| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_007779 | 3,441,431 | T→C | 12.4% | L284L (TTG→CTG) | thiC → | thiamin (pyrimidine moiety) biosynthesis protein |
| Read alignment evidence... | ||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | change | freq | score | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_007779 | 3,441,431 | 0 | T→C | 12.4% | 93.1 ‑2.7 ‑0.3 | 275 | L284L (TTG→CTG) | thiC | thiamin (pyrimidine moiety) biosynthesis protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): new base (11/23): ref base (121/120): total (132/143) | ||||||||||
| Fisher's exact test strand distribution p-value = 6.61e-02 | ||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support polymorphism than reference p-value = 5.40e-01 | ||||||||||
Only 100 of 293 total aligned reads displayed.
AGAAGAAGTGGAAAAGCTGGTATGGTCCACGCGCTGGGGAGCGGATACGGTGATGGATCTCTCCACCGGTCGCTATATTCACGAAACCCGCGAGTGGATTTTGCGTAACAGCCCGGTGCCGATCGGTACAGTGCCGATCTACCAGGCGCTGGAGAAGGTTAACGGGATCGCCGAAGATCTTACCTGGGAAGCGTTCCGCGA > NC_007779/3441331‑3441531 | agaagaagTGGAAAAGCTGGTATGGTCCACGCGCTGGGGAGCGGATACGGTGATGGATCTCTCCACCGGTCGCTATATTCACGAAACCCGCGAGTGGAttt > 1:509889/1‑101 (MQ=255) aagaagTGGAAAAGCTGGTATGGTCCACGCGCTGGGGAGCGGATACGGTGATGGATCTCTCCACCGGTCGCTATATTCACGAAACCCGCGAGTGGATTTTg > 1:9888068/1‑101 (MQ=255) agaggTGGAGAAGATGGTGTGGGCGACCCGTTGGGGCGCGGACACCATCATGGACCTGTCCACCGGTAAGGACATTCACGAAACCCGCGAGTGGATTCTGc < 1:10617124/101‑1 (MQ=255) gaggTGGAGAAGATGGTGTGGGCGACCCGTTGGGGCGCGGACACCATCATGGACCTGTCCACCGGTAAGGACATTCACGAAACCCGCGAGTGGATTCTGCg > 1:4790337/4‑101 (MQ=255) gaagTGGAAAAGCTGGTATGGTCCACGCGCTGGGGAGCGGATACGGTGATGGATCTCTCCACCGGTCGCTATATTCACGAAACCCGCGAGTGGATTTTGCg > 1:4749214/1‑101 (MQ=255) aggTGGAGAAGATGGTGTGGGCGACCCGTTGGGGCGCGGACACCATCATGGACCTGTCCACCGGTAAGGACATTCACGAAACCCGCGAGTGGATTCTGCGt > 1:1609260/3‑101 (MQ=255) aagTGGAAAAGCTGGTATGGTCCACGCGCTGGGGAGCGGATACGGTGATGGATCTCTCCACCGGTCGCTATATTCACGAAACCCGCGAGTGGATTTTGCGt < 1:13492324/101‑1 (MQ=255) aagTGGAAAAGCTGGTATGGTCCACGCGCTGGGGAGCGGATACGGTGATGGATCTCTCCACCGGTCGCTATATTCACGAAACCCGCGAGTGGATTTTGCGt < 1:1817558/101‑1 (MQ=255) gTGGAGAAGATGGTGTGGGCGACCCGTTGGGGCGCGGACACCATCATGGACCTGTCCACCGGTAAGGACATTCACGAAACCCGCGAGTGGATTCTGCGTaa < 1:7621200/101‑1 (MQ=255) gTGGAAAAGCTGGTATGGTCCACGCGCTGGGGAGCGGATACGGTGATGGATCTCTCCACCGGTCGCTATATTCACGAAACCCGCGAGTGGATTTTGCGTaa > 1:6502463/1‑101 (MQ=255) tGGGAAAGCTGGTATGGTCCACGCGCTGGGGAGCGGATACGGTGATGGATCTCTCCACCGGTCGCTATATTCACGAAACCCGCGAGTGGATTTTGCGTAAc > 1:9430663/1‑101 (MQ=255) tGGAGAAGATGGTGTGGGCGACCCGTTGGGGCGCGGACACCATCATGGACCTGTCCACCGGTAAGGACATTCACGAAACCCGCGAGTGGATTCTGCGTAAc < 1:6198134/101‑1 (MQ=255) ggAAAAGCTGGTATGGTCCACGCGCTGGGGAGCGGATACGGTGATGGATCTCTCCACCGGTCGCTATATTCACGAAACCCGCGAGTGGATTTTGCGTAACa < 1:12380527/101‑1 (MQ=255) aaaaGCTGGTATGGTCCACGCGCTGGGGAGCGGATACGGTGATGGATCTCTCCACCGGTCGCTATATTCACGAAACCCGCGAGTGGATTTTGCGTAACAGc > 1:6036227/1‑101 (MQ=255) aaGCTGGTATGGTCCACGCGCTGGGGAGCGGATACGGTGATGGATCTCTCCACCGGTCGCTATATTCACGAAACCCGCGAGTGGATTTTGCGTAACAGccc < 1:2561123/101‑1 (MQ=255) aaGATGGTGTGGGCGACCCGTTGGGGCGCGGACACCATCATGGACCTGTCCACCGGTAAGGACATTCACGAAACCCGCGAGTGGATTCTGCGTAActcccc < 1:3487362/101‑6 (MQ=255) agatGGTGTGGGCGACCCGTTGGGGCGCGGACACCATCATGGACCTGTCCACCGGTAAGGACATTCACGAAACCCGCGAGTGGATTCTGCGTAACTCCCCg < 1:7708115/98‑1 (MQ=255) tGGTGTGGGCGACCCGTTGGGGCGCGGACACCATCATGGACCTGTCCACCGGTAAGGACATTCACGAAACCCGCGAGTGGATTCTGCGTAACTCCCCGGTg < 1:8196902/101‑1 (MQ=255) aTGGTCCACGCGCTGGGGAGCGGATACGGTGATGGATCTCTCCACCGGTCGCTATATTCACGAAACCCGCGAGTGGATTTTGCGTAACAGCCCGGTGCCGa > 1:8151565/1‑101 (MQ=255) aTGGTCCACGCGCTGGGGAGCGGATACGGTGATGGATCTCTCCACCGGTCGCTATATTCACGAAACCCGCGAGTGGATTTTGCGTAACAGCCCGGTGCCGa > 1:10406973/1‑101 (MQ=255) tGGTCCACGCGCTGGGGAGCGGATACGGTGATGGATCTCTCCACCGGTCGCTATATTCACGAAACCCGCGAGTGGATTTTGCGTAACAGCCCGGTGCCGAt < 1:2279759/101‑1 (MQ=255) ggTCCACGCGCTGGGGAGCGGATACGGTGATGGATCTCTCCACCGGTCGCTATATTCACGAAACCCGCGAGTGGATTTTGCGTAACAGCCCGGTGCCGATc < 1:7069290/101‑1 (MQ=255) ggTCCACGCGCTGGGGAGCGGATACGGTGATGGATCTCTCCACCGGTCGCTATATTCACGAAACCCGCGAGTGGATTTTGCGTAACAGCCCGGTGCCGATc > 1:5749392/1‑101 (MQ=255) ggTCCACGCGCTGGGGAGCGGATACGGTGATGGATCTCTCCACCGGTCGCTATATTCACGAAACCCGCGAGTGGATTTTGCGTAACAGCCCGGTGCCGATc > 1:9524062/1‑101 (MQ=255) ggTCCACGCGCTGGGGAGCGGATACGGTGATGGATCTCTCCACCGGTCGCTATATTCACGAAACCCGCGAGTGGATTTTGCGTAACAGCCCGGTGCCGATc < 1:8056679/101‑1 (MQ=255) cACGCGCTGGGGAGCGGATACGGTGATGGATCTCGCCACCGGTCGCTATATTCACGAAACCCGCGAGTGGATTTTGCGTAACCGCCCGGTGCCGATCGGTa < 1:275331/101‑1 (MQ=255) gcgcTGGGGAGCGGATACGGTGATGGATCTCTCCACCGGTCGCTATATTCACGAAACCCGCGAGTGGATTTTGCGTAACAGCCCGGTGCCGATCGGTACAg > 1:222508/1‑101 (MQ=255) gcgcTGGGGAGCGGATACGGTGATGGATCTCTCCACCGGTCGCTATATTCACGAAACCCGCGAGTGGATTTTGCGTAACAGCCCGGTGCCGATCGGTACAg < 1:3591326/101‑1 (MQ=255) cgttGGGGCGCGGACACCATCATGGACCTGTCCACCGGTAAGGACATTCACGAAACCCGCGAGTGGATTCTGCGTAACTCCCCGGTGCCGGTTGGTACGGt < 1:12958439/98‑1 (MQ=255) cgcTGGGGAGCGGATACGGTGATGGATCTCTCCACCGGTCGCTATATTCACGAAACCCGCGAGTGGATTTTGCGTAACAGCCCGGTGCCGATCGGTACAGt < 1:6531377/101‑1 (MQ=255) cgcTGGGGAGCGGATACGGTGATGGATCTCTCCACCGGTCGCTATATTCACGAAACCCGCGAGTGGATTTTGCGTAACAGCCCGGTGCCGATCGGTACAGt > 1:11245433/1‑101 (MQ=255) gcTGGGGAGCGGATACGGTGATGGATCTCTCCACCGGTCGCTATATTCACGAAACCCGCGAGTGGATTTTGCGTAACAGCCCGGTGCCGATCGGTACAGTg > 1:2884439/1‑101 (MQ=255) gcTGGGGAGCGGATACGGTGATGGATCTCTCCACCGGTCGCTATATTCACGAAACCCGCGAGTGGATTTTGCGTAACAGCCCGGTGCCGATCGGTACAGTg > 1:13582358/1‑101 (MQ=255) gcTGGGGAGCGGATACGGTGATGGATCTCTCCACCGGTCGCTATATTCACGAAACCCGCGAGTGGATTTTGCGTAACAGCCCGGTGCCGATCGGTACAGTg < 1:13185667/101‑1 (MQ=255) gcTGGGGAGCGGATACGGTGATGGATCTCTCCACCGGTCGCTATATTCACGAAACCCGCGAGTGGATTTTGCGTAACAGCCCGGTGCCGATCGGTACAGTg > 1:2984907/1‑101 (MQ=255) gcTGGGGAGCGGATACGGTGATGGATCTCTCCACCGGTCGCTATATTCACGAAACCCGCGAGTGGATTTTGCGTAACAGCCCGGTGCCGATCGGTACAGTg > 1:12710164/1‑101 (MQ=255) gcTGGGGAGCGGATACGGTGATGGATCTCTCCACCGGTCGCTATATTCACGAAACCCGCGAGTAGCTTTTGCGTAACAGCCCGGTGCCGATCGGTACAGTg > 1:13882210/1‑101 (MQ=255) cTGGGGAGCGGATACGGTGATGGATCTCTCCACCGGTCGCTATATTCACGAAACCCGCGAGTGGATTTTGCGTAACAGCCCGGTGCCGATCGGTACAGTGc < 1:11657203/101‑1 (MQ=255) tGGGGAGCGGATACGGTGATGGATCTCTCCACCGGTCGCTATATTCACGAAACCCGCGAGTGGATTTTGCGTAACAGCCCGGTGCCGATCGGTACAGTGcc > 1:388288/1‑101 (MQ=255) ggggAGCGGATACGGTGATGGATCTCTCCACCGGTCGCTATATTCACGAAACCCGCGAGTGGATTTTGCGTAACAGCCCGGTGCCGATCGGTACAGTGCCg > 1:4636705/1‑101 (MQ=255) ggggAGCGGATACGGTGATGGATCTCTCCACCGGTCGCTATATTCACGAAACCCGCGAGTGGATTTTGCGTAACAGCCCGGTGCCGATCGGTACAGTGCCg < 1:11312528/101‑1 (MQ=255) ggAGCGGATACGGTGATGGATCTCTCCACCGGTCGCTATATTCACGAAACCCGCGAGTGGATTTTGCGTAACAGCCCGGTGCCGATCGGTACAGTGCCGAt < 1:9806220/101‑1 (MQ=255) gAGCGGATACGGTGATGGATCTCTCCACCGGTCGCTATATTCACGAAACCCGCGAGTGGATTTTGCGTAACAGCCCGGTGCCGATCGGTACAGTGCCGATc > 1:7835394/1‑101 (MQ=255) aGCGGATACGGTGATGGATCTCTCCACCGGTCGCTATATTCACGAAACCCGCGAGTGGATTTTGCGTAACAGCCCGGTGCCGATCGGTACAGTGCCGATCt > 1:5119823/1‑101 (MQ=255) aGCGGATACGGTGATGGATCTCTCCACCGGTCGCTATATTCACGAAACCCGCGAGTGGATTTTGCGTAACAGCCCGGTGCCGATCGGTACAGTGCCGATCt > 1:1008162/1‑101 (MQ=255) cGGATACGGTGATGGATCTCTCCACCGGTCGCTATATTCACGAAACCCGCGAGTGGATTTTGCGTAACAGCCCGGTGCCGATCGGTACAGTGCCGATCTAc > 1:7540999/1‑101 (MQ=255) cGGATACGGTGATGGATCTCTCCACCGGTCGCTATATTCACGAAACCCGCGAGTGGATTTTGCGTAACAGCCCGGTGCCGATCGGTACAGTGCCGATCTAc > 1:8892069/1‑101 (MQ=255) ggATACGGTGATGGATCTCTCCACCGGTCGCTATATTCACGAAACCCGCGAGTGGATTTTGCGTAACAGCCCGGTGCCGATCGGTACAGTGCCGATCTAcc > 1:3742448/1‑101 (MQ=255) 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aTCTCTCCACCGGTCGCTATATTCACGAAACCCGCGAGTGGATTTTGCGTAACAGCCCGGTGCCGATCGGTACAGTGCCGATCTACCAGGCGCTGGAGAAg < 1:4915365/101‑1 (MQ=255) aTCTCTCCACCGGTCGCTATATTCACGAAACCCGCGAGTGGATTTTGCGTAACAGCCCGGTGCCGATCGGTACAGTGCCGATCTACCAGGCGCTGGAGAAg < 1:12016718/101‑1 (MQ=255) tctctcCACCGGTCGCTATATTCACGAAACCCGCGAGTGGATTTTGCGTAACAGCCCGGTGCCGATCGGTACAGTGCCGATCTACCAGGCGCTGGAGAAgg > 1:11421784/1‑101 (MQ=255) ctctcCACCGGTCGCTATATTCACGAAACCCGCGAGTGGATTTTGCGTAACAGCCCGGTGCCGATCGGTACAGTGCCGATCTACCAGGCGCTGGAGAAGGt > 1:13116338/1‑101 (MQ=255) tctcCACCGGTCGCTATATTCACGAAACCCGCGAGTGGATTTTGCGTAACAGCCCGGTGCCGATCGGTACAGTGCCGATCTACCAGGCGCTGGAGAAGGtt > 1:10521799/1‑101 (MQ=255) ctcCACCGGTCGCTATATTCACGAAACCCGCGAGTGGATTTTGCGTAACAGGCCGGTGCCGATCGGTACAGTGCCGATCTACCAGGCGCTGGAGAAGGTTa > 1:10230055/1‑101 (MQ=255) tcCACCGGTCGCTATATTCACGAAACCCGCGAGTGGATTTTGCGTAACAGCCCGGTGCCGATCGGTACAGTGCCGATCTACCAGGCGCTGGAGAAGGTTaa > 1:6337374/1‑101 (MQ=255) tcCACCGGTCGCTATATTCACGAAACCCGCGAGTGGATTTTGCGTAACAGCCCGGTGCCGATCGGTACAGTGCCGATCTACCAGGCGCTGGAGAAGGTTaa > 1:8508753/1‑101 (MQ=255) ccACCGGTCGCTATATTCACGAAACCCGCGAGTGGATTTTGCGTAACAGCCCGGTGCCGAACGGTACAGTGCCGATCTACCAGGCGCTGGAGAAGGTTAAc > 1:12166592/1‑101 (MQ=255) cACCGGTCGCTATATTCACGAAACCCGCGAGTGGATTTTGCGTAACAGCCCGGTGCCGATCGGTACAGTGCCGATCTACCAGGCGCTGGAGAAGGTTAACg > 1:5875379/1‑101 (MQ=255) cACCGGTCGCTATATTCACGAAACCCGCGAGTGGATTTTGCGTAACAGCCCGGTGCCGATCGGTACAGTGCCGATCTACCAGGCGCTGGAGAAGGTTAACg < 1:4261290/101‑1 (MQ=255) cACCGGTCGCTATATTCACGAAACCCGCGAGTGGATTTTGCGTAACAGCCCGGTGCCGATCGGTACAGTGCCGATCTACCAGGCGCTGGAGAAGGTTAACg < 1:8329782/101‑1 (MQ=255) aCCGGTCGCTATATTCACGAAACCCGCGAGTGGATTTTGCGTAACAGCCCGGTGCCGATCGGTACAGTGCCGATCTACCAGGCGCTGGAGAAGGTTAACgg < 1:3688374/101‑1 (MQ=255) aCCGGTCGCTATATTCACGAAACCCGCGAGTGGATTTTGCGTAACAGCCCGGTGCCGATCGGTACAGTGCCGATCTACCAGGCGCTGGAGAAGGTTAACgg > 1:14230415/1‑101 (MQ=255) cGGTCGCTATATTCACGAAACCTGCGAGTGGATTTTGCGTAACAGCCCGGTGCCGATCGGTACAGTGCCGATCTACCAGGCGCTGGAGAAGGTTAACGGGa > 1:14062477/1‑101 (MQ=255) cGGTCGCTATATTCACGAAACCCGCGAGTGGATTTTGCGTAACAGCCCGGTGCCGATCGGTACAGTGCCGATCTACCAGGCGCTGGAGAAGGTTAACGGGa > 1:4628882/1‑101 (MQ=255) ggTCGCTATATTCACGAAACCCGCGAGTGGATTTTGCGTAACAGCCCGGTGCCGATCGGTACAGTGCCGATCTACCAGGCGCTGGAGAAGGTTAACGGGAt > 1:11757556/1‑101 (MQ=255) gTCGCTATATTCACGAAACCCGCGAGTGGATTTTGCGTAACAGCCCGGTGCCGATCGATACAGTGCCGATCTACCAGGCGCTGGAGAAGGTTAACGGGATc > 1:4419861/1‑101 (MQ=255) gCTATATTCACGAAACCCGCGAGTGGATTTTGCGTAACAGCCCGGTGCCGATCGGTACAGTGCCGATCTACCAGGCGCTGGAGAAGGTTAACGGGATCGcc > 1:12231088/1‑101 (MQ=255) cTATATTCACGAAACCCGCGAGTGGATTTTGCGTAACAGCCCGGTGCCGATCGGTACAGTGCCGATCTACCAGGCGCTGGAGAAGGTTAACGGGATCGCCg < 1:12577753/101‑1 (MQ=255) atatTCACGAAACCCGCGAGTGGATTTTGCGTAACAGCCCGGTGCCGATCGGTACAGTGCCGATCTACCAGGCGCTGGAGAAGGTTAACGGGATCGCCGaa < 1:13656880/101‑1 (MQ=255) 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ggATTTTGCGTAACAGCCCGGTGCCGATCGGTACAGTGCCGATCTACCAGGCGCTGGAGAAGGTTAACGGGATCGCCGAAGATCTTACCTGGGAAGCGTTc < 1:6446977/101‑1 (MQ=255) gATTTTGCGTAACAGCCCGGTGCCGATCGGTACAGTGCCGATCTACCAGGCGCTGGAGAAGGTTAACGGGATCGCCGAAGATCTTTCCTGGGAAGCGTTcc < 1:109292/101‑1 (MQ=255) aTTTTGCGTAACAGCCCGGTGCCGATCGGTACAGTGCCGATCTACCAGGCGCTGGAGAAGGTTAACGGGATCGCCGAAGATCTTACCTGGGAAGCGTTCcg < 1:3153100/101‑1 (MQ=255) | AGAAGAAGTGGAAAAGCTGGTATGGTCCACGCGCTGGGGAGCGGATACGGTGATGGATCTCTCCACCGGTCGCTATATTCACGAAACCCGCGAGTGGATTTTGCGTAACAGCCCGGTGCCGATCGGTACAGTGCCGATCTACCAGGCGCTGGAGAAGGTTAACGGGATCGCCGAAGATCTTACCTGGGAAGCGTTCCGCGA > NC_007779/3441331‑3441531 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 23 ≤ ATCG/ATCG < 30 ≤ ATCG/ATCG < 34 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |