| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_007779 | 3,441,452 | A→G | 3.8% | I291V (ATC→GTC) | thiC → | thiamin (pyrimidine moiety) biosynthesis protein |
| Read alignment evidence... | ||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | change | freq | score | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_007779 | 3,441,452 | 0 | A→G | 3.8% | 19.8 ‑2.8 ‑1.9 | 286 | I291V (ATC→GTC) | thiC | thiamin (pyrimidine moiety) biosynthesis protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): new base (2/9): ref base (136/139): total (138/148) | ||||||||||
| Fisher's exact test strand distribution p-value = 6.21e-02 | ||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support polymorphism than reference p-value = 1.18e-02 | ||||||||||
Only 100 of 302 total aligned reads displayed.
ATGGTCCACGCGCTGGGGAGCGGATACGGTGATGGATCTCTCCACCGGTCGCTATATTCACGAAACCCGCGAGTGGATTTTGCGTAACAGCCCGGTGCCGATCGGTACAGTGCCGATCTACCAGGCGCTGGAGAAGGTTAACGGGATCGCCGAAGATCTTACCTGGGAAGCGTTCCGCGACACGCTGCTGGAACAGGCCGA > NC_007779/3441352‑3441552 | ggTCCACGCGCTGGGGAGCGGATACGGTGATGGATCTCTCCACCGGTCGCTATATTCACGAAACCCGCGAGTGGATTTTGCGTAACAGCCCGGTGCCGATc < 1:10344960/101‑1 (MQ=255) ggTCCACGCGCTGGGGAGCGGATACGGTGATGGATCTCTCCACCGGTCGCTATATTCACGAAACCCGCGAGTGGATTTTGCGTAACAGCCCGGTGCCGATc < 1:12098506/101‑1 (MQ=255) tCCACGCGCTGGGGAGCGGATACGGTGATGGATCTCTCCACCGGTCGCTATATTCACGAAACCCGCGAGTGGATTTTGCGTAACAGCCCGGTGCCGATCgg < 1:3990627/101‑1 (MQ=255) acccgttGGGGCGCGGACACCATCATGGACCTGTCCACCGGTAAGGACATTCACGAAACCCGCGAGTGGATTCTGCGTAACTCCCCGGTGCCGGTTGGTAc < 1:11715362/95‑1 (MQ=255) aCGCGCTGGGGAGCGGATACGGTGATGGATCTCTCCACCGGTCGCTATATTCACGAAACCCGCGAGTGGATTTTGCGTAACAGCCCGGTGCCGATCGGTAc < 1:5698151/101‑1 (MQ=255) gcgcTGGGGAGCGGATACGGTGATGGATCTCTCCACCGGTCGCTATATTCACGAAACCCGCGAGTGGATTTTGCGTAACAGCCCGGTGCCGATCGGTACAg < 1:3591326/101‑1 (MQ=255) gcgcTGGGGAGCGGATACGGTGATGGATCTCTCCACCGGTCGCTATATTCACGAAACCCGCGAGTGGATTTTGCGTAACAGCCCGGTGCCGATCGGTACAg > 1:222508/1‑101 (MQ=255) cgttGGGGCGCGGACACCATCATGGACCTGTCCACCGGTAAGGACATTCACGAAACCCGCGAGTGGATTCTGCGTAACTCCCCGGTGCCGGTTGGTACGGt < 1:12958439/98‑1 (MQ=255) cgcTGGGGAGCGGATACGGTGATGGATCTCTCCACCGGTCGCTATATTCACGAAACCCGCGAGTGGATTTTGCGTAACAGCCCGGTGCCGATCGGTACAGt < 1:6531377/101‑1 (MQ=255) gcTGGGGAGCGGATACGGTGATGGATCTCTCCACCGGTCGCTATATTCACGAAACCCGCGAGTGGATTTTGCGTAACAGCCCGGTGCCGATCGGTACAGTg > 1:2984907/1‑101 (MQ=255) gcTGGGGAGCGGATACGGTGATGGATCTCTCCACCGGTCGCTATATTCACGAAACCCGCGAGTGGATTTTGCGTAACAGCCCGGTGCCGATCGGTACAGTg < 1:13185667/101‑1 (MQ=255) gcTGGGGAGCGGATACGGTGATGGATCTCTCCACCGGTCGCTATATTCACGAAACCCGCGAGTGGATTTTGCGTAACAGCCCGGTGCCGATCGGTACAGTg > 1:12710164/1‑101 (MQ=255) gcTGGGGAGCGGATACGGTGATGGATCTCTCCACCGGTCGCTATATTCACGAAACCCGCGAGTGGATTTTGCGTAACAGCCCGGTGCCGATCGGTACAGTg > 1:2884439/1‑101 (MQ=255) tGGGGCGCGGACACCATCATGGACCTGTCCACCGGTAAGGACATTCACGAAACCCGCGAGTGGATTCTGCGTAACTCCCCGGTGCCGGTTGGTACGGTGcc < 1:10283876/101‑1 (MQ=255) tGGGGAGCGGATACGGTGATGGATCTCTCCACCGGTCGCTATATTCACGAAACCCGCGAGTGGATTTTGCGTAACAGCCCGGTGCCGATCGGTACAGTGcc > 1:388288/1‑101 (MQ=255) tGGGGAGCGGATACGGTGATGGATCTCTCCACCGGTCGCTATATTCACGAAACCCGCGAGTGGATTTTGCGTAACAGCCCGGTGCCGATCGGTACAGTGcc < 1:4583538/101‑1 (MQ=255) ggggAGCGGATACGGTGATGGATCTCTCCACCGGTCGCTATATTCACGAAACCCGCGAGTGGATTTTGCGTAACAGCCCGGTGCCGATCGGTACAGTGCCg > 1:4636705/1‑101 (MQ=255) ggggAGCGGATACGGTGATGGATCTCTCCACCGGTCGCTATATTCACGAAACCCGCGAGTGGATTTTGCGTAACAGCCCGGTGCCGATCGGTACAGTGCCg < 1:11311352/101‑1 (MQ=255) ggAGCGGATACGGTGATGGATCTCTCCACCGGTCGCTATATTCACGAAACCCGCGAGTGGATTTTGCGTAACAGCCCGGTGCCGATCGGTACAGTGCCGAt < 1:9806220/101‑1 (MQ=255) ggAGCGGATACGGTGATGGATCTCTCCACCGGTCGCTATATTCACGAAACCCGCGAGTGGATTTTGCGTAACAGCCCGGTGCCGATCGGTACAGTGCCGAt < 1:6826916/101‑1 (MQ=255) aGCGGATACGGTGATGGATCTCTCCACCGGTCGCTATATTCACGAAACCCGCGAGTGGATTTTGCGTAACAGCCCGGTGCCGATCGGTACAGTGCCGATCt < 1:2712195/101‑1 (MQ=255) aGCGGATACGGTGATGGATCTCTCCACCGGTCGCTATATTCACGAAACCCGCGAGTGGATTTTGCGTAACAGCCCGGTGCCGATCGGTACAGTGCCGATCt > 1:5119823/1‑101 (MQ=255) cGGATACGGTGATGGATCTCTCCACCGGTCGCTATATTCACGAAACCCGCGAGTGGATTTTGCGTAACAGCCCGGTGCCGATCGGTACAGTGCCGATCTAc > 1:8892069/1‑101 (MQ=255) ggATACGGTGATGGATCTCTCCACCGGTCGCTATATTCACGAAACCCGCGAGTGGATTTTGCGTAACAGCCCGGTGCCGATCGGTACAGTGCCGATCTAcc > 1:3742448/1‑101 (MQ=255) acaccatcaTGGACCTGTCCACCGGTAAGGACATTCACGAAACCCGCGAGTGGATTCTGCGTAACTCCCCGGTGCCGGTTGGTACGGTGCCGATTTACCAg < 1:10620357/93‑1 (MQ=255) aTACGGTGATGGATCTCTCCACCGGTCGCTATATTCACGAAACCCGCGAGTGGATTTTGCGTAACAGCCCGGTGCCGATCGGTACAGTGCCGATCTACCAg > 1:11285871/1‑101 (MQ=255) tACGGTGATGGATCTCTCCACCGGTCGCTATATTCACGAAACCCGCGAGTGGATTTTGCGTAACAGCCCGGTGCCGATCGGTACAGTGCCGATCTACCAgg < 1:5317016/101‑1 (MQ=255) aCGGTGATGGATCTCTCCACCGGTCGCTATATTTGCGAAACCCGCGAGAGGATTTTGCGTATCAGCCCGGTGCTGATCGGTACAGTGCCGACCTACCAGgc > 1:2489807/1‑101 (MQ=255) aCGGTGATGGATCTCTCCACCGGTCGCTATATTCACGAAACCCGCGAGTGGATTTTGCGTAACAGCCCGGTGCCGATCGGTACAGTGCCGATCTACCAGgc > 1:7068525/1‑101 (MQ=255) gTGATGGATCTCTCCACCGGTCGCTATATTCACGAAACCCGCGAGTGGATTTTGCGTAACAGCCCGGTGCCGATCGGTACAGTGCCGATCTACCAGGCGCt < 1:7968783/101‑1 (MQ=255) gATGGATCTCTCCACCGGTCGCTATATTCACGAAACCCGCGAGTGGATTTTGCGTAACAGCCCGGTGCCGATCGGTACAGTGCCGATCTACCAGGCGCTgg < 1:13290408/101‑1 (MQ=255) tGGATCTCTCCACCGGTCGCTATATTCACGAAACCCGCGAGTGGATTTTGCGTAACAGCCCGGTGCCGATCGGTACAGTGCCGATCTACCAGGCGCTGgag < 1:8642828/101‑1 (MQ=255) ggATCTCTCCACCGGTCGCTATATTCACGAAACCCGCGAGTGGATTTTGCGTAACAGCCCGGTGCCGATCGGTACAGTGCCGATCTACCAGGCGCTGgaga < 1:8775169/101‑1 (MQ=255) aTCTCTCCACCGGTCGCTATATTCACGAAACCCGCGAGTGGATTTTGCGTAACAGCCCGGTGCCGATCGGTACAGTGCCGATCTACCAGGCGCTGGAGAAg < 1:7663172/101‑1 (MQ=255) aTCTCTCCACCGGTCGCTATATTCACGAAACCCGCGAGTGGATTTTGCGTAACAGCCCGGTGCCGATCGGTACAGTGCCGATCTACCAGGCGCTGGAGAAg < 1:4915365/101‑1 (MQ=255) tctcCACCGGTCGCTATATTCACGAAACCCGCGAGTGGATTTTGCGTAACAGCCCGGTGCCGATCGGTACAGTGCCGATCTACCAGGCGCTGGAGAAGGtt > 1:10521799/1‑101 (MQ=255) ctcCACCGGTCGCTATATTCACGAAACCCGCGGGTGGATTTTGCGTAACAGCCCGGTGCCGATCGGTACAGTGCCGATCTACCAGGCGCTGGAGAAGGTTa > 1:6464138/1‑101 (MQ=255) tcCACCGGTCGCTATATTCACGAAACCCGCGAGTGGATTTTGCGTAACAGCCCGGTGCCGATCGGTACAGTGCCGATCTACCAGGCGCTGGAGAAGGTTaa > 1:13940409/1‑101 (MQ=255) tcCACCGGTCGCTATATTCACGAAACCCGCGAGTGGATTTTGCGTAACAGCCCGGTGCCGATCGGTACAGTGCCGATCTACCAGGCGCTGGAGAAGGTTaa < 1:8171849/101‑1 (MQ=255) tcCACCGGTCGCTATATTCACGAAACCCGCGAGTGGATTTTGCGTAACAGCCCGGTGCCGATCGGTACAGTGCCGATCTACCAGGCGCTGGAGAAGGTTaa > 1:6337374/1‑101 (MQ=255) cACCGGTCGCTATATTCACGAAACCCGCGAGTGGATTTTGCGTAACAGCCCGGTGCCGATCGGTACAGTGCCGATCTACCAGGCGCTGGAGAAGGTTAACg > 1:5875379/1‑101 (MQ=255) 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cGAAACCCGCGAGTGGATTTTGCGTAACAGCCCGGTGCCGATCGGTACAGTGCCGATCTACCAGGCGCTGGAGAAGGTTAACGGGATCGCCGAAGATCTTa > 1:2111489/1‑101 (MQ=255) gAAACCCGCGAGTGGATTTTGCGTAACAGCCCGGTGCCGATCGGTACAGTGCCGATCTACCAGGCGCTGGAGAAGGTTAACGGGATCGCCGAAGATCTTAc < 1:8378536/101‑1 (MQ=255) aaaCCCGCGAGTGGATTTTGCGTAACAGCCCGGTGCCGATCGGTACAGTGCCGATCTACCAGGCGCTGGAGAAGGTTAACGGGATCGCCGAAGATCTTAcc < 1:7759222/101‑1 (MQ=255) aaaCCCGCGAGTGGATTTTGCGTAACAGCCCGGTGCCGATCGGTACAGTGCCGATCTACCAGGCGCTGGAGAAGGTTAACGGGATCGCCGAAGATCTTAcc > 1:7313043/1‑101 (MQ=255) aaCCCGCGAGTGGATTTTGCGTAACAGCCCGGTGCCGATCGGTACAGTGCCGATCTACCAGGCGCTGGAGAAGGTTAACGGGATCGCCGAAGATCTTACCt < 1:6616143/101‑1 (MQ=255) aaCCCGCGAGTGGATTTTGCGTAACAGCCCGGTGCCGATCGGTACAGTGCCGATCTACCAGGCGCTGGAGAAGGTTAACGGGATCGCCGAAGATCTTACCt > 1:3533920/1‑101 (MQ=255) aaCCCGCGAGTGGATTTTGCGTAACAGCCCGGTGCCGATCGGTACAGTGCCGATCTACCAGGCGCTGGAGAAGGTTAACGGGATCGCCGAAGATCTTACCt < 1:14125252/101‑1 (MQ=255) aCCCGCGAGTGGATTTTGCGTAACAGCCCGGTGCCGATCGGTACAGTGCCGATCTACCAGGCGCTGGAGAAGGTTAACGGGATCGCCGAAGATCTTACCTg > 1:4179149/1‑101 (MQ=255) cccGCGAGTGGATTTTGCGTAACAGCCCGGTGCCGATCGGTACAGTGCCGATCTACCAGGCGCTGGAGAAGGTTAACGGGATCGCCGAAGATCTTACCTgg > 1:12829005/1‑101 (MQ=255) ccGCGAGTGGATTTTGCGTAACAGCCCGGTGCCGATCGGTACAGTGCCGATCTACCAGGCGCTGGAGAAGGTTAACGGGATCGCCGAAGATCTTACCTggg > 1:7483519/1‑101 (MQ=255) ccGCGAGTGGATTTTGCGTAACAGCCCGGTGCCGATCGGTACAGTGCCGATCTACCAGGCGCTGGAGAAGGTTAACGGGATCGCCGAAGATCTTACCTggg < 1:9654014/101‑1 (MQ=255) cgcgAGTGGATTTTGCGTAACAGCCCGGTGCCGATCGGTACAGGGCCGATCTACCAGGCGCTGGAGAAGGTTAACGGGATCGCCGAAGATCTTACCTGGGa > 1:8145244/1‑101 (MQ=255) gcgAGTGGATTTTGCGTAACAGCCCGGTGCCGATCGGTACAGTGCCGATCTACCAGGCGCTGGAGAAGGTTAACGGGATCGCCGAAGATCTTACCTGGGaa < 1:1526038/101‑1 (MQ=255) gcgAGTGGATTTTGCGTAACAGCCCGGTGCCGATCGGTACAGTGCCGATCTACCAGGCGCTGGAGAAGGTTAACGGGATCGCCGAAGATCTTACCTGGGaa < 1:7851005/101‑1 (MQ=255) gcgAGTGGATTTTGCGTAACAGCCCGGTGCCGATCGGTACAGTGCCGATCTACCAGGCGCTGGAGAAGGTTAACGGGATCGCCGAAGATCTTACCTGGGaa < 1:4754192/101‑1 (MQ=255) cgAGTGGATTTTGCGTAACAGCCCGGTGCCGATCGGTACAGTGCCGATCTACCAGGCGCTGGAGAAGGTTAACGGGATCGCCGAAGATCTTACCTGGGAAg > 1:12652462/1‑101 (MQ=255) gAGTGGATTTTGCGTAACAGCCCGGTGCCGATCGGTACAGTGCCGATCTACCAGGCGCTGGAGAAGGTTAACGGGATCGCCGAAGATCTTACCTGGGAAGc > 1:3298675/1‑101 (MQ=255) ggATTTTGCGTAACAGCCCGGCGCCGATCGGTACAGTGCCGACCTCCCAGCCGCTGGAGAAGGTTAGCGGGTTCGCGGAGGGTCTTAGCTggggggagttc > 1:9572573/1‑93 (MQ=255) gATTTTGCGTAACAGCCCGGTGCCGATCGGTACAGTGCCGATCTAGCAGGCGCTGGAGAAGGTTAACGGGATCGCCGAAGATCTTACCTGGGAAGCGTTcc < 1:6062629/101‑1 (MQ=255) gATTTTGCGTAACAGCCCGGTGCCGATCGGTACAGTGCCGATCTACCAGGCGCTGGAGAAGGTTAACGGGATCGCCGAAGATCTTTCCTGGGAAGCGTTcc < 1:109292/101‑1 (MQ=255) gATTTTGCGTAACAGACCGGTGCCGATCGGTACAGTGCCGATCTACCAGGCGCTGGAGAAGGTTAACGGGATCGCCGAAGATCTTACCTGGGAAGCGTTcc > 1:1741312/1‑101 (MQ=255) 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aaCAGCCCGGTGCCGATCGGTACAGTGCCGATCTACCAGGCGCTGGAGAAGGTTAACGGGATCGCCGAAGATCTTACCTGGGAAGCGTTCCGCGACACgct < 1:11014551/101‑1 (MQ=255) gCCCGGTGCCGATCGGTACAGTGCCGATCTACCAGGCGCTGGAGAAGGTTAACGGGATCGCCGAAGATCTTACCTGGGAAGCGTTCCGCGACACGctgctg > 1:1585756/1‑101 (MQ=255) cccGGTGNCGATCGNTACAGTGCCGATCTACCAGGCNCTGGAGAAGGTTAACGGGATCGCCGAANATCTTACCTGGNAAGCGTTCCGCGACACGCTGCTgg < 1:9498455/101‑1 (MQ=255) cccGGTGCCGATCGGTACAGTGCCGATCTACCAGGCGCTGGAGAAGGTTAACGGGATCGCCGAAGATCTTACCTGGGAAGCGTTCCGCGACACGCTGCTgg > 1:11372803/1‑101 (MQ=255) ccGGTGCCGATCGGTACAGTGCCGATCTACCAGGCGCTGGAGAAGGTTAACGGGATCGCCGAAGATCTTACCTGGGAAGCGTTCCGCGACACGCTGCTGGa < 1:10724271/101‑1 (MQ=255) ccGGTGCCGATCGGTACAGTGCCGATCTACCAGGCGCTGGAGAAGGTTAACGGGATCGCCGAAGATCTTACCTGGGAAGCGTTCCGCGACACGCTGCTGGa < 1:1022594/101‑1 (MQ=255) cGGTGCCGATCGGTACAGTGCCGATCTACCAGGCGCTGGAGAAGGTTAACGGGATCGCCGAAGATCTTACCTGGGAAGCGTTCCGCGACACGCTGCTGGaa > 1:13047574/1‑101 (MQ=255) gTGCCGATCGGTACAGTGCCGATCTACCAGGCGCTGGAGAAGGTTAACGGGATCGCCGAAGATCTTACCTGGGAAGCGTTCCGCGACACGCTGCTGGAACa > 1:13775833/1‑101 (MQ=255) tGCCGATCGGTACAGTGCCGATCTACCAGGCGCTGGAGAAGGTTAACGGGATCGCCGAAGATCTTACCTGGGAAGCGTTCCGCGACACGCTGCTGGAACAg > 1:11617788/1‑101 (MQ=255) gCCGATCGGTACAGTGCCGATCTACCAGGCGCTGGAGAAGGTTAACGGGATCGCCGAAGATCTTACCTGGGAAGCGTTCCGCGACACGCTGCTGGAACAgg < 1:12737428/101‑1 (MQ=255) cGATCGGTACAGTGCCGATCTACCAGGCGCTGGAGAAGGTTAACGGGATCGCCGAAGATCTTACCTGGGAAGCGTTCCGCGACACGCTGCTGGAACAGGcc > 1:10122297/1‑101 (MQ=255) cGATCGGTACAGTGCCGATCTACCAGGCGCTGGAGAAGGTTAACGGGATCGCCGAAGATCTTACCTGGGAAGCGTTCCGCGACACGCTGCTGGAACAGGcc < 1:12386256/101‑1 (MQ=255) cGATCGGTACAGTGCCGATCTACCAGGCGCTGGAGAAGGTTAACGGGATCGCCGAAGATCTTACCTGGGAAGCGTTCCGCGACACGCTGCTGGAACAGGcc < 1:6194081/101‑1 (MQ=255) gATCGGTACAGTGCCGATCTACCAGGCGCTGGAGAAGGTTAACGGGATCGCCGAAGATCTTACCTGGGAAGCGTTCCGCGACACGCTGCTGGAACAGGCCg > 1:8442415/1‑101 (MQ=255) gATCGGTACAGTGCCGATCTACCAGGCGCTGGAGAAGGTTAACGGGATCGCCGAAGATCTTACCTGGGAAGCGTTCCGCGACACGCTGCTGGAACAGGCCg > 1:4698544/1‑101 (MQ=255) gATCGGTACAGTGCCGATCTACCAGGCGCTGGAGAAGGTTAACGGGATCGCCGAAGATCTTACCTGGGAAGCGTTCCGCGACACGCTGCTGGAACAGGCCg < 1:10025996/101‑1 (MQ=255) gATCGGTACAGTGCCGATCTACCAGGCGCTGGAGAAGGTTAACGGGATCGCCGAAGATCTTACCTGGGAAGCGTTCCGCGACACGCTGCTGGAACACGCCg > 1:13590471/1‑101 (MQ=255) | ATGGTCCACGCGCTGGGGAGCGGATACGGTGATGGATCTCTCCACCGGTCGCTATATTCACGAAACCCGCGAGTGGATTTTGCGTAACAGCCCGGTGCCGATCGGTACAGTGCCGATCTACCAGGCGCTGGAGAAGGTTAACGGGATCGCCGAAGATCTTACCTGGGAAGCGTTCCGCGACACGCTGCTGGAACAGGCCGA > NC_007779/3441352‑3441552 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 29 ≤ ATCG/ATCG < 34 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |