| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_007779 | 3,451,756 | A→C | 8.1% | V1227V (GTT→GTG) | rpoB ← | RNA polymerase subunit beta |
| Read alignment evidence... | ||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | change | freq | score | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_007779 | 3,451,756 | 0 | A→C | 8.1% | 63.4 ‑0.7 ‑0.5 | 246 | V1227V (GTT→GTG) | rpoB | RNA polymerase subunit beta |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): new base (12/8): ref base (112/114): total (124/122) | ||||||||||
| Fisher's exact test strand distribution p-value = 4.85e-01 | ||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support polymorphism than reference p-value = 3.00e-01 | ||||||||||
Only 100 of 254 total aligned reads displayed.
CACCCAGCGGCTGCTGAGTAACCAGGCTGTAAGAACCGGTGGAACGCGCGTGCATCTTGTCGTCGACCAGGTGGTTCAGTTTCAGCATGTACATGTAACCAACGGTTACCGGACGCTCGAACTGTTCACCAGTGCGACCATCGTACAGGCGGATCTGACCGGAAGTCGGCAGGTCGCCAAGTTTCAGCAGCTCTTTAATTT > NC_007779/3451656‑3451856 | caccCAGCGGCTGCTGAGTAACCAGGCTGTAAGAACCGGTGGAACGCGCGTGCATCTTGTCGTCGACCAGGTGGTTCAGTTTCAGCATGTACATGTAACCa < 1:14246755/101‑1 (MQ=255)caccCAGCGGCTGCTGAGTAACCAGGCTGTAAGAACCGGTGGAACGCGCGTGCATCTTGTCGTCGACCAGGTGGTTCAGTTTCAGCATGTACATGTAACCa < 1:2812134/101‑1 (MQ=255)caccCAGCGGCTGCTGAGTAACCAGGCTGTAAGAACCGGTGGAACGCGCGTGCATCTTGTCGTCGACCAGGTGGTTCAGTTTCAGCATGTACATGTAACCa < 1:3410612/101‑1 (MQ=255) accCAGCGGCTGCTGAGTAACCAGGCTGTAAGAACCGGTGGAACGCGCGTGCATCTTGTCGTCGACCAGGTGGTTCAGTTTCAGCATGTACATGTAACCaa < 1:1732967/101‑1 (MQ=255) cccAGCGGCTGCTGAGTAACCAGGCTGTAAGAACCGGTGGAACGCGCGTGCATCTTGTCGTCGACCAGGTGGTTCAGTTTCAGCATGTACATGTAACCAAc < 1:11848960/101‑1 (MQ=255) cccAGCGGCTGCTGAGTAACCAGGCTGTAAGAACCGGTGGAACGCGCGTGCATCTTGTCGTCGACCAGGTGGTTCAGTTTCAGCATGTACATGTAACCAAc < 1:6566758/101‑1 (MQ=255) ccAGCGGCTGCTGGGTAATCATGGAGTACGGACCGGTGGAACGAGCGTGAATCTTCTCGTCGACCAGGTGGTGCAGCTTCAGCATGTACATGTAGCCCAcc > 1:5932626/1‑100 (MQ=255) ccAGCGGCTGCTGAGTAACCAGGCTGTAAGAACCGGTGGAACGCGCGTGCATCTTGTCGTCGACCAGTTGGTTCAGTTTCAGCATGTACATGTAACCAACg < 1:465748/101‑1 (MQ=255) aGCGGCTGCTGGGTAATCATGGAGTACGGACCGGTGGAACGAGCGTGAATCTTCTCGTCGACCAGGTGGTGCAGCTTCAGCATGTACATGTAGCCCAccga < 1:12187280/101‑4 (MQ=255) cGGCTGCTGGGTAATCATGGAGTACGGACCGGTGGAACGAGCGTGAATCTTCTCGTCGACCAGGTGGTGCAGCTTCAGCATGTACATGTAGCCCAccgaaa < 1:10661985/101‑6 (MQ=255) cGGCTGCTGAGTAACCAGGCTGTAAGAACCGGTGGAACGCGCGTGCATCTTGTCGTCGACCAGGTGGTTCAGTTTCAGCATGTACATGTAACCAACGGTTa > 1:13181590/1‑101 (MQ=255) cGGCTGCTGAGTAACCAGGCTGTAAGAACCGGTGGAACGCGCGTGCATCTTGTCGTCGACCAGGTGGTTCAGTTTCAGCATGTACATGTAACCAACGGTTa < 1:10013960/101‑1 (MQ=255) gctgctGAGTAACCAGGCTGTAAGAACCGGTGGAACGCGCGTGCATCTTGTCGTCGACCAGGTGGTTCAGTTTCAGCATGTACATGTAACCAACGGTTAcc > 1:3981979/1‑101 (MQ=255) ctgctgAGTAACCAGGCTGTAAGAACCGGTGGAACGCGCGTGCATCTTGTCGTCGACCAGGTGGTTCAGTTTCAGCATGTACATGTAACCAACGGTTACCg < 1:13641699/101‑1 (MQ=255) tgctgAGTAACCAGGCTGTAAGAACCGGTGGAACGCGCGTGCATCTTGTCGTCGACCAGGTGGTTCAGTTTCAGCATGTACATGTAACCAACGGTTACCgg < 1:6737811/101‑1 (MQ=255) tgctgAGTAACCAGGCTGTAAGAACCGGTGGAACGCGCGTGCATCTTGTCGTCGACCAGGTGGTTCAGTTTCAGCATGTACATGTAACCAACGGTTACCgg > 1:1805373/1‑101 (MQ=255) tgctgAGTAACCAGGCTGTAAGAACCGGTGGAACGCGCGTGCATCTTGTCGTCGACCAGGTGGTTCAGTTTCAGCATGTACATGTAACCAACGGTTACCgg < 1:14023601/101‑1 (MQ=255) gctgAGTAACCAGGCTGTAAGAACCGGTGGAACGCGCGTGCATCTTGTCGTCGACCAGTTGGTTCAGTTTCAGCATGTACATGTAACCAACGGTTACCGGa < 1:10344308/101‑1 (MQ=255) gctgAGTAACCAGGCTGTAAGAACCGGTGGAACGCGCGTGCATCTTGTCGTCGACCAGGTGGTTCAGTTTCAGCATGTACATGTAACCAACGGTTACCGGa > 1:8734832/1‑101 (MQ=255) gctgAGTAACCAGGCTGTAAGAACCGGTGGAACGCGCGTGCATCTTGTCGTCGACCAGGTGGTTCAGTTTCAGCATGTACATGTAACCAACGGTTACCGGa > 1:12783301/1‑101 (MQ=255) tgAGTAACCAGGCTGTAAGAACCGGTGGAACGCGCGTGCATCTTGTCGTCGACCAGGTGGTTCAGTTTCAGCATGTACATGTAACCAACGGTTACCGGACg < 1:6965133/101‑1 (MQ=255) tgAGTAACCAGGCTGTAAGAACCGGTGGAACGCGCGTGCATCTTGTCGTCGACCAGGTGGTTCAGTTTCAGCATGTACATGTAACCAACGGTTACCGGACg > 1:9358974/1‑101 (MQ=255) aGTAACCAGGCTGTAAGAACCGGTGGAACGCGCGTGCATCTTGTCGTCGACCAGGTGGTTCAGTTTCAGCATGTACATGTAACCAACGGTTACCGGACGCt < 1:224612/101‑1 (MQ=255) aGTAACCAGGCTGTAAGAACCGGTGGAACGCGCGTGCATCTTGTCGTCGACCAGGTGGTTCAGTTTCAGCATGTACATGTAACCAACGGTTACCGGACGCt > 1:9945589/1‑101 (MQ=255) aGTAACCAGGCTGTAAGAACCGGTGGAACGCGCGTGCATCTTGTCGTCGACCAGGTGGTTCAGTTTCAGCATGTACATGTAACCAACGGTTACCGGACGCt > 1:10982784/1‑101 (MQ=255) gTAACCAGGCTGTAAGAACCGGTGGAACGCGCGTGCATCTTGTCGTCGACCAGGTGGTTCAGTTTCAGCATGTACATGTAACCAACGGTTACCGGACGCTc < 1:4430484/101‑1 (MQ=255) tAACCAGGCTGTAAGAACCGGTGGAACGCGCGTGCATCTTGTCGTCGACCAGGTGGTTCAGTTTCAGCATGTACATGTAACCAACGGTTACCGGACGCTCg > 1:8914955/1‑101 (MQ=255) aaCCAGGCTGTAAGAACCGGTGGAACGCGCGTGCATCTTGTCGTCGACCAGGTGGTTCAGTTTCAGCATGTACATGTAACCAACGGTTACCGGACGCTCGa > 1:11037892/1‑101 (MQ=255) ccAGGCTGTAAGAACCGGTGGAACGCGCGTGCATCTTGTCGTCGACCAGTTGGTTCAGTTTCAGCATGTACATGTAACCAACGGTTACCGGACGCTCGAAc > 1:2498214/1‑101 (MQ=255) ccAGGCTGTAAGAACCGGTGGAACGCGCGTGCATCTTGTCGTCGACCAGGTGGTTCAGTTTCAGCATGTACATGTAACCAACGGTTACCGGACGCTCGAAc > 1:7620123/1‑101 (MQ=255) cAGGCTGTAAGAACCGGTGGAACGCGCGTGCATCTTGTCGTCGACCAGGTGGTTCAGTTTCAGCATGTACATGTAACCAACGGTTACCGGACGCTCGAACt > 1:13929694/1‑101 (MQ=255) cAGGCTGTAAGAACCGGTGGAACGCGCGTGCATCTTGTCGTCGACCAGGTGGTTCAGTTTCAGCATGTACATGTAACCAACGGTTACCGGACGCTCGAACt > 1:9018409/1‑101 (MQ=255) aGGCTGTAAGAACCGGTGGAACGCGCGTGCATCTTGTCGTCGACCAGGTGGTTCAGTTTCAGCATGTACATGTAACCAACGGTTACCGGACGCTCGAACTg < 1:5341262/101‑1 (MQ=255) ggCTGTAAGAACCGGTGGAACGCGCGTGCATCTTGTCGTCGACCAGGTGGTTCAGTTTCAGCATGTACATGTAACCAACGGTTACCGGACGCTCGAACTGt > 1:13057368/1‑101 (MQ=255) tGTAAGAACCGGTGGAACGCGTGTGCATCTTGTCGTCGACCAGGTGGTTCAGTTTCAGCATGTACATGTAACCAACGGTTACCGGACGCTCGAACTGTTCa > 1:8637725/1‑101 (MQ=255) tGTAAGAACCGGTGGAACGCGCGTGCATCTTGTCGTCGACCAGGTGGTTCAGTTTCAGCATGTACATGTAACCAACGGTTACCGGACGCTCGAACTGTTCa > 1:9443397/1‑101 (MQ=255) tGTAAGAACCGGTGGAACGCGCGTGCATCTTGTCGTCGACCAGGTGGTTCAGTTTCAGCATGTACATGTAACCAACGGTTACCGGACGCTCGAACTGTTCa > 1:650812/1‑101 (MQ=255) tGTAAGAACCGGTGGAACGCGCGTGCATCTTGTCGTCGACCAGGTGGTTCAGTTTCAGCATGTACATGTAACCAACGGTTACCGGACGCTCGAACTGTTCa < 1:4522686/101‑1 (MQ=255) gTAAGAACCGGTGGAACGCGCGTGCATCTTGTCGTCGACCAGGTGGTTCAGTTTCAGCATGTACATGTAACCAACGGTTACCGGACGCTCGAACTGTTCAc < 1:73202/101‑1 (MQ=255) aaGAACCGGTGGAACGCGCGTGCATCTTGTCGTCGACCAGGTGGTTCAGTTTCAGCATGTACATGTAACCAACGGTTACCGGACGCTCGAACTGTTCACCa < 1:2114863/101‑1 (MQ=255) aCCGGTGGAACGCGCGTGCATCTTGTCGTCGACCAGGTGGTTCAGTTTCAGCATGTACATGTAACCAACGGTTACCGGACGCTCGAACTGTTCACCAGTGc < 1:13276540/101‑1 (MQ=255) aCCGGTGGAACGCGCGTGCATCTTGTCGTCGACCAGGTGGTTCAGTTTCAGCATGTACATGTAACCAACGGTTACCGGACGCTCGAACTGTTCACCAGTGc < 1:13896787/101‑1 (MQ=255) ccGGTGGAACGCGCGTGCATCTTGTCGTCGACCAGGTGGTTCAGTTTCAGCATGTACATGTAACCAACGGTTACCGGACGCTCGAACTGTTCACCAGTGCg > 1:9685997/1‑101 (MQ=255) cGGTGGAACGAGCGTGAATCTTCTCGTCGACCAGGTGGTGCAGCTTCAGCATGTACATGTAGCCCACCGAAACCGGGAACGGGAACTTTTCGCCAGAGCgg > 1:766443/1‑100 (MQ=255) gTGGAACGCGCGTGCATCTTGTCGTCGACCAGGTGGTTCAGTTTCAGCATGTACATGTAACCAACGGTTACCGGACGCTCGAACTGTTCA‑CAATGCGACCa > 1:5391184/1‑101 (MQ=255) tGGAACGCGCGTGCATCTTGTCGTCGACCAGGTGGTTCAGTTTCAGCATGTACATGTAACCAACGGTTACCGGACGCTCGAACTGTTCACCAGTGCGACCa < 1:11334535/101‑1 (MQ=255) gAACGCGCGTGCATCTTGTCGTCGACCAGGTGGTTCAGTTTCAGCATGTACATGTAACCAACGGTTACCGGACGCTCGAACTGTTCACCAGTGCGACCATc > 1:12291250/1‑101 (MQ=255) aCGCGCGTGCATCTTGTCGTCGACCAGGTGGTTCAGTTTCAGCATGTACATGTAACCAACGGTTACCGGACGCTCGAACTGTTCACCAGTGCGACCATCGt > 1:5179557/1‑101 (MQ=255) aCGCGCGTGCATCTTGTCGTCGACCAGGTGGTTCAGTTTCAGCATGTACATGTAACCAACGGTTACCGGACGCTCGAACTGTTCACCAGTGCGACCATCGt < 1:11172596/101‑1 (MQ=255) cgcgcgTGCATCTTGTCGTCGACCAGGTGGTTCAGTTTCAGCATGTACATGTAACCAACGGTTACCGGACGCTCGAACTGTTCACCAGTGCGACCATCGTa < 1:1027401/101‑1 (MQ=255) cgcgcgTGCATCTTGTCGTCGACCAGGTGGTTCAGTTTCAGCATGTACATGTAACCAACGGTTACCGGACGCTCGAACTGTTCACCAGTGCGACCATCGTa > 1:1012480/1‑101 (MQ=255) gcgTGCATCTTGTCGTCGACCAGGTGGTTCAGTTTCAGCATGTACATGTAACCAACGGTTACCGGACGCTCGAACTGTTCACCAGTGCGACCATCGTACAg > 1:2397470/1‑101 (MQ=255) gTGCATCTTGTCGTCGACCAGGTGGTTCAGTTTCAGCATGTACATGTAACCAACGGTTACCGGACGCTCGAACTGTTCACCAGTGCGACCATCGTACAGGc < 1:3451819/101‑1 (MQ=255) gCATCTTGTCGTCGACCAGGTGGTTCAGTTTCAGCATGTACATGTAACCAACGGTTACCGGACGCTCGAACTGTTCACCAGTGCGACCATCGTACAGGCgg < 1:3149171/101‑1 (MQ=255) aTCTTGTCGTCGACCAGGTGGTTCAGTTTCAGCATGTACATGTAACCAACGGTTACCGGACGCTCGAACTGTTCACCAGTGCGACCATCGTACAGGCGGAt > 1:5197490/1‑101 (MQ=255) aTCTTGTCGTCGACCAGGTGGTTCAGTTTCAGCATGTACATGTAACCAACGGTTACCGGACGCTCGAACTGTTCACCAGTGCGACCATCGTACAGGCGGAt > 1:13409852/1‑101 (MQ=255) tCTTGTCGTCGACCAGGTGGTTCAGTTTCAGCATGTACATGTAACCAACGGTTACCGGACGCTCGAACTGTTCACCAGTGCGACCATCGTACAGGCGGATc < 1:3711540/101‑1 (MQ=255) ttGTCGTCGACCAGGTGGTTCAGTTTCAGCATGTACATGTAACCAACGGTTACCGGACGCTCGAACTGTTCACCAGTGCGACCATCGTACAGGCGGATCTg < 1:13269349/101‑1 (MQ=255) gtcgtcGACCAGGTGGTTCAGTTTCAGCATGTACATGTAACCAACGGTTACCGGACGCTCGAACTGTTCACCAGTGCGACCATCGTACAGGCGGATCTGAc > 1:10743122/1‑101 (MQ=255) gtcgtcGACCAGGTGGTTCAGTTTCAGCATGTACATGTAACCAACGGTTACCGGACGCTCGAACTGTTCACCAGTGCGACCATCGTACAGGCGGATCTGAc < 1:6835859/101‑1 (MQ=255) gtcgtcGACCAGGTGGTTCAGTTTCAGCATGTACATGTAACCAACGGTTACCGGACGCTCGAACTGTTCACCAGTGCGACCATCGTACAGGCGGATCTGAc > 1:5690584/1‑101 (MQ=255) tcgtcgACCAGGTGGTTCAGTTTCAGCATGTACATGTAACCAACGGTTACCGGACGCTCGAACTGTTCACCAGTGCGACCATCGTACAGGCGGATCTGAcc > 1:6200968/1‑101 (MQ=255) tcgtcgACCAGGTGGTTCAGTTTCAGCATGTACATGTAACCAACGGTTACCGGACGCTCGAACTGTTCACCAGTGCGACCATCGTACAGGCGGATCTGAcc > 1:5961146/1‑101 (MQ=255) gACCAGGTGGTTCAGTTTCAGCATGTACATGTAACCAACGGTTACCGGACGCTCGAACTGTTCACCAGTGCGACCATCGTACAGGCGGATCTGACCGGAAg < 1:7739158/101‑1 (MQ=255) gACCAGGTGGTTCAGTTTCAGCATGTACATGTAACCAACGGTTACCGGACGCTCGAACTGTTCACCAGTGCGACCATCGTACAGGCGGATCTGACCGGAAg > 1:6338288/1‑101 (MQ=255) gACCAGGTGGTTCAGTTTCAGCATGTACATGTAACCAACGGTTACCGGACGCTCGAACTGTTCACCAGTGCGACCATCGTACAGGCGGATCTGACCGGAAg > 1:13522038/1‑101 (MQ=255) gACCAGGTGGTTCAGTTTCAGCATGTACATGTAACCAACGGTTACCGGACGCTCGAACTGTTCACCAGTGCGACCATCGTACAGGCGGATCTGACCGGAAg > 1:5834850/1‑101 (MQ=255) aCCAGGTGGTTCAGTTTCAGCATGTACATGTAACCAACGGTTACCGGACGCTCGAACTGTTCACCAGTGCGACCATCGTACAGGCGGATCTGACCGGAAGt < 1:5518815/101‑1 (MQ=255) ccAGGTGGTTCAGTTTCAGCATGTACATGTAACCAACGGTTACCGGACGCTCGAACTGTTCACCAGTGCGACCATCGTACAGGCGGATCTGACCGGAAGTc < 1:7776514/101‑1 (MQ=255) 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aGCATGTACATGTAACCAACGGTTACCGGACGCTCGAACTGTTCACCAGTGCGACCATCGTACAGGCGGATCTGACCGGAAGTCGGCAGGTCGCCAAGttt < 1:9235017/101‑1 (MQ=255) gCATGTACATGTAACCAACGGTTACCGGACGCTCGAACTGTTCACCAGTGCGACCATCGTACAGGCGGATCTGACCGGAAGTCGGCAGGTCGCCAAGTTTc > 1:11678035/1‑101 (MQ=255) atgtacatgtaACCAACGGTTACCGGACGCTCGAACTGTTCACCAGTGCGACCATCGTACAGGCGGATCTGACCGGAAGTCGGCAGGTCGCCAAGTTTcag > 1:95794/1‑101 (MQ=255) gtacatgtaACCAACGGTTACCGGACGCTCGAACTGTTCACCAGTGCGACCATCGTACAGGCGGATCTGACCGGAAGTCGGCAGGTCGCCAAGTTTcagca > 1:4842853/1‑101 (MQ=255) atgtaACCAACGGTTACCGGACGCTCGAACTGTTCACCAGTGCGACCATCGTACAGGCGGATCTGACCGGAAGTCGGCAGGTCGCCAAGTTTCAGCAGctc > 1:7182452/1‑101 (MQ=255) tgtaACCAACGGTTACCGGACGCTCGAACTGTTCACCAGTGCGACCATCGTACAGGCGGATCTGACCGGAAGTCGGCAGGTCGCCAAGTTTCAGCAGctct > 1:7890890/1‑101 (MQ=255) gtaACCAACGGTTACCGGACGCTCGAACTGTTCACCAGTGCGACCATCGTACAGGCGGATCTGACCGGAAGTCGGCAGGTCGCCAAGTTTCAGCAGCTCtt < 1:8695598/101‑1 (MQ=255) aaCCAACGGTTACCGGACGCTCGAACTGTTCACCAATGCGACCATCGTACAGGCGGATCTGACCGGAAGTCGGCAGGTCGCCAAGTTTCAGCAGCTCTTTa > 1:6107114/1‑101 (MQ=255) aCCAACGGTTACCGGACGCTCGAACTGTTCACCAGTGCGACCATCGTACAGGCGGATCTGACCGGAAGTCGGCAGGTCGCCAAGTTTCAGCAGCTCTTTaa > 1:7949769/1‑101 (MQ=255) ccAACGGTTACCGGACGCTCGAACTGTTCACCAGTGCGACCATCGTACAGGCGGATCTGACCGGAAGTCGGCAGGTCGCCAAGTTTCAGCAGCTCTTTAAt < 1:3279816/101‑1 (MQ=255) | CACCCAGCGGCTGCTGAGTAACCAGGCTGTAAGAACCGGTGGAACGCGCGTGCATCTTGTCGTCGACCAGGTGGTTCAGTTTCAGCATGTACATGTAACCAACGGTTACCGGACGCTCGAACTGTTCACCAGTGCGACCATCGTACAGGCGGATCTGACCGGAAGTCGGCAGGTCGCCAAGTTTCAGCAGCTCTTTAATTT > NC_007779/3451656‑3451856 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 26 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 35 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |