| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_007779 | 2,731,753 | C→G | 4.3% | L359F (TTG→TTC) | clpB ← | protein disaggregation chaperone |
| Read alignment evidence... | ||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | change | freq | score | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_007779 | 2,731,753 | 0 | C→G | 4.3% | 19.3 ‑1.1 ‑0.0 | 233 | L359F (TTG→TTC) | clpB | protein disaggregation chaperone |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): new base (6/4): ref base (97/125): total (103/130) | ||||||||||
| Fisher's exact test strand distribution p-value = 3.46e-01 | ||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support polymorphism than reference p-value = 9.86e-01 | ||||||||||
Only 100 of 247 total aligned reads displayed.
GGTCGATGGCTTTATCCGGCAGCTGACGGTCAGCAATGTAGCGATGAGACAACGTCGCCGCTGCAACAATTGCCGGGTCAGTAATTTGCACATGGTGGTGCAATTCGTAACGTTCTTTCAGGCCACGCAGAATCGCAATGGTATCTTCAACAGAAGGCTCGGCAACAAACACTTTCTGGAAACGACGTTCCAGCGCAGCAT > NC_007779/2731653‑2731853 | ggTCGATGGCTTTATCCGGCAGCTGACGGTCAGCAATGTAGCGATGAGACAACGTCGCCGCTGCAACAATTGCCGGGTCAGTAATTTGCACATGGTGGTGc < 1:13414157/101‑1 (MQ=255) gTCGATGGCTTTATCCGGCAGCTGACGGTCAGCAATGTAGCGATGAGACAACGTCGCCGCTGCAACAATTGCCGGGTCAGTAATTTGCACATGGTGGTGCa < 1:2039444/101‑1 (MQ=255) tCGATGGCTTTATCCGGCAGCTGACGGTCAGCAATGTAGCGATGAGACAACGTCGCCGCTGCAACAATTGCCGGGTCAGTAATTTGCACATGGTGGTGCaa < 1:10903705/101‑1 (MQ=255) tCGATGGCTTTATCCGGCAGCTGACGGTCAGCAATGTAGCGATGAGACAACGTCGCCGCTGCAACAATTGCCGGGTCAGTAATTTGCACATGGTGGTGCaa > 1:1391049/1‑101 (MQ=255) gATGGCTTTATCCGGCAGCTGACGGTCAGCAATGTAGCGATGAGACAACGTCGCCGCTGCAACAATTGCCGGGTCAGTAATTTGCACATGGTGGTGCAAtt > 1:9311845/1‑101 (MQ=255) aTGGCTTTATCCGGCAGCTGACGGTCAGCAATGTAGCGATGAGACAACGTCGCCGCTGCAACAATTGCCGGGTCAGTAATTTGCACATGGTGGTGCAATTc < 1:6630977/101‑1 (MQ=255) tGGCTTTATCCGGCAGCTGACGGTCAGCAATGTAGCGATGAGACAACGTCGCCGCTGCAACAATTGCCGGGTCAGTAATTTGCACATGGTGGTGCAATTCg > 1:6200992/1‑101 (MQ=255) tGGCTTTATCCGGCAGCTGACGGTCAGCAATGTAGCGATGAGACAACGTCGCCGCTGCAACAATTGCCGGGCCAGTAATTTGCACATGGTGGTGCAATTCg > 1:14277294/1‑101 (MQ=255) gtcTTTATCCGGCAGCTGACGGTCAGCAATGTAGCGATGAGACAACGTCGCCGCTGGAACAAATGCCGGGTCAGTAATTTGCACATGGTGGTGCAATTCGt < 1:14007250/99‑1 (MQ=255) ggCTTTATCCGGCAGCTGACGGTCAGCAATGTAGCGATGAGACAACGTCGCCGCTGCAACAATTGCCGGGTCAGTAATTTGCACATGGTGGTGCAATTCGt > 1:4974705/1‑101 (MQ=255) ggCTTTATCCGGCAGCTGACGGTCAGCAATGTAGCGATGAGACAACGTCGCCGCTGCAACAATTGCCGGGTCAGTAATTTGCACATGGTGGTGCAATTCGt > 1:12505409/1‑101 (MQ=255) ggCTTTATCCGGCAGCTGACGGTCAGCAATGTAGCGATGAGACAACGTCGCCGCTGCAACAATTGCCGGGTCAGTAATTTGCACATGGTGGTGCAATTCGt < 1:2415203/101‑1 (MQ=255) cTTTATCCGGCAGCTGACGGTCAGCAATGTAGCGATGAGACAACGTCGCCGCTGCAACAATTGCCGGGTCAGTAATTTGCACATGGTGGTGCAATTCGTaa < 1:8880439/101‑1 (MQ=255) cTTTATCCGGCAGCTGACGGTCAGCAATGTAGCGATGAGACAACGTCGCCGCTGCAACAATTGCCGGGTCAGTAATTTGCACATGGTGGTGCAATTCGTaa < 1:10094953/101‑1 (MQ=255) cTTTATCCGGCAGCTGACGGTCAGCAATGTAGCGATGAGACAACGTCGCCGCTGCAACAATTGCCGGGTCAGTAATTTGCACATGGTGGTGCAATTCGTaa < 1:13759732/101‑1 (MQ=255) ttATCCGGCAGCTGACGGTCAGCAATGTAGCGATGAGACAACGTCGCCGCTGCAACAATTGCCGGGTCAGTAATTTGCACATGGTGGTGCAATTCGTAACg < 1:1052657/101‑1 (MQ=255) tATCCGGCAGCTGACGGTCAGCAATGTAGCGATGAGACAACGTCGCCGCTGCAACAATTGCCGGGTCAGTAATTTGCACATGGTGGTGCAATTCGTAACGt < 1:8493769/101‑1 (MQ=255) tCCGGCAGCTGACGGTCAGCAATGTAGCGATGAGACAACGTCGCCGCTGCAACAATTGCCGGGTCAGTAATTTGCACATGGTGGTGCAATTCGTAACGTTc < 1:1765690/101‑1 (MQ=255) ccGGCAGCTGACGGTCAGCAATGTAGCGATGAGACAACGTCGCCGCTGCAACAATTGCCGGGTCAGTAATTTGCACATGGTGGTGCAATTCGTAACGTTCt > 1:517791/1‑101 (MQ=255) cGGCAGCTGACGGTCAGCAATGTAGCGATGAGACAACGTCGCCGCTGCAACAATTGCCGGGTCAGTAATTTGCACATGGTGGTGCAATTCGTAACGTTCtt < 1:5398341/101‑1 (MQ=255) cGGCAGCTGACGGTCAGCAATGTAGCGATGAGACAACGTCGCCGCTGCAACAATTGCCGGGTCAGTAATTTGCACATGGTGGTGCAATTCGTAACGTTCtt > 1:5301899/1‑101 (MQ=255) ggCAGCTGACGGTCAGCAATGTAGCGATGAGACAACGTCGCCGCTGCAACAATTGCCGGGTCAGTAATTTGCACATGGTGGTGCAATTCGTAACGTTCttt > 1:2544691/1‑101 (MQ=255) ggCAGCTGACGGTCAGCAATGTAGCGATGAGACAACGTCGCCGCTGCAACAATTGCCGGGTCAGTAATTTGCACATGGTGGTGCAATTCGTAACGTTCttt < 1:1156094/101‑1 (MQ=255) ggCAGCTGACGGTCAGCAATGTAGCGATGAGACAACGTCGCCGCTGCAACAATTGCCGGGTCAGTAATTTGCACATGGTGGTGCAATTCGTAACGTTCttt < 1:7160537/101‑1 (MQ=255) cAGCTGACGGTCAGCAATGTAGCGATGAGACAACGTCGCCGCTGCAACAATTGCCGGGTCAGTAATTTGCACATGGTGGTGCAATTCGTAACGTTCTTTCa > 1:13782700/1‑101 (MQ=255) aGCTGACGGTCAGCAATGTAGCGATGAGACAACGTCGCCGCTGCAACAATTGCCGGGTCAGTAATTTGCACATGGTGGTGCAATTCGTAACGTTCTTTCAg > 1:4337256/1‑101 (MQ=255) gCTGACGGTCAGCAATGTAGCGATGAGACAACGTCGCCGCTGCAACAATTGCCGGGTCAGTAATTTGCACATGGTGGTGCAATTCGTAACGTTCTTTCAgg < 1:6054590/101‑1 (MQ=255) tGACGGTCAGCAATGTAGCGATGAGACAACGTCGCCGCTGCAACAATTGCCGGGTCAGTAATTTGCACATGGTGGTGCAATTCGTAACGTTCTTTCAGGcc > 1:6374650/1‑101 (MQ=255) aCGGTCAGCAATGTAGCGATGAGACAACGTCGCCGCTGCAACAATTGCCGGGTCAGTAATTTGCACATGGTGGTGCAATTCGTAACGTTCTTTCAGGCCAc < 1:1663048/101‑1 (MQ=255) aCGGTCAGCAATGTAGCGATGAGACAACGTCGCCGCTGCAACAATTGCCGGGTCAGTAATTTGCACATGGTGGTGCAATTCGTAACGTTCTTTCAGGCCAc > 1:2753741/1‑101 (MQ=255) ggTCAGCAATGTAGCGATGAGACAACGTCGCCGCTGCAACAATTGCCGGGTCAGTAATTTGCACATGGTGGTGCAATTCGTAACGTTCTTTCAGGCCACGc > 1:9079054/1‑101 (MQ=255) gTCAGCAATGTAGCGATGAGACAACGTCGCCGCTGCAACAATTGCCGGGTCAGTAATTTGCACATGGTGGTGCAATTCGTAACGTTCTTTCAGGCCACGCa < 1:13565645/101‑1 (MQ=255) gTCAGCAATGTAGCGATGAGACAACGTCGCCGCTGCAACAATTGCCGGGTCAGTAATTTGCACATGGTGGTGCAATTCGTAACGTTCTTTCAGGCCACGCa < 1:9441573/101‑1 (MQ=255) gTCAGCAATGTAGCGATGAGACAACGTCGCCGCTGCAACAATTGCCGGGTCAGTAATTTGCACATGGTGGTGCAATTCGTAACGTTCTTTCAGGCCACGCa < 1:7352702/101‑1 (MQ=255) tCAGCAATGTAGCGATGAGACAACGTCGCCGCTGCAACAATTGCCGGGTCAGTAATTTGCACATGGTGGTGCAATTCGTAACGTTCTTTCAGGCCACGCAg < 1:5639746/101‑1 (MQ=255) tCAGCAATGTAGCGATGAGACAACGTCGCCGCTGCAACAATTGCCGGGTCAGTAATTTGCACATGGTGGTGCAATTCGTAACGTTCTTTCAGGCCACGCAg < 1:3685408/101‑1 (MQ=255) cAGCAATGTAGCGATGAGACAACGTCGCCGCTGCAACAATTGCCGGGTCAGTAATTTGCACATGGTGGTGCAATTCGTAACGTTCTTTCAGGCCACGCAGa < 1:2602127/101‑1 (MQ=255) aGCAATGTAGCGATGAGACAACGTCGCCGCTGCAACAATTGCCGGGTCAGTAATTTGCACATGGTGGTGCAATTCGTAACGTTCTTTCAGGCCACGCAGaa > 1:232619/1‑101 (MQ=255) gCAATGTAGCGATGAGACAACGTCGCCGCTGCAACAATTGCCGGGTCAGTAATTTGCACATGGTGGTGCAATTCGTAACGTTCTTTCAGGCCACGCAGAAt < 1:3337707/101‑1 (MQ=255) gCAATGTAGCGATGAGACAACGTCGCCGCTGCAACAATTGCCGGGTCAGTAATTTGCACATGGTGGTGCAATTCGTAACGTTCTTTCAGGCCACGCAGAAt > 1:5571900/1‑101 (MQ=255) cAATGTAGCGATGAGACAACGTCGCCGCTGCAACAATTGCCGGGTCAGTAATTTGCACATGGTGGTGCAATTCGTAACGTTCTTTCAGGCCACGCAGAATc > 1:12866700/1‑101 (MQ=255) cAATGTAGCGATGAGACAACGTCGCCGCTGCAACAATTGCCGGGTCAGTAATTTGCACATGGTGGTGCAATTCGTAACGTTCTTTCAGGCCACGCAGAATc < 1:7249620/101‑1 (MQ=255) aaTGTAGCGATGAGACAACGTCGCCGCTGCAACAATTGCCGGGTCAGTAATTTGCGCATGGTGGTGAAATTCGTAACGTTCTTTCAGGCCACGCAGAATCg < 1:10743456/101‑1 (MQ=255) aaTGTAGCGATGAGACAACGTCGCCGCTGCAACAATTGCCGGGTCAGTAATTTGCACATGGTGGTGCAATTCGTAACGTTCTTTCAGGCCACGCAGAATCg > 1:9532869/1‑101 (MQ=255) aTGTAGCGATGAGACAACGTCGCCGCTGCAACAATTGCCGGGTCAGTAATTTGCACATGGTGGTGCAATTCGTAACGTTCTTTCAGGCCACGCAGAATCGc < 1:13386293/101‑1 (MQ=255) aTGTAGCGATGAGACAACGTCGCCGCTGCAACAATTGCCGGGTCAGTAATTTGCACATGGTGGTGCAATTCGTAACGTTCTTTCAGGCCACGCAGAATCGc < 1:6006766/101‑1 (MQ=255) gTAGCGATGAGACAACGTCGCCGCTGCAACAATTGCCGGGTCAGTAATTTGCACATGGTGGTGCAATTCGTAACGTTCTTTCAGGCCACGCAGAATCGCaa > 1:13307173/1‑101 (MQ=255) tAGCGATGAGACAACGTCGCCGCTGCAACAATTGCCGGGTCAGTAATTTGCACATGGTGGTGCAATTCGTAACGTTCTTTCAGGCCACGCAGAATCGCAAt > 1:4122572/1‑101 (MQ=255) tAGCGATGAGACAACGTCGCCGCTGCAACAATTGCCGGGTCAGTAATTTGCACATGGTGGTGCAATTCGTAACGTTCTTTCAGGCCACGCAGAATCGCAAt < 1:1895221/101‑1 (MQ=255) aGCGATGAGACAACGTCGCCGCTGCAACAATTGCCGGGTCAGTAATTTGCACATGGTGGTGCAATTCGTAACGTTCTTTCAGGCCACGCAGAATCGCAATg < 1:3761427/101‑1 (MQ=255) gCGATGAGACAACGTCGCCGCTGCAACAATTGCCGGGTCAGTAATTTGCACATGGTGGTGCAATTCGTAACGTTCTTTCAGGCCACGCAGAATCGCAATgg < 1:1447162/101‑1 (MQ=255) gATGAGACAACGTCGCCGCTGCAACAATTGCCGGGTCAGTAATTTGCACATGGTGGTGCAATTCGTAACGTTCTTTCAGGCCACGCAGAATCGCAATGGTa < 1:2906369/101‑1 (MQ=255) gagaCAACGTCGCCGCTGCAACAATTGCCGGGTCAGTAATTTGCACATGGTGGTGCAATTCGTAACGTTCTTTCAGGCCACGCAGAATCGCAATGGTATCt < 1:323736/101‑1 (MQ=255) gagaCAACGTCGCCGCTGCAACAATTGCCGGGTCAGTAATTTGCACATGGTGGTGCAATTCGTAACGTTCTTTCAGGCCACGCAGAATCGCAATGGTATCt < 1:5821283/101‑1 (MQ=255) gagaCAACGTCGCCGCTGCAACAATTGCCGGGTCAGTAATTTGCACATGGTGGTGCAATTCGTAACGTTCTTTCAGGCCACGCAGAATCGCAATGGTATCt < 1:13189013/101‑1 (MQ=255) gaCAACGTCGCCGCTGCAACAATTGCCGGGTCAGTAATTTGCACATGGTGGTGCAATTCGTAACGTTCTTTCAGGCCACGCAGAATCGCAATGGTATCTTc < 1:7894947/101‑1 (MQ=255) cAACGTCGCCGCTGCAACAATTGCCGGGTCAGTAATTTGCACATGGTGGTGCAATTCGTAACGTTCTTTCAGGCCACGCAGAATCGCAATGGTATCTTCaa < 1:8326762/101‑1 (MQ=255) cGTCGCCGCTGCAACAATTGCCGGGTCAGTAATTTGCACATGGTGGTGCAATTCGTAACGTTCTTTCAGGCCACGCAGAATCGCAATGGTATCTTCAACAg > 1:12994981/1‑101 (MQ=255) cGTCGCCGCTGCAACAATTGCCGGGTCAGTAATTTGCACATGGTGGTGCAATTCGTAACGTTCTTTCAGGCCACGCAGAATCGCAATGGTATCTTCAACAg < 1:10487383/101‑1 (MQ=255) gTCGCCGCTGCAACAATTGCCGGGTCAGTAATTTGCACATGGTGGTGCAATTCGTAACGTTCTTTCAGGCCACGCAGAATCGCAATGGTATCTTCAACAGa > 1:11594429/1‑101 (MQ=255) ccgcTGCAACAATTGCCGGGTCAGTAATTTGCACATGGTGGTGCAATTCGTAACGTTCTTTCAGGCCACGCAGAATCGCAATGGTATCTTCAACAGAAGGc > 1:4926236/1‑101 (MQ=255) cgcTGCAACAATTGCCGGGTCAGTAATTTGCACATGGTGGTGCAATTCGTAACGTTCTTTCAGGCCACGCAGAATCGCAATGGTATCTTCAACAGAAGGCt < 1:10018499/101‑1 (MQ=255) gcTGCAACAATTGCCGGGTCAGTAATTTGCACATGGTGGTGCAATTCGTAACGTTCTTTCAGGCCACGCAGAATCGCAATGGTATCTTCAACAGAAGGCTc > 1:8732172/1‑101 (MQ=255) caacaaTTGCCGGGTCAGTAATTTGCACATGGTGGTGCAATTCGTAACGTTCTTTCAGGCCACGCAGAATCGCAATGGTATCTTCAACAGAAGGCTCGGca < 1:11849600/101‑1 (MQ=255) caacaaTTGCCGGGTCAGTAATTTGCACATGGTGGTGCAATTCGTAACGTTCTTTCAGGCCACGCAGAATCGCAATGGTATCTTCAACAGAAGGCTCGGca > 1:11335608/1‑101 (MQ=255) aacaaTTGCCGGGTCAGTAATTTGCACATGGTGGTGCAATTCGTAACGTTCTTTCAGGCCACGCAGAATCGCAATGGTATCTTCAACAGAAGGCTCGGcaa > 1:9675745/1‑101 (MQ=255) acaaTTGCCGGGTCAGTAATTTGCACATGGTGGTGCAATTCGTAACGTTCTTTCAGGCCACGCAGAATCGCAATGGTATCTTCAACAGAAGGCTCGGcaac < 1:356029/101‑1 (MQ=255) aTTGCCGGGTCAGTAATTTGCACATGGTGGTGCAATTCGTAACGTTCTTTCAGGCCACGCAGAATCGCAATGGTATCTTCAACAGAAGGCTCGGCaacaaa > 1:7761256/1‑101 (MQ=255) cGGGTCAGTAATTTGCACATGGTGGTGCAATTCGTAACGTTCTTTCAGGCCACGCAGAATCGCAATGGTATCTTCAACAGAAGGCTCGGCAACAAACACtt < 1:2568376/101‑1 (MQ=255) 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caTGGTGGTGCAATTCGTAACGTTCTTTCAGGCCACGCAGAATCGCAATGGTATCTTCAACAGAAGGCTCGGCAACAAACACTTTCTGGAAACGACGTTcc < 1:1039933/101‑1 (MQ=255) accgtggtgGACCTCGTAGCGTTCCTTCAGGCCACGCAGAATGCCAATGGCGTCCTCAACGCTCGGCTCACCGACAAAGACCTGCTGGAAACGACGCTCCa < 1:7505460/98‑1 (MQ=255) accgtggtgGACCTCGTAGCGTTCCTTCAGGCCACGCAGAATGCCAATGGCGTCCTCAACGCTCGGCTCACCGACAAAGACCTGCTGGAAACGACGCTCCa > 1:12595206/4‑101 (MQ=255) accgtggtgGACCTCGTAGCGTGCCTTCAGGCCACGCAGAATGCCAATGGCGTCCTCAACGCTCGGCTCACCGACAAAGACCTGCTGGAAACGACGCTCCa < 1:4386422/98‑1 (MQ=255) tggtggTGCAATTCGTAACGTTCTTTCAGGCCACGCAGAATCGCAATGGTATCTTCAACAGAAGGCTCGGCAACAAACACTTTCTGGAAACGACGTTCCAg > 1:13618382/1‑101 (MQ=255) tggtggTGCAATTCGTAACGTTCTTTCAGGCCACGCAGAATCGCAATGGTATCTTCAACAGAAGGCTCGGCAACAAACACTTTCTGGAAACGACGTTCCAg < 1:4573553/101‑1 (MQ=255) ggtggtGCAATTCGTAACGTTCTTTCAGGCCACGCAGAATCGCAATGGTATCTTCAACAGAAGGCTCGGCAACAAACACTTTCTGGAAACGACGTTCCAgc > 1:3119326/1‑101 (MQ=255) cgtggtgGACCTCGTAGCGTTCCTTCAGGCCACGCAGAATGCCAATGGCGTCCTCAACGCTCGGCTCACCGACAAAGACCTGCTGGAAACGACGCTCCAgc > 1:4866573/2‑101 (MQ=255) gtggtgGACCTCGTAGCGTTCCTTCAGGCCACGCAGAATGCCAATGGCGTCCTCAACGCTCGGCTCACCGACAAAGACCTGCTGTAAACGACGCTCCAgcg > 1:7675056/1‑101 (MQ=255) cAATTCGTAACGTTCTTTCAGGCCACGCAGAATCGCAATGGTATCTTCAACAGAAGGCTCGGCAACAAACACTTTCTGGAAACGACGTCCCAGCGCAGCAt > 1:12714323/1‑101 (MQ=255) | GGTCGATGGCTTTATCCGGCAGCTGACGGTCAGCAATGTAGCGATGAGACAACGTCGCCGCTGCAACAATTGCCGGGTCAGTAATTTGCACATGGTGGTGCAATTCGTAACGTTCTTTCAGGCCACGCAGAATCGCAATGGTATCTTCAACAGAAGGCTCGGCAACAAACACTTTCTGGAAACGACGTTCCAGCGCAGCAT > NC_007779/2731653‑2731853 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 24 ≤ ATCG/ATCG < 31 ≤ ATCG/ATCG < 35 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |