| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_007779 | 2,908,179 | A→G | 7.0% | D48D (GAT→GAC) | pyrG ← | CTP synthetase |
| Read alignment evidence... | ||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | change | freq | score | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_007779 | 2,908,179 | 0 | A→G | 7.0% | 34.0 ‑0.5 ‑0.3 | 215 | D48D (GAT→GAC) | pyrG | CTP synthetase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): new base (7/8): ref base (109/89): total (117/98) | ||||||||||
| Fisher's exact test strand distribution p-value = 5.97e-01 | ||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support polymorphism than reference p-value = 5.09e-01 | ||||||||||
Only 100 of 224 total aligned reads displayed.
ACGAATGAAACGCTCGTAGTGCCCCAGGTCCAGGTCGGTTTCAGCGCCGTCTTCAGTAACGAACACTTCCCCGTGTTGGATTGGGCTCATAGTACCTGGATCGACGTTGATGTACGGATCCAGTTTCATGATGGTCACATTGAGGCCACGGGCTTCAAGAATGGCTGCGAGGGAGGCTGCGGCAATGCCTTTACCCAGAG > NC_007779/2908080‑2908279 | aCGAATGAAACGCTCGTAGTGCCCCAGGTCCAGGTCGATTTCAGCGCCGTCTTCAGTAACGAACACTTCCCCGTGTTGGATTGGGCTCATAGTACCTGGAt > 1:13585052/1‑101 (MQ=255) cGAATGAAACGCTCGTAGTGCCCCAGGTCCAGGTCGGTTTCAGCGCCCTCTTCAGTAACGAACACTTCCCCCTGTTGGGTTGGGCTCCTAATAACTGGATc > 1:14191180/1‑101 (MQ=255) gAATGAAACGCTCGTAGTGCCCCAGGTCCAGGTCGGTTTCAGCGCCGTCTTCAGTAACGAACACTTCCCCGTGTTGGATTGGGCTCATAGTACCTGGATCg > 1:3771601/1‑101 (MQ=255) gAATGAAACGCTCGTAGTGCCCCAGGTCCAGGTCGGTTTCAGCGCCGTCTTCAGTAACGAACACTTCCCCGTGTTGGATTGGGCTCATAGTACCTGGATCg > 1:4091117/1‑101 (MQ=255) gaggAAGCGCTCGTAATGCCCCAAGTCCAGGTCGGTTTCTGCACCGTCTTCGGTGACGAAGACCTCGCCGTGCTGGAAGGGGTTCATGGTGCCCGGGTcca > 1:7249012/4‑99 (MQ=255) aaTGAAACGCTCGTAGTGCCCCAGGTCCAGGTCGGTTTCAGCGCCGTCTTCAGTAACGAACACTTCCCCGTGTTGGATTGGGCTCATAGTACCTGGATCGa > 1:2734211/1‑101 (MQ=255) aggAAGCGCTCGTAATGCCCCAAGTCCAGGTCGGTTTCTGCACCGTCTTCGGTGACGAAGACCTCGCCGTGCTGGAAGGGGTTCATGGTGCCCGGGTCCAc < 1:485788/99‑1 (MQ=255) gAAGCGCTCGTAATGCCCCAAGTCCAGGTCGGTTTCTGCACCGTCTTCGGTGACGAAGACCTCGCCGTGCTGGAAGGGGTTCATGGTGCCCGGGTCCAcat > 1:11296855/1‑99 (MQ=255) aaaCGCTCGTAGTGCCCCAGGTCCAGGTCGGTTTCAGCGCCGTCTTCAGTAACGAACACTTCCCCGTGTTGGATTGGGCTCATAGTACCTGGATCGACGtt < 1:4174087/101‑1 (MQ=255) aaaCGCTCGTAGTGCCCCAGGTCCAGGTCGGTTTCAGCGCCGTCTTCAGTAACGAACACTTCCCCGTGTTGGATTGGGCTCATAGTACCTGGATCGACGtt < 1:9656275/101‑1 (MQ=255) aaCTCTCGTAGTGCCCCAGGTCCAGGTCGGTTTCAGCGCCGTCTTCAGTAACGAACACTTCCCCGTGTTGGATTGGGCTCATAGTACCTGGATCGACGTTg < 1:6788247/101‑1 (MQ=255) aaCGCTCGTAGTGCCCCAGGTCGAGGACGGGTTAAGCGCCGTCTTCAGGAACGAACACATCACCGGGTTGGATTGGGCTCATAGTACCTGGATCGaggatg > 1:1061986/1‑96 (MQ=255) aaCGCTCGTAGTGCCCCAGGTCCAGGTCGGTTTCAGCGCCGTCTTCAGTAACGAACACTTCCCCGTGTTGGATTGGGCTCATAGTACCTGGATCGACGTTg > 1:11037190/1‑101 (MQ=255) aaCGCTCGTAGTGCCCCAGGTCCAGGTCGGTTTCAGCGCCGTCTTCAGTAACGAACACTTCCCCGTGTTGGATTGGGCTCATAGTACCTGGATCGACGTTg > 1:5947646/1‑101 (MQ=255) aaCGCTCGTAGTGCCCCAGGTCCAGGTCGGTTTCAGCGCCGTCTTCAGTAACGAACACTTCCCCGTGTTGGATTGGGCTCATAGTACCTGGATCGACGTTg > 1:284510/1‑101 (MQ=255) aCGCTCGTAGTGCCCCAGGTCCAGGTCGGTTTCAGCGCCGTCTTCAGTAACGAACACTTCCCCGTGTTGGATTGGGCTCATAGTACCTGGATCGACGTTGa < 1:11202754/101‑1 (MQ=255) aCGCTCGTAGTGCCCCAGGTCCAGGTCGGTTTCAGCGCCGTCTTCAGTAACGAACACTTCCCCGTGTTGGATTGGGCTCATAGTACCTGGATCGACGTTGa > 1:5376106/1‑101 (MQ=255) aCGCTCGTAGTGCCCCAGGTCCAGGTCGGTTTCAGCGCCGTCTTCAGTAACGAACACTTCCCCGTGTTGGATTGGGCTCATAGTACCTGGATCGACGTTGa > 1:3114435/1‑101 (MQ=255) gCTCGTAGTGCCCCAGGTCCAGGTCGGTTTCAGCGCCGTCTTCAGTAACGAACACTTCCCCGTGTTGGATTGGGCTCATAGTACCTGGATCGACGTTGATg > 1:5119878/1‑101 (MQ=255) gCTCGTAGTGCCCCAGGTCCAGGTCGGTTTCAGCGCCGTCTTCAGTAACGAACACTTCCCCGTGTTGGATTGGGCTCATAGTACCTGGATCGACGTTGATg < 1:2615506/101‑1 (MQ=255) gCTCGTAGTGCCCCAGGTCCAGGTCGGTTTCAGCGCCGTCTTCAGTAACGAACACTTCCCCGTGTTGGATTGGGCTCATAGTACCCGGATCGACGTTGATg > 1:7835112/1‑101 (MQ=255) cTCGTAGTGCCCCAGGTCCAGGTCGGTTTCAGCGCCGTCTTCAGTAACGAACACTTCCCCGTGTTGGATTGGGCTCATAGTACCTGGATCGACGTTGATGt > 1:1954511/1‑101 (MQ=255) tCGTAGTGCCCCAGGTCCAGGTCGGTTTCAGCGCCGTCTTCAGTAACGAACACTTCCCCGTGTTGGATTGGGCTCATAGTACCTGGATCGACGTTGATGTa < 1:4398243/101‑1 (MQ=255) tCGTAGTGCCCCAGGGCCAGGTCGGTTTCAGCGCCGTCTTCAGTAACGAACACTTCCCCGTGTTGGATTGGGCTCATAGTACCTGGATCGACGTTGATGTa < 1:2045470/101‑1 (MQ=255) ccGTAATGCCCCAAGTCCAGGTCGGTTTCTACACCGTCTTCGTTGACGAAAACCTCGCCGTACTGGAAGGGGTTCATGGTGCCCGGGTACACATTGAGGTa < 1:10017755/100‑1 (MQ=255) gTAGTGCCCCAGGTCCAGGTCGGTTTCAGCGCCGTCTTCAGTAACGAACACTTCCCCGTGTTGGATTGGGCTCATAGTACCTGGATCGACGTTGATGTACg > 1:3322549/1‑101 (MQ=255) tAGTGCCCCAGGTCCAGGTCGGTTTCAGCGCCGTCTTCAGTAACGAACACTTCCCCGTGTTGGATTGGGCTCATAGTACCTGGATCGACGTTGATGTACgg > 1:1048807/1‑101 (MQ=255) tAGTGCCCCAGGTCCAGGTCGGTTTCAGCGCCGTCTTCAGTAACGAACACTTCCCCGTGTTGGATTGGGCTCATAGTACCTGGATCGACGTTGATGTACgg < 1:4280525/101‑1 (MQ=255) aGTGCCCCAGGTCCAGGTCGGTTTCAGCGCCGTCTTCAGTAACGAACACTTCCCCGTGTTGGATTGGGCTCATAGTACCTGGATCGACGTTGATGTACGGa < 1:11347076/101‑1 (MQ=255) gTGCCCCAGGTCCAGGTCGGTTTCAGCGCCGTCTTCAGTAACGAACACTTCCCCGTGTTGGATTGGGCTCATAGTACCTGGATCGACGTTGATGTACGGAt < 1:12207543/101‑1 (MQ=255) gCCCCAGGTCCAGGTCGGTTTCAGCGCCGTCTTCAGTAACGAACACTTCCCCGTGTTGGATTGGGCTCATAGTACCCGGATCGACGTTGATGTACGGATcc > 1:8591955/1‑101 (MQ=255) ccccAGGTCCAGGTCGGTTTCAGCGCCGTCTTCAGTAACGAACACTTCCCCGTGTTGGATTGGGCTCATAGTACCTGGATCGACGTTGATGTACGGATCCa > 1:8053939/1‑101 (MQ=255) ccccAGGTCCAGGTCGGTTTCAGCGCCGTCTTCAGTAACGAACACTTCCCCGTGTTGGATTGGGCTCATAGTACCTGGATCGACGTTGATGTACGGATCCa < 1:14307258/101‑1 (MQ=255) caggtccaggtcGGTTTCAGCGCCGTCTTCAGTAACGAACACTTCCCCGTGTTGGATTGGGCTCATAGTACCTGGATCGACGTTGATGTACGGATCCAGtt > 1:13737722/1‑101 (MQ=255) ggtccaggtcGGTTTCAGCGCCGTCTTCAGTAACGAACACTTCCCCGTGTTGGATTGGGCTCATAGTACCTGGATCGACGTTGATGTACGGATCCAGTTTc > 1:1754232/1‑101 (MQ=255) agtccaggtcGGTTTCAGCGCCGTCTTCAGTAACGAACACTTCCCCGTGTTGGATTGGGCTCATAGTACCTGGCTCGACGTTCATGTACGGATCCAGTTTc < 1:1363379/100‑1 (MQ=255) gtccaggtcGGTTTCAGCGCCGTCTTCAGTAACGAACACTTCCCCGTGTTGGATTGGGCTCATAGTACCTGGATCGACGTTGATGTACGGATCCAGTTTCa > 1:8195567/1‑101 (MQ=255) gtccaggtcGGTTTCAGCGCCGTCTTCAGTAACGAACACTTCCCCGTGTTGGATTGGGCTCATAGTACCTGGATCGACGTTGATGTACGGATCCAGTTTCa > 1:3441031/1‑101 (MQ=255) gccaggtcGGTTTCAGCGCCGTCTTCAGTAACGAACACTTCCCCGTGTTGGATTGGGCTCATAGTACCTGGATCGACGTTGATGTACGGATCCAGTTTCat < 1:13940844/100‑1 (MQ=255) ccaggtcGGTTTCAGCGCCGTCTTCAGTAACGAACACTTCCCCGTGTTGGATTGGGCTCATAGTACCTGGATCGACGTTGATGTACGGATCCAGTTTCatg > 1:14030579/1‑101 (MQ=255) ccaggtcGGTTTCAGCGCCGTCTTCAGTAACGAACACTTCCCCGTGTTGGATTGGGCTCATAGTACCTGGATCGACGTTGATGTACGGATCCAGTTTCatg < 1:2514127/101‑1 (MQ=255) ccaggtcGGTTTCAGCGCCGTCTTCAGTAACGAACACTTCCCCGTGTTGGATTGGGCTCATAGTACCTGGATCGACGTTGATGTACGGATCCAGTTTCatg < 1:6412934/101‑1 (MQ=255) caggtcGGTTTCAGCGCCGTCTTCAGTAACGAACACTTCCCCGTGTTGGATTGGGCTCATAGTACCTGGATCGACGTTGATGTACGGATCCAGTTTCatga > 1:6021937/1‑101 (MQ=255) caggtcGGTTTCAGCGCCGTCTTCAGTAACGAACACTTCCCCGTGTTGGATTGGGCTCATAGTACCTGGATCGACGTTGATGTACGGATCCAGTTTCatga < 1:13869475/101‑1 (MQ=255) aggtcGGTTTCAGCGCCGTCTTCAGTAACGAACACTTCCCCGTGTTGGATTGGGCTCATAGTTCCTGGATCGACGTTGATGTACGGATCCAGTTTCatgat < 1:9883761/101‑1 (MQ=255) tcGGTTTCAGCGCCGTCTTCAGTAACGAACACTTCCCCGTGTTGGATTGGGCTCATAGTACCTGGATCGACGTTGATGTACGGATCCAGTTTCATGATGGt < 1:8970293/101‑1 (MQ=255) tcGGTTTCAGCGCCGTCTTCAGTAACGAACACTTCCCCGTGTTGGATTGGGCTCATAGTACCTGGATCGACGTTGATGTACGGATCCAGTTTCATGATGGt < 1:8679659/101‑1 (MQ=255) tttCAGCGCCGTCTTCAGTAACGAACACTTCCCCGTGTTGGATTGGGCTCATAGTACCTGGATCGACGTTGATGTACGGATCCAGTTTCATGATGGTcaca > 1:9038105/1‑101 (MQ=255) tCAGCGCCGTCTTCAGTAACGAACACTTCCCCGTGTTGGATTGGGCTCATAGTACCTGGATCGACGTTGATGTACGGATCCAGTTTCATGATGGTCACAtt < 1:3690667/101‑1 (MQ=255) tCAGCGCCGTCTTCAGTAACGAACACTTCCCCGTGTTGGATTGGGCTCATAGTACCTGGATCGACGTTGATGTACGGATCCAGTTTCATGATGGTCACAtt < 1:3476978/101‑1 (MQ=255) aGCGCCGTCTTCAGTAACGAACACTTCCCCGTGTTGGATTGGGCTCATAGTACCTGGATCGACGTTGATGTACGGATCCAGTTTCATGATGGTCACATTGa < 1:626656/101‑1 (MQ=255) aGCGCCGTCTTCAGTAACGAACACTTCCCCGTGTTGGATTGGGCTCATAGTACCTGGATCGACGTTGATGTACGGATCCAGTTTCATGATGGTCACATTGa > 1:10367709/1‑101 (MQ=255) gcgcCGTCTTCAGTTACGAACACTTCCCCGTGTTGGATTGGGCTCATAGTACCTGGATCGACGTTGATGTACGGATCCAGTTTCATGATGGTCACATTGAg < 1:2169886/101‑1 (MQ=255) gcgcCGTCTTCAGTAACGAACACTTCCCCGTGTTGGATTGGGCTCATAGTACCTGGATCGACGTTGATGTACGGATCCAGTTTCATGATGGTCACATTGAg < 1:13370800/101‑1 (MQ=255) cgcCGTCTTCAGTAACGAACACTTCCCCGTGTTGGATTGGGCTCATAGTACCTGGATCGACGTTGATGTACGGATCCAGTTTCATGATGGTCACATTGAgg > 1:11805712/1‑101 (MQ=255) cgcCGTCTTCAGTAACGAACACTTCCCCGTGTTGGATTGGGCTCATAGTACCTGGATCGACGTTGATGTACGGATCCAGTTTCATGATGGTCACATTGAgg < 1:10175371/101‑1 (MQ=255) cTTCAGTAACGAACACTTCCCCGTGTTGGATTGGGCTCATAGTACCTGGATCGACGTTGATGTACGGATCCAGTTTCATGATGGTCACATTGAGGCCACgg < 1:9828488/101‑1 (MQ=255) cTTCAGTAACGAACACTTCCCCGTGTTGGATTGGGCTCATAGTACCTGGATCGACGTTGATGTACGGATCCAGTTTCATGATGGTCACATTGAGGCCACgg < 1:2922408/101‑1 (MQ=255) ttCAGTAACGAACACTTCCCCGTGTTGGATTGGGCTCATAGTACCTGGATCGACGTTGATGTACGGATCCAGTTTCATGATGGTCACATTGAGGCCACggg < 1:10442038/101‑1 (MQ=255) cAGTAACGAACACTTCCCCGTGTTGGATTGGGCTCATAGTACCTGGATCGACGTTGATGTACGGATCCAGTTTCATGATGGTCACATTGAGGCCACGGGCt > 1:8006854/1‑101 (MQ=255) aGTAACGAACACTTCCCCGTGTTGGATTGGGCTCATAGTACCTGGATCGACGTTGATGTACGGATCCAGTTTCATGATGGTCACATTGAGGCCACGGGCtt > 1:8139567/1‑101 (MQ=255) gTAACGAACACTTCCCCGTGTTGGATTGGGCTCATAGTACCTGGATCGACGTTGATGTACGGATCCAGTTTCATGATGGTCACATTGAGGCCACGGGCTTc > 1:7073139/1‑101 (MQ=255) 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ggATTGGGCTCATAGTACCTGGATCGACGTTGATGTACGGATCCAGTTTCATGATGGTCACATTGAGGCCACGGGCTTCAAGAATGGCTGCGAGGGAGGCt < 1:7561955/101‑1 (MQ=255) ggATTGGGCTCATAGTACCTGGATCGACGTTGATGTACGGATCCAGTTTCATGATGGTCACATTGAGGCCACGGGCTTCAAGAATGGCTGCGAGGGAGGCt < 1:13086484/101‑1 (MQ=255) ggATTGGGCTCATAGTACCTGGATCGACGTTGATGGACGGATCCAGTTTCATGATGGTCACATTGAGGCCACGGGCTTCAAGAATGGCTGCGAGGGAGGCt > 1:1914486/1‑101 (MQ=255) aTTGGGCTCATAGTACCTGGATCGACGTTGATGTACGGATCCAGTTTCATGATGGTCACATTGAGGCCACGGGCTTCAAGAATGGCTGCGAGGGAGGCTGc < 1:11363823/101‑1 (MQ=255) ttGGGCTCATAGTACCTGGATCGACGTTGATGTACGGATCCAGTTTCATGATGGTCACATTGAGGCCACGGGCTTCAAGAATGGCTGCGAGGGAGGCTGCg < 1:11616532/101‑1 (MQ=255) tGGGCTCATAGTACCTGGATCGACGTTGATGTACGGATCCAGTTTCATGATGGTCACATTGAGGCCACGGGCTTCAAGAATGGCTGCGAGGGAGGCTGCgg < 1:6444956/101‑1 (MQ=255) gCTCATAGTACCTGGATCGACGTTGATGAACGGATCCAGTTTCATGATGGTCACATTGAGGCCACGGGCTTCAAGAATGGCTGCGAGGGAGGCTGCGGCaa > 1:11549484/1‑101 (MQ=255) cTCATAGTACCTGGATCGACGTTGATGTACGGATCCAGTTTCATGATGGTCACATTGAGGCCACGGGCTTCAAGAATGGCTGCGAGGGAGGCTGCGGCAAt > 1:8821205/1‑101 (MQ=255) tCATAGTACCTGGATCGACGTTGATGTACGGATCCAGTTTCATGATGGTCACATTGAGGCCACGGGCTTCAAGAATGGCTGCGAGGGAGGCTGCGGCAATg < 1:4271371/101‑1 (MQ=255) tCATAGTACCTGGATCGACGTTGATGTACGGATCCAGTTTCATGATGGTCACATTGAGGCCACGGGCTTCAAGAATGGCTGCGAGGGAGGCTGCGGCAATg > 1:13793565/1‑101 (MQ=255) aTAGTACCTGGATCGACGTTGATGTACGGATCCAGTTTCATGATGGTCACATTGAGGCCACGGGCTTCAAGAATGGCTGCGAGGGAGGCTGCGGCAATGcc < 1:4309985/101‑1 (MQ=255) ccTGGATCGACGTTGATGTACGGATCCAGTTTCATGATGGTCACATTGAGGCCACGGGCTTCAAGAATGGCTGCGAGGGAGGCTGCGGCAATGCCTTTAcc < 1:9220656/101‑1 (MQ=255) ccTGGATCGACGTTGATGTACGGATCCAGTTTCATGATGGTCACATTGAGGCCACGGGCTTCAAGAATGGCTGCGAGGGAGGCTGCGGCAATGCCTTTAcc < 1:7401907/101‑1 (MQ=255) cTGGATCGACGTTGATGTACGGATCCAGTTTCATGATGGTCACATTGAGGCCACGGGCTTCAAGAATGGCTGCGAGGGAGGCTGCGGCAATGCCTTTAccc > 1:11149845/1‑101 (MQ=255) cTGGATCGACGTTGATGTACGGATCCAGTTTCATGATGGTCACATTGAGGCCACGGGCTTCAAGAATGGCTGCGAGGGAGGCTGCGGCAATGCCTTTAccc > 1:1512111/1‑101 (MQ=255) tGGATCGACGTTGATGTACGGATCCAGTTTCATGATGGTCACATTGAGGCCACGGGCTTCAAGAATGGCTGCGAGGGAGGCTGCGGCAATGCCTTTACCCa > 1:12796622/1‑101 (MQ=255) aTCGACGTTGATGTACGGATCCAGTTTCATGATGGTCACATTGAGGCCACGGGCTTCAAGAATGGCTGCGAGGGAGGCTGCGGCAATGCCTTTACCCagag < 1:3361251/101‑1 (MQ=255) | ACGAATGAAACGCTCGTAGTGCCCCAGGTCCAGGTCGGTTTCAGCGCCGTCTTCAGTAACGAACACTTCCCCGTGTTGGATTGGGCTCATAGTACCTGGATCGACGTTGATGTACGGATCCAGTTTCATGATGGTCACATTGAGGCCACGGGCTTCAAGAATGGCTGCGAGGGAGGCTGCGGCAATGCCTTTACCCAGAG > NC_007779/2908080‑2908279 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 24 ≤ ATCG/ATCG < 31 ≤ ATCG/ATCG < 35 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |