Predicted mutation | |||||||
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evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
RA | NC_007779 | 2,908,106 | G→A | 4.9% | L73L (CTG→TTG) | pyrG ← | CTP synthetase |
Read alignment evidence... | ||||||||||
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seq id | position | change | freq | score | reads | annotation | genes | product | ||
* | NC_007779 | 2,908,106 | 0 | G→A | 4.9% | 19.5 0.0 ‑0.2 | 224 | L73L (CTG→TTG) | pyrG | CTP synthetase |
Reads supporting (aligned to +/- strand): new base (6/5): ref base (112/101): total (118/106) | ||||||||||
Fisher's exact test strand distribution p-value = 1.00e+00 | ||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support polymorphism than reference p-value = 6.79e-01 |
Only 100 of 263 total aligned reads displayed.
CCGCGGCGTTCTTTACGCAGAACGTCAGAGTAGATACGACCCGTGGTGAAGTTGTTGCGGCGGCTCATTTTGGTACGAATGAAACGCTCGTAGTGCCCCAGGTCCAGGTCGGTTTCAGCGCCGTCTTCAGTAACGAACACTTCCCCGTGTTGGATTGGGCTCATAGTACCTGGATCGACGTTGATGTACGGATCCAGTTTC > NC_007779/2908006‑2908206 | ccGCGGCGTTCTTTACGCAGAACGTCAGAGTAGATACGACCCGTGGTGAAGTTGTTGCGGCGGCTCATTTTGGTACGAATGAAACGCTCGTAGTGCCccag < 1:4664671/101‑1 (MQ=255) gcggcgTTCTTTACGCAGAACGTCAGAGTAGATACGACCCGTGGTGAAGTTGTTGCGGCGGCTCATTTTGGTACGAATGAAACGCTCGTAGTGCCccaggt < 1:6764338/101‑1 (MQ=255) gcggcgTTCTTTACGCAGAACGTCAGAGTAGATACGACCCGTGGTGAAGTTGTTGCGGCGGCTCATTTTGGTACGAATGAAACGCTCGTAGTGCCccaggt < 1:6071681/101‑1 (MQ=255) ggcgTTCTTTACGCAGAACGTCAGAGTAGATACGACCCGTGGTGAAGTTGTTGCGGCGGCTCATTTTGGTACGAATGAAACGCTCGTAGTGCCccaggtcc < 1:13012474/101‑1 (MQ=255) cgTTCTTTACGCAGAACGTCAGAGTAGATACGACCCGTGGTGAAGTTGTTGCGGCGGCTCATTTTGGTACGAATGAAACGCTCGTAGTGCCccaggtccag < 1:1085406/101‑1 (MQ=255) gTTCTTTACGCAGAACGTCAGTGTAGATACGACCCGTGGTGAAGTTGTTGCGGCAGCTCATTTTGGTACGAATGAAACGCTCGTAGTGCCccaggtccagg > 1:3789967/1‑101 (MQ=255) gTTCTTTACGCAGAACGTCAGAGTAGATACGACCCGTGGTGAAGTTGTTGCGGCGGCTCATTTTGGTACGAATGAAACGCTCGTAGTGCCccaggtccagg > 1:478390/1‑101 (MQ=255) ttCTTTACGCAGAACGTCAGAGTAGATACGACCCGTGGTGAAGTTGTTGCGGCGGCTCATTTTGGTACGAATGAAACGCTCGTAGTGCCccaggtccaggt < 1:14156522/101‑1 (MQ=255) tCTTTACGCAGAACGTCAGAGTAGATACGACCCGTGGTGAAGTTGTTGCGGCGGCTCATTTTGGTACGAATGAAACGCTCGTAGTGCCCcaggtccaggtc > 1:13334986/1‑101 (MQ=255) tttACGCAGAACGTCAGAGTAGATACGACCCGTGGTGAAGTTGTTGCGGCGGCTCATTTTGGTACGAATGAAACGCTCGTAGTGCCCCAGGTCCAGGTCgg < 1:8774574/101‑1 (MQ=255) tACGCAGAACGTCAGAGTAGATACGACCCGTGGTGAAGTTGTTGCGGCGGCTCATTTTGGTACGAATGAAACGCTCGTAGTGCCCCAGGTCCAGGTCGGtt < 1:2791196/101‑1 (MQ=255) tACGCAGAACGTCAGAGTAGATACGACCCGTGGTGAAGTTGTTGCGGCGGCTCATTTTGGTACGAATGAAACGCTCGTAGTGCCCCAGGTCCAGGTCGGtt < 1:13964232/101‑1 (MQ=255) cGCAGAACGTCAGAGTAGATACGACCCGTGGTGAAGTTGTTGCGGCGGCTCATTTTGGTACGAATGAAACGCTCGTAGTGCCCCAGGTCCAGGTCGGTTTc > 1:116648/1‑101 (MQ=255) gCAGAACGTCAGAGTAGATACGACCCGTGGTGAAGTTGTTGCGGCGGCTCATTTTGGTACGAATGAAACGCTCGTAGTGCCCCAGGTCCAGGTCGGTTTCa < 1:12205485/101‑1 (MQ=255) gCAGAACGTCAGAGTAGATACGACCCGTGGTGAAGTTGTTGCGGCGGCTCATTTTGGTACGAATGAAACGCTCGTAGTGCCCCAGGTCCAGGTCGGTTTCa > 1:2626237/1‑101 (MQ=255) gCAGAACGTCAGAGTAGATACGACCCGTGGTGAAGTTGTTGCGGCGGCTCATTTTGGTACGAATGAAACGCTCGTAGTGCCCCAGGTCCAGGTCGGTTTCa < 1:2614111/101‑1 (MQ=255) gCAGAACGTCAGAGTAGATACGACCCGTGGTGAAGTTGTTGCGGCGGCTCATTTTGGTACGAATGAAACGCTCGTAGTGCCCCAGGTCCAGGTCGGTTTCa > 1:10237236/1‑101 (MQ=255) cAGAACGTCAGAGTAGATACGACCCGTGGTGAAGTTGTTGCGGCGGCTCATTTTGGTACGAATGAAACGCTCGTAGTGCCCCAGGTCCAGGTCGGTTTCAg > 1:5895347/1‑101 (MQ=255) aGAACGTCAGAGTAGATACGACCCGTGGTGAAGTTGTTGCGGCGGCTCATTTTGGTACGAATGAAACGCTCGTAGTGCCCCAGGTCCAGGTCGGTTTCAgc > 1:6264937/1‑101 (MQ=255) gAACGTCAGAGTAGATACGACCCGTGGTGAAGTTGTTGCGGCGGCTCATTTTGGTACGAATGAAACGCTCGTAGTGCCCCAGGTCCAGGTCGGTTTCAgcg < 1:4836874/101‑1 (MQ=255) 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gagTAGATACGACCCGTGGTGAAGTTGTTGCGGCGGCTCATTTTGGTACGAATGAAACGCTCGTAGTGCCCCAGGTCCAGGTCGGTTTCAGCGCCGTCTTc > 1:518485/1‑101 (MQ=255) agTAGATACGACCCGTGGTGAAGTTGTTGCGGCGGCTCATTTTGGTACGAATGAAACGCTCGTAGTGCCCCAGGTCCAGGTCGGTTTCAGCGCCGTCTTCa < 1:9293833/101‑1 (MQ=255) agTAGATACGACCCGTGGTGAAGTTGTTGCGGCGGCTCATTTTGGTACGAATGAAACGCTCGTAGTGCCCCAGGTCCAGGTCGGTTTCAGCGCCGTCTTCa < 1:11579782/101‑1 (MQ=255) gTAGATACGACCCGTGGTGAAGTTGTTGCGGCGGCTCATTTTGGTACGAATGAAACGCTCGTAGTGCCCCAGGTCCAGGTCGGTTTCAGCGCCGTCTTCAg > 1:1183918/1‑101 (MQ=255) tAGATACGACCCGTGGTGAAGTTGTTGCGGCGGCTCATTTTGGTACGAATGAAACGCTCGTAGTGCCCCAGGTCCAGGTCGGTTTCAGCGCCGGCTTCAGt > 1:2473806/1‑101 (MQ=255) aGATACGACCCGTGGTGAAGTTGTTGCGGCGGCTCATTTTGGTACGAATGAAACGCTCGTAGTGCCCCAGGTCCAGGTCGGTTTCAGCGCCGTCTTCAGTa < 1:7590857/101‑1 (MQ=255) tACGACCCGTGGTGAAGTTGTTGCGGCGGCTCATTTTGGTACGAATGAAACGCTCGTAGTGCCCCAGGTCCAGGTCGGTTTCAGCGCCGTCTTCAGTAACg < 1:7636114/101‑1 (MQ=255) aCGACCCGTGGTGAAGTTGTTGCGGCGGCTCATTTTGGTACGAATGAAACGCTCGTAGTGCCCCAGGTCCAGGTCGGTTTCAGCGCCGTCTTCAGTAACGa < 1:11493575/101‑1 (MQ=255) aCGACCCGTGGTGAAGTTGTTGCGGCGGCTCATTTTGGTACGAATGAAACGCTCGTAGTGCCCCAGGTCCAGGTCGGTTTCAGCCCCGTCTTCAGTAACGa > 1:12641840/1‑101 (MQ=255) gACCCGTGGTGAAGTTGTTGCGGCGGCTCATTTTGGTACGAATGAAACGCTCGTAGTGCCCCAGGTCCAGGTCGGTTTCAGCGCCGTCTTCAGTAACGAac > 1:4640947/1‑101 (MQ=255) gACCCGTGGTGAAGTTGTTGCGGCGGCTCATTTTGGTACGAATGAAACGCTCGTAGTGACCCAGGTCCAGGTCGGTTTCAGCGCCGTCTTCAGTAACGAac > 1:1730632/1‑101 (MQ=255) aCCCGTGGTGAAGTTGTTGCGGCGGCTCATTTTGGTACGAATGAAACGCTCGTAGTGCCCCAGGTCCAGGTCGGTTTCAGCGCCGTCTTCAGTAACGAaca > 1:8062863/1‑101 (MQ=255) cccGTGGTGAAGTTGTTGCGGCGGCTCATTTTGGTACGAATGAAACGCTCGTAGTGCCCCAGGTCCAGGTCGGTTTCAGCGCCGTCTTCAGTAACGAacac > 1:2168102/1‑101 (MQ=255) ccGTGGTGAAGTTGTTGCGGCGGCTCATTTTGGTACGAATGAAACGCTCGTAGTGCCCCAGGTCCAGGTCGGTTTCAGCGCCGTCTTCAGTAACGAACACt < 1:4343120/101‑1 (MQ=255) tggtgAAGTTGTTGCGGCGGCTCATTTTGGTACGAATGAAACGCTCGTAGTGCCCCAGGTCCAGGTCGGTTTCAGCGCCGTCTTCAGTAACGAACACTTcc < 1:7874953/101‑1 (MQ=255) ggtgAAGTTGTTGCGGCGGCTCATTTTGGGACGAATAAAACGCTCGTAGTGCCCCAGGTCCAGGTCGGTTTCAGCGCCGTCTTCAGTAACGAGCACTTccc > 1:13395350/1‑101 (MQ=255) gtgAAGTTGTTGCGGCGGCTCATTTTGGTACGAATGAAACGCTCGTAGTGCCCCAGGTCCAGGTCGGTTTCAGCGCCGTCTTCAGTAACGAACACTTcccc > 1:9735378/1‑101 (MQ=255) gAAGTTGTTGCGGCGGCTCATTTTGGTACGAATGAAACGCTCGTAGTGCCCCAGGTCCAGGTCGGTTTCAGCGCCGTCTTCAGTAACGAACACTTCCCCgt > 1:5602887/1‑101 (MQ=255) gAAGTTGTTGCGGCGGCTCATTTTGGTACGAATGAAACGCTCGTAGTGCCCCAGGTCCAGGTCGGTTTCAGCGCCGTCTTCAGTAACGAACACTTCCCCgt > 1:10435209/1‑101 (MQ=255) gAAGTTGTTGCGGCGGCTCATTTTGGTACGAATGAAACGCTCGTAGTGCCCCAGGTCCAGGTCGGTTTCAGCGCCGTCTTCAGTAACGAACACTTCCCCgt > 1:7227231/1‑101 (MQ=255) gAAGTTGTTGCGGCGGCTCATTTTGGTACGAATGAAACGCTCGTAGTGCCCCAGGTCCAGGTCGGTTTCAGCGCCGTCTTCAGTAACGAACACTTCCCCgt < 1:4080648/101‑1 (MQ=255) aaGTTGTTGCGGCGGCTCATTTTGGTACGAATGAAACGCTCGTAGTGCCCCAGGTCCAGGTCGGTTTCAGCGCCGTCTTCAGTAACGAACACTTCCCCgtg > 1:2251359/1‑101 (MQ=255) aGTTGTTGCGGCGGCTCATTTTGGTACGAATGAAACGCTCGTAGTGCCCCAGGTCCAGGTCGGTTTCAGCGCCGTCTTCAGTAACGAACACTTCCCCgtgt < 1:9470540/101‑1 (MQ=255) gttgttGCGGCGGCTCATTTTGGTACGAATGAAACGCTCGTAGTGCCCCAGGTCCAGGTCGGTTTCAGCGCCGTCTTCAGTAACGAACACTTCCCCGTGtt < 1:12733201/101‑1 (MQ=255) ttgCGGCGGCTCATTTTGGTACGAATGAAACGCTCGTAGTGCCCCAGGTCCAGGTCGGTTTCAGCGCCGTCTTCAGTAACGAACACTTCCCCGTGTTGGAt < 1:4187671/101‑1 (MQ=255) tgCGGCGGCTCATTTTGGTACGAATGAAACGCTCGTAGTGCCCCAGGTCCAGGTCGGTTTCAGCGCCGTCTTCAGTAACGAACACTTCCCCGTGTTGGAtt > 1:12063701/1‑101 (MQ=255) tgCGGCGGCTCATTTTGGTACGAATGAAACGCTCGTAGTGCCCCAGGTCCAGGTCGGTTTCAGCGCCGTCTTCAGTAACGAACACTTCCCCGTGTTGGAtt < 1:1511439/101‑1 (MQ=255) tgCGGCGGCTCATTTTGGTACGAATGAAACGCTCGTAGTGCCCCAGGTCCAGGTCGGTTTCAGCGCCGTCTTCAGTAACGAACACTTCCCCGTGTTGGAtt > 1:9172156/1‑101 (MQ=255) 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cTCATTTTGGTACGAATGAAACGCTCGTAGTGCCCCAGGTCCAGGTCGGTTTCAGCGCCGTCTTCAGTAACGAACACTTCCCCGTGTTGGATTGGGCTCAt > 1:2414909/1‑101 (MQ=255) cTCATTTTGGTACGAATGAAACGCTCGTAGTGCCCCAGGTCCAGGTCGGTTTCAGCGCCGTCTTCAGTAACGAACACTTCCCCGTGTTGGATTGGGCTCAt < 1:3486918/101‑1 (MQ=255) cATTTTGGTACGAATGAAACGCTCGTAGTGCCCCAGGTCCAGGTCGGTTTCAGCGCCGTCTTCAGTAACGAACACTTCCCCGTGTTGGATTGGGCTCATAg < 1:8214707/101‑1 (MQ=255) aTTTTGGTACGAATGAAACGCTCGTAGTGCCCCAGGTCCAGGTCGGTTTCAGCGCCGTCTTCAGTAACGAACACTTCCCCGTGTTGGATTGGGCTCATAGt > 1:8491765/1‑101 (MQ=255) aTTTTGGTACGAATGAAACGCTCGTAGTGCCCCAGGTCCAGGTCGGTTTCAGCGCCGTCTTCAGTAACGAACACTTCCCCGTGTTGGATTGGGCTCATAGt > 1:6339035/1‑101 (MQ=255) gTACGAATGAAACGCTCGTAGTGCCCCAGGTCCAGGTCGGTTTCAGCGCCGTCTTCAGTAACGAACACTTCCCCGTGTTGGATTGGGCTCATAGTACCTgg < 1:7286035/101‑1 (MQ=255) gTACGAATGAAACGCTCGTAGTGCCCCAGGTCCAGGTCGGTTTCAGCGCCGTCTTCAGTAACGAACACTTCCCCGTGTTGGATTGGGCTCATAGTACCTgg > 1:8944835/1‑101 (MQ=255) 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aaCTCTCGTAGTGCCCCAGGTCCAGGTCGGTTTCAGCGCCGTCTTCAGTAACGAACACTTCCCCGTGTTGGATTGGGCTCATAGTACCTGGATCGACGTTg < 1:6788247/101‑1 (MQ=255) aaCGCTCGTAGTGCCCCAGGTCCAGGTCGGTTTCAGCGCCGTCTTCAGTAACGAACACTTCCCCGTGTTGGATTGGGCTCATAGTACCTGGATCGACGTTg > 1:5947646/1‑101 (MQ=255) aaCGCTCGTAGTGCCCCAGGTCCAGGTCGGTTTCAGCGCCGTCTTCAGTAACGAACACTTCCCCGTGTTGGATTGGGCTCATAGTACCTGGATCGACGTTg > 1:11037190/1‑101 (MQ=255) aaCGCTCGTAGTGCCCCAGGTCCAGGTCGGTTTCAGCGCCGTCTTCAGTAACGAACACTTCCCCGTGTTGGATTGGGCTCATAGTACCTGGATCGACGTTg > 1:1135993/1‑101 (MQ=255) aCGCTCGTAGTGCCCCAGGTCCAGGTCGGTTTCAGCGCCGTCTTCAGTAACGAACACTTCCCCGTGTTGGATTGGGCTCATAGTACCTGGATCGACGTTGa > 1:5376106/1‑101 (MQ=255) aCGCTCGTAGTGCCCCAGGTCCAGGTCGGTTTCAGCGCCGTCTTCAGTAACGAACACTTCCCCGTGTTGGATTGGGCTCATAGTACCTGGATCGACGTTGa < 1:11202754/101‑1 (MQ=255) aCGCTCGTAGTGCCCCAGGTCCAGGTCGGTTTCAGCGCCGTCTTCAGTAACGAACACTTCCCCGTGTTGGATTGGGCTCATAGTACCTGGATCGACGTTGa > 1:3114435/1‑101 (MQ=255) 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gTGCCCCAGGTCCAGGTCGGTTTCAGCGCCGTCTTCAGTAACGAACACTTCCCCGTGTTGGATTGGGCTCATAGTACCTGGATCGACGTTGATGTACGGAt > 1:6628884/1‑101 (MQ=255) tGCCCCAAGTCCAGGTCGGTTTCTGCACCGTCTTCGGTGACGAAGACCTCGCCGTGCTGGAAGGGGTTCATGGTGCCCGGGTCCACATTGAGGTACGGATc < 1:6419667/101‑1 (MQ=255) tGCCCCAAGTCCAGGTCGGTTTCTGCACCGTCTTCGGTGACGAAGACCTCGCCGTGCTGGAAGGGGTTCATGGTGCCCGGGTCCACATTGAGGTACGGATc < 1:12129627/101‑1 (MQ=255) gCCCCAGGTCCAGGTCGGTTTCAGCGCCGTCTTCAGTAACGAACACTTCCCCGTGTTGGATTGGGCTCATAGTACCTGGATCGACGTTGATGTACGGATcc > 1:8297997/1‑101 (MQ=255) ccccAGGTCCAGGTCGGTTTCAGCGCCGTCTTCAGTAACGAACACTTCCCCGTGTTGGATTGGGCTCATAGTACCTGGATCGACGTTGATGTACGGATCCa < 1:14307258/101‑1 (MQ=255) cccAAGTCCAGGTCGGTTTCTGCACCGTCTTCGGTGACGAAGACCTCGCCGTGCTGGAAGGGGTTCATGGTGCCCGGGTCCACATTGAGGTACGGATCGAg < 1:4135194/101‑1 (MQ=255) ccaggtccaggtCGGTTTCAGCGCCGTCTTCAGTAACGAACACTTCCCCGTGTTGGATTGGGCTCATAGTACCTGGATCGACGTTGATGTACGGATCCAGt > 1:10674616/1‑101 (MQ=255) caggtccaggtcGGTTTCAGCGCCGTCTTCAGTAACGAACACTTCCCCGTGTTGGATTGGGCTCATAGTACCTGGATCGACGTTGATGTACGGATCCAGtt > 1:13737722/1‑101 (MQ=255) ggtccaggtcGGTTTCAGCGCCGTCTTCAGTAACGAACACTTCCCCGTGTTGGATTGGGCTCATAGTACCTGGATCGACGTTGATGTACGGATCCAGTTTc > 1:6993260/1‑101 (MQ=255) ggtccaggtcGGTTTCAGCGCCGTCTTCAGTAACGAACACTTCCCCGTGTTGGATTGGGCTCATAGTACCTGGATCGACGTTGATGTACGGATCCAGTTTc < 1:2879944/101‑1 (MQ=255) | CCGCGGCGTTCTTTACGCAGAACGTCAGAGTAGATACGACCCGTGGTGAAGTTGTTGCGGCGGCTCATTTTGGTACGAATGAAACGCTCGTAGTGCCCCAGGTCCAGGTCGGTTTCAGCGCCGTCTTCAGTAACGAACACTTCCCCGTGTTGGATTGGGCTCATAGTACCTGGATCGACGTTGATGTACGGATCCAGTTTC > NC_007779/2908006‑2908206 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 31 ≤ ATCG/ATCG < 35 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
Reads not counted as support for junction |
read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |