| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_007779 | 3,033,093 | Δ1 bp | 6.4% | coding (738/1518 nt) | lysS ← | lysine tRNA synthetase |
| Read alignment evidence... | ||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | change | freq | score | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_007779 | 3,033,093 | 0 | A→. | 6.4% | 48.6 ‑0.2 ‑0.8 | 250 | coding (738/1518 nt) | lysS | lysine tRNA synthetase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): new base (9/7): ref base (119/115): total (128/122) | ||||||||||
| Fisher's exact test strand distribution p-value = 7.98e-01 | ||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support polymorphism than reference p-value = 1.68e-01 | ||||||||||
Only 100 of 259 total aligned reads displayed.
GTTCCATCATGGTGAACTCTGGGTTATGACGTACGGAAATACCTTCGTTACGGAAGTTACGGTTGATTTCGAATACACGCTCGAAGCCACCAACCAC‑CAGACGCTTGAGGTACAGTTCCGGCGCGATACGCAGGTACATGTCGAGATCCAGCGCGTTATGGTGGGTGATAAACGGACGCGCAGCGGCACCGCCAGGGATCA > NC_007779/3032993‑3033193 | gTTCCATCATGGTGAACTCTGGGTTATGACGTACGGAAATACCTTCGTTACGGAAGTTACGGTTGATTTCGAATACACGCTCGAAGCCACCAACCAC‑CAGa > 1:11427340/1‑101 (MQ=255) ttCCATCATGGTGAACTCTGGGTTATGACGTACGGAAATACCTTCGTTACGGAAGTTACGGTTGATTTCGAATACACGCTCGAAGCCACCAACCAC‑CAGAc > 1:11224982/1‑101 (MQ=255) tCCATCATGGTGAACTCTGGGTTATGACGTACGGAAATACCTTCGTTACGGAAGTTACGGTTGATTTCGAATACACGCTCGAAGCCACCAACCAC‑CAGACg > 1:3606673/1‑101 (MQ=255) tcatGGTGAACTCTGGGTTATGACGTACGGAAATACCTTCGTTACGGAAGTTACGGTTGATTTCGAATACACGCTCGAAGCCACCAACCAC‑CAGACGCTTg < 1:7289032/101‑1 (MQ=255) atGGTGAACTCTGGGTTATGACGTACGGAAATACCTTCGTTACGGAAGTTACGGTTGATTTCGAATACACGCTCGAAGCCACCAACCAC‑CAGACGCTTGAg > 1:250653/1‑101 (MQ=255) gTGAACTCTGGGTTATGACGTACGGAAATACCTTCGTTACGGAAGTTACGGTTGATTTCGAATACACGCTCGAAGCCACCAACCAC‑CAGACGCTTGAGGTa < 1:10526273/101‑1 (MQ=255) gTGAACTCTGGGTTATGACGTACGGAAATACCTTCGTTACGGAAGTTACGGTTGATTTCGAATACACGCTCGAAGCCACCAACCAC‑CAGACGCTTGAGGTa > 1:5881774/1‑101 (MQ=255) tGAACTCTGGGTTATGACGTACGGAAATACCTTCGTTACGGAAGTTACGGTTGATTTCGAATACACGCTCGAAGCCACCAACCAC‑CAGACGCTTGAGGTAc < 1:696787/101‑1 (MQ=255) gAACTCTGGGTTATGACGTACGGAAATACCTTCGTTACGGAAGTTACGGTTGATTTCGAATACACGCTCGAAGCCACCAACCAC‑CAGACGCTTGAGGTACa > 1:12684179/1‑101 (MQ=255) gAACTCTGGGTTATGACGTACGGAAATACCTTCGTTACGGAAGTTACGGTTGATTTCGAATACACGCTCGAAGCCACCAACCAC‑CAGACGCTTGAGGTACa < 1:4650412/101‑1 (MQ=255) gAACTCTGGGTTATGACGTACGGAAATACCTTCGTTACGGAAGTTACGGTTGATTTCGAATACACGCTCGAAGCCACCAACCAC‑CAGACGCTTGAGGTACa > 1:11384113/1‑101 (MQ=255) aaCTCTGGGTTATGACGTACGGAAATACCTTCGTTACGGAAGTTACGGTTGATTTCGAATACACGCTCGAAGCCACCAACCAC‑CAGACGCTTGAGGTACAg < 1:8934245/101‑1 (MQ=255) aCTCTGGGTTATGACGTACGGAAATACCTTCGTTACGGAAGTTACGGTTGATTTCGAATACACGCTCGAAGCCACCAACCAC‑CAGACGCTTGAGGTACAGt > 1:8134166/1‑101 (MQ=255) ctctGGGTTATGACGTACGGAAATACCTTCGTTACGGAAGTTACGGTTGATTTCTAATACACGCTCGAAGCCACCAACCAC‑CAGACGCTTGAGGTACAGtt < 1:13894571/101‑1 (MQ=255) tctGGGTTATGACGTACGGAAATACCTTCGTTACGGAAGTTACGGTTGATTTCGAATACACGCTCGAAGCCACCAACCAC‑CAGACGCTTGAGGTACAGTTc < 1:2645782/101‑1 (MQ=255) tGGGTTATGACGTACGGAAATACCTTCGTTACGGAAGTTACGGTTGATTTCGAATACACGCTCGAAGCCACCAACCAC‑CAGACGCTTGAGGTACAGTTCCg < 1:9894455/101‑1 (MQ=255) gggTTATGACGTACGGAAATACCTTCGTTACGGAAGTTACGGTTGATTTCGAATACACGCTCGAAGCCACCAACCAC‑CAGACGCTTGAGGTACAGTTCCgg > 1:1807186/1‑101 (MQ=255) gggTTATGACGTACGGAAATACCTTCGTTACGGAAGTTACGGTTGATTTCGAATACACGCTCGAAGCCACCAACCAC‑CAGACGCTTGAGGTACAGTTCCgg < 1:2888790/101‑1 (MQ=255) gTTATGACGTACGGAAATACCTTCGTTACGGAAGTTACGGTTGATTTCGAATACACGCTCGAAGCCACCAACCAC‑CAGACGCTTGAGGTACAGTTCCGgcg < 1:1264346/101‑1 (MQ=255) ttATGACGTACGGAAATACCTTCGTTACGGAAGTTACGGTTGATTTCGAATACACGCTCGAAGCCACCAACCAC‑CAGAGGCTTGGGGTACAGTTCCGgcgc > 1:11412837/1‑101 (MQ=255) ttATGACGTACGGAAATACCTTCGTTACGGAAGTTACGGTTGATTTCGAATACACGCTCGAAGCCACCAACCAC‑CAGACGCTTGAGGTACAGTTCCGgcgc > 1:11663019/1‑101 (MQ=255) tATGACGTACGGAAATACCTTCGTTACGGAAGTTACGGTTGATTTCGAATACACGCTCGAAGCCACCAACCAC‑CAGACGCTTGAGGTACAGTTCCGGcgcg > 1:7480751/1‑101 (MQ=255) tATGACGTACGGAAATACCTTCGTTACGGAAGTTACGGTTGATTTCGAATACACGCTCGAAGCCACCAACCAC‑CAGACGCTTGAGGTACAGTTCCGGcgcg < 1:7685436/101‑1 (MQ=255) tGACGTACGGAAATACCTTCGTTACGGAAGTTACGGTTGATTTCGAATACACGCTCGAAGCCACCAACCAC‑CAGACGCTTGAGGTACAGTTCCGGCGCGAt > 1:5738233/1‑101 (MQ=255) tGACGTACGGAAATACCTTCGTTACGGAAGTTACGGTTGATTTCGAATACACGCTCGAAGCCACCAACCAC‑CAGACGCTTGAGGTACAGTTCCGGCGCGAt < 1:1613246/101‑1 (MQ=255) gTACGGAAATACCTTCGTTACGGAAGTTACGGTTGATTTCGAATACACGCTCGAAGCCACCAACCAC‑CAGACGCTTGAGGTACAGTTCCGGCGCGATACGc > 1:10125983/1‑101 (MQ=255) aCGGAAATACCTTCGTTACGGAAGTTACGGTTGATTTCGAATACACGCTCGAAGCCACCAACCAC‑CAGACGCTTGAGGTACAGTTCCGGCGCGATACGCAg < 1:5512354/101‑1 (MQ=255) cgatgccctCGTTACGGAAGTTACGGTTAATCTCAAAGACTCGCTCCATACCGCCGACGACGCAG‑CGCTTGAGGAAAAGCTCCGGCGCGATGCGCAGGTag > 1:9195479/9‑100 (MQ=9) aaTACCTTCGTTACGGAAGTTACGGTTGATTTCGAATACACGCTCGAAGCCACCAACCAC‑CAGACGCTTGAGGTACAGTTCCGGCGCGATACGCAGGTACa > 1:9606401/1‑101 (MQ=255) atgccctCGTTACGGAAGTTACGGTTAATCTCAAAGACTCGCTCCATACCGCCGACGACGCAG‑CGCTTGAGGAAAAGCTCCGGCGCGATGCGCAGGTagag < 1:6818481/95‑4 (MQ=255) tgccctCGTTACGGAAGTTACGGTTAATCTCAAAGACTCGCTCCATACCGCCGACGACGCAG‑CGCTTGAGGAAAAGCTCCGGCGCGATGCGCAGGTagaga > 1:11448670/6‑97 (MQ=255) tACCTTCGTTACGGAAGTTACGGTTGATTTCGAATACACGCTCGAAGCCACCAACCAC‑CAGACGCTTGAGGTACAGTTCCGGCGCGATACGCAGGTACATg > 1:3683065/1‑101 (MQ=255) gccctCGTTACGGAAGTTACGGTTAATCTCAAAGACTCGCTCCATACCGCCGACGACGCAG‑CGCTTGAGGAAAAGCTCCGGCGCGATGCGCAGGTagagat > 1:6024321/5‑96 (MQ=255) aCCTTCGTTACGGAAGTTACGGTTGATTTCGAATACACGCTCGAAGCCACCAACCAC‑CAGACGCTTGAGGTACAGTTCCGGCGCGATACGCAGGTACATGt < 1:6124960/101‑1 (MQ=255) aCCTTCGTTACGGAAGTTACGGTTGATTTCGAATACACGCTCGAAGCCACCAACCAC‑CAGACGCTTGAGGTACAGTTCCGGCGCGATACGCAGGTACATGt < 1:901661/101‑1 (MQ=255) aCCTTCGTTACGGAAGTTACGGTTGATTTCGAATACACGCTCGAAGCCACCAACCAC‑CAGACGCTTGAGGTACAGTTCCGGCGCGATACGCAGGGACATGt > 1:3875005/1‑101 (MQ=255) ccctCGTTACGGAAGTTACGGTTAATCTCAAAGACTCGCTCCATACCGCCGACGACGCAG‑CGCTTGAGGAAAAGCTCCGGCGCGATGCGCAGGTagagatc < 1:10361449/98‑7 (MQ=255) ccTTCGTTACGGAAGTTACGGTTGATTTCGAATACACGCTCGAAGCCACCAACCAC‑CAGACGCTTGAGGTACAGTTCCGGCGCGATACGCAGGTACATGTc < 1:12495639/101‑1 (MQ=255) cTTCGTTACGGAAGTTACGGTTGATTTCGAATACACGCTCGAAGCCACCAACCAC‑CAGACGCTTGAGGTACAGTTCCGGCGCGATACGCAGGTACATGTCg > 1:5032145/1‑101 (MQ=255) cTTCGTTACGGAAGTTACGGTTGATTTCGAATACACGCTCGAAGCCACCAACCAC‑CAGACGCTTGAGGTACAGTTCCGGCGCGATACGCAGGTACATGTCg > 1:7345243/1‑101 (MQ=255) tcctttACGGAAGTTACGGTTGATTTCGAATACACGCTCGAAGCCACCAACCAC‑CAGACGCTTGAGGTACAGTTCCGGCGCGATACGCAGGTACATGTCga < 1:10703065/97‑1 (MQ=255) 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ggTTGATTTCGAATACACGCTCGAAGCCACCAACCAC‑CAGACGCTTGAGGTACAGTTCCGGCGCGATACGCAGGTACATGTCGAGATCCAGCGCGTTAtgg > 1:7170460/1‑101 (MQ=255) ggTTGATTTCGAATACACGCTCGAAGCCACCAACCAC‑CAGACGCTTGAGGTACAGTTCCGGCGCGATACGCAGGTACATGTCGAGATCCAGCGCGTTAtgg < 1:8558646/101‑1 (MQ=255) gTTGATTTCGAATACACGCTCGAAGCCACCAACCAC‑CAGACGCTTGAGGTACAGTTCCGGCGCGATACGCAGGTACATGTCGAGATCCAGCGCGTTAtggt < 1:6571932/101‑1 (MQ=255) gATTTCGAATACACGCTCGAAGCCACCAACCAC‑CAGACGCTTGAGGTACAGTTCCGGCGCGATACGCAGGTACATGTCGAGATCCAGCGCGTTATggtggg > 1:10441088/1‑101 (MQ=255) aTTTCGAATACACGCTCGAAGCCACCAACCAC‑CAGACGCTTGAGGTACAGTTCCGGCGCGATACGCAGGTACATGTCGAGATCCAGCGCGTTATggtgggt < 1:648365/101‑1 (MQ=255) tttCGAATACACGCTCGAAGCCACCAACCAC‑CAGACGCTTGAGGTACAGTTCCGGCGCGATACGCAGGTACATGTCGAGATCCAGCGCGTTATggtgggtg > 1:12300018/1‑101 (MQ=255) tCGAATACACGCTCGAAGCCACCAACCAC‑CAGACGCTTGAGGTACAGTTCCGGCGCGATACGCAGGTACATGTCGAGATCCAGCGCGTTATGGTGGGTGAt < 1:3745512/101‑1 (MQ=255) 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accaaccaC‑CAGACGCTTGAGGTACAGTTCCGGCGCGATACGCAGGTACATGTCGAGATCCAGCGCGTTATGGTGGGTGATAAACGGACGCGCAGCGGCAc < 1:1530834/101‑1 (MQ=255) ccaaccaC‑CAGACGCTTGAGGTACAGTTCCGGCGCGATACGCAGGTACATGTCGAGATCCAGCGCGTTATGGTGGGTGATAAACGGACGCGCAGCGGCAcc > 1:1832063/1‑101 (MQ=255) caaccaC‑CAGACGCTTGAGGTACAGTTCCGGCGCGATACGCAGGTACATGTCGAGATCCAGCGCGTTATGGTGGGTGATAAACGGACGCGCAGCGGCACCg < 1:2544825/101‑1 (MQ=255) caaccaC‑CAGACGCTTGAGGTACAGTTCCGGCGCGATACGCAGGTACATGTCGAGATCCAGCGCGTTATGGTGGGTGATAAACGGACGCGCAGCGGCACCg < 1:1345130/101‑1 (MQ=255) caaccaC‑CAGACGCTTGAGGTACAGTTCCGGCGCGATACGCAGGTACATGTCGAGATCCAGCGCGTTATGGTGGGTGATAAACGGACGCGCAGCGGCACCg > 1:2467909/1‑101 (MQ=255) aaccaC‑CAGACGCTTGAGGTACAGTTCCGGCGCGATACGCAGGTACATGTCGAGATCCAGCGCGTTATGGTGGGTGATAAACGGACGCGCAGCGGCACCGc > 1:10808721/1‑101 (MQ=255) aaccaC‑CAGACGCTTGAGGTACAGTTCCGGCGCGATACGCAGGTACATGTCGAGATCCAGCGCGTTATGGTGGGTGATAAACGGACGCGCAGCGGCACCGc < 1:2121582/101‑1 (MQ=255) accac‑cAGACGCTTGAGGTACAGTTCCGGCGCGATACGCAGGTACATGTCGAGATCCAGCGCGTTATGGTGGGTGATAAACGGACGCGCAGCGGCACCGcc > 1:8082658/1‑101 (MQ=255) accac‑cAGACGCTTGAGGTACAGTTCCGGCGCGATACGCAGGTACATGTCGAGATCCAGCGCGTTATGGTGGGTGATAAACGGACGCGCAGCGGCACCGcc > 1:9560584/1‑101 (MQ=255) accac‑cAGACGCTTGAGGTACAGTTCCGGCGCGATACGCAGGTACATGTCGAGATCCAGCGCGTTATGGTGGGTGATAAACGGACGCGCAGCGGCACCGcc > 1:9381583/1‑101 (MQ=255) cac‑caGACGCTTGAGGTACAGTTCCGGCGCGATACGCAGGTACATGTCGAGATCCAGCGCGTTATGGTGGGTGATAAACGGACGCGCAGCGGCACCGCCAg > 1:5299352/1‑101 (MQ=255) c‑caGACGCTTGAGGTACAGTTCCGGCGCGATACGCAGGTACATGTCGAGATCCAGCGCGTTATGGTGGGTGATAAACGGACGCGCAGCGGCACCGCCAggg < 1:6345015/101‑1 (MQ=255) caGACGCTTGAGGTACAGTTCCGGCGCGATACGCAGGTACATGTCGAGATCCAGCGCGTTATGGTGGGTGATAAACGGACGCGCAGCGGCACCGCCAGGGa > 1:8438736/1‑101 (MQ=255) caGACGCTTGAGGTACAGTTCCGGCGCGATACGCAGGTACATGTCGAGATCCAGCGCGTTATGGTGGGTGATAAACGGACGCGCAGCGGCACCGCCAGGGa > 1:6585170/1‑101 (MQ=255) aGACGCTTGAGGTACAGTTCCGGCGCGATACGCAGGTACATGTCGAGATCCAGCGCGTTATGGTGGGTGATAAACGGACGCGCAGCGGCACCGCCAGGGAt < 1:13638097/101‑1 (MQ=255) gACGCTTGAGGTACAGTTCCGGCGCGATACGCAGGTACATGTCGAGATCCAGCGCGTTATGGTGGGTGATAAACGGACGCGCAGCGGCACCGCCAGGGATc < 1:11096853/101‑1 (MQ=255) aCGCTTGAGGTACAGTTCCGGCGCGATACGCAGGTACATGTCGAGATCCAGCGCGTTATGGTGGGTGATAAACGGACGCGCAGCGGCACCGCCAGGGATCa > 1:1940048/1‑101 (MQ=255) | GTTCCATCATGGTGAACTCTGGGTTATGACGTACGGAAATACCTTCGTTACGGAAGTTACGGTTGATTTCGAATACACGCTCGAAGCCACCAACCAC‑CAGACGCTTGAGGTACAGTTCCGGCGCGATACGCAGGTACATGTCGAGATCCAGCGCGTTATGGTGGGTGATAAACGGACGCGCAGCGGCACCGCCAGGGATCA > NC_007779/3032993‑3033193 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 33 ≤ ATCG/ATCG < 35 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |