| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_007779 | 3,441,370 | A→C | 14.1% | G263G (GGA→GGC) | thiC → | thiamin (pyrimidine moiety) biosynthesis protein |
| Read alignment evidence... | ||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | change | freq | score | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_007779 | 3,441,370 | 0 | A→C | 14.1% | 134.3 ‑2.4 ‑0.1 | 289 | G263G (GGA→GGC) | thiC | thiamin (pyrimidine moiety) biosynthesis protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): new base (16/25): ref base (133/115): total (149/140) | ||||||||||
| Fisher's exact test strand distribution p-value = 9.32e-02 | ||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support polymorphism than reference p-value = 8.11e-01 | ||||||||||
Only 100 of 304 total aligned reads displayed.
GCAATTTCCTGGTAAAAGTTAACGCCAATATCGGCAACTCGGCGGTCACCTCTTCCATCGAAGAAGAAGTGGAAAAGCTGGTATGGTCCACGCGCTGGGGAGCGGATACGGTGATGGATCTCTCCACCGGTCGCTATATTCACGAAACCCGCGAGTGGATTTTGCGTAACAGCCCGGTGCCGATCGGTACAGTGCCGATCT > NC_007779/3441270‑3441470 | aaTTTCCTGGTAAAAGTTAACGCCAATATCGGCAACTCGGCGGTCACCTCTTCCATCGAAGAAGAAGTGGAAAAGCTGGTATGGTCCACGCGCTGGGGAGc > 1:8199133/1‑101 (MQ=255) aTTTCCTGGTAAAAGTTAACGCCAATATCGGCAACTCGGCGGTCACCTCTTCCATCGAAGAAGAAGTGGAAAAGCTGGTATGGTCCACGCGCTGGGGAGCg < 1:8291912/101‑1 (MQ=255) aTTTCCTGGTAAAAGTTAACGCCAATATCGGCAACTCGGCGGTCACCTCTTCCATCGAAGAAGAAGTGGAAAAGCTGGTATGGTCCACGCGCTGGGGAGCg < 1:6224481/101‑1 (MQ=255) tttCCTGGTAAAAGTTAACGCCAATATCGGCAACTCGGCGGTCACCTCTTCCATCGAAGAAGAAGTGGAAAAGCTGGTATGGTCCACGCGCTGGGGAGCgg > 1:9169508/1‑101 (MQ=255) tttCCTGGTAAAAGTTAACGCCAATATCGGCAACTCGGCGGTCACCTCTTCCATCGAAGAAGAAGTGGAAAAGCTGGTATGGTCCACGCGCTGGGGAGCgg < 1:4988239/101‑1 (MQ=255) ttCCTGGTAAAAGTTAACGCCAATATCGGCAACTCGGCGGTCACCTCTTCCATCGAAGAAGAAGTGGAAAAGCTGGTATGGTCCACGCGCTGGGGAGCGGa < 1:1254666/101‑1 (MQ=255) tCCTGGTAAAAGTTAACGCCAATATCGGCAACTCGGCGGTCACCTCTTCCATCGAAGAAGAAGTGGAAAAGCTGGTATGGTCCACGCGCTGGGGAGCGGAt < 1:6788541/101‑1 (MQ=255) ccTGGTAAAAGTTAACGCCAATATCGGCAACTCGGCGGTCACCTCTTCCATCGAAGAAGAAGTGGAAAAGCTGGTATGGTCCACGCGCTGGGGAGCGGATa > 1:5526049/1‑101 (MQ=255) tGGTAAAAGTTAACGCCAATATCGGCAACTCGGCGGTCACCTCTTCCATCGAAGAAGAAGTGGAAAAGCTGGTATGGTCCACGCGCTGGGGAGCGGATACg < 1:442520/101‑1 (MQ=255) gTAAAAGTTAACGCCAATATCGGCAACTCGGCGGTCACCTCTTCCATCGAAGAAGAAGTGGAAAAGCTGGTATGGTCCACGCGCTGGGGAGCGGATACGGt > 1:14317309/1‑101 (MQ=255) tAAAAGTTAACGCCAATATCGGCAACTCGGCGGTCACCTCTTCCATCGAAGAAGAAGTGGAAAAGCTGGTATGGTCCACGCGCTGGGGAGCGGATACGGTg > 1:1673494/1‑101 (MQ=255) tAAAAGTTAACGCCAATATCGGCAACTCGGCGGTCACCTCTTCCATCGAAGAAGAAGTGGAAAAGCTGGTATGGTCCACGCGCTGGGGAGCGGATACGGTg > 1:2283671/1‑101 (MQ=255) aaaGTTAACGCCAATATCGGCAACTCGGCGGTCACCTCTTCCATCGAAGAAGAAGTGGAAAAGCTGGTATGGTCCACGCGCTGGGGAGCGGATACGGTGAt > 1:3014829/1‑101 (MQ=255) aaaGTTAACGCCAATATCGGCAACTCGGCGGTCACCTCTTCCATCGAAGAAGAAGTGGAAAAGCTGGTATGGTCCACGCGCTGGGGAGCGGATACGGTGAt > 1:2797754/1‑101 (MQ=255) aaGTTAACGCCAATATCGGCAACTCGGCGGTCACCTCTTCCATCGAAGAAGAAGTGGAAAAGCTGGTATGGTCCACGCGCTGGGGAGCGGATACGGTGATg > 1:7503190/1‑101 (MQ=255) ttAACGCCAATATCGGCAACTCGGCGGTCACCTCTTCCATCGAAGAAGAAGTGGAAAAGCTGGTATGGTCCACGCGCTGGGGAGCGGATACGGTGATGGAt < 1:2396560/101‑1 (MQ=255) tAACGCCAATATCGGCAACTCGGCGGTCACCTCTTCCATCGAAGAAGAAGTGGAAAAGCTGGTATGGTCCACGCGCTGGGGAGCGGATGCGGTGATGGAtc < 1:889081/101‑1 (MQ=255) aaCGCCAATATCGGCAACTCGGCGGTCACCTCTTCCATCGAAGAAGAAGTGGAAAAGCTGGTATGGTCCACGCGCTGGGGAGCGGATACGGTGATGGAtct > 1:10991594/1‑101 (MQ=255) aCGCCAATATCGGCAACTCGGCGGTCACCTCTTCCATCGAAGAAGAAGTGGAAAAGCTGGTATGGTCCACGCGCTGGGGAGCGGATACGGTGATGGAtctc < 1:11127721/101‑1 (MQ=255) cGCCAATATCGGCAACTCGGCGGTCACCTCTTCCATCGAAGAAGAAGTGGAAACGCTGGTATGGTCCACGCGCTGGGGAGCGGATACGGTGATGGAtctct > 1:6129710/1‑101 (MQ=255) cAATATCGGCAACTCGGCGGTCACCTCTTCCATCGAAGAAGAAGTGGAAAAGCTGGTATGGTCCACGCGCTGGGGAGCGGATACGGTGATGGATCTCTCCa > 1:52104/1‑101 (MQ=255) cAATATCGGCAACTCGGCGGTCACCTCTTCCATCGAAGAAGAAGTGGAAAAGCTGGTATGGTCCACGCGCTGGGGAGCGGATACGGTGATGGATCTCTCCa > 1:2096008/1‑101 (MQ=255) atatCGGCAACTCGGCGGTCACCTCTTCCATCGAAGAAGAAGTGGAAAAGCTGGTATGGTCCACGCGCTGGGGAGCGGATACGGTGATGGATCTCTCCAcc < 1:6855764/101‑1 (MQ=255) atCGGCAACTCGGCGGTCACCTCTTCCATCGAAGAAGAAGTGGAAAAGCTGGTATGGTCCACGCGCTGGGGAGCGGATACGGTGATGGATCTCTCCACCgg > 1:11178926/1‑101 (MQ=255) atCGGCAACTCGGCGGTCACCTCTTCCATCGAAGAAGAAGTGGAAAAGCTGGTATGGTCCACGCGCTGGGGAGCGGATACGGTGATGGATCTCTCCACCgg < 1:753282/101‑1 (MQ=255) cGGCAACTCGGCGGTCACCTCTTCCATCGAAGAAGAAGTGGAAAAGCTGGTATGGTCCACGCGCTGGGGAGCGGATACGGTGATGGATCTCTCCACCGGTc < 1:4097665/101‑1 (MQ=255) cGGCAACTCGGCGGTCACCTCTTCCATCGAAGAAGAAGTGGAAAAGCTGGTATGGTCCACGCGCTGGGGAGCGGATACGGTGATGGATCTCTCCACCGGTc < 1:7324440/101‑1 (MQ=255) ggCAACTCGGCGGTCACCTCTTCCATCGAAGAAGAAGTGGAAAAGCTGGTATGGTCCACGCGCTGGGGAGCGGATACGGTGATGGATCTCTCCACCGGTCg > 1:1285611/1‑101 (MQ=255) gCAACTCGGCGGTCACCTCTTCCATCGAAGAAGAAGTGGAAAAGCTGGTATGGTCCACGCGCTGGGGAGCGGATACGGTGATGGATCTCTCCACCGGTCGc > 1:4682806/1‑101 (MQ=255) aCTCGGCGGTCACCTCTTCCATCGAAGAAGAAGTGGAAAAGCTGGTATGGTCCACGCGCTGGGGAGCGGATACGGTGATGGATCTCTCCACCGGTCGCtat > 1:5884306/1‑101 (MQ=255) cggcggTCACCTCTTCCATCGAAGAAGAAGTGGAAAAGCTGGTATGGTCCACGCGCTGGGGAGCGGATACGGTGATGGATCTCTCCACCGGTCGCTATAtt > 1:13790138/1‑101 (MQ=255) ggcggTCACCTCTTCCATCGAAGAAGAAGTGGAAAAGCTGGTATGGTCCACGCGCTGGGGAGCGGATACGGTGATGGATCTCTCCACCGGTCGCTATATTc < 1:2867776/101‑1 (MQ=255) gcggTCACCTCTTCCATCGAAGAAGAAGTGGAAAAGCTGGTATGGTCCACGCGCTGGGGAGCGGATACGGTGATGGATCTCTCCACCGGTCGCTATATTCa < 1:6506910/101‑1 (MQ=255) ggTCACCTCTTCCATCGAAGAAGAAGTGGAAAAGCTGGTATGGTCCACGCGCTGGGGAGCGGATACGGTGATGGATCTCTCCACCGGTCGCTATATTCACg > 1:5378709/1‑101 (MQ=255) ggTCACCTCTTCCATCGAAGAAGAAGTGGAAAAGCTGGTATGGTCCACGCGCTGGGGAGCGGATACGGTGATGGATCTCTCCACCGGTCGCTATATTCACg > 1:12637098/1‑101 (MQ=255) ggTCACCTCTTCCATCGAAGAAGAAGTGGAAAAGCTGGTATGGTCCACGCGCTGGGGAGCGGATACGGTGATGGATCTCTCCACCGGTCGCTATATTCACg < 1:9918772/101‑1 (MQ=255) cACCTCTTCCATCGAAGAAGAAGTGGAAAAGCTGGTATGGTCCACGCGCTGGGGAGCGGATACGGTGATGGATCTCTCCACCGGTCGCTATATTCACGaaa < 1:1241208/101‑1 (MQ=255) aCCTCTTCCATCGAAGAAGAAGTGGAAAAGCTGGTATGGTCCACGCGCTGGGGAGCGGATACGGTGATGGATCTCTCCACCGGTCGCTATATTCACGAAAc < 1:5104807/101‑1 (MQ=255) aCCTCTTCCATCGAAGAAGAAGTGGAAAAGCTGGTATGGTCCACGCGCTGGGGAGCGGATACGGTGATGGATCTCTCCACCGGTCGCTATATTCACGAAAc > 1:9241389/1‑101 (MQ=255) aCCTCTTCCATCGAAGAAGAAGTGGAAAAGCTGGTATGGTCCACGCGCTGGGGAGCGGATACGGTGATGGATCTCTCCACCGGTCGCTATATTAACGAAAc > 1:13932708/1‑101 (MQ=255) tctTCCATCGAAGAAGAAGTGGAAAAGCTGGTATGGTCCACGCGCTGGGGAGCGGATACGGTGATGGATCTCTCCACCGGTCGCTATATTCACGAAACCcg > 1:12743542/1‑101 (MQ=255) 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gaagaagaaGTGGAAAAGCTGGTATGGTCCACGCGCTGGGGAGCGGATACGGTGATGGATCTCTCCACCGGTCGCTATATTCACGAAACCCGCGAGTGGAt > 1:4564362/1‑101 (MQ=255) ccgaagaggTGGAGAAGATGGTGTGGGCGACCCGTTGGGGCGCGGACACCATCATGGACCTGTCCACCGGTAAGGACATTCACGAAACCCGCGAGTGGAtt > 1:13470900/3‑101 (MQ=255) aagaagaagTGGAAAAGCTGGTATGGTCCACGCGCTGGGGAGCGGATACGGTGATGGATCTCTCCACCGGTCGCTATATTCACGAAACCCGCGAGTGGAtt > 1:4198928/1‑101 (MQ=255) gaagaggTGGAGAAGATGGTGTGGGCGACCCGTTGGGGCGCGGACACCATCATGGACCTGTCCACCGGTAAGGACATTCACGAAACCCGCGAGTGGAttct < 1:8550167/101‑3 (MQ=255) aagaagTGGAAAAGCTGGTATGGTCCACGCGCTGGGGAGCGGATACGGTGATGGATCTCTCCACCGGTCGCTATATTCACGAAACCCGCGAGTGGATTTTg > 1:11814190/1‑101 (MQ=255) aagaagTGGAAAAGCTGGTATGGTCCACGCGCTGGGGAGCGGATACGGTGATGGATCTCTCCACCGGTCGCTATATTCACGAAACCCGCGAGTGGATTTTg > 1:10939150/1‑101 (MQ=255) agaggTGGAGAAGATGGTGTGGGCGACCCGTTGGGGCGCGGACACCATCATGGACCTGTCCACCGGTAAGGACATTCACGAAACCCGCGAGTGGATTCTGc < 1:10617124/101‑1 (MQ=255) gaggTGGAGAAGATGGTGTGGGCGACCCGTTGGGGCGCGGACACCATCATGGACCTGTCCACCGGTAAGGACATTCACGAAACCCGCGAGTGGATTCTGCg > 1:4790337/4‑101 (MQ=255) gaagTGGAAAAGCTGGTATGGTCCACGCGCTGGGGAGCGGATACGGTGATGGATCTCTCCACCGGTCGCTATATTCACGAAACCCGCGAGTGGATTTTGCg > 1:4749214/1‑101 (MQ=255) aggTGGAGAAGATGGTGTGGGCGACCCGTTGGGGCGCGGACACCATCATGGACCTGTCCACCGGTAAGGACATTCACGAAACCCGCGAGTGGATTCTGCGt > 1:1609260/3‑101 (MQ=255) aagTGGAAAAGCTGGTATGGTCCACGCGCTGGGGAGCGGATACGGTGATGGATCTCTCCACCGGTCGCTATATTCACGAAACCCGCGAGTGGATTTTGCGt < 1:1817558/101‑1 (MQ=255) gggggAGAAGATGGTGTGGGCGACCCGTTGGGGCGCGGACACCATCATGGACCTGTCCACCGGTAAGGACATTCACGAAACCCGCGAGTGGATTCTGCGTa < 1:10190391/98‑1 (MQ=255) agTGGAAAAGCTGGTATGGTCCACGCGCTGGGGAGCGGATACGGTGATGGATCTCTCCACCGGTCGCTATATTCACGAAACCCGCGAGTGGATTTTGCGTa < 1:11298948/101‑1 (MQ=255) gTGGAGAAGATGGTGTGGGCGACCCGTTGGGGCGCGGACACCATCATGGACCTGTCCACCGGTAAGGACATTCACGAAACCCGCGAGTGGATTCTGCGTaa > 1:10545644/1‑101 (MQ=255) 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aaaaGCTGGTATGGTCCACGCGCTGGGGAGCGGATACGGTGATGGATCTCTCCACCGGTCGCTATATTCACGAAACCCGCGAGTGGATTTTGCGTAACAGc > 1:3159928/1‑101 (MQ=255) aaaaGCTGGTATGGTCCACGCGCTGGGGAGCGGATACGGTGATGGATCTCTCCACCGGTCGCTATATTCACGAAACCCGCGAGTGGATTTTGCGTAACAGc > 1:6036227/1‑101 (MQ=255) aaaaGCTGGTATGGTCCACGCGCTGGGGAGCGGATACGGTGATGGATCCCTCCACCGGTCGCTATATTCACGAAACCCGCGAGTGGATTTTGCGTAACAGc < 1:11909500/101‑1 (MQ=255) aaaGCTGGTATGGTCCACGCGCTGGGGAGCGGATACGGTGATGGATCTCTCCACCGGTCGCTATATTCACGAAACCCGCGAGTGGATTTTGCGTAACAGcc > 1:2956557/1‑101 (MQ=255) aaaGCTGGTATGGTCCACGCGCTGGGGAGCGGATACGGTGATGGATCTCTCCACCGGTCGCTATATTCACGAAACCCGCGAGTGGATTTTGCGTAACAGcc < 1:3470214/101‑1 (MQ=255) aaGCTGGTATGGTCCACGCGCTGGGGAGCGGATACGGTGATGGATCTCTCCACCGGTCGCTATATTCACGAAACCCGCGAGTGGATTTTGCGTAACAGccc < 1:11319594/101‑1 (MQ=255) aaGATGGTGTGGGCGACCCGTTGGGGCGCGGACACCATCATGGACCTGTCCACCGGTAAGGACATTCACGAAACCCGCGAGTGGATTCTGCGTAActcccc < 1:355119/101‑6 (MQ=255) 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tGGGGAGCGGATACGGTGATGGATCTCTCCACCGGTCGCTATATTCACGAAACCCGCGAGTGGATTTTGCGTAACAGACCGGTGCCGATCGGTACAGTGcc > 1:698998/1‑101 (MQ=255) ggAGCGGATACGGTGATGGATCTCTCCACCGGTCGCTATATTCACGAAACCCGCGAGTGGATTTTGCGTAACAGCCCGGTGCCGATCGGTACAGTGCCGAt < 1:9806220/101‑1 (MQ=255) aGCGGATACGGTGATGGATCTCTCCACCGGTCGCTATATTCACGAAACCCGCGAGTGGATTTTGCGTAACAGCCCGGTGCCGATCGGTACAGTGCCGATCt < 1:2712195/101‑1 (MQ=255) | GCAATTTCCTGGTAAAAGTTAACGCCAATATCGGCAACTCGGCGGTCACCTCTTCCATCGAAGAAGAAGTGGAAAAGCTGGTATGGTCCACGCGCTGGGGAGCGGATACGGTGATGGATCTCTCCACCGGTCGCTATATTCACGAAACCCGCGAGTGGATTTTGCGTAACAGCCCGGTGCCGATCGGTACAGTGCCGATCT > NC_007779/3441270‑3441470 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 24 ≤ ATCG/ATCG < 31 ≤ ATCG/ATCG < 35 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |