| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | NC_007779 | 13,298 | G→C | 11.2% | G379A (GGT→GCT) | dnaK → | chaperone Hsp70, co‑chaperone with DnaJ |
| Read alignment evidence... | ||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
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| * | NC_007779 | 13,298 | 0 | G→C | 11.2% | 86.8 ‑0.4 ‑0.0 | 276 | G379A (GGT→GCT) | dnaK | chaperone Hsp70, co‑chaperone with DnaJ |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): new base (14/17): ref base (122/123): total (136/140) | ||||||||||
| Fisher's exact test strand distribution p-value = 7.05e-01 | ||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support polymorphism than reference p-value = 9.99e-01 | ||||||||||
Only 100 of 308 total aligned reads displayed.
ATGCCAATGGTTCAGAAGAAAGTTGCTGAGTTCTTTGGTAAAGAGCCGCGTAAAGACGTTAACCCGGACGAAGCTGTAGCAATCGGTGCTGCTGTTCAGGGTGGTGTTCTGACTGGTGACGTAAAAGACGTACTGCTGCTGGACGTTACCCCGCTGTCTCTGGGTATCGAAACCATGGGCGGTGTGATGACGACGCTGATC > NC_007779/13198‑13398 | tGCCAATGGTTCAGAAGAAAGTTGCTGAGTTCTTTGGTAAAGAGCCGCGTAAAGACGTTAACCCGGACGAAGCTGTAGCAATCGGTGCTGCTGTTCAGggt < 1:14306848/101‑1 (MQ=255) cAATGGTTCAGAAGAAAGTTGCTGAGTTCTTTGGTAAAGAGCCGCGTAAAGACGTTAACCCGGACGAAGCTGTAGCAATCGGTGCTGCTGTTCAGggtggt < 1:13554142/101‑1 (MQ=255) cAATGGTTCAGAAGAAAGTTGCTGAGTTCTTTGGTAAAGAGCCGCGTAAAGACGTTAACCCGGACGAAGCTGTAGCAATCGGTGCTGCTGTTCAGggtggt < 1:14042643/101‑1 (MQ=255) aaTGGTTCAGAAGAAAGTTGCTGAGTTCTTTGGTAAAGAGCCGCGTAAAGACGTTAACCCGGACGAAGCTGTAGCAATCGGTGCTGCTGTTCAGGgtggtg > 1:2367287/1‑101 (MQ=255) tGGTTCAGAAGAAAGTTGCTGAGTTCTTTGGTAAAGAGCCGCGTAAAGACGTTAACCCGGACGAAGCTGTAGCAATCGGTGCTGCTGTTCAGGGTGGTGtt > 1:11877712/1‑101 (MQ=255) cAGAAGAAAGTTGCTGAGTTCTTTGGTAAAGAGCCGCGTAAAGACGTTAACCCGGACGAAGCTGTAGCAATCGGTGCTGCTGTTCAGGGTGGTGTTCTGAc > 1:13247665/1‑101 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cTGAGTTCTTTGGTAAAGAGCCGCGTAAAGACGTTAACCCGGACGAAGCTGTAGCAATCGGTGCTGCTGTTCAGGGTGGTGTTCTGACTGGTGACGTaaaa < 1:9116312/101‑1 (MQ=255) cTGAGTTCTTTGGTAAAGAGCCGCGTAAAGACGTTAACCCGGACGAAGCTGTAGCAATCGGTGCTGCTGTTCAGGGTGGTGTTCTGACTGGTGACGTaaaa > 1:2192150/1‑101 (MQ=255) tGAGTTCTTTGGTAAAGAGCCGCGTAAAGACGTTAACCCGGACGAAGCTGTAGCAATCGGTGCTGCTGTTCAGGGTGGTGTTCTGACTGGTGACGTAAAAg > 1:11295578/1‑101 (MQ=255) aGTTCTTTGGTAAAGAGCCGCGTAAAGACGTTAACCCGGACGAAGCTGTAGCAATCGGTGCTGCTGTTCAGGGTGTTGTTCTGACTGGTGACGTAAAAGAc < 1:13906434/101‑1 (MQ=255) aGTTCTTTGGTAAAGAGCCGCGTAAAGACGTTAACCCGGACGAAGCTGTAGCAATCGGTGCTGCTGTTCAGGGTGGTGTTCTGACTGGTGACGTAAAAGAc > 1:5772900/1‑101 (MQ=255) aGTTCTTTGGTAAAGAGCCGCGTAAAGACGTTAACCCGGACGAAGCTGTAGCAATCGGTGCTGCTGTTCAGGGTGGTGTTCTGACTGGTGACGTAAAAGAc < 1:3169975/101‑1 (MQ=255) gTTCTTTGGTAAAGAGCCGCGTAAAGACGTTAACCCGGACGAAGCTGTAGCAATCGGTGCTGCTGTTCAGGGTGGTGTTCTGACTGGTGACGTAAAAGACg < 1:483024/101‑1 (MQ=255) tCTTTGGTAAAGAGCCGCGTAAAGACGTTAACCCGGACGAAGCTGTAGCAATCGGTGCTGCTGTTCAGGGTGGTGTTCTGACTGGTGACGTAAAAGACGTa > 1:2856402/1‑101 (MQ=255) cTTTGGTAAAGAGCCGCGTAAAGACGTTAACCCGGACGAAGCTGTAGCAATCGGTGCTGCTGTTCAGGGTGGTGTTCTGACTGGTGACGTAAAAGACGTAc < 1:1023593/101‑1 (MQ=255) tttGGTAAAGAGCCGCGTAAAGACGTTAACCCGGACGAAGCTGTAGCAATCGGTGCTGCTGTTCAGGGTGGTGTTCTGACTGGTGACGTAAAAGACGTAct > 1:7437030/1‑101 (MQ=255) ttGGTAAAGAGCCGCGTAAAGACGTTAACCCGGACGAAGCTGTAGCAATCGGTGCTGCTGTTCAGGGTGGTGTTCTGACTGGTGACGTAAAAGACGTActg < 1:4298462/101‑1 (MQ=255) ggTAAAGAGCCGCGTAAAGACGTTAACCCGGACGAAGCTGCAGCAATCGGTGCTGCTGTTCAGGGTGGTGTTCTGACTGGTGACGTAAAAGACGTActgct > 1:8849916/1‑101 (MQ=255) tAAAGAGCCGCGTAAAGACGTTAACCCGGACGAAGCTGTAGCAATCGGTGCTGCTGTTCAGGGTGGTGTTCTGACTGGTGACGTAAAAGACGTActgctgc > 1:3834192/1‑101 (MQ=255) tAAAGAGCCGCGTAAAGACGTTAACCCGGACGAAGCTGTAGCAATCGGCGCTGCTGTTCAGGGTGGTGTTCTGACTGGTGACGTAAAAGACGTActgctgc < 1:7468153/101‑1 (MQ=255) aaaGAGCCGCGTAAAGACGTTAACCCGGACGAAGCTGTAGCAATCGGTGCTGCTGTTCAGGGTGGTGTTCTGACTGGTGACGTAAAAGACGTActgctgct > 1:10488599/1‑101 (MQ=255) aaaGAGCCGCGTAAAGACGTTAACCCGGACGAAGCTGTAGCAATCGGTGCTGCTGTTCAGGGTGGTGTTCTGACTGGTGACGTAAAAGACGTActgctgct > 1:4189714/1‑101 (MQ=255) aaaGAGCCGCGTAAAGACGTTAACCCGGACGAAGCTGTAGCAATCGGTGCTGCTGTTCAGGGTGGTGTTCTGACTGGTGACGTAAAAGACGTActgctgct < 1:9505169/101‑1 (MQ=255) aaaGAGCCGCGTAAAGACGTTAACCCGGACGAAGCTGTAGCAATCGGTGCTGCTGTTCAGGGTGGTGTTCTGACTGGTGACGTAAAAGACGTActgctgct > 1:7688964/1‑101 (MQ=255) aaGAGCCGCGTAAAGACGTTAACCCGGACGAAGCTGTAGCAATCGGTGCTGCTGTTCAGGGTGGTGTTCTGACTGGTGACGTAAAAGACGTActgctgctg < 1:1727251/101‑1 (MQ=255) aaGAGCCGCGTAAAGACGTTAACCCGGACGAAGCTGTAGCAATCGGTGCTGCTGTTCAGGGTGGTGTTCTGACTGGTGACGTAAAAGACGTActgctgctg < 1:10050580/101‑1 (MQ=255) agagCCGCGTAAAGACGTTAACCCGGACGAAGCTGTAGCAATCGGTGCTGCTGTTCAGGGTGGTGTTCTGACTGGTGACGTAAAAGACGTACTGCTACTgg < 1:6951250/101‑1 (MQ=255) agCCGCGTAAAGACGTTAACCCGGACGAAGCTGTAGCAATCGGTGCTGCTGTTCAGGGTGGTGTTCTGACTGGTGACGTAAAAGACGTACTGCTGCTGGAc < 1:11091419/101‑1 (MQ=255) cgTAAAGACGTTAACCCGGACGAAGCTGTAGCAATCGGTGCTGCTGTTCAGGGTGGTGTTCTGACTGGTGACGTAAAAGACGTACTGCTGCTGGACGTTAc < 1:8640513/101‑1 (MQ=255) gTAAAGACGTTAACCCGGACGAAGCTGTAGCAATCGGTGCTGCTGTTCAGGGTGGTGTTCTGACTGGTGACGTAAAAGACGTACTGCTGCTGGACGTTAcc > 1:5612470/1‑101 (MQ=255) aagggcGTTAACCCGGACGAGGTTGTCGCAGTTGGTGCTGCTCTGCAGGCCGGCGTTCTGCGCGGTGAGGTCAAGGACGTGCTGCTGCTCGACGTTAcccc < 1:3447126/96‑1 (MQ=255) aaaGTCGTTATCCCGGACGAAGCTGTAGCAATCGGTGCTGCTGTTCAGGGTGGTGTTCTGACTGGTGACTTAAAAGACGTACTGCTGCTGGACGTTAccca < 1:6716731/101‑2 (MQ=255) aaaGACGTTAACCCGGACGAAGCTGTAGCAATCGGTGCTGCTGTTCAGGGTGGTGTTCTGACTGGTGACGTAAAAGACGTACTGCTGCTGGACGTTAcccc < 1:4658823/101‑1 (MQ=255) aaaGACGTTAACCCGGACGAAGCTGTAGCAATCGGTGCTGCTGTTCAGGGTGGTGTTCTGACTGGTGACGTAAAAGACGTACTGCTGCTGGACGTTAcccc > 1:1267917/1‑101 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 31 ≤ ATCG/ATCG < 35 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |