| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_007779 | 3,441,364 | C→T | 13.5% | R261R (CGC→CGT) | thiC → | thiamin (pyrimidine moiety) biosynthesis protein |
| Read alignment evidence... | ||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | change | freq | score | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_007779 | 3,441,364 | 0 | C→T | 13.5% | 87.6 ‑1.9 ‑0.0 | 261 | R261R (CGC→CGT) | thiC | thiamin (pyrimidine moiety) biosynthesis protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): new base (14/21): ref base (121/104): total (135/126) | ||||||||||
| Fisher's exact test strand distribution p-value = 1.48e-01 | ||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support polymorphism than reference p-value = 9.43e-01 | ||||||||||
Only 100 of 286 total aligned reads displayed.
TTGGTCGCAATTTCCTGGTAAAAGTTAACGCCAATATCGGCAACTCGGCGGTCACCTCTTCCATCGAAGAAGAAGTGGAAAAGCTGGTATGGTCCACGCGCTGGGGAGCGGATACGGTGATGGATCTCTCCACCGGTCGCTATATTCACGAAACCCGCGAGTGGATTTTGCGTAACAGCCCGGTGCCGATCGGTACAGTGC > NC_007779/3441264‑3441464 | ttGGTCGCAATTTCCTGGTAAAAGTTAACGCCAATATCGGCAACTCGGCGGTCACCTCTTCCATCGAAGAAGAAGTGGAAAAGCTGGTATGGTCCACgcgc > 1:5318434/1‑101 (MQ=255) tGGTCGCAATTTCCTGGTAAAAGTTAACGCCAATATCGGCAACTCGGCGGTCACCTCTTCCATCGAAGAAGAAGTGGAAAAGCTGGTATGGTCCACGCGCt < 1:986155/101‑1 (MQ=255) tGGTCGCAATTTCCTGGTAAAAGTTAACGCCAATATCGGCAACTCGGCGGTCACCTCTTCCATCGAAGAAGAAGTGGAAAAGCTGGTATGGTCCACGCGCt < 1:2911624/101‑1 (MQ=255) gTCGCAATTTCCTGGTAAAAGTTAACGCCAATATCGGCAACTCGGCGGTCACCTCTTCCATCGAAGAAGAAGTGGAAAAGCTGGTATGGTCCACGCGCTgg < 1:6238479/101‑1 (MQ=255) tCGCAATTTCCTGGTAAAAGTTAACGCCAATATCGGCAACTCGGCGGTCACCTCTTCCATCGAAGAAGAAGTGGAAAAGCTGGTATGGTCCACGCGCTggg > 1:11082349/1‑101 (MQ=255) gCAATTTCCTGGTAAAAGTTAACGCCAATATCGGCAACTCGGCGGTCACCTCTTCCATCGAAGAAGAAGTGGAAAAGCTGGTATGGTCCACGCGCTGGGGa > 1:6696396/1‑101 (MQ=255) cAATTTCCTGGTAAAAGTTAACGCCAATATCGGCAACTCGGCGGTCACCTCTTCCATCGAAGAAGAAGTGGAAAAGCTGGTATGGTCCACGCGCTGGGGAg < 1:6158323/101‑1 (MQ=255) aaTTTCCTGGTAAAAGTTAACGCCAATATCGGCAACTCGGCGGTCACCTCTTCCATCGAAGAAGAAGTGGAAAAGCTGGTATGGTCCACGCGCTGGGGAGc > 1:4500603/1‑101 (MQ=255) aaTTTCCTGGTAAAAGTTAACGCCAATATCGGCAACTCGGCGGTCACCTCTTCCATCGAAGAAGAAGTGGAAAAGCTGGTATGGTCCACGCGCTGGGGAGc > 1:6791585/1‑101 (MQ=255) aTTTCCTGGTAAAAGTTAACGCCAATATCGGCAACTCGGCGGTCACCTCTTCCATCGAAGAAGAAGTGGAAAAGCTGGTATGGTCCACGCGCTGGGGAGCg < 1:3457583/101‑1 (MQ=255) tttCCTGGTAAAAGTTAACGCCAATATCGGCAACTCGGCGGTCACCTCTTCCATCGAAGAAGAAGTGGAAAAGCTGGTATGGTCCACGCGCTGGGGAGCgg < 1:4988239/101‑1 (MQ=255) tGGTAAAAGTTAACGCCAATATCGGCAACTCGGCGGTCACCTCTTCCATCGAAGAAGAAGTGGAAAAGCTGGTATGGTCCACGCGCTGGGGAGCGGATACg < 1:11904227/101‑1 (MQ=255) gTAAAAGTTAACGCCAATATCGGCAACTCGGCGGTCACCTCTTCCATCGAAGAAGAAGTGGAAAAGCTGGTATGGTCCACGCGCTGGGGAGCGGATACGGt > 1:9741242/1‑101 (MQ=255) tAAAAGTTAACGCCAATATCGGCAACTCGGCGGTCACCTCTTCCATCGAAGAAGAAGTGGAAAAGCTGGTATGGTCCACGCGCTGGGGAGCGGATACGGTg > 1:2283671/1‑101 (MQ=255) aaaGTTAACGCCAATATCGGCAACTCGGCGGTCACCTCTTCCATCGAAGAAGAAGTGGAAAAGCTGGTATGGTCCACGCGCTGGGGAGCGGATACGGTGAt < 1:3722610/101‑1 (MQ=255) aaaGTTAACGCCAATATCGGCAACTCGGCGGTCACCTCTTCCATCGAAGAAGAAGTGGAAAAGCTGGTATGGTCCACGCGCTGGGGAGCGGATACGGTGAt < 1:8510767/101‑1 (MQ=255) aGTTAACGCCAATATCGGCAACTCGGCGGTCACCTCTTCCATCGAAGAAGAAGTGGAAAAGCTGGTATGGTCCACGCGCTGGGGAGCGGATACGGTGATgg < 1:6022080/101‑1 (MQ=255) aGTTAACGCCAATATCGGCAACTCGGCGGTCACCTCTTCCATCGAAGAAGAAGTGGAAAAGCTGGTATGGTCCACGCGCTGGGGAGCGGATACGGTGATgg > 1:13856364/1‑101 (MQ=255) ttAACGCCAATATCGGCAACTCGGCGGTCACCTCTTCCATCGAAGAAGAAGTGGAAAAGCTGGTATGGTCCACGCGCTGGGGAGCGGATACGGTGATGGAt < 1:2396560/101‑1 (MQ=255) ttAACGCCAATATCGGCAACTCGGCGGTCACCTCTTCCATCGAAGAAGAAGTGGAAAAGCTGGTATGGTCCACGCGCTGGGGAGCGGATACGGTGATGGAt > 1:12390089/1‑101 (MQ=255) ttAACGCCAATATCGGCAACTCGGCGGTCACCTCTTCCATCGAAGAAGAAGTGGAAAAGCTGGTATGGTCCACGCGCTGGGGAGCGGATACGGTGATGGAt > 1:2222509/1‑101 (MQ=255) tAACGCCAATATCTGCAGCTCGGCGGTCGCCTCTTCCATCGAAGAAGAAGTGGAAAAGCTGGTATGGTCCACGCGCTGGGGAGCGGATACGGGGATGGacc < 1:4605600/101‑3 (MQ=255) tAAAGCCAATATCGGCAACTCGGCGGTCACCTCTTCCATCGAAGAAGAAGTGGAAAAGCTGGTATGGTCCACGCGCTGGGGAGCGGATACGGTGATGGAtc > 1:3518652/1‑101 (MQ=255) aaCGCCAATATCGGCAACTCGGCGGTCACCTCTTCCATCGAAGAAGAAGTGGAAAAGCTGGTATGGTCCACGCGCTGGGGAGCGGATACGGTGATGGAtct > 1:10991594/1‑101 (MQ=255) aaCGCCAATATCGGCAACTCGGCGGTCACCTCTTCCATCGAAGAAGAAGTGGAAAAGCTGGTATGGTCCACGCGCTGGGGAGCGGATACGGTGATGGAtct < 1:6736368/101‑1 (MQ=255) aaCGCCAATATCGGCAACTCGGCGGTCACCTCTTCCATCGAAGAAGAAGTGGAAAAGCTGGTATGGTCCACGCGCTGGGGAGCGGATACGGTGATGGAtct > 1:10365600/1‑101 (MQ=255) aaCGCCAATATCGGCAACTCGGCGGTCACCTCTTCCATCGAAGAAGAAGTGGAAAAGCTGGTATGGTCCACGCGCTGGGGAGCGGATACGGTGATGGAtct < 1:9221292/101‑1 (MQ=255) 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ggCAACTCGGCGGTCACCTCTTCCATCGAAGAAGAAGTGGAAAAGCTGGTATGGTCCACGCGCTGGGGAGCGGATACGGTGATGGATCTCTCCACCGGTCg > 1:1285611/1‑101 (MQ=255) ggCAACTCGGCGGTCACCTCTTCCATCGAAGAAGAAGTGGAAAAGCTGGTATGGTCCACGCGCTGGGGAGCGGATACGGTGATGGATCTCTCCACCGGTCg < 1:5791289/101‑1 (MQ=255) ggCAACTCGGCGGTCACCTCTTCCATCGAAGAAGAAGTGGAAAAGCTGGTATGGTCCACGCGCTGGGGAGCGGATACGGTGATGGATCTCTCCACCGGTCg > 1:13647598/1‑101 (MQ=255) ggCAACTCGGCGGTCACCTCTTCCATCGAAGAAGAAGTGGAAAAGCTGGTATGGTCCACGCGCTGGGGAGCGGATACGGTGATGGATCTCTCCACCGGTCg > 1:1584291/1‑101 (MQ=255) ggCAACTCGGCGGTCACCTCTTCCATCGAAGAAGAAGTGGAAAAGCTGGTATGGTCCACGCGCTGGGGAGCGGATACGGTGATGGATCTCTCCACCGGTCg < 1:163093/101‑1 (MQ=255) gCAACTCGGCGGTCACCTCTTCCATCGAAGAAGAAGTGGAAAAGCTGGTATGGTCCACGCGCTGGGGAGCGGATACGGTGATGGATCTCTCCACCGGTCGc > 1:4682806/1‑101 (MQ=255) cAACTCGGCGGTCACCTCTTCCATCGAAGAAGAAGTGGAAAAGCTGGTATGGTCCACGCGCTGGGGAGCGGATACGGTGATGGATCTCTCCACCGGTCGCt > 1:5234338/1‑101 (MQ=255) cAACTCGGCGGTCACCTCTTCCATCGAAGAAGAAGTGGAAAAGCTGGTATGGTCCACGCGCTGGGGAGCGGATACGGTGATGGATCTCTCCACCGGTCGCt > 1:12652657/1‑101 (MQ=255) aaCTCGGCGGTCACCTCTTCCATCGAAGAAGAAGTGGAAAAGCTGGTATGGTCCACGCGCTGGGGAGCGGATACGGTGATGGATCTCTCCACCGGTCGCta > 1:930882/1‑101 (MQ=255) aCTCGGCGGTCACCTCTTCCATCGAAGAAGAAGTGGAAAAGCTGGTATGGTCCACGCGCTGGGGAGCGGATACGGTGATGGATCTCTCCACCGGTCGCtat < 1:10616563/101‑1 (MQ=255) gcggTCACCTCTTCCATCGAAGAAGAAGTGGAAAAGCTGGTATGGTCCACGCGCTGGGGAGCGGATACGGTGATGGATCTCTCCACCGGTCGCTATATTCa < 1:6506910/101‑1 (MQ=255) gTCACCTCTTCCATCGAAGAAGAAGTGGAAAAGCTGGTATGGTCCACGCGCTGGGGAGCGGATACGGTGATGGATCTCTCCACCGGTCGCTATATTCACGa < 1:6069757/101‑1 (MQ=255) cACCTCTTCCATCGAAGAAGAAGTGGAAAAGCTGGTATGGTCCACGCGCTGGGGAGCGGATACGGTGATGGATCTCTCCACCGGTCGCTATATTCACGaaa < 1:12557824/101‑1 (MQ=255) aCCTCTTCCATCGAAGAAGAAGTGGAAAAGCTGGTATGGTCCACGCGCTGGGGAGCGGATACGGTGATGGATCTCTCCACCGGTCGCTATATTCACGAAAc < 1:5104807/101‑1 (MQ=255) aCCTCTTCCATCGAAGAAGAAGTGGAAAAGCTGGTATGGTCCACGCGCTGGGGAGCGGATACGGTGATGGATCTCTCCACCGGTCGCTATATTAACGAAAc > 1:13932708/1‑101 (MQ=255) ccTCTTCCATCGAAGAATAAGTGGAAAAGCTGGTATGGTCCACGCGCTGGGGAGCGGATACGGTGATGGATCTCTCCACCGGTCGCTATATTCACGAAAcc < 1:6443236/101‑1 (MQ=255) ctctTCCATCGAAGAAGAAGTGGAAAAGCTGGTATGGTCCACGCGCTGGGGAGCGGATACGGTGATGGATCTCTCCACCGGTCGCTATATTCACGAAAccc > 1:13368898/1‑101 (MQ=255) tctTCCATCGAAGAAGAAGTGGAAAAGCTGGTATGGTCCACGCGCTGGGGAGCGGATACGGTGATGGATCTCTCCACCGGTCGCTATATTCACGAAACCcg > 1:12743542/1‑101 (MQ=255) tctTCCATCGAAGAAGAAGTGGAAAAGCTGGTATGGTCCACGCGCTGGGGAGCGGATACGGTGATGGATCTCTCCACCGGTCGCTATATTCACGAAACCcg > 1:3218049/1‑101 (MQ=255) tctTCCATCGAAGAAGAAGTGGAAAAGCTGGTATGGTCCACGCGCTGGGGAGCGGATACGGTGATGGATCTCTCCACCGGTCGCTATATTCACGAAACCcg > 1:11804194/1‑101 (MQ=255) ttCCATCGAAGAAGAAGTGGAAAAGCTGGTATGGTCCACGCGCTGGGGAGCGGATACGGTGATGGATCTCTCCACCGGTCGCTATATTCACGAAACCcgcg < 1:10023731/101‑1 (MQ=255) ccatctccgaagaggTGGAGAAGATGGTGTGGGCGACCCGTTGGGGCGCGGACACCATCATGGACCTGTCCACCGGTAAGGACATTCACGAAACCCGCGAg < 1:7518008/93‑1 (MQ=255) catctccgaagaggTGGAGAAGATGGTGTGGGCGACCCGTTGGGGCGCGGACACCATCATGGACCTGTCCACCGGTAAGGACATTCACGAAACCCGCGAGt < 1:14225743/94‑1 (MQ=255) catctccgaagaggTGGAGAAGATGGTGTGGGCGACCCGTTGGGGCGCGGACACCATCATGGACCTGTCCACCGGTAAGGACATTCACGAAACCCGCGAGt < 1:2592191/94‑1 (MQ=255) cATCGAAGAAGAAGTGGAAAAGCTGGTATGGTCCACGCGCTGGGGAGCGGATACGGTGATGGATCTCTCCACCGGTCGCTATATTCACGAAACCCGCGAGt > 1:2991102/1‑101 (MQ=255) tCGAAGAAGAAGTGGAAAAGCTGGTATGGTCCACGCGCTGGGGAGCGGATACGGTGATGGATCTCTCCACCGGTCGCTATATTCACGAAACCCGCGAGTgg > 1:3857038/1‑101 (MQ=255) tccgaagaggTGGAGAAGATGGTGTGGGCGACCCGTTGGGGCGCGGACACCATCATGGACCTGTCCACCGGTAAGGACATTCACGAAACCCGCGAGTGGAt > 1:2187336/4‑101 (MQ=255) gaagaagaaGTGGAAAAGCTGGTATGGTCCACGCGCTGGGGAGCGGATACGGTGATGGATCTCTCCACCGGTCGCTATATTCACGAAACCCGCGAGTGGAt > 1:9149387/1‑101 (MQ=255) gaagaagaaGTGGAAAAGCTGGTATGGTCCACGCGCTGGGGAGCGGATACGGTGATGGATCTCTCCACCGGTCGCTATATTCACGAAACCCGCGAGTGGAt < 1:13243635/101‑1 (MQ=255) ccgaagaggTGGAGAAGATGGTGTGGGCGACCCGTTGGGGCGCGGACACCATCATGGACCTGTCCACCGGTAAGGACATTCACGAAACCCGCGAGTGGAtt > 1:7456719/3‑101 (MQ=255) agaagaagTGGAAAAGCTGGTATGGTCCACGCGCTGGGGAGCGGATACGGTGATGGATCTCTCCACCGGTCGCTATATTCACGAAACCCGCGAGTGGAttt > 1:7270871/1‑101 (MQ=255) aagaagTGGAAAAGCTGGTATGGTCCACGCGCTGGGGAGCGGATACGGTGATGGATCTCTCCACCGGTCGCTATATTCACGAAACCCGCGAGTGGATTTTg > 1:82851/1‑101 (MQ=255) gcagTGGAAAAGCTGGTATGGACCACGCGCTGGGGTTTGGATACGGCGATGGATCTCTCCACCGGTCGCTATATTCACGAAACCCGCGAGTGGATTTTGCg > 1:4103637/3‑101 (MQ=255) gaggTGGAGAAGATGGTGTGGGCGACCCGTTGGGGCGCGGACACCATCATGGACCTGTCCACCGGTAAGGACATTCACGAAACCCGCGAGTGGATTCTGCg > 1:4790337/4‑101 (MQ=255) gaagTGGAAAAGCTGGTATGGTCCACGCGCTGGGGAGCGGATACGGTGATGGATCTCTCCACCGGTCGCTATATTCACGAAACCCGCGAGTGGATTTTGCg > 1:3102445/1‑101 (MQ=255) 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agatGGTGTGGGCGACCCGTTGGGGCGCGGACACCATCATGGACCTGTCCACCGGTAAGGACATTCACGAAACCCGCGAGTGGATTCTGCGTAACTCCCCg < 1:7760910/98‑1 (MQ=255) cTGGTATGGTCCACGCGCTGGGGAGCGGATACGGTGATGGATCTCTCCACCGGTCGCTATATTCACGAAACCCGCGAGTGGATTTTGCGTAACAGCCCGGt > 1:4290306/1‑101 (MQ=255) atGGTGTGGGCGACCCGTTGGGGCGCGGACACCATCATGGACCTGTCCACCGGTAAGGACATTCACGAAACCCGCGAGTGGATTCTGCGTAACTCCCCGGt < 1:12300427/100‑1 (MQ=255) tGGTGTGGGCGACCCGTTGGGGCGCGGACACCATCATGGACCTGTCCACCGGTAAGGACATTCACGAAACCCGCGAGTGGATTCTGCGTAACTCCCCGGTg < 1:8196902/101‑1 (MQ=255) tGGTATGGTCCACGCGCTGGGGAGCGGATACGGTGATGGATCTCTCCACCGGTCGCTATATTCACGAAACCCGCGAGTGGATTTTGCGTAACAGCCCGGTg > 1:11495793/1‑101 (MQ=255) aTGGTCCACGCGCTGGGGAGCGGATACGGTGATGGATCTCTCCACCGGTCGCTATATTCACGAAACCCGCGAGTGGATTTTGCGTAACAGCCCGGTGCCGa > 1:10406973/1‑101 (MQ=255) ggTCCACGCGCTGGGGAGCGGATACGGTGATGGATCTCTCCACCGGTCGCTATATTCACGAAACCCGCGAGTGGATTTTGCGTAACAGCCCGGTGCCGATc < 1:7069290/101‑1 (MQ=255) ggTCCACGCGCTGGGGAGCGGATACGGTGATGGATCTCTCCACCGGTCGCTATATTCACGAAACCCGCGAGTGGATTTTGCGTAACAGCCCGGTGCCGATc < 1:8056679/101‑1 (MQ=255) ggTCCACGCGCTGGGGAGCGGATACGGTGATGGATCTCTCCACCGGTCGCTATATTCACGAAACCCGCGAGTGGATTTTGCGTAACAGCCCGGTGCCGATc > 1:9524062/1‑101 (MQ=255) ggTCCACGCGCTGGGGAGCGGATACGGTGATGGATCTCTCCACCGGTCGCTATATTCACGAAACCCGCGAGTGGATTTTGCGTAACAGACCGGTGCCGATc > 1:4743733/1‑101 (MQ=255) cACGCGCTGGGGAGCGGATACGGTGATGGATCTCGCCACCGGTCGCTATATTCACGAAACCCGCGAGTGGATTTTGCGTAACCGCCCGGTGCCGATCGGTa < 1:275331/101‑1 (MQ=255) gcgcTGGGGAGCGGATACGGTGATGGATCTCTCCACCGGTCGCTATATTCACGAAACCCGCGAGTGGATTTTGCGTAACAGACCGGTGCCGATCGGTACAg > 1:1051899/1‑101 (MQ=255) cgcTGGGGAGCGGATACGGTGATGGATCTCTCCACCGGTCGCTATATTCACGAAACCCGCGAGTGGATTTTGCGTAACAGCCCGGTGCCGATCGGTACAGt > 1:11245433/1‑101 (MQ=255) gcTGGGGAGCGGATACGGTGATGGATCTCTCCACCGGTCGCTATATTCACGAAACCCGCGAGTGGATTTTGCGTAACAGCCCGGTGCCGATCGGTACAGTg > 1:12710164/1‑101 (MQ=255) gcTGGGGAGCGGATACGGTGATGGATCTCTCCACCGGTCGCTATATTCACGAAACCCGCGAGTGGATTTTGCGTAACAGCCCGGTGCCGATCGGTACAGTg < 1:2829481/101‑1 (MQ=255) gcTGGGGAGCGGATACGGTGATGGATCTCTCCACCGGTCGCTATATTCACGAAACCCGCGAGTGGATTTTGCGTAACAGCCCGGTGCCGATCGGTACAGTg > 1:2884439/1‑101 (MQ=255) gcTGGGGAGCGGATACGGTGATGGATCTCTCCACCGGTCGCTATATTCACGAAACCCGCGAGTGGATTTTGCGTAACAGCCCGGTGCCGATCGGTACAGTg < 1:5072938/101‑1 (MQ=255) | TTGGTCGCAATTTCCTGGTAAAAGTTAACGCCAATATCGGCAACTCGGCGGTCACCTCTTCCATCGAAGAAGAAGTGGAAAAGCTGGTATGGTCCACGCGCTGGGGAGCGGATACGGTGATGGATCTCTCCACCGGTCGCTATATTCACGAAACCCGCGAGTGGATTTTGCGTAACAGCCCGGTGCCGATCGGTACAGTGC > NC_007779/3441264‑3441464 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 23 ≤ ATCG/ATCG < 30 ≤ ATCG/ATCG < 34 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |