| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_007779 | 3,033,089 | +G | 6.6% | coding (742/1518 nt) | lysS ← | lysine tRNA synthetase |
| Read alignment evidence... | ||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | change | freq | score | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_007779 | 3,033,089 | 1 | .→G | 6.6% | 72.9 ‑0.5 ‑0.0 | 241 | coding (742/1518 nt) | lysS | lysine tRNA synthetase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): new base (9/7): ref base (111/114): total (120/121) | ||||||||||
| Fisher's exact test strand distribution p-value = 6.16e-01 | ||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support polymorphism than reference p-value = 9.95e-01 | ||||||||||
Only 100 of 267 total aligned reads displayed.
TAGAGTTCCATCATGGTGAACTCTGGGTTATGACGTACGGAAATACCTTCGTTACGGAAGTTACGGTTGATTTCGAATACACGCTCGAAGCCACCAACCAC‑CAGACGCTTGAGGTACAGTTCCGGCGCGATACGCAGGTACATGTCGAGATCCAGCGCGTTATGGTGGGTGATAAACGGACGCGCAGCGGCACCGCCAGGG > NC_007779/3032989‑3033189 | tAGAGTTCCATCATGGTGAACTCTGGGTTATGACGTACGGAAATACCTTCGTTACGGAAGTTACGGTTGATTTCGAATACACGCTCGAAGCCACCAaccac < 1:14225717/101‑1 (MQ=255) agagTTCCATCATGGTGAACTCTGGGTTATGACGTACGGAAATACCTTCGTTACGGAAGTTACGGTTGATTTCGAATACACGCTCGAAGCCACCAaccac‑c > 1:6471019/1‑101 (MQ=255) gagTTCCATCATGGTGAACTCTGGGTTATGACGTACGGAAATACCTTCGTTACGGAAGTTACGGTTGATTTCGAATACACGCTCGAAGCCACCAAccac‑ca < 1:7488384/101‑1 (MQ=255) gagTTCCATCATGGTGAACTCTGGGTTATGACGTACGGAAATACCTTCGTTACGGAAGTTACGGTTGATTTCGAATACACGCTCGAAGCCACCAAccac‑ca > 1:1196771/1‑101 (MQ=255) gagTTCCATCATGGTGAACTCTGGGTTATGACGTACGGAAATACCTTCGTTACGGAAGTTACGGTTGATTTCGAATACACGCTCGAAGCCACCAAccac‑ca > 1:13428461/1‑101 (MQ=255) agTTCCATCATGGTGAACTCTGGGTTATGACGTACGGAAATACCTTCGTTACGGAAGTTACGGTTGATTTCGAATACACGCTCGAAGCCACCAACCAC‑CAg < 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aCGGAAATACCTTCGTTACGGAAGTTACGGTTGATTTCGAATACACGCTCGAAGCCACCAACCAC‑CAGACGCTTGAGGTACAGTTCCGGCGCGATACGCAg > 1:3259249/1‑101 (MQ=255) gtcgatgccctCGTTACGGAAGTTACGGTTAATCTCAAAGACTCGCTCCATACCGCCGACGACGCAG‑CGCTTGAGGAAAAGCTCCGGCGCGATGCGCAGGt < 1:6558214/91‑1 (MQ=255) ggAAATACCTTCGTTACGGAAGTTACGGTTGATTTCGAATACACGCTCGAAGCCACCAACCAC‑CAGACGCTTGAGGTACAGTTCCGGCGCGATACGCAGGt < 1:2993467/101‑1 (MQ=255) gAAATACCTTCGTTACGGAAGTTACGGTTGATTTCGAATACACGCTCGAAGCCACCAACCAC‑CAGACGCTTGAGGTACAGTTCCGGCGCGATACGCAGGTa < 1:5332851/101‑1 (MQ=255) aaaTACCTTCGTTACGGAAGTTACGGTTGATTTCGAATACACGCTCGAAGCCACCAACCAC‑CAGACGCTTGAGGTACAGTTCCGGCGCGATACGCAGGTAc > 1:13696271/1‑101 (MQ=255) aaaTACCTTCGTTACGGAAGTTACGGTTGATTTCGAATACACGCTCGAAGCCACCAACCAC‑CAGACGCTTGAGGTACAGTTCCGGCGCGATACGCAGGTAc < 1:11456005/101‑1 (MQ=255) aaTGCCTTCGTTACGGAAGTTACGGTTGATTTCGAATACACGCTCGAAGCCACCAACCAC‑CAGACGCTTGAGGTACAGTTCCGGCGCGATACGCAGGTACa < 1:11865299/101‑1 (MQ=255) 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cac‑caGACGCTTGAGGTACAGTTCCGGCGCGATACGCAGGTACATGTCGAGATCCAGCGCGTTATGGTGGGTGATAAACGGACGCGCAGCGGCACCGCCAg > 1:5781734/1‑101 (MQ=255) cac‑caGACGCTTGAGGTACAGTTCCGGCGCGATACGCAGGTACATGTCGAGATCCAGCGCGTTATGGTGGGTGATAAACGGACGCGCAGCGGCACCGCCAg < 1:1711177/101‑1 (MQ=255) ac‑caGACGCTTGAGGTACAGTTCCGGCGCGATACGCAGGTACATGTCGAGATCCAGCGCGTTATGGTGGGTGATAAACGGACGCGCAGCGGCACCGCCAgg > 1:1839686/1‑101 (MQ=255) | TAGAGTTCCATCATGGTGAACTCTGGGTTATGACGTACGGAAATACCTTCGTTACGGAAGTTACGGTTGATTTCGAATACACGCTCGAAGCCACCAACCAC‑CAGACGCTTGAGGTACAGTTCCGGCGCGATACGCAGGTACATGTCGAGATCCAGCGCGTTATGGTGGGTGATAAACGGACGCGCAGCGGCACCGCCAGGG > NC_007779/3032989‑3033189 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 35 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |