| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_007779 | 1,333,343 | T→C | 2.3% | G194G (GGT→GGC) | topA → | DNA topoisomerase I, omega subunit |
| Read alignment evidence... | ||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | change | freq | score | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_007779 | 1,333,343 | 0 | T→C | 2.3% | 2.7 ‑0.8 ‑0.0 | 248 | G194G (GGT→GGC) | topA | DNA topoisomerase I, omega subunit |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): new base (2/4): ref base (124/118): total (126/122) | ||||||||||
| Fisher's exact test strand distribution p-value = 4.41e-01 | ||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support polymorphism than reference p-value = 9.98e-01 | ||||||||||
Only 100 of 263 total aligned reads displayed.
TGTTAATGCCCAGCAGGCGCGTCGCTTTATGGACCGCGTGGTGGGGTATATGGTTTCGCCGCTGCTATGGAAAAAGATCGCTCGTGGCCTGTCTGCCGGTCGTGTGCAGTCGGTGGCGGTTCGCCTGGTGGTCGAGCGTGAGCGTGAAATTAAAGCGTTCGTGCCGGAAGAGTTCTGGGAAGTCGATGCCAGCACGACC > NC_007779/1333244‑1333442 | tgtTAATGCCCAGCAGGCGCGTCGCTTTATGGACCGCGTGGTGGGGTATATGGTTTCGCCGCTGCTATGGAAAAAGATCGCTCGTGGCCTGTCTGCCGGTc < 1:3571111/101‑1 (MQ=255) gtTAATGCCCAGCAGGCGCGTCGCTTTATGGACCGCGTGGTGGGGTATATGGTTTCGCCGCTGCTATGGAAAAAGATCGCTCGTGGCCTGTCTGCCGGTCg < 1:14317352/101‑1 (MQ=255) ttAATGCCCAGCAGGCGCGTCGCTTTATGGACCGCGTGGTGGGGTATATGGTTTCGCCGCTGCTATGGAAAAAGATCGCTCGTGGCCTGTCTGCCGGTCgt < 1:13901224/101‑1 (MQ=255) ttAATGCCCAGCAGGCGCGTCGCTTTATGGACCGCGTGGTGGGGTATATGGTTTCGCCGCTGCTATGGAAAAAGATCGCTCGTGGCCTGTCTGCCGGTCgt > 1:8586698/1‑101 (MQ=255) tAATGCCCAGCAGGCGCGTCGCTTTATGGACCGCGTGGTGGGGTATATGGTTTCGCCGCTGCTATGGAAAAAGATCGCTCGTGGCCTGTCTGCCGGTCgtg > 1:1876381/1‑101 (MQ=255) aaTGCCCAGCAGGCGCGTCGCTTTATGGACCGCGTGGTGGGGTATATGGTTTCGCCGCTGCTATGGAAAAAAATCGCCCGGGGCCTGCCTGCCGGCCgggg > 1:10167239/1‑98 (MQ=255) aTGCCTAGCAGGCGCGGCGCTTTATGGTCCGCGTGGTGGGGTATATGGTTTCGCCGGTGCTATGGAAAAAGATCGCTCGTGGCCTGTCTGCCGGTCGtgtg < 1:10757044/101‑1 (MQ=255) gCCCAGCAGGCGCGTCGCTTTATGGACCGCGTGGTGGGGTATATGGTTTCGCCGCTGCTATGGAAAAAGATCGCTCGTGGCCTGTCTGCCGGTCGTGTGCa > 1:9126740/1‑101 (MQ=255) ccAGCAGGCGCGTCGCTTTATGGACCGCGTGGTGGGGTATATGGTTTCGCCGCTGCTATGGAAAAAGATCGCTCGTGGCCTGTCTGCCGGTCGTGTGCAGt > 1:9855358/1‑101 (MQ=255) ccAGCAGGCGCGTCGCTTTATGGACCGCGTGGTGGGGTATATGGTTTCGCCGCTGCTATGGAAAAAGATCGCTCGTGGCCTGTCTGCCGGTCGTGTGCAGt < 1:9002373/101‑1 (MQ=255) cagcagGCGCGTCGCTTTATGGACCGCGTGGTGGGGTATATGGTTTCGCCGCTGCTATGGAAAAAGATCGCTCGTGGCCTGTCTGCCGGTCGTGTGCAGTc > 1:12566806/1‑101 (MQ=255) agcagGCGCGTCGCTTTATGGACCGCGTGGTGGGGTATATGGTTTCGCCGCTGCTATGGAAAAAGATCGCTCGTGGCCTGTCTGCCGGTCGTGTGCAGTCg > 1:5894364/1‑101 (MQ=255) agcagGCGCGTCGCTTTATGGACCGCGTGGTGGGGTATATGGTTTCGCCGCTGCTATGGAAAAAGATCGCTCGTGGCCTGTCTGCCGGTCGTGTGCAGTCg > 1:4794107/1‑101 (MQ=255) 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gtggGGTATATGGTTTCGCCGCTGCTATGGAAAAAGATCGCTCGTGGCCTGTCTGCCGGTCGTGTGCAGTCGGTGGCGGTTCGCCTGGTGGTCgagcgtga > 1:6772350/1‑101 (MQ=255) tggGGTATATGGTTTCGCCGCTGCTATGGAAAAAGATCGCTCGTGGCCTGTCTGCCGGTCGTGTGCAGTCGGTGGCGGTTCGCCTGGTGGTCgagcgtgag > 1:3257542/1‑101 (MQ=255) gggTATATGGTTTCGCCGCTGCTATGGAAAAAGATCGCTCGTGGCCTGTCTGCCGGTCGTGTGCAGTCGGTGGCGGTTCGCCTGGTGGTCgagcgtgagcg < 1:6691573/101‑1 (MQ=255) ggctacgaggTTTCACCGGTGCTGTGGAAGAAGGTCATGCCGCGCCTGTCGGCAGGCCGTGTGCAGTCGGTGGCGACGCGTGTCATCGTCgagcgtgagcg > 1:6216791/9‑101 (MQ=255) ggTATATGGTTTCGCCGCTGCTATGGAAAAAGATCGCTCGTGGCCTGTCTGCCGGTCGTGTGCAGTCGGTGGCGGTTCGCCTGGTGGTCgagcgtgagcgt < 1:10321162/101‑1 (MQ=255) gTATATGGTTTCGCCGCTGCTATGGAAAAAGATCGCTCGTGGCCTGTCTGCCGGTCGTGTGCAGTCGGTGGCGGTTCGCCTGGTGGTCGagcgtgagcgtg > 1:6509386/1‑101 (MQ=255) tataTGGTTTCGCCGCTGCTATGGAAAAAGATCGCTCGTGGCCTGTCTGCCGGTCGTGTGCAGTCGGTGGCGGTTCGCCTGGTGGTCGAgcgtgagcgtga < 1:640956/101‑1 (MQ=255) atatGGTTTCGCCGCTGCTATGGAAAAAGATCGCTCGTGGCCTGTCTGCCGGTCGTGTGCAGTCGGTGGCGGTTCGCCTGGTGGTCGAGCGTGAGCGTGaa < 1:12810671/101‑1 (MQ=255) acgaggTTTCACCGGTGCTGTGGAAGAAGGTCATGCCGCGCCTGTCGGCAGGCCGTGTGCAGTCGGTGGCGACGCGTGTCATCGTCGAGCGTGAGCGTGaa > 1:6906394/5‑101 (MQ=255) atGGTTTCGCCGCTGCTATGGAAAAAGATCGCTCGTGGCCTGTCTGCCGGTCGTGTGCAGTCGGTGGCGGTTCGCCTGGTGGTCGAGCGTGAGCGTGAAAt < 1:12123500/101‑1 (MQ=255) ggTTTCGCCGCTGCTATGGAAAAAGATCGCTCGTGGCCTGTCTGCCGGTCGTGTGCAGTCGGTGGCGGTTCGCCTGGTGGTCGAGCGTGAGCGTGAAATTa < 1:12404821/101‑1 (MQ=255) gTTTCGCCGCTGCTATGGAAAAAGATCGCTCGTGGCCTGTCTGCCGGTCGTGTGCAGTCGGTGGCGGTTCGCCTGGTGGTCGAGCGTGAGCGTGAAATTaa > 1:1945742/1‑101 (MQ=255) tttCGCCGCTGCTATGGAAAAAGATCGCTCGTGGCCTGTCTGCCGGTCGTGTGCAGTCGGTGGCGGTTCGCCTGGTGGTCGAGCGTGAGCGTGAAATTaaa > 1:5992176/1‑101 (MQ=255) tttCGCCGCTGCTATGGAAAAAGATCGCTCGTGGCCTGTCTGCCGGTCGTGTGCAGTCGGTGGCGGTTCGCCTGGTGGTCGAGCGTGAGCGTGAAATTaaa > 1:11369697/1‑101 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 24 ≤ ATCG/ATCG < 31 ≤ ATCG/ATCG < 35 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |