Predicted mutation
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RA	NC_007779	4,169,454	G→C	32.1%	G123A (GGT→GCT)	tufA →	protein chain elongation factor EF‑Tu

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*	NC_007779	4,169,454	0	G→C	32.1%	92.5 ‑0.2 ‑0.4	81	G123A (GGT→GCT)	tufA	protein chain elongation factor EF‑Tu
Reads supporting (aligned to +/- strand):  new base (12/14):  ref base (27/28):  total (39/42)
Fisher's exact test strand distribution p-value = 8.17e-01
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support polymorphism than reference p-value = 4.30e-01

AAAAACATGATCACCGGTGCTGCTCAGATGGACGGCGCGATCCTGGTAGTTGCTGCGACTGACGGCCCGATGCCGCAGACTCGTGAGCACATCCTGCTGGGTCGTCAGGTAGGCGTTCCGTACATCATCGTGTTCCTGAACAAA  >  NC_007779/4169354‑4169497                                                                                                     |                                            aaaaaCATGATCACCGGTGCTGCTCAGATGGACGGCGCGATCCTGGTAGTTGCTGCGACTGACGGCCCGATGCCGCAGACTCGTGAGCACATCCTGCTggg                                             <  1:4070449/101‑1 (MQ=32) aaaaaCATGATCACCGGTGCTGCTCAGATGGACGGCGCGATCCTGGTAGTTGCTGCGACTGACGGCCCGATGCCGCAGACTCGTGAGCACATCCTGCTggg                                             >  1:7506361/1‑101 (MQ=33)  aaaaCATGATCACCGGTGCTGCTCAGATGGACGGCGCGATCCTGGTAGTTGCTGCGACTGACGGCCCGATGCCGCAGACTCGTGAGCACATCCTGCTGGgt                                            <  1:8417270/101‑1 (MQ=32) 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                       tCAGATGGACGGCGCGATCCTGGTAGTTGCTGCGACTGACGGCCCGATGCCGCAGACTCGTGAGCACATCCTGCTGGGTCGTCAGGTAGGCGTTCCGTAca                      <  1:10375238/101‑1 (MQ=11)                                            tGGTTGTCGCCGCTACCGACGGTCCGATGCCGCAGACCCGTGAGCACGTTCTCCTGGCTCGCCAGGTTGGCGTTCCGTACATCCTCGTTGCACTGAACaag  <  1:1893714/101‑2 (MQ=0)                                            tGGTTGTCGCCGCTACCGACGGTCCGATGCCGCAGACCCGTGAGCACGTTCTCCTGGCTCGCCAGGTTGGCGTTCCGTACATCCTCGTTGCACTGAACaag  <  1:3744302/101‑2 (MQ=0)                                                                                                     |                                            AAAAACATGATCACCGGTGCTGCTCAGATGGACGGCGCGATCCTGGTAGTTGCTGCGACTGACGGCCCGATGCCGCAGACTCGTGAGCACATCCTGCTGGGTCGTCAGGTAGGCGTTCCGTACATCATCGTGTTCCTGAACAAA  >  NC_007779/4169354‑4169497

Alignment Legend
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 23 ≤ ATCG/ATCG < 30 ≤ ATCG/ATCG < 34 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG
Unaligned base: atcg    Masked matching base: atcg    Alignment gap: ‑    Deleted base: ‑
Reads not counted as support for junction
read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint.
read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication.