAGTTCCGGCGCGATACGCAGGTACATGTCGAGATCCAGCGCGTTATGGTGGGTGATaaa > 1:7188822/1‑101 (MQ=255) aTACACGCTCGAAGCCACCAACCAC‑CAGACGCTTGAGGTACAGTTCCGGCGCGATACGCAGGTACATGTCGAGATCCAGCGCGTTATGGTGGGTGATAAAc < 1:808521/101‑1 (MQ=255) 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acGCTCGAAGCCACCAACCAC‑CAGACGCTTGAGGTACGGTTCCGGCGCGATACGCAGGTACATGTCGAGATCCAGCGCGTTATGGTGGGTGATAAACGGAc < 1:845068/101‑1 (MQ=255) cGCTCGAAGCCACCAACCAC‑CAGACGCTTGAGGTACAGTTCCGGCGCGATACGCAGGTACATGTCGAGATCCAGCGCGTTATGGTGGGTGATAAACGGAcg > 1:4174072/1‑101 (MQ=255) cTCGAAGCCACCAACCAC‑CAGACGCTTGAGGTACAGTTCCGGCGCGATACGCAGGTACATGTCGAGATCCAGCGCGTTATGGTGGGTGATAAACGGAcgcg > 1:2879808/1‑101 (MQ=255) | GCGTAAGCCATGTAGAGTTCCATCATGGTGAACTCTGGGTTATGACGTACGGAAATACCTTCGTTACGGAAGTTACGGTTGATTTCGAATACACGCTCGAAGCCACCAACCAC‑CAGACGCTTGAGGTACAGTTCCGGCGCGATACGCAGGTACATGTCGAGATCCAGCGCGTTATGGTGGGTGATAAACGGACGCGCAGCG > NC_007779/3032977‑3033177 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 24 ≤ ATCG/ATCG < 30 ≤ ATCG/ATCG < 34 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
Reads not counted as support for junction |
read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |