| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_007779 | 4,166,103 | C→G | 5.1% | I80M (ATC→ATG) | rpsL → | 30S ribosomal protein S12 |
| Read alignment evidence... | ||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | change | freq | score | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_007779 | 4,166,103 | 0 | C→G | 5.1% | 25.1 ‑2.0 ‑0.4 | 234 | I80M (ATC→ATG) | rpsL | 30S ribosomal protein S12 |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): new base (9/3): ref base (112/110): total (121/113) | ||||||||||
| Fisher's exact test strand distribution p-value = 1.38e-01 | ||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support polymorphism than reference p-value = 4.34e-01 | ||||||||||
Only 100 of 273 total aligned reads displayed.
CCGCGCTGCGTAAAGTATGCCGTGTTCGTCTGACTAACGGTTTCGAAGTGACTTCCTACATCGGTGGTGAAGGTCACAACCTGCAGGAGCACTCCGTGATCCTGATCCGTGGCGGTCGTGTTAAAGACCTCCCGGGTGTTCGTTACCACACCGTACGTGGTGCGCTTGACTGCTCCGGCGTTAAAGACCGTAAGCAGGCTC > NC_007779/4166003‑4166203 | ccGCGCTGCGTAAAGTATGCCGTGTTCGTCTGACTAACGGTTTCGAAGTGACTTCCTACATCGGTGGTGAAGGTCACAACCTGCAGGAGCACTCCGtgatc > 1:12450660/1‑101 (MQ=255) cgcgCTGCGTAAAGTATGCCGTGTTCGTCTGACTAACGGTTTCGAAGTGACTTCCTACATCGGTGGTGAAGGTCACAACCTGCAGGAGCACTCCGtgatcc < 1:7126271/101‑1 (MQ=255) cgcgCTGCGTAAAGTATGCCGTGTTCGTCTGACTAACGGTTTCGAAGTGACTTCCTACATCGGTGGTGAAGGTCACAACCTGCAGGAGCACTCCGtgatcc > 1:1268677/1‑101 (MQ=255) cgcTGCGTAAAGTATGCCGTGTTCGTCTGACTAACGGTTTCGAAGTGACTTCCTACATCGGTGGTGAAGGTCACAACCTGCAGGAGCACTCCGtgatcctg > 1:5423952/1‑101 (MQ=255) cTGCGTAAAGTATGCCGTGTTCGTCTGACTAACGGTTTCGAAGTGACTTCCTACATCGGTGGTGAAGGTCACAACCTGCAGGAGCACTCCGtgatcctgat > 1:2499401/1‑101 (MQ=255) tGCGTAAAGTATGCCGTGTTCGTCTGACTAACGGTTTCGAAGTGACTTCCTACATCGGTGGTGAAGGTCACAACCTGCAGGAGCACTCCGtgatcctgatc > 1:9682546/1‑101 (MQ=255) gCGTAAAGTATGCCGTGTTCGTCTGACTAACGGTTTCGAAGTGACTTCCTACATCGGTGGTGAAGGTCACAACCTGCAGGAGCACTCCGtgatcctgatcc < 1:1947019/101‑1 (MQ=255) gCGTAAAGTATGCCGTGTTCGTCTGACTAACGGTTTCGAAGTGACTTCCTACATCGGTGGTGAAGGTCACAACCTGCAGGAGCACTCCGtgatcctgatcc < 1:871050/101‑1 (MQ=255) gCGTAAAGTATGCCGTGTTCGTCTGACTAACGGTTTCGAAGTGACTTCCTACATCGGTGGTGAAGGTCACAACCTGCAGGAGCACTCCGtgatcctgatcc > 1:5031102/1‑101 (MQ=255) cGTAAAGTATGCCGTGTTCGTCTGACTAACGGTTTCGAAGTGACTTCCTACATCGGTGGTGAAGGTCACAACCTGCAGGAGCACTCCGTGATCCTGATCCg > 1:1007896/1‑101 (MQ=255) gTAAAGTATGCCGTGTTCGTCTGACTAACGGTTTCGAAGTGACTTCCTACATCGGTGGTGAAGGTCACAACCTGCAGGAGCACTCCGTGATCCTGATCCGt < 1:3272698/101‑1 (MQ=255) gTAAAGTATGCCGTGTTCGTCTGACTAACGGTTTCGAAGTGACTTCCTACATCGGTGGTGAAGGTCACAACCTGCAGGAGCACTCCGTGATCCTGATCCGt < 1:11379330/101‑1 (MQ=255) gTAAAGTATGCCGTGTTCGTCTGACTAACGGTTTCGAAGTGACTTCCTACATCGGTGGTGAAGGTCACAACCTGCAGGAGCACTCCGTGATCCTGATCCGt < 1:6063639/101‑1 (MQ=255) gTAAAGTATGCCGTGTTCGTCTGACTAACGGTTTCGAAGTGACTTCCTACATCGGTGGTGAAGGTCACAACCTGCAGGAGCACTCCGTGATCCTGATCCGt > 1:5922915/1‑101 (MQ=255) tAAAGTATGCCGTGTTCGTCTGACTAACGGTTTCGAAGTGACTTCCTACATCGGTGGTGAAGGTCACAACCTGCAGGAGCACTCCGTGATCCTGATCCGTg > 1:9198918/1‑101 (MQ=255) tAAAGTATGCCGTGTTCGTCTGACTAACGGTTTCGAAGTGACTTCCTACATCGGTGGTGAAGGTCACAACCTGCAGGAGCACTCCGTGATCCTGATCCGTg < 1:11028969/101‑1 (MQ=255) tAAAGTATGCCGTGTTCGTCTGACTAACGGTTTCGAAGTGACTTCCTACATCGGTGGTGAAGGTCACAACCTGCAGGAGCACTCCGTGATCCTGATCCGTg > 1:9039091/1‑101 (MQ=255) aaaGTATGCCGTGTTCGTCTGACTAACGGTTTCGAAGTGACTTCCTACATCGGTGGTGAAGGTCACAACCTGCAGGAGCACTCCGTGATCCTGATCCGTgg > 1:658560/1‑101 (MQ=255) aaGTATGCCGTGTTCGTCTGACTAACGGTTTCGAAGTGACTTCCTACATCGGTGGTGAAGGTCACAACCTGCAGGAGCACTCCGTGATCCTGATCCGTGGc > 1:2118191/1‑101 (MQ=255) gtgtTCGTCTGACTAACGGTTTCGAAGTGACTTCCTACATCGGTGGTGAAGGTCACAACCTGCAGGAGCACTCCGTGATCCTGATCCGTGGCGGTCGTGtt > 1:11627639/1‑101 (MQ=255) tgtTCGTCTGACTAACGGTTTCGAAGTGACTTCCTACATCGGTGGTGAAGGTCACAACCTGCAGGAGCACTCCGTGATCCTGATCCGTGGCGGTCGTGTTa > 1:1083793/1‑101 (MQ=255) gtTCGTCTGACTAACGGTTTCGAAGTGACTTCCTACATCGGTGGTGAAGGTCACAACCTGCAGGAGCACTCCGTGATCCTGATCCGTGGCGGTCGTGTTaa > 1:7396398/1‑101 (MQ=255) gtTCGTCTGACTAACGGTTTCGAAGTGACTTCCTACATCGGTGGTGAAGGTCACAACCTGCAGGAGCACTCCGTGATCCTGATCCGTGGCGGTCGTGTTaa > 1:8037814/1‑101 (MQ=255) tCGTCTGACTAACGGTTTCGAAGTGACTTCCTACATCGGTGGTGAAGGTCACAACCTGCAGGAGCACTCCGTGATCCTGATCCGTGGCGGTCGTGTTAAAg > 1:10811103/1‑101 (MQ=255) cGTCTGACTAACGGTTTCGAAGTGACTTCCTACATCGGTGGTGAAGGTCACAACCTGCAGGAGCACTCCGTGATCCTGATCCGTGGCCGTCGTCTTaaaca > 1:12808797/1‑99 (MQ=255) gTCTGACTAACGGTTTCGAAGTGACTTCCTACATCGGTGGTGAAGGTCACAACCTGCAGGAGCACTCCGTGATCCTGATCCGTGGCGGTCGTGTTAAAGAc < 1:6801904/101‑1 (MQ=255) tCTGACTAACGGTTTCGAAGTGACTTCCTACATCGGTGGTGAAGGTCACAACCTGCAGGAGCACTCCGTGATCCTGATCCGTGGCGGTCGTGTTAAAGAcc > 1:8631874/1‑101 (MQ=255) tCTGACTAACGGTTTCGAAGTGACTTCCTACATCGGTGGTGAAGGTCACAACCTGCAGGAGCACTCCGTGATCCTGATCCGTGGCGGTCGTGTTAAAGAcc > 1:6223834/1‑101 (MQ=255) tGACTAACGGTTTCGAAGTGACTTCCTACATCGGTGGTGAAGGTCACAACCTGCAGGAGCACTCCGTGATCCTGATCCGTGGCGGTCGTGTTAAAGACCTc > 1:5904547/1‑101 (MQ=255) aCTAACGGTTTCGAAGTGACTTCCTACATCGGTGGTGAAGGTCACAACCTGCAGGAGCACTCCGTGATCCTGATCCGTGGCGGTCGTGTTAAAGACCTccc < 1:1153010/101‑1 (MQ=255) cTAACGGTTTCGAAGTGACTTCCTACATCGGTGGTGAAGGTCACAACCTGCAGGAGCACTCCGTGATCCTGATCCGTGGCGGTCGTGTTAAAGACCTCCCg < 1:8147041/101‑1 (MQ=255) tNACGGTTTCGAAGTGACTTCCTACATCGGTGGTGAAGGTCACAACCTGCAGGAGCACTCCGTGATCCTGATCCGTGGCGGTCGTGTTAAAGACCTCCCgg > 1:1620108/1‑101 (MQ=255) cGGTTTCGAAGTGACTTCCTACATCGGTGGTGAAGGTCACAACCTGCAGGAGCACTCCGTGATCCTGATCCGTGGCGGTCGTGTTAAAGACCTCCCGGgtg > 1:8231504/1‑101 (MQ=255) ggTTTCGAAGTGACTTCCTACATCGGTGGTGAAGGTCACAACCTGCAGGAGCACTCCGTGATCCTGATCCGTGGCGGTCGTGTTAAAGACCTCCCGGgtgt > 1:14163559/1‑101 (MQ=255) gTTTCGAAGTGACTTCCTACATCGGTGGTGAAGGTCACAACCTGCAGGAGCACTCCGTGATCCTGATCCGTGGCGGTCGTGTTAAAGACCTCCCGGGTGtt > 1:7596214/1‑101 (MQ=255) gTTTCGAAGTGACTTCCTACATCGGTGGTGAAGGTCACAACCTGCAGGAGCACTCCGTGATCCTGATCCGTGGCGGTCGTGTTAAAGACCTCCCGGGTGtt > 1:6337720/1‑101 (MQ=255) tttCGAAGTGACTTCCTACATCGGTGGTGAAGGTCACAACCTGCAGGAGCACTCCGTGATCCTGATCCGTGGCGGTCGTGTTAAAGACCTCCCGGGTGTTc < 1:14265086/101‑1 (MQ=255) tttCGAAGTGACTTCCTACATCGGTGGTGAAGGTCACAACCTGCAGGAGCACTCCGTGATCCTGATCCGTGGCGGTCGTGTTAAAGACCTCCCGGGTGTTc > 1:11964551/1‑101 (MQ=255) tttCGAAGTGACTTCCTACATCGGTGGTGAAGGTCACAACCTGCAGGAGCACTCCGTGATCCTGATCCGTGGCGGTCGTGTTAAAGACCTCCCGGGTGTTc < 1:1299591/101‑1 (MQ=255) ttCGAAGTGACTTCCTACATCGGTGGTGAAGGTCACAACCTGCAGGAGCACTCCGTGATCCTGATCCGTGGCGGTCGTGTTAAAGACCTCCCGGGTGTTCg > 1:13749583/1‑101 (MQ=255) ttCGAAGTGACTTCCTACATCGGTGGTGAAGGTCACAACCTGCAGGAGCACTCCGTGATCCTGATCCGTGGCGGTCGTGTTAAAGACCTCCCGGGTGTTCg < 1:6475/101‑1 (MQ=255) 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ccTACATCGGTGGTGAAGGTCACAACCTGCAGGAGCACTCCGTGATCCTGATCCGTGGCGGTCGTGTTAAAGACCTCCCGGGTGTTCGTTACCACACCGTa < 1:14335185/101‑1 (MQ=255) cTACATCGGTGGTGAAGGTCACAACCTGCAGGAGCACTCCGTGATCCTGATCCGTGGCGGTCGTGTTAAAGACCTCCCGGGTGTTCGTTACCACACCGTAc < 1:3873084/101‑1 (MQ=255) tCGGTGGTGAAGGTCACAACCTGCAGGAGCACTCCGTGATCCTGATCCGTGGCGGTCGTGTTAAAGACCTCCCGGGTGTTCGTTACCACACCGTACgtggt < 1:5559856/101‑1 (MQ=255) tCGGTGGTGAAGGTCACAACCTGCAGGAGCACTCCGTGATCCTGATCCGTGGCGGTCGTGTTAAAGACCTCCCGGGTGTTCGTTACCACACCGTACgtggt > 1:4352712/1‑101 (MQ=255) tCGGTGGTGAAGGTCACAACCTGCAGGAGCACTCCGTGATCCTGATCCGTGGCGGTCGTGTTAAAGACCTCCCGGGTGTTCGTTACCACACCGTACgtggt > 1:13070602/1‑101 (MQ=255) ggtggtGAAGGTCACAACCTGCAGGAGCACTCCGTGATCCTGATCCGTGGCGGTCGTGTTAAAGACCTCCCGGGTGTTCGTTACCACACCGTACGTGGTgc < 1:841103/101‑1 (MQ=255) gtgAAGGTCACAACCTGCAGGAGCACTCCGTGATCCTGATCCGTGGCGGTCGTGTTAAAGACCTCCCGGGTGTTCGTTACCACACCGTACGTGGTGCACtt < 1:11685599/101‑1 (MQ=255) gAAGGTCACAACCTGCAGGAGCACTCCGTGATCCTGATCCGTGGCGGTCGTGTTAAAGACCTCCCGGGTGTTCGTTACCACACCGTACGTGGTGCGCTTGa < 1:236227/101‑1 (MQ=255) gAAGGTCACAACCTGCAGGAGCACTCCGTGATCCTGATCCGTGGCGGTCGTGTTAAAGACCTCCCGGGTGTTCGTTACCACACCGTACGTGGTGCGCTTGa < 1:8690552/101‑1 (MQ=255) agggccacaACCTGCAGGAGCACTCCATGGTGCTCGTTCGCGGTGGTCGTGTTAAGGACCTCCCGGGTGTCCGCTACAAGATCGTCCGTGGTTCCCTCGAc > 1:2927195/6‑101 (MQ=255) gggccacaACCTGCAGGAGCACTCCATGGTGCTCGTTCGCGGTGGTCGTGTTAAGGACCTCCCGGGTGTCCGCTACAAGATCGTCCGTGGTTCCCTCGAca < 1:10956587/97‑2 (MQ=255) ggTCACAACCTGCAGGAGCACTCCGTGATCCTGATCCGTGGCGGTCGTGTTAAAGACCTCCCGGGTGTTCGTTACCACACCGTACGTGGTGCGCTTGACTg > 1:11091212/1‑101 (MQ=255) gTCACAACCTGCAGGAGCACTCCGTGATCCTGATCCGTGGCGGTCGTGTTAAAGACCTCCCGGGTGTTCGTTACCACACCGTACGTGGTGCGCTTGACTGc < 1:2813478/101‑1 (MQ=255) ccacaACCTGCAGGAGCACTCCATGGTGCTCGTTCGCGGTGGTCGTGTTAAGGACCTCCCGGGTGTCCGCTACAAGATCGTCCGTGGTTCCCTCGAcaccc > 1:13511994/2‑97 (MQ=255) ccacaACCTGCAGGAGCACTCCATGGTGCTCGTTCGCGGTGGTCGTGTTAAGGACCTCCCGGGTGTCCGCTACAAGATCGTCCGTGGTTCCCTCGAcaccc > 1:10906169/2‑97 (MQ=255) cacaACCTGCAGGAGCACTCCGTGATCCTGATCCGTGGCGGTCGTGTTAAAGACCTCCCGGGTGTTCGTTACCACACCGTACGTGGTGCGCTTGACTGCTc < 1:8487976/101‑1 (MQ=255) acaACCTGCAGGAGCACTCCGTGATCCTGATCCGTGGCGGTCGTGTTAAAGACCTCCCGGGTGTTCGTTACCACACCGTACGTGGTGCGCTTGACTGCTcc > 1:12218628/1‑101 (MQ=255) caACCTGCAGGAGCACTCCGTGATCCTGATCCGTGGCGGTCGTGTTAAAGACCTCCCGGGTGTTCGTTACCACACCGTACGTGGTGCGCTTGACTGCTCCg > 1:7783125/1‑101 (MQ=255) aaCCTGCAGGAGCACTCCGTGATCCTGATCCGTGGCGGTCGTGTTAAAGACCTCCCGGGTGTTCGTTACCACACCGTACGTGGTGCGCTTGACTGCTCCgg < 1:6715029/101‑1 (MQ=255) aaCCTGCAGGAGCACTCCGTGATCCTGATCCGTGGCGGTCGTGTTAAAGACCTCCCGGGTGTTCGTTACCACACCGTACGTGGTGCGCTTGACTGCTCCgg < 1:1514801/101‑1 (MQ=255) ccTGCAGGAGCATTCCGTGATCCTGATCCGTGGCGGTCGTGTTAAAGACCTCCCGGGTGTTCGTTACCACACCGTACGTGGTGCGCTTGACTGCTCCGGCg > 1:4769699/1‑101 (MQ=255) 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gTGATCCTGATCCGTGGCGGTCGTGTTAAAGACCTCCCGGGTGTTCGTTACCACACCGTACGTGGTGCGCTTGACTGCTCCGGCGTTAAAGACCGTAAGCa < 1:513696/101‑1 (MQ=255) gTGATCCTGATCCGTGGCGGTCGTGTTAAAGACCTCCCGGGTGTTCGTTACCACACCGTACGTGGTGCGCTTGACTGCTCCGGCGTTAAAGACCGTAAGCa > 1:4188378/1‑101 (MQ=255) gTGATCCTGATCCGTGGCGGTCGTGTTAAAGACCTCCCGGGTGTTCGTTACCACACCGTACGTGGTGCGCTTGACTGCTCCGGCGTTAAAGACCGTAAGCa > 1:12063957/1‑101 (MQ=255) gTGATCCTGATCCGTGGCGGTCGTGTTAAAGACCTCCCGGGTGTTCGTTACCACACCGTACGTGGTGCGCTTGACTGCTCCGGCGTTAAAGACCGTAAGCa > 1:10256207/1‑101 (MQ=255) atcctgatccGTGGCGGTCGTGTTAAAGACCTCCCGGGTGTTCGTTACCACACCGTACGTGGTGCGCTTGACTGCTCCGGCGTTAAAGACCGTAAGCAGGc > 1:3600911/1‑101 (MQ=255) atcctgatccGTGGCAGTCGTGTTAAAGACCTCCCGGGTGTTCGTTACCACACCGTACGTGGTGCGCTTGACTGCTCCGGCGTTAAAGACCGTAAGCAGGc < 1:9786289/101‑1 (MQ=255) cctgatccGTGGCGGTCGTGTTAAAGACCTCCCGGGTGTTCGTTACCACACCGTACGTGGTGCGCTTGACTGCTCCGGCGTTAAAGACCGTAAGCAGGCTc < 1:8169025/101‑1 (MQ=255) cctgatccGTGGCGGTCGTGTTAAAGACCTCCCGGGTGTTCGTTACCACACCGTACGTGGTGCGCTTGACTGCTCCGGCGTTAAAGACCGTAAGCAGGCTc > 1:7186510/1‑101 (MQ=255) cctgatccGTGGCGGTCGTGTTAAAGACCTCCCGGGTGTTCGTTACCACACCGTACGTGGTGCGCTTGACTGCTCCGGCGTTAAAGACCGTAAGCAGGCTc < 1:4416986/101‑1 (MQ=255) cctgatccGTGGCGGTCGTGTTAAAGACCTCCCGGGTGTTCGTTACCACACCGTACGTGGTGCGCTTGACTGCTCCGGCGTTAAAGACCGTAAGCAGGCTc < 1:11228264/101‑1 (MQ=255) | CCGCGCTGCGTAAAGTATGCCGTGTTCGTCTGACTAACGGTTTCGAAGTGACTTCCTACATCGGTGGTGAAGGTCACAACCTGCAGGAGCACTCCGTGATCCTGATCCGTGGCGGTCGTGTTAAAGACCTCCCGGGTGTTCGTTACCACACCGTACGTGGTGCGCTTGACTGCTCCGGCGTTAAAGACCGTAAGCAGGCTC > NC_007779/4166003‑4166203 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 31 ≤ ATCG/ATCG < 35 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |