| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_007779 | 3,442,024 | T→C | 7.3% | G481G (GGT→GGC) | thiC → | thiamin (pyrimidine moiety) biosynthesis protein |
| Read alignment evidence... | ||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | change | freq | score | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_007779 | 3,442,024 | 0 | T→C | 7.3% | 43.0 ‑3.5 ‑0.7 | 259 | G481G (GGT→GGC) | thiC | thiamin (pyrimidine moiety) biosynthesis protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): new base (14/5): ref base (112/128): total (126/133) | ||||||||||
| Fisher's exact test strand distribution p-value = 3.07e-02 | ||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support polymorphism than reference p-value = 1.82e-01 | ||||||||||
Only 100 of 262 total aligned reads displayed.
CCGAGGAGTTAGAGCACTGCCACGAAGCGCCGTTTTACACTCTGGGGCCGCTAACTACCGATATTGCGCCGGGCTATGACCACTTCACGTCGGGGATTGGTGCGGCGATGATTG‑GCTGGTTTGGCTGCGCGATGCTCTGTTACGTAACGCCAAAAGAGCATCTGGGTCTGCCCAATAAAGAAGATGTTAAGCAGGGGCTTA > NC_007779/3441924‑3442124 | ccGAGGAGTTAGAGCACTGCCACGAAGCGCCGTTTTACACTCTGGGGCCGCTAACTACCGATATTGCGCCGGGCTATGACCACTTCACGTCGGGGATTGGt < 1:10526054/101‑1 (MQ=255) cGAGGAGTTAGAGCACTGCCACGAAGCGCCGTTTTACACTCTGGGGCCGCTAACTACCGATATTGCGCCGGGCTATGACCACTTCACGTCGGGGATTGGTg > 1:8879651/1‑101 (MQ=255) gaggagTTAGAGCACTGCCACGAAGCGCCGTTTTACACTCTGGGGCCGCTAACTACCGATATTGCGCCGGGCTATGACCACTTCACGTCGGGGATTGGTgc < 1:13757442/101‑1 (MQ=255) aggagTTAGAGCACTGCCACGAAGCGCCGTTTTACACTCTGGGGCCGCTAACTACCGATATTGCGCCGGGCTATGACCACTTCACGTCGGGGATTGGTgcg > 1:14319820/1‑101 (MQ=255) aggagTTAGAGCACTGCCACGAAGCGCCGTTTTACACTCTGGGGCCGCTAACTACCGATATTGCGCCGGGCTATGACCACTTCACGTCGGGGATTGGTgcg > 1:1975449/1‑101 (MQ=255) aggagTTAGAGCACTGCCACGAAGCGCCGTTTTACACTCTGGGGCCGCTAACTACCGATATTGCGCCGGGCTATGACCACTTCACGTCGGGGATTGGTgcg < 1:9251909/101‑1 (MQ=255) ggagTTAGAGCACTGCCACGAAGCGCCGTTTTACACTCTGGGGCCGCTAACTACCGATATTGCGCCGGGCTATGACCACTTCACGTCGGGGATTGGTgcgg < 1:7740261/101‑1 (MQ=255) agTTAGAGCACTGCCACGAAGCGCCGTTTTACACTCTGGGGCCGCTAACTACCGATATTGCGCCGGGCTATGACCACTTCACGTCGGGGATTGGTgcggcg < 1:4639894/101‑1 (MQ=255) agTTAGAGCACTGCCACGAAGCGCCGTTTTACACTCTGGGGCCGCTAACTACCGATATTGCGCCGGGCTATGACCACTTCACGTCGGGGATTGGTgcggcg > 1:5669508/1‑101 (MQ=255) gTTAGAGCACTGCCACGAAGCGCCGTTTTACACTCTGGGGCCGCTAACTACCGATATTGCGCCGGGCTATGACCACTTCACGTCGGGGATTGGTGCGGCga > 1:765730/1‑101 (MQ=255) gTTAGAGCACTGCCACGAAGCGCCGTTTTACACTCTGGGGCCGCTAACTACCGATATTGCGCCGGGCTATGACCACTTCACGTCGGGGATTGGTGCGGCga > 1:12049183/1‑101 (MQ=255) ttAGAGCACTGCCACGAAGCGCCGTTTTACACTCTGGGGCCGCTAACTACCGATATTGCGCCGGGCTATGACCACTTCACGTCGGGGATTGGTGCGGCgat < 1:10661165/101‑1 (MQ=255) ttAGAGCACTGCCACGAAGCGCCGTTTTACACTCTGGGGCCGCTAACTACCGATATTGCGCCGGGCTATGACCACTTCACGTCGGGGATTGGTGCGGCgat > 1:11443268/1‑101 (MQ=255) tAGAGCACTGCCACGAAGCGCCGTTTTACACTCTGGGGCCGCTAACTACCGATATTGCGCCGGGCTATGACCACTTCACGTCGGGGATTGGTGCGGCgatg < 1:7884121/101‑1 (MQ=255) agagCACTGCCACGAAGCGCCGTTTTACACTCTGGGGCCGCTAACTACCGATATTGCGCCGGGCTATGACCACTTCACGTCGGGGATTGGTGCGGCgatga > 1:13737532/1‑101 (MQ=255) tggtgtgaggAAGCTCCGTTCTACACCCTCGGCCCGCTGGCAACCGACATCGCGCCGGGCTATGACCACATCACGTCGGCTATCGGCGCGGCAATCATTgc > 1:3858848/10‑100 (MQ=255) aCTGCCACGAAGCGCCGTTTTACACTCTGGGGCCGCTAACTACCGATATTGCGCCGGGCTATGACCACTTCACGTCGGGGATTGGTGCGGCGATGATTG‑Gc > 1:11303355/1‑101 (MQ=255) gtgtgaggAAGCTCCGTTCTACACCCTCGGCCCGCTGGCAACCGACATCGCGCCGGGCTATGACCACATCACGTCGGCTATCGGCGCGGCAATCATTgcgc < 1:5392314/94‑4 (MQ=255) cTGCCACGAAGCGCCGTTTTACACTCTGGGGCCGCTAACTACCGATATTGCGCCGGGCTATGACCACTTCACGTCGGGGATTGGTGCGGCGATGATTG‑GCt > 1:9529545/1‑101 (MQ=255) cTGCCACGAAGCGCCGTTTTACACTCTGGGGCCGCTAACTACCGATATTGCGCCGGGCTATGACCACTTCACGTCGGGGATTGGTGCGGCGATGATTG‑GCt > 1:6395059/1‑101 (MQ=255) tgtgaggAAGCTCCGTTCTACACCCTCGGCCCGCTGGCAACCGACATCGCGCCGGGCTATGACCACATCACGTCGGCTATCGGCGCGGCAATCATTgcgca > 1:8482746/7‑97 (MQ=255) tGCCACGAAGCGCCGTTTTACACTCTGGGGCCGCTAACTACCGATAATGCGCCGGGCTATGACCACTTCACGTCGGGGATTGGTGCGGCGATGATTG‑GCTg > 1:9854712/1‑101 (MQ=255) ccACGAAGCGCCGTTTTACACTCTGGGGCCGCTAACTACCGATATTGCGCCGGGCTATGACCACTTCACGTCGGGGATTGGTGCGGCGATGATTG‑GCTGGt < 1:5874669/101‑1 (MQ=255) aCGAAGCGCCGTTTTACACTCTGGGGCCGCTAACTACCGATATTGCGCCGGGCTATGACCACTTCACGTCGGGGATTGGTGCGGCGATGATTG‑GCTGGttt > 1:10302757/1‑101 (MQ=255) cGAAGCGCCGTTTTACACTCTGGGGCCGCTAACTACCGATATTGCGCCGGGCTATGACCACTTCACGTCGGGGATTGGTGCGGCGATGATTG‑GCTGGTTTg > 1:12290980/1‑101 (MQ=255) gAAGCGCCGTTTTACACTCTGGGGCCGCTAACTACCGATATTGCGCCGGGCTATGACCACTTCACGTCGGGGATTGGTGCGGCGATGATTG‑GCTGGTTTgg < 1:10173848/101‑1 (MQ=255) gcgcCGTTTTACACTTTGGGGCCGCTAACTACCGATATTGCGCCGGGCTATGACCACTTCACGTCGGGGATTGGTGCGGCGATGATTG‑GCTGGTTTGGCTg > 1:3447452/1‑101 (MQ=255) gcgcCGTTTTACACTCTGGGGCCGCTAACTACCGATATTGCGCCGGGCTATGACCACTTCACGTCGGGGATTGGTGCGGCGATGATTG‑GCTGGTTTGGCTg > 1:13278600/1‑101 (MQ=255) gcgcCGTTTTACACTCTGGGGCCGCTAACTACCGATATTGCGCCGGGCTATGACCACTTCACGTCGGGGATTGGTGCGGCGATGATTG‑GCTGGTTTGGCTg < 1:13101242/101‑1 (MQ=255) cgcCGTTTTACACTCTGGGGCCGCTAACTACCGATATTGCGCCGGGCTATGACCACTTCACGTCGGGGATTGGTGCGGCGATGATTG‑GCTGGTTTGGCTgc < 1:8397261/101‑1 (MQ=255) cgcCGTTTTACACTCTGGGGCCGCTAACTACCGATATTGCGCCGGGCTATGACCACTTCACGTCGGGGATTGGTGCGGCGATGATTG‑GCTGGTTTGGCTgc > 1:4590960/1‑101 (MQ=255) gcCGTTTTACACTCTGGGGCCGCTAACTACCGATATTGCTCCGGGCTATGACCACTTCACGTCGGGGATTGGTGCGGCGATGATTG‑GCTGGTTTGGCTgtg < 1:9697998/101‑3 (MQ=255) gcCGTTTTACACTCTGGGGCCGCTAACTACCGATATTGCGCCGGGCTATGACCACTTCACGTCGGGGATTGGTGCGGCGATGATTG‑GCTGGTTTGGCTgcg < 1:7326077/101‑1 (MQ=255) gcCGTTTTACACTCTGGGGCCGCTAACTACCGATATTGCGCCGGGCTATGACCACTTCACGTCGGGGATTGGTGCGGCGATGATTG‑GCTGGTTTGGCTgcg < 1:3999012/101‑1 (MQ=255) ccGTTTTACACTCTGGGGCCGCTAACTACCGATATTGCGCCGGGCTATGACCACTTCACGTCGGGGATTGGTGCGGCGATGATTG‑GCTGGTTTGGCTgcgc < 1:9810357/101‑1 (MQ=255) cGTTTTACACTCTGGGGCCGCTAACTACCGATATTGCGCCGGGCTATGACCACTTCACGTCGGGGATTGGTGCGGCGATGATTG‑GCTGGTTTGGCTGcgcg > 1:6275881/1‑101 (MQ=255) cGTTTTACACTCTGGGGCCGCTAACTACCGATATTGCGCCGGGCTATGACCACTTCACGTCGGGGATTGGTGCGGCGATGATTG‑GCTGGTTTGGCTGcgcg < 1:615027/101‑1 (MQ=255) gTTTTACACTCTGGGGCCGCTAACTACCGATATTGCGCCGGGCTATGACCACTTCACGTCGGGGATTGGTGCGGCGATGATTG‑GCTGGTTTGGCTGCGCGa > 1:2744085/1‑101 (MQ=255) gTTTTACACTCTGGGGCCGCTAACTACCGATATTGCGCCGGGCTATGACCACTTCACGTCGGGGATTGGTGCGGCGATGATTG‑GCTGGTTTGGCTGCGCGa > 1:9936514/1‑101 (MQ=255) ttttACACTCTGGGTCCGCTAACTACCGATATTGCGCCGGGCTATGACCACTTCACGTCGGGGATTGGTGCGGCGATGATTG‑GCTGGTTTGGCTGCGCGAt < 1:1604709/101‑1 (MQ=255) tttACACTCTGGGGCCGCTAACTACCGATATTGCGCCGGGCTATGACCACTTCACGTCGGGGATTGGTGCGGCGATGATTG‑GCTGGTTTGGCTGCGCGATg > 1:6531470/1‑101 (MQ=255) tcacTCTGGGGCCGCTAACTACCGATATTGCGCCGGGCTATGACCACTTCACGTCGGGGATTGGTGCGGCGATGATTG‑GCTGGTTTGGCTGCGCGATGctc < 1:3402014/100‑1 (MQ=255) tGGGGCCGCTAACTACCGATATTGCGCCGGGCTATGACCACTTCACGTCGGGGATTGGTGCGGCGATGATTG‑GCTGGTTTGGCTGCGCGATGCTCTGTTAc < 1:8220049/101‑1 (MQ=255) gCCGCTAACTACCGATATTGCGCCGGGCTATGACCACTTCACGTCGGGGATTGGTGCGGCGATGATTG‑GCTGGTTTGGCTGCGCGATGCTCTGTTACGTaa < 1:10001353/101‑1 (MQ=255) ccGCTAACTACCGATATTGCGCCGGGCTATGACCACTTCACGTCGGGGATTGGTGCGGCGATGATTG‑GCTGGTTTGGCTGCGCGATGCTCTGTTACGTAAc < 1:14253739/101‑1 (MQ=255) ccGCTAACTACCGATATTGCGCCGGGCTATGACCACTTCACGTCGGGGATTGGTGCGGCGATGATTG‑GCTGGGTTGGCTGCGCGATGCTCTGTTACGTAAc > 1:494737/1‑101 (MQ=255) cTAACTACCGATATTGCGCCGGGCTATGACCACTTCACGTCGGGGATTGGTGCGGCGATGATTG‑GCTGGTTTGGCTGCGCGATGCTCTGTTACGTAACGcc > 1:8058240/1‑101 (MQ=255) tAACTACCGATATTGCGCCGGGCTATGACCACTTCACGTCGGGGATTGGTGCGGCGATGATTG‑GCTGGTTTGGCTGCGCGATGCTCTGTTACGTAACGCCa > 1:11650273/1‑101 (MQ=255) aaCTACCGATATTGCGCCGGGCTATGACCACTTCACGTCGGGGATTGGTGCGGCGATGATTG‑GCTGGTTTGGCTGCGCGATGCTCTGTTACGTAACGCCaa > 1:9019907/1‑101 (MQ=255) aaCTACCGATATTGCGCCGGGCTATGACCACTTCACGTCGGGGATTGGTGCGGCGATGATTG‑GCTGGTTTGGCTGCGCGATGCTCTGTTACGTAACGCCaa < 1:2579120/101‑1 (MQ=255) aaCTACCGATATTGCGCCGGGCTATGACCACTTCACGTCGGGGATTGGTGCGGCGATGATTG‑GCTGGTTTGGCTGCGCGATGCTCTGTTACGTAACGCCaa > 1:5582066/1‑101 (MQ=255) aCTACCGATATTGCGCCGGGCTATGACCACTTCACGTCGGGGATTGGTGCGGCGATGATTG‑GCTGGTTTGGCTGCGCGATGCTCTGTTACGTAACGCCaaa > 1:7073202/1‑101 (MQ=255) tACCGATATTGCGCCGGGCTATGACCACTTCACGTCGGGGATTGGTGCGGCGATGATTG‑GCTGGTTTGGCTGCGCGATGCTCTGTTACGTAACGCCAAAag < 1:12808730/101‑1 (MQ=255) tACCGATATTGCGCCGGGCTATGACCACTTCACGTCGGGGATTGGTGCGGCGATGATTG‑GCTGGTTTGGCTGCGCGATGCTCTGTTACGTAACGCCAAAag > 1:7257380/1‑101 (MQ=255) aaCCGACATCGCGCCGGGCTATGACCACATCACGTCGGCTATCGGCGCGGCAATCATTGCGCAGG‑CTGGTACCGCCATGCTCTGCTACGTCACGCCgaagg > 1:6639615/2‑99 (MQ=255) aCCGATATTGCGCCGGGCTATGACCACTTCACGTCGGGGATTGGTGCGGCGATGATTG‑GCTGGTTTGGCTGCGCGATGCTCTGTTACGTAACGCCAAAaga < 1:4808717/101‑1 (MQ=255) aCCGATATTGCGCCGGGCTATGACCACTTCACGTCGGGGATTGGTGCGGCGATGATTG‑GCTGGTTTGGCCGCGCGATGCTCTGTTACGTAACGCCAAAaga > 1:6073134/1‑101 (MQ=255) cGATATTGCGCCGGGCTATGACCACTTCACGTCGGGGATTGGTGCGGCGATGATTG‑GCTGGTTTGGCTGCGCGATGCTCTGTTACGTAACGCCAAAAGAGc > 1:1355064/1‑101 (MQ=255) cGATATTGCGCCGGGCTATGACCACTTCACGTCGGGGATTGGTGCGGCGATGATTG‑GCTGGTTTGGCTGCGCGATGCTCTGTTACGTAACGCCAAAAGAGc > 1:5314540/1‑101 (MQ=255) gATATTGCGCCGGGCTATGACCACTTCACGTCGGGGATTGGTGCGGCGATGATTG‑GCTGGTTTGGCTGCGCGATGCTCTGTTACGTAACGCCAAAAGAGCa < 1:4024461/101‑1 (MQ=255) gATATTGCGCCGGGCTATGACCACTTCACGTCGGGGATTGGTGCGGCGATGATTG‑GCTGGTTTGGCTGCGCGATGCTCTGTTACGTAACGCCAAAAGAGCa < 1:7847537/101‑1 (MQ=255) gATATTGCGCCGGGCTATGACCACTTCACGTCGGGGATTGGTGCGGCGATGATTG‑GCTGGTTTGGCTGCGCGATGCTCTGTTACGTAACGCCAAAAGAGCa < 1:1407577/101‑1 (MQ=255) atatTGCGCCGGGCTATGACCACTTCACGTCGGGGATTGGTGCGGCGATGATTG‑GCTGGTTTGGCTGCGCGATGCTCTGTTACGTAACGCCAAAAGAGCAt > 1:6778981/1‑101 (MQ=255) tatTGCGCCGGGCTATGACCACTTCACGTCGGGGATTGGTGCGGCGATGATTG‑GCTGGTTTGGCTGCGCGATGCTCTGTTACGTAACGCCAAAAGAGCATc > 1:7432193/1‑101 (MQ=255) atTGCGCCGGGCTATGACCACTTCACGTCGGGGATTGGTGCGGCGATGATTG‑GCTGGTTTGGCTGCGCGATGCTCTGTTACGTAACGCCAAAAGAGCATCt > 1:10349323/1‑101 (MQ=255) ttGCGCCGGGCTATGACCACTTCACGTCGGGGATTGGTGCGGCGATGATTG‑GCTGGTTTGGCTGCGCGATGCTCTGTTACGTAACGCCAAAAGAGCATCTg < 1:2376843/101‑1 (MQ=255) tGCGCCGGGCTATGACCACTTCACGTCGGGGATTGGTGCGGCGATGATTG‑GCTGGTTTGGCTGCGCGATGCTCTGTTACGTAACGCCAAAAGAGCATCTgg > 1:701161/1‑101 (MQ=255) gcgcCGGGCTATGACCACTTCACGTCGGGGATTGGTGCGGCGATGATTG‑GCTGGTTTGGCTGCGCGATGCTCTGTTACGTAACGCCAAAAGAGCATCTggg > 1:1800744/1‑101 (MQ=255) gcgcCGGGCTATGACCACATCACGTCGGCTATCGGCGCGGCAATCATTGCGCAGG‑CTGGTACCGCCATGCTCTGCTACGTCACGCCGAAGGAGCACCTggg > 1:13863422/1‑101 (MQ=255) 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gTCGGGGATTGGTGCGGCGATGATTG‑GCTGGTTTGGCTGCGCGATGCTCTGTTACGTAACGCCAAAAGAGCATCTGGGTCTGCCCAATAAAGAAGATGTTa < 1:11139370/101‑1 (MQ=255) gTCGGGGATTGGTGCGGCGATGATTG‑GCTGGTTTGGCTGCGCGATGCTCTGTTACGTAACGCCAAAAGAGCATCTGGGTCTGCCCAATAAAGAAGATGTTa > 1:1396800/1‑101 (MQ=255) gTCGGGGATTGGTGCGGCGATGATTG‑GCTGGTTTGGCTGCGCGATGCTCTGTTACGTAACGCCAAAAGAGCATCTGGGTCTGCCCAATAAAGAAGATGTTa > 1:959146/1‑101 (MQ=255) tCGGGGATTGGTGCGGCGATGATTG‑GCTGGTTTGGCTGCGCGATGCTCTGTTACGTAACGCCAAAAGAGCATCTGGGTCTGCCCAATAAAGAAGATGTTaa > 1:10921996/1‑101 (MQ=255) cGGGGATTGGTGCGGCGATGATTG‑GCTGGTTTGGCTGCGCGATGCTCTGTTACGTAACGCCAAAAGAGCATCTGGGTCTGCCCAATAAAGAAGATGTTAAg > 1:11759139/1‑101 (MQ=255) cGGGGATTGGTGCGGCGATGATTG‑GCTGGTTTGGCTGCGCGATGCTCTGTTACGTAACGCCAAAAGAGCATCTGGGTCTGCCCAATAAAGAAGATGTTAAg > 1:2299848/1‑101 (MQ=255) ggggATTGGTGCGGCGATGATTG‑GCTGGTTTGGCTGCGCGATGCTCTGTTACGTAACGCCAAAAGAGCATCTGGGTCTGCCCAATAAAGAAGATGTTAAGc < 1:9131628/101‑1 (MQ=255) gggATTGGTGCGGCGATGATTG‑GCTGGTTTGGCTGCGCGATGCTCTGTTACGTAACGCCAAAAGAGCATCTGGGTCTGCCCAATAAAGAAGATGTTAAGCa > 1:1156249/1‑101 (MQ=255) gggATTGGTGCGGCGATGATTG‑GCTGGTTTGGCTGCGCGATGCTCTGTTACGTAACGCCAAAAGAGCATCTGGGTCTGCCCAATAAAGAAGATGTTAAGCa > 1:7538385/1‑101 (MQ=255) aTTGGTGCGGCGATGATTG‑GCTGGTTTGGCTGCGCGATGCTCTGTTACGTAACGCCAAAAGAGCATCTGGGTCTGCCCAATAAAGAAGATGTTAAGCAggg < 1:4340430/101‑1 (MQ=255) | CCGAGGAGTTAGAGCACTGCCACGAAGCGCCGTTTTACACTCTGGGGCCGCTAACTACCGATATTGCGCCGGGCTATGACCACTTCACGTCGGGGATTGGTGCGGCGATGATTG‑GCTGGTTTGGCTGCGCGATGCTCTGTTACGTAACGCCAAAAGAGCATCTGGGTCTGCCCAATAAAGAAGATGTTAAGCAGGGGCTTA > NC_007779/3441924‑3442124 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 23 ≤ ATCG/ATCG < 30 ≤ ATCG/ATCG < 34 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |