| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | NC_007779 | 13,329 | A→G | 12.3% | V389V (GTA→GTG) | dnaK → | chaperone Hsp70, co‑chaperone with DnaJ |
| Read alignment evidence... | ||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
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| * | NC_007779 | 13,329 | 0 | A→G | 12.3% | 93.9 ‑0.7 ‑0.2 | 300 | V389V (GTA→GTG) | dnaK | chaperone Hsp70, co‑chaperone with DnaJ |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): new base (20/17): ref base (125/138): total (145/155) | ||||||||||
| Fisher's exact test strand distribution p-value = 4.86e-01 | ||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support polymorphism than reference p-value = 6.39e-01 | ||||||||||
Only 100 of 314 total aligned reads displayed.
TCTTTGGTAAAGAGCCGCGTAAAGACGTTAACCCGGACGAAGCTGTAGCAATCGGTGCTGCTGTTCAGGGTGGTGTTCTGACTGGTGACGTAAAAGACGTACTGCTGCTGGACGTTACCCCGCTGTCTCTGGGTATCGAAACCATGGGCGGTGTGATGACGACGCTGATCGCGAAAAACACCACTATCCCGACCAAGCACA > NC_007779/13229‑13429 | tCTTTGGTAAAGAGCCGCGTAAAGACGTTAACCCGGACGAAGCTGTAGCAATCGGTGCTGCTGTTCAGGGTGGTGTTCTGACTGGTGACGTAAAAGACGTa > 1:2856402/1‑101 (MQ=255) cTTTGGTAAAGAGCCGCGTAAAGACGTTAACCCGGACGAAGCTGTAGCAATCGGTGCTGCTGTTCAGGGTGGTGTTCTGACTGGTGACGTAAAAGACGTAc < 1:1023593/101‑1 (MQ=255) tttGGTAAAGAGCCGCGTAAAGACGTTAACCCGGACGAAGCTGTAGCAATCGGTGCTGCTGTTCAGGGTGGTGTTCTGACTGGTGACGTAAAAGACGTAct < 1:13621640/101‑1 (MQ=255) tttGGTAAAGAGCCGCGTAAAGACGTTAACCCGGACGAAGCTGTAGCAATCGGTGCTGCTGTTCAGGGTGGTGTTCTGACTGGTGACGTAAAAGACGTAct < 1:2503872/101‑1 (MQ=255) ttGGTAAAGAGCCGCGTAAAGACGTTAACCCGGACGAAGCTGTAGCAATCGGTGCTGCTGTTCAGGGTGGTGTTCTGACTGGTGACGTAAAAGACGTActg < 1:4298462/101‑1 (MQ=255) tGGTAAAGAGCCGCGTAAAGACGTTAACCCGGACGAAGCTGTAGCAATCGGTGCTGCTGTTCAGGGTGGTGTTCTGACTGGTGACGTAAAAGACGTActgc < 1:5814202/101‑1 (MQ=255) ggTAAAGAGCCGCGTAAAGACGTTAACCCGGACGAAGCTGCAGCAATCGGTGCTGCTGTTCAGGGTGGTGTTCTGACTGGTGACGTAAAAGACGTActgct > 1:8849916/1‑101 (MQ=255) tAAAGAGCCGCGTAAAGACGTTAACCCGGACGAAGCTGTAGCAATCGGTGCTGCTGTTCAGGGTGGTGTTCTGACTGGTGACGTAAAAGACGTActgctgc > 1:11629672/1‑101 (MQ=255) tAAAGAGCCGCGTAAAGACGTTAACCCGGACGAAGCTGTAGCAATCGGTGCTGCTGTTCAGGGTGGTGTTCTGACTGGTGACGTAAAAGACGTActgctgc > 1:3834192/1‑101 (MQ=255) tAAAGAGCCGCGTAAAGACGTTAACCCGGACGAAGCTGTAGCAATCGGCGCTGCTGTTCAGGGTGGTGTTCTGACTGGTGACGTAAAAGACGTActgctgc < 1:7468153/101‑1 (MQ=255) aaaGAGCCGCGTAAAGACGTTAACCCGGACGAAGCTGTAGCAATCGGTGCTGCTGTTCAGGGTGGTGTTCTGACTGGTGACGTAAAAGACGTActgctgct > 1:4189714/1‑101 (MQ=255) aaGAGCCGCGTAAAGACGTTAACCCGGACGAAGCTGTAGCAATCGGTGCTGCTGTTCAGGGTGGTGTTCTGACTGGTGACGTAAAAGACGTActgctgctg < 1:10050580/101‑1 (MQ=255) agagCCGCGTAAAGACGTTAACCCGGACGAAGCTGTAGCAATCGGTGCTGCTGTTCAGGGTGGTGTTCTGACTGGTGACGTAAAAGACGTACTGCTACTgg < 1:6951250/101‑1 (MQ=255) gagCCGCGTAAAGACGTTAACCCGGACGAAGCTGTAGCAATCGGTGCTGCTGTTCAGGGTGGTGTTCTGACTGGTGACGTAAAAGACGTACTGCTGCTGGa < 1:10695658/101‑1 (MQ=255) gCCGCGTAAAGACGTTAACCCGGACGAAGCTGTAGCAATCGGTGCTGCTGTTCAGGGTGGTGTTCTGACTGGTGACGTAAAAGACGTACTGCTGCTGGACg < 1:6208507/101‑1 (MQ=255) gaacaagggcGTTAACCCGGACGAGGTTGTCGCAGTTGGTGCTGCTCTGCAGGCCGGCGTTCTGCGCGGTGAGGTCAAGGACGTGCTGCTGCTCGACGTTa > 1:13855003/10‑101 (MQ=255) cgTAAAGACGTTAACCTGGACGAAGCTGTAGCAATCGGTGCTGCTGTTCAGGGTGGTGTTCTGACTGGTGACGTAAAAGACGTACTGCTGCTGGACGTTAc > 1:9032894/1‑101 (MQ=255) cgTAAAGACGTTAACCCGGACGAAGCTGTAGCAATCGGTGCTGCTGTTCAGGGTGGTGTTCTGACTGGTGACGTAAAAGACGTACTGCTGCTGGACGTTAc < 1:14196601/101‑1 (MQ=255) aacaagggcGTTAACCCGGACGAGGTTGTCGCAGTTGGTGCTGCTCTGCAGGCCGGCGTTCTGCGCGGTGAGGTCAAGGACGTGCTGCTGCTCGACGTTAc < 1:12941540/93‑1 (MQ=255) aagggcGTTAACCCGGACGAGGTTGTCGCAGTTGGTGCTGCTCTGCAGGCCGGCGTTCTGCGCGGTGAGGTCAAGGACGTGCTGCTGCTCGACGTTAcccc < 1:10115912/96‑1 (MQ=255) aaaGTCGTTATCCCGGACGAAGCTGTAGCAATCGGTGCTGCTGTTCAGGGTGGTGTTCTGACTGGTGACTTAAAAGACGTACTGCTGCTGGACGTTAccca < 1:6716731/101‑2 (MQ=255) aaaGACGTTAACCCGGACGAAGCTGTAGCAATCGGTGCTGCTGTTCAGGGTGGTGTTCTGACTGGTGACGTAAAAGACGTACTGCTGCTGGACGTTAcccc < 1:7704635/101‑1 (MQ=255) aaaGACGTTAACCCGGACGAAGCTGTAGCAATCGGTGCTGCTGTTCAGGGTGGTGTTCTGACTGGTGACGTAAAAGACGTACTGCTGCTGGACGTTAcccc < 1:4658823/101‑1 (MQ=255) gcGTTAACCCGGACGAGGTTGTCGCAGTTGGTGCTGCTCTGCAGGCCGGCGTTCTGCGCGGTGAGGTCAAGGACGTGCTGCTGCTCGACGTTACCCCGCTg < 1:3885491/100‑1 (MQ=255) cGTTAACCCGGACGAGGTTGTCGCAGTTGGTGCTGCTCTGCAGGCCGGCGTTCTGCGCGGTGAGGTCAAGGACGTGCTGCTGCTCGACGTTACCCCGCTGt > 1:51511/1‑101 (MQ=255) cGTTAACCCGGACGAAGCTGTAGCAATCGGTGCTGCTGTTCAGGGTGGTGTTCTGACTGGTGACGTAAAAGACGTACTGCTGCTGGACGTTACCCCGCTGt > 1:13818855/1‑101 (MQ=255) gTTAACCCGGACGAAGCTGTAGCAATCGGTGCTGCTGTTCAGGGGGGTGTTCTGACTGGTGACGTAAAAGACGTACTGCTGCTGGACGTTACCCCGCTGtc > 1:3975629/1‑101 (MQ=255) 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aCGAGGTTGTCGCAGTTGGTGCTGCTCTGCAGGCCGGCGTTCTGCGCGGTGAGGTCAAGGACGTGCTGCTGCTCGACGTTACCCCGCTGTCGCTGGGTAtt < 1:175062/101‑2 (MQ=255) aCGAGGTTGTCGCAGTTGGCGCTGCTCTGCAGGCCGGCGTTCTGCGCGGTGAGGTCAAGGACGTGCTGCTGCTCGACGTTACCCCGCTGTCGCTGGGGAtt > 1:4816518/1‑100 (MQ=255) aCGAAGCTGTAGCAATCGGTGCTGCTGTTCAGGGTGGTGTTCTGACTGGTGACGTAAAAGACGTACTGCTGCTGGACGTTACCCCGCTGTCTCTGGGTATc < 1:665659/101‑1 (MQ=255) cGAAGCTGTAGCAATCGGTGCTGCTGTTCAGGGTGGTGTTCTGACTGGTGACGTAAAAGACGTACTGCTGCTGGACGTTACCCCGCTGTCTCTGGGTATCg < 1:1961567/101‑1 (MQ=255) cGAAGCTGTAGCAATCGGTGCTGCTGTTCAGGGTGGTGTTCTGACTGGTGACGTAAAAGACGTACTGCTGCTGGACGTTACCCCGCTGTCTCTGGGTATCg > 1:1181255/1‑101 (MQ=255) cGAAGCTGTAGCAATCGGTGCTGCTGTTCAGGGTGGTGTTCTGACTGGTGACGTAAAAGACGTACTGCTGCTGGACGTTACCCCGCTGTCTCTGGGTATCg < 1:12486983/101‑1 (MQ=255) gaggttGTCGCAGTTGGTGCTGCTCTGCAGGCCGGCGTTCTGCGCGGTGAGGTCAAGGACGTGCTGCTGCTCGACGTTACCCCGCTGTCGCTGGGTATTGa > 1:9347607/6‑101 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 31 ≤ ATCG/ATCG < 35 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |