| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_007779 | 2,908,155 | T→C | 6.7% | Q56Q (CAA→CAG) | pyrG ← | CTP synthetase |
| Read alignment evidence... | ||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | change | freq | score | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_007779 | 2,908,155 | 0 | T→C | 6.7% | 32.0 ‑0.2 ‑0.3 | 222 | Q56Q (CAA→CAG) | pyrG | CTP synthetase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): new base (7/8): ref base (111/96): total (118/104) | ||||||||||
| Fisher's exact test strand distribution p-value = 7.90e-01 | ||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support polymorphism than reference p-value = 4.83e-01 | ||||||||||
Only 100 of 244 total aligned reads displayed.
AAGTTGTTGCGGCGGCTCATTTTGGTACGAATGAAACGCTCGTAGTGCCCCAGGTCCAGGTCGGTTTCAGCGCCGTCTTCAGTAACGAACACTTCCCCGTGTTGGATTGGGCTCATAGTACCTGGATCGACGTTGATGTACGGATCCAGTTTCATGATGGTCACATTGAGGCCACGGGCTTCAAGAATGGCTGCGAGGGAGG > NC_007779/2908054‑2908255 | aaGTTGTTGCGGCGGCTCATTTTGGTACGAATGAAACGCTCGTAGTGCCCCAGGT‑CAGGGCGGGTTCAGCGCCGTCTTCAGTAAAGAACACTTCCCCgggt > 1:9743850/1‑101 (MQ=255) aGTTGTTGCGGCGGCTCATTTTGGTACGAATGAAACGCTCGTAGTGCCCCAGGTCCAGGTCGGTTTCAGCGCCGTCTTCAGTAACGAACACTTCCCCgtgt < 1:9470540/101‑1 (MQ=255) aGTTGTTGCGGCGGCTCATTTTGGTACGAATGAAACGCTCGTAGTGCCCCAGGTCCAGGTCGGTTTCAGCGCCGTCTTCAGTAACGAACACTTCCCCgtgt < 1:11512907/101‑1 (MQ=255) gttgttGCGGCGGCTCATTTTGGTACGAATGAAACGCTCGTAGTGCCCCAGGTCCAGGTCGGTTTCAGCGCCGTCTTCAGTAACGAACACTTCCCCGTGtt < 1:2651891/101‑1 (MQ=255) gttgttGCGGCGGCTCATTTTGGTACGAATGAAACGCTCGTAGTGCCCCAGGTCCAGGTCGGTTTCAGCGCCGTCTTCAGTAACGAACACTTCCCCGTGtt < 1:12733201/101‑1 (MQ=255) tgttgCGGCGGCTCATTTTGGTACGAATGAAACGCTCGTAGTGCCCCAGGTCCAGGTCGGTTTCAGCGCCGTCTTCAGTAACGAACACTTCCCCGTGTTgg > 1:2450632/1‑101 (MQ=255) tgttgCGGCGGCTCATTTTGGTACGAATGAAACGCTCGTAGTGCCCCAGGTCCAGGTCGGTTTCAGCGCCGTCTTCAGTAACGAACACTTCCCCGTGTTgg > 1:2952748/1‑101 (MQ=255) gttgCGGCGGCTCATTTTGGTACGAATGAAACGCTCGTAGTGCCCCAGGTCCAGGTCGGTTTCAGCGCCGTCTTCAGTAACGAACACTTCCCCGTGTTGGa > 1:5964741/1‑101 (MQ=255) ttgCGGCGGCTCATTTTGGTACGAATGAAACGCTCGTAGTGCCCCAGGTCCAGGTCGGTTTCAGCGCCGTCTTCAGTAACGCACACTTCCCCGTGTTGGAt > 1:3214330/1‑101 (MQ=255) ttgCGGCGGCTCATTTTGGTACGAATGAAACGCTCGTAGTGCCCCAGGTCCAGGTCGGTTTCAGCGCCGTCTTCAGTAACGAACACTTCCCCGTGTTGGAt < 1:1557314/101‑1 (MQ=255) tgCGGCGGCTCATTTTGGTACGAATGAAACGCTCGTAGTGCCCCAGGTCCAGGTCGGTTTCAGCGCCGTCTTCAGTAACGAACACTTCCCCGTGTTGGAtt < 1:1511439/101‑1 (MQ=255) tgCGGCGGCTCATTTTGGTACGAATGAAACGCTCGTAGTGCCCCAGGTCCAGGTCGGTTTCAGCGCCGTCTTCAGTAACGAACACTTCCCCGTGTTGGAtt < 1:10710774/101‑1 (MQ=255) gcggcgGCTCATTTTGGTACGAATGAAACGCTCGTAGTGCCCCAGGTCCAGGTCGGTTTCAGCGCCGTCTTCAGTAACGAACACTTCCCCGTGTTGGATTg > 1:13108697/1‑101 (MQ=255) gcggcgGCTCATTTTGGTACGAATGAAACGCTCGTAGTGCCCCAGGTCCAGGTCGGTTTCAGCGCCGTCTTCAGTAACGAACACTTCCCCGTGTTGGATTg < 1:1209893/101‑1 (MQ=255) cggcggCTCATTTTGGTACGAATGAAACGCTCGTAGTGCCCCAGGTCCAGGTCGGTTTCAGCGCCGTCTTCAGTAACGAACACTTCCCCGTGTTGGATTgg < 1:8616041/101‑1 (MQ=255) ggcggcTCATTTTGGTACGAATGAAACGCTCGTAGTGCCCCAGGTCCAGGTCGGTTTCAGCGCCGTCTTCAGTAACGAACACTTCCCCGTGTTGGATTggg < 1:10972718/101‑1 (MQ=255) ggcggcTCATTTTGGTACGAATGAAACGCTCGTAGTGCCCCAGGTCCAGGTCGGTTTCAGCGCCGTCTTCAGTAACGAACACTTCCCCGTGTTGGATTggg < 1:2078062/101‑1 (MQ=255) gcTCATTTTGGTACGAATGAAACGCTCGTAGTGCCCCAGGTCCAGGTCGGTTTCAGCGCCGTCTTCAGTAACGAACACTTCCCCGTGTTGGATTGGGCTCa > 1:1798229/1‑101 (MQ=255) cTCATTTTGGTACGAATGAAACGCTCGTAGTGCCCCAGGTCCAGGTCGGTTTCAGCGCCGTCTTCAGTAACGAACACTTCCCCGTGTTGGATTGGGCTCAt < 1:11719883/101‑1 (MQ=255) cTCATTTTGGTACGAATGAAACGCTCGTAGTGCCCCAGGTCCAGGTCGGTTTCAGCGCCGTCTTCAGTAACGAACACTTCCCCGTGTTGGATTGGGCTCAt < 1:12535130/101‑1 (MQ=255) tCATTTTGGTACGAATGAAACGCTCGTAGTGCCCCAGGTCCAGGTCGGTTTCAGCGCCGTCTTCAGTAACGAACACTTCCCCGTGTTGGATTGGGCTCATa > 1:3826155/1‑101 (MQ=255) tCATTTTGGTACGAATGAAACGCTCGTAGTGCCCCAGGTCCAGGTCGGTTTCAGCGCCGTCTTCAGTAACGAACACTTCCCCGTGTTGGATTGGGCTCATa < 1:10666736/101‑1 (MQ=255) aTTTTGGTACGAATGAAACGCTCGTAGTGCCCCAGGTCCAGGTCGGTTTCAGCGCCGTCTTCAGTAACGAACACTTCCCCGTGTTGGATTGGGCTCATAGt > 1:6339035/1‑101 (MQ=255) aTTTTGGTACGAATGAAACGCTCGTAGTGCCCCAGGTCCAGGTCGGTTTCAGCGCCGTCTTCAGTAACGAACACTTCCCCGTGTTGGATTGGGCTCATAGt > 1:8491765/1‑101 (MQ=255) ttttGGTACGAATGAAACGCTCGTAGTGCCCCAGGTCCAGGTCGGTTTCAGCGCCGTCTTCAGTAACGAACACTTCCCCGTGTTGGATTGGGCTCATAGTa < 1:3335022/101‑1 (MQ=255) ggTACGAATGAAACGCTCGTAGTGCCCCAGGTCCAGGTCGGTTTCAGCGCCGTCTTCAGTAACGAACACTTCCCCGTGTTGGATTGGGCTCATAGTACCTg < 1:6006775/101‑1 (MQ=255) gAATGAAACGCTCGTAGTGCCCCAGGTCCAGGTCGGTTTCAGCGCCGTCTTCAGTAACGAACACTTCCCCGTGTTGGATTGGGCTCATAGTACCTGGATCg < 1:11685265/101‑1 (MQ=255) aggAAGCGCTCGTAATGCCCCAAGTCCAGGTCGGTTTCTGCACCGTCTTCGGTGACGAAGACCTCGCCGTGCTGGAAGGGGTTCATGGTGCCCGGGTCCAc < 1:485788/99‑1 (MQ=255) tGAAACGCTCGTAGTGCCCCAGGTCCAGGTCGGTTTCAGCGCCGTCTTCAGTAACGAACACTTCCCCGTGTTGGATTGGGCTCATAGTACCTGGATCGACg > 1:11314967/1‑101 (MQ=255) gAAGCGCTCGTAATGCCCCAAGTCCAGGTCGGTTTCTGCACCGTCTTCGGTGACGAAGACCTCGCCGTGCTGGAAGGGGTTCATGGTGCCCGGGTCCAcat > 1:12187228/1‑99 (MQ=255) aaaCGCTCGTAGTGCCCCAGGTCCAGGTCGGTTTCAGCGCCGTCTTCAGTAACGAACACTTCCCCGTGTTGGATTGGGCTCATAGTACCTGGATCGACGtt < 1:4174087/101‑1 (MQ=255) aaaCGCTCGTAGTGCCCCAGGTCCAGGTCGGTTTCAGCGCCGTCTTCAGTAACGAACACTTCCCCGTGTTGGATTGGGCTCATAGTACCTGGATCGACGtt < 1:9656275/101‑1 (MQ=255) aaaCGCTCGTAGTGCCCCAGGTCCAGGTCGGTTTCAGCGCCGTCTTCAGTAACGAACACTTCCCCGTGTTGGATTGGGCTCATAGTACCTGGATCGACGtt > 1:6577661/1‑101 (MQ=255) aaCGCTCGTAGTGCCCCAGGTCGAGGACGGGTTAAGCGCCGTCTTCAGGAACGAACACATCACCGGGTTGGATTGGGCTCATAGTACCTGGATCGaggatg > 1:1061986/1‑96 (MQ=255) aaCGCTCGTAGTGCCCCAGGTCCAGGTCGGTTTCAGCGCCGTCTTCAGTAACGAACACTTCCCCGTGTTGGATTGGGCTCATAGTACCTGGATCGACGTTg > 1:1904587/1‑101 (MQ=255) aaCGCTCGTAGTGCCCCAGGTCCAGGTCGGTTTCAGCGCCGTCTTCAGTAACGAACACTTCCCCGTGTTGGATTGGGCTCATAGTACCTGGATCGACGTTg > 1:1135993/1‑101 (MQ=255) aaCGCTCGTAGTGCCCCAGGTCCAGGTCGGTTTCAGCGCCGTCTTCAGTAACGAACACTTCCCCGTGTTGGATTGGGCTCATAGTACCTGGATCGACGTTg > 1:284510/1‑101 (MQ=255) aaCGCTCGTAGTGCCCCAGGTCCAGGTCGGTTTCAGCGCCGTCTTCAGTAACGAACACTTCCCCGTGTTGGATTGGGCTCATAGTACCTGGATCGACGTTg > 1:11037190/1‑101 (MQ=255) aCGCTCGTAGTGCCCCAGGTCCAGGTCGGTTTCAGCGCCGTCTTCAGTAACGAACACTTCCCCGTGTTGGATTGGGCTCATAGTACCTGGATCGACGTTGa > 1:5376106/1‑101 (MQ=255) aCGCTCGTAGTGCCCCAGGTCCAGGTCGGTTTCAGCGCCGTCTTCAGTAACGAACACTTCCCCGTGTTGGATTGGGCTCATAGTACCTGGATCGACGTTGa < 1:11202754/101‑1 (MQ=255) gCTCGTAGTGCCCCAGGTCCAGGTCGGTTTCAGCGCCGTCTTCAGTAACGAACACTTCCCCGTGTTGGATTGGGCTCATAGTACCTGGATCGACGTTGATg > 1:5119878/1‑101 (MQ=255) gCTCGTAGTGCCCCAGGTCCAGGTCGGTTTCAGCGCCGTCTTCAGTAACGAACACTTCCCCGTGTTGGATTGGGCTCATAGTACCTGGATCGACGTTGATg < 1:2615506/101‑1 (MQ=255) tCGTAGTGCCCCAGGTCCAGGTCGGTTTCAGCGCCGTCTTCAGTAACGAACACTTCCCCGTGTTGGATTGGGCTCATAGTACCTGGATCGACGTTGATGTa < 1:4274507/101‑1 (MQ=255) tCGTAGTGCCCCAGGTCCAGGTCGGTTTCAGCGCCGTCTTCAGTAACGAACACTTCCCCGTGTTGGATTGGGCTCATAGTACCTGGATCGACGTTGATGTa < 1:4398243/101‑1 (MQ=255) tCGTAGTGCCCCAGGTCCAGGTCGGTTTCAGCGCCGTCTTCAGTAACGAACACTTCCCCGTGTTGGATTGGGCTCATAGTACCTGGATCGACGTTGATGTa > 1:12266705/1‑101 (MQ=255) tCGTAATGCCCCAAGTCCAGGTCGGTTTCTGCACCGTCTTCGGTGACGAAGACCTCGCCGTGCTGGAAGGGGTTCATGGTGCCCGGGTCCACATTGAGGTa < 1:13598218/101‑1 (MQ=255) ccGTAATGCCCCAAGTCCAGGTCGGTTTCTACACCGTCTTCGTTGACGAAAACCTCGCCGTACTGGAAGGGGTTCATGGTGCCCGGGTACACATTGAGGTa < 1:10017755/100‑1 (MQ=255) gTAGTGCCCCAGGTCCAGGTCGGTTTCAGCGCCGTCTTCAGTAACGAACACTTCCCCGTGTTGGATTGGGCTCATAGTACCTGGATCGACGTTGATGTACg < 1:7356151/101‑1 (MQ=255) gTAGTGCCCCAGGTCCAGGTCGGTTTCAGCGCCGTCTTCAGTAACGAACACTTCCCCGTGTTGGATTGGGCTCATAGTACCTGGATCGACGTTGATGTACg < 1:11885365/101‑1 (MQ=255) gTAGTGCCCCAGGTCCAGGTCGGTTTCAGCGCCGTCTTCAGTAACGAACACTTCCCCGTGTTGGATTGGGCTCATAGTACCTGGATCGACGTTGATGTACg < 1:4099639/101‑1 (MQ=255) tAGTGCCCCAGGTCCAGGTCGGTTTCAGCGCCGTCTTCAGTAACGAACACTTCCCCGTGTTGGATTGGGCTCATAGTACCTGGATCGACGTTGATGTACgg > 1:1048807/1‑101 (MQ=255) tAGTGCCCCAGGTCCAGGTCGGTTTCAGCGCCGTCTTCAGTAACGAACACTTCCCCGTGTTGGATTGGGCTCATAGTACCTGGATCGACGTTGATGTACgg < 1:13223430/101‑1 (MQ=255) aGTGCCCCAGGTCCAGGTCGGTTTCAGCGCCGTCTTCAGTAACGAACACTTCCCCGTGTTGGATTGGGCTCATAGTACCTGGATCGACGTTGATGTACGGa > 1:3364359/1‑101 (MQ=255) atGCCCCAAGTCCAGGTCGGTTTCTGCACCGTCTTCGGTGACGAAGACCTCGCCGTGCTGGAAGGGGTTCATGGTGCCCGGGTCCACATTGAGGTACGGAt > 1:910411/2‑101 (MQ=255) ccccAGGTCCAGGTCGGTTTCAGCGCCGTCTTCAGTAACGAACACTTCCCCGTGTTGGATTGGGCTCATAGTGCCTGGATCGACGTTGATGTACGGATCCa < 1:8270229/101‑1 (MQ=255) ccccAGGTCCAGGTCGGTTTCAGCGCCGTCTTCAGTAACGAACACTTCCCCGTGTTGGATTGGGCTCATAGTACCTGGATCGACGTTGATGTACGGATCCa > 1:8053939/1‑101 (MQ=255) ccaggtccaggtCGGTTTCAGCGCCGTCTTCAGTAACGAACACTTCCCCGTGTTGGATTGGGCTCATAGTACCTGGATCGACGTTGATGTACGGATCCAGt > 1:2736180/1‑101 (MQ=255) caggtccaggtcGGTTTCAGCGCCGTCTTCAGTAACGAACACTTCCCCGTGTTGGATTGGGCTCATAGTACCTGGATCGACGTTGATGTACGGATCCAGtt > 1:13737722/1‑101 (MQ=255) caagtccaggtcGGTTTCTGCACCGTCTTCGGTGACGAAGACCTCGCCGTGCTGGAAGGGGTTCATGGTGCCCGGGTCCACATTGAGGTACGGATCGAgct > 1:2222866/4‑99 (MQ=255) aggtccaggtcGGTTTCAGCGCCGTCTTCAGTAACGAACACTTCCCCGTGTTGGATTGGGCTCATAGTACCTGGATCGACGTTGATGTACGGATCCAGttt < 1:4316612/101‑1 (MQ=255) aagtccaggtcGGTTTCTGCACCGTCTTCGGTGACGAAGACCTCGCCGTGCTGGAAGGGGTTCATGGTGCCCGGGTCCACATTGAGGTACGGATCGAGctt < 1:6862462/99‑1 (MQ=255) ggtccaggtcGGTTTCAGCGCCGTCTTCAGTAACGAACACTTCCCCGTGTTGGATTGGGCTCATAGTACCTGGATCGACGTTGATGTACGGATCCAGTTTc > 1:6993260/1‑101 (MQ=255) 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tgtTGGATTGGGCTCATAGTACCTGGATCGACGTTGATGTACGGATCCAGTTTCATGATGGTCACATTGAGGCCACGGGCTTCAAGAATGGCTGCgaggga < 1:5611368/101‑1 (MQ=255) gtTGGATTGGGCTCATAGTACCTGGATCGACGTTGATGTACGGATCCAGTTTCATGATGGTCACATTGAGGCCACGGGCTTCAAGAATGGCTGCgagggag < 1:7979491/101‑1 (MQ=255) ttGGATTGGGCTCATCGTGCCTGGATCGACGTTGATGTACGGAACCAGTTTCATGATGGTCCCATTGAGGCCACGGGCTTCAAGAATAGCTGCgagggcgg < 1:7660193/101‑1 (MQ=255) | AAGTTGTTGCGGCGGCTCATTTTGGTACGAATGAAACGCTCGTAGTGCCCCAGGTCCAGGTCGGTTTCAGCGCCGTCTTCAGTAACGAACACTTCCCCGTGTTGGATTGGGCTCATAGTACCTGGATCGACGTTGATGTACGGATCCAGTTTCATGATGGTCACATTGAGGCCACGGGCTTCAAGAATGGCTGCGAGGGAGG > NC_007779/2908054‑2908255 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 24 ≤ ATCG/ATCG < 31 ≤ ATCG/ATCG < 35 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |