| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_007779 | 4,169,332 | C→T | 16.4% | C82C (TGC→TGT) | tufA → | protein chain elongation factor EF‑Tu |
| Read alignment evidence... | ||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | change | freq | score | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_007779 | 4,169,332 | 0 | C→T | 16.4% | 61.5 ‑2.1 ‑0.0 | 152 | C82C (TGC→TGT) | tufA | protein chain elongation factor EF‑Tu |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): new base (9/16): ref base (70/57): total (79/73) | ||||||||||
| Fisher's exact test strand distribution p-value = 1.24e-01 | ||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support polymorphism than reference p-value = 9.97e-01 | ||||||||||
Only 100 of 156 total aligned reads displayed.
ACACTTCTCACGTTGAATACGACACCCCGACCCGTCACTACGCACACGTAGACTGC‑CCGGGGCACGCCGACTATGTTAAAAACATGATCACCGGTGCTGCTCAGATGGACGGCGCGATCCTGGTAGTTGCTGCGACTGACGGCCCGATGCCGCAGA > NC_007779/4169277‑4169432 | acacTTCTCACGTTGAATACGACACCCCGACCCGTCACTACGCACACGTAGACTGC‑CCGGGGCACGCCGACTATGTTAAAAACATGATCACCGGTgctgct > 1:7475059/1‑101 (MQ=11)acacTTCTCACGTTGAACACGACACCCCGACCCGTCACTACGCACACGTAGACTGC‑CCGGGGCACGCCGACTATGTTAAAAACATGATCACCGGTgctgct < 1:10111412/101‑1 (MQ=11) acTTCTCACGTTGAATACGACACCCCGACCCGTCACTACGCACACGTAGACTGC‑CCGGGGCACGCCGACTATGTTAAAAACATGATCACCGGTGCTGCTCa > 1:11999868/1‑101 (MQ=32) acTTCTCACGTTGAATACGACACCCCGACCCGTCACTACGCACACGTAGACTGC‑CCGGGGCACGCCGACTATGTTAAAAACATGATCACCGGTGCTGCTCa < 1:8830491/101‑1 (MQ=32) acTTCTCACGTTGAATACGACACCCCGACCCGTCACTACGCACACGTAGACTGC‑CCGGGGCACGCCGACTATGTTAAAAACATGATCACCGGTGCTGCTCa > 1:385698/1‑101 (MQ=32) acTTCTCACGTTGAATACGACACCCCGACCCGTCACTACGCACACGTAGACTGC‑CCGGGGCACGCCGACTATGTTAAAAACATGATCACCGGTGCTGCTCa < 1:14223804/101‑1 (MQ=32) acTTCTCACGTTGAATACGACACCCCGACCCGTCACTACGCACACGTAGACTGC‑CCGGGGCACGCCGACTATGTTAAAAACATGATCACCGGTGCTGCTCa > 1:14050496/1‑101 (MQ=32) cTTCTCACGTTGAATACGACACCCCGACCCGTCACTACGCACACGTAGACTGC‑CCGGGGCACGCCGACTATGTTAAAAACATGATCACCGGTGCTGCTCAg > 1:12875481/1‑101 (MQ=32) ttCTCACGTTGAATACGACACCCCGACCCGTCACTACGCACACGTAGACTGC‑CCGGGGCACGCCGACTATGTTAAAAACATGATCACCGGTGCTGCTCAGa < 1:13869726/101‑1 (MQ=32) ttCTCACGTTGAATACGACACCCCGACCCGTCACTACGCACACGTAGACTGC‑CCGGGGCACGCCGACTATGTTAAAAACATGATCACCGGTGCTGCTCAGa > 1:7866586/1‑101 (MQ=32) ctcgcACGTTGAGTACCAGACCGAGAAGCGTCACTACGCTCACGTCGACGCT‑CCGGGCCACGCCGACTACATCAAGAACATGATCACCGGTGCTGCTCAGa > 1:6129257/5‑101 (MQ=2) tcACGTTGAATACGACACCCCGACCCGTCACTACGCACACGTAGACTGC‑CCGGGGCACGCCGACTATGTTAAAAACATGATCACCGGTGCTGCTCAGATgg > 1:14267230/1‑101 (MQ=32) tcACGTTGAATACGACACCCCGACCCGTCACTACGCACACGTAGACTGC‑CCGGGGCACGCCGACTATGTTAAAAACATGATCACCGGTGCTGCTCAGATgg < 1:9296784/101‑1 (MQ=32) tcACGTTGAATACGACACCCCGACCCGTCACTACGCACACGTAGACTGC‑CCGGGGCACGCCGACTATGTTAAAAACATGATCACCGGTGCTGCTCAGATgg < 1:10521368/101‑1 (MQ=32) cACGTTGAGTACCAGACCGAGAAGCGTCACTACGCTCACGTCGACGCT‑CCGGGCCACGCCGACTACATCAAGAACATGATCACCGGTGCTGCTCAGATGGa > 1:235828/1‑101 (MQ=2) cACGTTGAGTACAAGACCGAGAAGCGTCACTACGCTCACGTCGACGCT‑CCGGGCCACGCCGACTACATCAAGAACATGATCACCGGTGCTGCTCAGATGGa < 1:8182838/101‑1 (MQ=2) aCGTTGAATACGACACCCCGACCCGTCACTACGCACACGTAGACTGC‑CCGGGGCACGCCGACTATGTTAAAAACATGATCACCGGTGCTGCTCAGATGGAc < 1:6937773/101‑1 (MQ=32) gTTGAATACGACACCCCGACCCGTCACTACGCACACGTAGACTGC‑CCGGGGCACGCCGACTATGTTAAAAACATGATCACCGGTGCTGCTCAGATGGACgg < 1:12380567/101‑1 (MQ=32) ttGAATACGACACCCCGACCCGTCACTACGCACACGTAGACTGC‑CCGGCGCACGCCGACTATGTTAAAAACATGATCACCGGTGCTGCTCAGATGGACGgc > 1:12264688/1‑101 (MQ=17) tGAATACGACACCCCGACCCGTCACTACGCACACGTAGACTGC‑CCGGGGCACGCCGACTATGTTAAAAACATGATCACCGGTGCTGCTCAGATGGACGgcg < 1:5982064/101‑1 (MQ=33) gAATACGACACCCCGACCCGTCACTACGCACACGTAGACTGC‑CCGGGGCACGCCGACTATGTTAAAAACATGATCACCGGTGCTGCTCAGATGGACGgcgc > 1:3425338/1‑101 (MQ=32) gAATACGACACCCCGACCCGTCACTACGCACACGTAGACTGC‑CCGGGGCACGCCGACTATGTTAAAAACATGATCACCGGTGCTGCTCAGATGGACGgcgc > 1:7305586/1‑101 (MQ=32) gAATACGACACCCCGACCCGTCACTACGCACACGTAGACTGC‑CCGGGGCACGCCGACTATGTTAAAAACATGATCACCGGTGCTGCTCAGATGGACGgcgc < 1:2095219/101‑1 (MQ=33) gAATACGACACCCCGACCCGTCACTACGCACACGTAGACTGC‑CCGGGGCACGCCGACTATGTTAAAAACATGATCACCGGTGCTGCTCAGATGGACGgcgc > 1:9225183/1‑101 (MQ=32) aaTACGACACCCCGACCCGTCACTACGCACACGTAGACTGC‑CCGGGGCACGCCGACTATGTTAAAAACATGATCACCGGTGCTGCTCAGATGGACGGcgcg > 1:216080/1‑101 (MQ=32) aTACGACACCCCGACCCGTCACTACGCACACGTAGACTGC‑CCGGGGCACGCCGACTATGTTAAAAACATGATCACCGGTGCTGCTCAGATGGACGGCGCGa > 1:12727271/1‑101 (MQ=32) aCGACACCCCGACCCGTCACTACGCACACGTAGACTGC‑CCGGGGCACGCCGACTATGTTAAAAACATGATCACCGGTGCTGCTCAGATGGACGGCGCGATc < 1:9305301/101‑1 (MQ=33) aCGACACCCCGACCCGTCACTACGCACACGTAGACTGC‑CCGGGGCACGCCGACTATGTTAAAAACATGATCACCGGTGCTGCTCAGATGGACGGCGCGATc > 1:4717490/1‑101 (MQ=32) aCGACACCCCGACCCGTCACTACGCACACGTAGACTGC‑CCGGGGCACGCCGACTATGTTAAAAACATGATCACCGGTGCTGCTCAGATGGACGGCGCGATc < 1:11896969/101‑1 (MQ=33) cGACACCCCGACCCGTCACTACGCACACGTAGACTGC‑CCGGGGCACGCCGACTATGTTAAAAACATGATCACCGGTGCTGCTCAGATGGACGGCGCGATcc > 1:11229581/1‑101 (MQ=32) gACACCCCGACCCGTCACTACGCACACGTAGACTGC‑CCGGGGCACGCCGACTATGTTAAAAACATGATCACCGGTGCTGCTCAGATGGACGGCGCGATCCt < 1:13310419/101‑1 (MQ=33) gACACCCCGACCCGTCACTACGCACACGTAGACTGC‑CCGGGGCACGCCGACTATGTTAAAAACATGATCACCGGTGCTGCTCAGATGGACGGCGCGATCCt < 1:5453096/101‑1 (MQ=33) acacCCCGACCCGTCACTACGCACACGTAGACTGC‑CCGGGGCACGCCGACTATGTTAAAAACATGATCACCGGTGCTGCTCAGATGGACGGCGCGATCCTg > 1:12562352/1‑101 (MQ=32) gaccgagaagcGTCACTACGCTCACGTCGACGCT‑CCGGGCCACGCCGACTACATCAAGAACATGATCACCGGTGCTGCTCAGATGGACGGCGCGATTCTgg > 1:3291943/11‑101 (MQ=2) gaccgagaagcGTCACTACGCTCACGTCGACGCT‑CCGGGCCACGCCGACTACATCAAGAACATGATCACCGGTGCTGCTCAGATGGACGGCGCGATTCTgg < 1:3158891/91‑1 (MQ=2) cacCCCGACCCGTCACTACGCACACGTAGACTGC‑CCGGGGCACGCCGACTATGTTAAAAACATGATCACCGGTGCTGCTCAGATGGACGGCGCGATCCTgg > 1:12283750/1‑101 (MQ=32) accgagaagcGTCACTACGCTCACGTCGACGCT‑CCGGGCCACGCCGACTACATCAAGAACATGATCACCGGTGCTGCTCAGATGGACGGCGCGATTCTGGt < 1:14247572/92‑1 (MQ=2) acCCCGACCCGTCACTACGCACACGTAGACTGC‑CCGGGGCACGCCGACTATGTTAAAAACATGATCACCGGTGCTGCTCAGATGGACGGCGCGATCCTGGt < 1:9414779/101‑1 (MQ=33) ccgagaagcGTCACTACGCTCACGTCGACGCT‑CCGGGCCACGCCGACTACATCAAGAACATGATCACCGGTGCTGCTCAGATGGACGGCGCGATTCTGGtt < 1:259635/93‑2 (MQ=2) ccccGACCCGTCACTACGCACACGTAGACTGC‑CCGGGGCACGCCGACTATGTTAAAAACATGATCACCGGTGCTGCTCAGATGGACGGCGCGATCCTGGTa < 1:9368636/101‑1 (MQ=32) ccccGACCCGTCACTACGCACACGTAGACTGC‑CCGGGGCACGCCGACTATGTTAAAAACATGATCACCGGTGCTGCTCAGATGGACGGCGCGATCCTGGTa < 1:6591734/101‑1 (MQ=33) ccccGACCCGTCACTACGCACACGTAGACTGC‑CCGGGGCACGCCGACTATGTTAAAAACATGATCACCGGTGCTGCTCAGATGGACGGCGCGATCCTGGTa > 1:5238315/1‑101 (MQ=32) cgagaagcGTCACTACGCTCACGTCGACGCT‑CCGGGCCACGCCGACTACATCAAGAACATGATCACCGGTGCTGCTCAGATGGACGGCGCGATTCTGGttg < 1:4607641/94‑3 (MQ=2) cgagaagcGTCACTACGCTCACGTCGACGCT‑CCGGGCCACGCCGACTACATCAAGAACATGATCACCGGTGCTGCTCAGATGGACGGAGCGATTCTGGttg < 1:2417363/94‑3 (MQ=2) cccGACCCGTCACTACGCACACGTAGACTGC‑CCGGGGCACGCCGACTATGTTAAAAACATGATCACCGGTGCTGCTCAGATGGACGGCGCGATCCTGGTAg > 1:11682921/1‑101 (MQ=32) cccGACCCGTCACTACGCACACGTAGACTGC‑CCGGGGCACGCCGACTATGTTAAAAACATGATCACCGGTGCTGCTCAGATGGACGGCGCGATCCTGGTAg < 1:10797660/101‑1 (MQ=33) cccGACCCGTCACTACGCACACGTAGACTGC‑CCGGGGCACGCCGACTATGTTAAAAACATGATCACCGGTGCTGCTCAGATGGACGGCGCGATCCTGGTAg < 1:13529668/101‑1 (MQ=33) gagaagcGTCACTACGCTCACGTCGACGCT‑CCGGGCCACGCCGACTACATCAAGAACATGATCACCGGTGCTGCTCAGATGGACGGCGCGATTCTGGTTGt < 1:2605223/95‑1 (MQ=2) ccGACCCGTCACTACGCACACGTAGACTGC‑CCGGGGCACGCCGACTATGTTAAAAACATGATCACCGGTGCTGCTCAGATGGACGGCGCGATCCTGGTAGt > 1:3500973/1‑101 (MQ=32) cGACCCGTCACTACGCACACGTAGACTGC‑CCGGGGCACGCCGACTATGTTAAAAACATGATCACCGGTGCTGCTCAGATGGACGGCGCGATCCTGGTAGtt > 1:531560/1‑101 (MQ=32) agaagcGTCACTACGCTCACGTCGACGCT‑CCGGGCCACGCCGACTACATCAAGAACATGATCACCGGTGCTGCTCAGATGGACGGCGCGATTCTGGTTGtc < 1:2032649/96‑2 (MQ=2) agaagcGTCACTACGCTCACGTCGACGCT‑CCGGGCCACGCCGACTACATCAAGAACATGATCACCGGTGCTGCTCAGATGGACGGCGCGATTCTGGTTGtc > 1:13118052/6‑100 (MQ=2) gaagcGTCACTACGCTCACGTCGACGCT‑CCGGGCCACGCCGACTACATCAAGAACATGATCACCGGTGCTGCTCAGATGGACGGCGCGATTCTGGTTGtcg > 1:3825894/5‑99 (MQ=2) gACCCGTCACTACGCACACGTAGACTGC‑CCGGGGCACGCCGACTATGTTAAAAACATGATCACCGGTGCTGCTCAGATGGACGGCGCGATCCTGGTAGTtg < 1:7268614/101‑1 (MQ=33) gACCCGTCACTACGCACACGTAGACTGC‑CCGGGGCACGCCGACTATGTTAAAAACATGATCACCGGTGCTGCTCAGATGGACGGCGCGATCCTGGTAGTtg > 1:10051617/1‑101 (MQ=32) aagcGTCACTACGCTCACGTCGAC‑GCTCCGGGCCACGCCGACTACATCAAGAACATGATCACCGGTGCTGCTCAGATGGACGGCGCGATTCTGGTTGTcgc > 1:8221386/4‑101 (MQ=2) agcGTCACTACGCTCACGTCGACGCT‑CCGGGCCACGCCGACTACATCAAGAACATGATCACCGGTGCTGCTCAGATGGACGGCGCGATTCTGGTTGTcgcc < 1:6353607/99‑2 (MQ=2) gcGTCACTACGCTCACGTCGACGCT‑CCGGGCCACGCCGACTACATCAAGAACATGATCACCGGTGCTGCTCAGATGGACGGCGCGATTCTGGTTGTcgccg < 1:1574944/100‑3 (MQ=2) ccGTCACTACGCACACGTAGACTGC‑CCGGGGCACGCCGACTATGTTAAAAACATGATCACCGGTGCTGCTCAGATGGACGGCGCGATCCTGGTAGTtgctg < 1:3480283/101‑1 (MQ=33) ccGTCACTACGCACACGTAGACTGC‑CCGGGGCACGCCGACTATGTTAAAAACATGATCACCGGTGCTGCTCAGATGGACGGCGCGATCCTGGTAGTtgctg > 1:14205624/1‑101 (MQ=32) ccGTCACTACGCACACGTAGACTGC‑CCGGGGCACGCCGACTATGTTAAAAACATGATCACCGGTGCTGCTCAGATGGACGGCGCGATCCTGGTAGTtgctg > 1:12776996/1‑101 (MQ=32) cGTCACTACGCTCACGTCGAC‑GCTCCGGACCACGCCGACTACATCAAGAACATGATCACCGGTGCTGCTCAGATGGACGGCGCGATTCTGGTTGTcgccgc > 1:12905436/1‑101 (MQ=2) gTCACTACGCTCACGTCGACGCT‑CCGGGCCACGCCGACTACATCAAGAACATGATCACCGGTGCTGCTCAGATGGACGGCGCGATTCTGGTTGTcgccgct < 1:7759434/101‑2 (MQ=2) gTCACTACGCTCACGTCGACGCT‑CCGGGCCACGCCGACTACATCAAGAACATGATCACCGGTGCTGCTCAGATGGACGGCGCGATTCTGGTTGTcgccgct < 1:8904921/101‑2 (MQ=2) gTCACTACGCTCACGTCGACGCT‑CCGGGCCACGCCGACTACATCAAGAACATGATCACCGGTGCTGCTCAGATGGACGGCGCGATTCTGGTTGTcgccgct > 1:4562817/1‑100 (MQ=2) gTCACTACGCTCACGTCGAC‑GCTCCGGGCCACGCCGACTACATCAAGAACATGATCACCGGTGCTGCTCAGATGGACGGCGCGATTCTGGTTGTcgccgct > 1:8741147/1‑100 (MQ=2) gTCACTACGCTCACGTCGAC‑GCTCCGGGCCACGCCGACTACATCAAGAACATGATCACCGGTGCTGCTCAGATGGACGGCGCGATTCTGGTTGTcgccgct > 1:13640419/1‑100 (MQ=2) gTCACTACGCACACGTAGACTGC‑CCGGGGCACGCCGACTATGTTAAAAACATGATCACCGGTGCTGCTCAGATGGACGGCGCGATCCTGGTAGTTGCTGCg < 1:1620289/101‑1 (MQ=33) tCACTACGCACACGTAGACTGC‑CCGGGGCACGCCGACTATGTTAAAAACATGATCACCGGTGCTGCTCAGATGGACGGCGCGATCCTGGTAGTTGCTGCGa > 1:667188/1‑101 (MQ=32) cACTACGCACACGTAGACTGC‑CCGGGGCACGCCGACTATGTTAAAAACATGATCACCGGTGCTGCTCAGATGGACGGCGCGATCCTGGTAGTTGCTGCGAc < 1:8142602/101‑1 (MQ=32) aCTACGCACACGTAGACTGC‑CCGGGGCACGCCGACTATGTTAAAAACATGATCACCGGTGCTGCTCAGATGGACGGCGCGATCCTGGTAGTTGCTGCGACt < 1:6181575/101‑1 (MQ=33) aCTACGCACACGTAGACTGC‑CCGGGGCACGCCGACTATGTTAAAAACATGATCACCGGTGCTGCTCAGATGGACGGCGCGATCCTGGTAGTTGCTGCGACt > 1:5688438/1‑101 (MQ=32) cTACGCTCACGTCGAC‑GCTCCGGGCCACGCCGACTACATCAAGAACATGATCACCGGTGCTGCTCAGATGGACGGCGCGATTCTGGTTGTCGCCGCTAccg > 1:4073780/1‑99 (MQ=2) cTACGCACACGTAGACTGC‑CCGGGGCACGCCGACTATGTTAAAAACATGATCACCGGTGCTGCTCAGATGGACGGCGCGATCCTGGTAGTTGCTGCGACTg < 1:11259801/101‑1 (MQ=32) cTACGCACACGTAGACTGC‑CCGGGGCACGCCGACTATGTTAAAAACATGATCACCGGTGCTGCTCAGATGGACGGCGCGATCCTGGTAGTTGCTGCGACTg < 1:5062367/101‑1 (MQ=33) cTACGCACACGTAGACTGC‑CCGGGGCACGCCGACTATGTTAAAAACATGATCACCGGTGCTGCTCAGATGGACGGCGCGATCCTGGTAGTTGCTGCGACTg < 1:10350760/101‑1 (MQ=33) tACGCACACGTAGACTGC‑CCGGGGCACGCCGACTATGTTAAAAACATGATCACCGGTGCTGCTCAGATGGACGGCGCGATCCTGGTAGTTGCTGCGACTGa > 1:2158337/1‑101 (MQ=32) aCGCACACGTAGACTGC‑CCGGGGCACGCCGACTATGTTAAAAACATGATCACCGGTGCTGCTCAGATGGACGGCGCGATCCTGGTAGTTGCTGCGACTGAc > 1:13068282/1‑101 (MQ=32) 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cGTAGACTGC‑CCGGGGCACGCCGACTATGTTAAAAACATGATCACCGGTGCTGCTCAGATGGACGGCGCGATCCTGGTAGTTGCTGCGACTGACGGCCCGa > 1:12492704/1‑101 (MQ=32) gTAGACTGC‑CCGGGGCACGCCGACTATGTTAAAAACATGATCACCGGTGCTGCTCAGATGGACGGCGCGATCCTGGTAGTTGCTGCGACTGACGGCCCGAt < 1:8214462/101‑1 (MQ=32) gTAGACTGC‑CCGGGGCACGCCGACTATGTTAAAAACATGATCACCGGTGCTGCTCAGATGGACGGCGCGATCCTGGTAGTTGCTGCGACTGACGGCCCGAt > 1:9971542/1‑101 (MQ=32) gTAGACTGC‑CCGGGGCACGCCGACTATGTTAAAAACATGATCACCGGTGCTGCTCAGATGGACGGCGCGATCCTGGTAGTTGCTGCGACTGACGGCCCGAt < 1:3042430/101‑1 (MQ=32) tAGACTGC‑CCGGGGCACGCCGACTATGTTAAAAACATGATCACCGGTGCTGCTCAGATGGACGGCGCGATCCTGGTAGTTGCTGCGACTGACGGCCCGATg > 1:12878943/1‑101 (MQ=32) aGACTGC‑CCGGGGCACGCCGACTATGTTAAAAACATGATCACCGGTGCTGCTCAGATGGACGGCGCGATCCTGGTAGTTGCTGCGACTGACGGCCCGATGc > 1:5533491/1‑101 (MQ=32) cTGC‑CCGGGGCACGCCGACTATGTTAAAAACATGATCACCGGTGCTGCTCAGATGGACGGCGCGATCCTGGTAGTTGCTGCGACTGACGGCCCGATGCCGc > 1:12049880/1‑101 (MQ=32) cTGC‑CCGGGGCACGCCGACTATGTTAAAAACATGATCACCGGTGCTGCTCAGATGGACGGCGCGATCCTGGTAGTTGCTGCGACTGACGGCCCGATGCCGc > 1:6025872/1‑101 (MQ=32) cTGC‑CCGGGGCACGCCGACTATGTTAAAAACATGATCACCGGTGCTGCTCAGATGGACGGCGCGATCCTGGTAGTTGCTGCGACTGACGGCCCGATGCCGc < 1:10895649/101‑1 (MQ=32) tGC‑CCGGGGCACGCCGACTATGTTAAAAACATGATCACCGGTGCTGCTCAGATGGACGGCGCGATCCTGGTAGTTGCTGCGACTGACGGCCCGATGCCGCa < 1:11305535/101‑1 (MQ=32) tGC‑CCGGGGCACGCCGACTATGTTAAAAACATGATCACCGGTGCTGCTCAGATGGACGGCGCGATCCTGGTAGTTGCTGCGACTGACGGCCCGATGCCGCa > 1:4201904/1‑101 (MQ=32) gC‑CCGGGGCACGCCGACTATGTTAAAAACATGATCACCGGTGCTGCTCAGATGGACGGCGCGATCCTGGTAGTTGCTGCGACTGACGGCCCGATGCCGCAg > 1:9195084/1‑101 (MQ=32) c‑ccGGGGCACGCCGACTATGTTAAAAACATGATCACCGGTGCTGCTCAGATGGACGGCGCGATCCTGGTAGTTGCTGCGACTGACGGCCCGATGCCGCAGa > 1:13516533/1‑101 (MQ=32) c‑ccGGGGCACGCCGACTATGTTAAAAACATGATCACCGGTGCTGCTCAGATGGACGGCGCGATCCTGGTAGTTGCTGCGACTGACGGCCCGATGCCGCAGa < 1:13788188/101‑1 (MQ=32) c‑ccGGGGCACGCCGACTATGTTAAAAACATGATCACCGGTGCTGCTCAGATGGACGGCGCGATCCTGGTAGTTGCTGCGACTGACGGCCCGATGCCGCAGa > 1:3321535/1‑101 (MQ=32) | ACACTTCTCACGTTGAATACGACACCCCGACCCGTCACTACGCACACGTAGACTGC‑CCGGGGCACGCCGACTATGTTAAAAACATGATCACCGGTGCTGCTCAGATGGACGGCGCGATCCTGGTAGTTGCTGCGACTGACGGCCCGATGCCGCAGA > NC_007779/4169277‑4169432 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 26 ≤ ATCG/ATCG < 31 ≤ ATCG/ATCG < 35 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |