Predicted mutation | |||||||
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evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
RA | NC_007779 | 3,717,913 | A→G | 6.9% | I364V (ATT→GTT) | atpA → | F1 sector of membrane‑bound ATP synthase subunit alpha |
Read alignment evidence... | ||||||||||
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seq id | position | change | freq | score | reads | annotation | genes | product | ||
* | NC_007779 | 3,717,913 | 0 | A→G | 6.9% | 39.5 ‑2.6 ‑0.0 | 309 | I364V (ATT→GTT) | atpA | F1 sector of membrane‑bound ATP synthase subunit alpha |
Reads supporting (aligned to +/- strand): new base (6/16): ref base (138/149): total (144/165) | ||||||||||
Fisher's exact test strand distribution p-value = 7.58e-02 | ||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support polymorphism than reference p-value = 1.00e+00 |
Only 100 of 323 total aligned reads displayed.
CGAAACTCAGGCGGGTGACGTTTCTGCGTTCGTTCCGACCAACGTAATCTCCATTACCGATGGTCAGATCTTCCTGGAAACCAACCTGTTCAACGCCGGTATTCGTCCTGCGGTTAACCCGGGTATTTCCGTATCCCGTGTTGGTGGTGCAGCACAGACCAAGATCATGAAAAAACTGTCCGGTGGTATCCGTACCGCTCT > NC_007779/3717813‑3718013 | gAAACTCAGGCGGGTGACGTTTCTGCGTTCGTTCCGACCAACGTAATCTCCATTACCGATGGTCAGATCTTCCTGGAAACCAACCTGTTCAACGCCGGTAt < 1:10469802/101‑1 (MQ=255) gAAACTCAGGCGGGTGACGTTTCTGCGTTCGTTCCGACCAACGTAATCTCCATTACCGATGGTCAGATCTTCCTGGAAACCAACCTGTTCAACGCCGGTAt > 1:1735871/1‑101 (MQ=255) gAAACTCAGGCGGGTGACGTTTCTGCGTTCGTTCCGACCAACGGAATCTCCATTACCGATGGTCAGATCTTCCTGGAAACCAACCTGTTCAACGCCGGTAt > 1:3115905/1‑101 (MQ=255) aaCTCAGGCGGGTGACGTTTCTGCGTTCGTTCCGACCAACGTAATCTCCATTACCGATGGTCAGATCTTCCTGGAAACCAACCTGTTCAACGCCGGTATTc < 1:10631572/101‑1 (MQ=255) aaCTCAGGCGGGTGAAGTTTCTGCGTTCGTTCCGACCAACGTAATCTCCATTTCCGATGGTCAGATCTTCCTGGAAACCAACCTGTTCAACGCCGGTATTc < 1:13791787/101‑1 (MQ=255) cTCAGGCGGGTGACGTTTCTGCGTTCGTTCCGACCAACGTAATCTCCATTACCGATGGTCAGATCTTCCTGGAAACCAACCTGTTCAACGCCGGTATTCGt < 1:2272719/101‑1 (MQ=255) cTCAGGCGGGTGACGTTTCTGCGTTCGTTCCGACCAACGTAATCTCCATTACCGATGGTCAGATCTTCCTGGAAACCAACCTGTTCAACGCCGGTATTCGt < 1:7228397/101‑1 (MQ=255) tCAGGCGGGTGACGTTTCTGCGTTCGTTCCGACCAACGTAATCTCCATTACCGATGGTCAGATCTTCCTGGAAACCAACCTGTTCAACGCCGGTATTCGTc < 1:9609059/101‑1 (MQ=255) aGGCGGGTGACGTTTCTGCGTTCGTTCCGACCAACGTAATCTCCATTACCGATGGTCAGATCTTCCTGGAAACCAACCTGTTCAACGCCGGTATTCGTCCt < 1:2765789/101‑1 (MQ=255) aGGCGGGTGACGTTTCTGCGTTCGTTCCGACCAACGTAATCTCCATTACCGATGGTCAGATCTTCCTGGAAACCAACCTGTTCAACGCCGGTATTCGTCCt > 1:6681871/1‑101 (MQ=255) aGGCGGGTGACGTTTCTGCGTTCGTTCCGACCAACGTAATCTCCATTACCGATGGTCAGATCTTCCTGGAAACCAACCTGTTCAACGCCGGTATTCGTCCt < 1:10425567/101‑1 (MQ=255) aGGCGGGTGACGTTTCTGCGTTCGTTCCGACCAACGTAATCTCCATTACCGATGGTCAGATCTTCCTGGAAACCAACCTGTTCAACGCCGGTATTCGTCCt < 1:9177772/101‑1 (MQ=255) ggCGGGTGACGTTTCTGCGTTCGTTCCGACCAACGTAATCTCCATTACCGATGGTCAGATCTTCCTGGAAACCAACCTGTTCAACGCCGGTATTCGTCCTg < 1:1585730/101‑1 (MQ=255) 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gTGACGTTTCTGCGTTCGTTCCGACCAACGTAATCTCCATTACCGATGGTCAGATCTTCCTGGAAACCAACCTGTTCAACGCCGGTATTCGTCCTGCGGtt < 1:5330687/101‑1 (MQ=255) gACGTTTCTGCGTTCGTTCCGACCAACGTAATCTCCATTACCGATGGTCAGATCTTCCTGGAAACCAACCTGTTCAACGCCGGTATTCGTCCTGCGGTTaa < 1:1421744/101‑1 (MQ=255) aCGTTTCTGCGTTCGTTCCGACCAACGTAATCTCCATTACCGATGGTCAGATCTTCCTGGAAACCAACCTGTTCAACGCCGGTATTCGTCCTGCGGTTAAc > 1:3050497/1‑101 (MQ=255) aCGTTTCTGCGTTCGTTCCGACCAACGTAATCTCCATTACCGATGGTCAGATCTTCCTGGAAACCAACCTGTTCAACGCCGGTATTCGTCCTGCGGTTAAc > 1:6969670/1‑101 (MQ=255) tttCTGCGTTCGTTCCGACCAACGTAATCTCCATTACCGATGGTCAGATCTTCCTGGAAACCAACCTGTTCAACGCCGGTATTCGTCCTGCGGTTAACCCg < 1:1100229/101‑1 (MQ=255) cTGCGTTCGTTCCGACCAACGTAATCTCCATTACCGATGGTCAGATCTTCCTGGAAACCAACCTGTTCAACGCCGGTATTCGTCCTGCGGTTAACCCGGGt > 1:363087/1‑101 (MQ=255) tGCGTTCGTTCCGACCAACGTAATCTCCATTACCGATGGTCAGATCTTCCTGGAAACCAACCTGTTCAACGCCGGTATTCGTCCTGCGGTTAACCCGGGTa > 1:10744890/1‑101 (MQ=255) tGCGTTCGTTCCGACCAACGTAATCTCCATTACCGATGGTCAGATCTTCCTGGAAACCAACCTGTTCAACGCCGGTATTCGTCCTGCGGTTAACCCGGGTa > 1:892894/1‑101 (MQ=255) gttcgttcCGACCAACGTAATCTCCATTACCGATGGTCAGATCTTCCTGGAACCCAACCTGTTCAACGCCGGTATTCGTCCTGCGGTTAACCCGGGTAttt < 1:10056244/101‑1 (MQ=255) gttcgttcCGACCAACGTAATCTCCATTACCGATGGTCAGATCTTCCTGGAAACCAACCTGTTCAACGCCGGTATTCGTCCTGCGGTTAACCCGGGTAttt > 1:5626586/1‑101 (MQ=255) tcgttcCGACCAACGTAATCTCCATTACCGATGGTCAGATCTTCCTGGAAACCAACCTGTTCAACGCCGGTATTCGTCATGCGGTTAACCCGGGTATTTcc < 1:4654269/101‑1 (MQ=255) ccGACCAACGTAATCTCCATTACCGATGGTCAGATCTTCCTGGAAACCAACCTGTTCAACGCCGGTATTCGTCCTGCGGTTAACCCGGGTATTTCCGTATc < 1:814352/101‑1 (MQ=255) cGACCAACGTAATCTCCATTACCGATGGTCAGATCTTCCTGGAAACCAACCTGTTCAACGCCGGTATTCGTCCTGCGGTTAACCCGGGTATTTCCGTATcc > 1:3734511/1‑101 (MQ=255) cGACCAACGTAATCTCCATTACCGATGGTCAGATCTTCCTGGAAACCAACCTGTTCAACGCCGGTATTCGTCCTGCGGTTAACCCGGGTATTTCCGTATcc > 1:1504779/1‑101 (MQ=255) 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ccATTACCGATGGTCAGATCTTCCTGGAAACCAACCTGTTCAACGCCGGTATTCGTCCTGCGGTTAACCCGGGTATTTCCGTATCCCGTGTTGGTGGTgca < 1:6081376/101‑1 (MQ=255) ccATTACCGATGGTCAGATCTTCCTGGAAACCAACCTGTTCAACGCCGGTATTCGTCCTGCGGTTAACCCGGGTATTTCCGTATCCCGTGTTGGTGGTgca > 1:13538588/1‑101 (MQ=255) ccATTACCGACGGCCAGGTCTTCCTCGAGTCCGACCTGTTCAACCAGGGTGTCCGCCCGGCTATTAACGTCGGTGTGTCGGTTTCCCGTGTTGGTGGTgcc > 1:2363561/1‑100 (MQ=255) cATTACCGATGGTCAGATCTTCCTGGAAACCAACCTGTTCAACGCCGGTATTCGTCCTGCGGTTAACCCGGGTATTTCCGTATCCCGTGTTGGTGGTgcag > 1:648911/1‑101 (MQ=255) ttgccGATGGTCAGATCTTCCTGGAAACCAACCTGTTCAACGCCGGTATTCGTCCTGCGGTTAACCCGGGTATTTCCGTATCCCGTGTTGGTGGTgcagca < 1:11845838/98‑1 (MQ=255) tACCGATGGTCAGATCTTCCTGGAAACCAACCTGTTCAACGCCGGTATTCGTCCTGCGGTTAACCCGGGTATTTCCGTATCCCGTGTTGGTGGTGCAGcac > 1:19047/1‑101 (MQ=255) tACCGACGGCCAGGTCTTCCTCGAGTCCGACCTGTTCAACCAGGGTGTCCGCCCGGCTATTAACGTCGGTGTGTCGGTTTCCCGTGTTGGTGGTGCCGcac < 1:5886590/101‑1 (MQ=255) 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cAGATATTCCTGGAAACCAACCTGTTCAACGCCGGTATTCGTCCTGCGGTTAACCCGGGTATTTCCGTATCCCGCGTTGGTGGGGCAGCACAGACCAAGAt > 1:2024516/1‑101 (MQ=255) aGATCTTCCTGGAAACCAACCTGTTCAACGCCGGTATTCGTCCTGCGGTTAACCCGGGTATTTCCGTATCCCGTGTTGGTGGTGCAGCACAGACCAAGATc > 1:9465719/1‑101 (MQ=255) aGATCTTCCTGGAAACCAACCTGTTCAACGCCGGTATTCGTCCTGCGGTTAACCCGGGTATTTCCGTATCCCGTGTTGGTGGTGCAGCACAGACCAAGATc > 1:12829316/1‑101 (MQ=255) aTCTTCCTGGAAACCAACCTGTTCAACGCCGGTATTCGTCCTGCGGTTAACCCGGGTATTTCCGTATCCCGTGTTGGTGGTGCAGCACAGACCAAGATCAt > 1:14091151/1‑101 (MQ=255) aTCTTCCTGGAAACCAACCTGTTCAACGCCGGTATTCGTCCTGCGGTTAACCCGGGTATTTCCGTATCCCGTGTTGGTGGTGCAGCACAGACCAAGATCAt > 1:8604295/1‑101 (MQ=255) tCTTCCTGGAAACCAACCTGTTCAACGCCGGTATTCGTCCTGCGGTTAACCCGGGTATTTCCGTATCCCGTGTTGGTGGTGCAGCACAGACCAAGATCATg > 1:10957834/1‑101 (MQ=255) tCTTCCTCGAGTCCGACCTGTTCAACCAGGGTGTCCGCCCGGCTATTAACGTCGGTGTGTCGGTTTCCCGTGTTGGTGGTGCCGCACAGACCAAGGGCATg < 1:1104429/101‑1 (MQ=255) 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ccaaccTGTTCAACGCCGGTATTCGTCCTGGGGTTAACCCGGGTATTTCCGTATCCCGTGTTGGTGGTGCAGCACAGACCAAGATCATGAAAAAACTGTcc > 1:12837003/1‑101 (MQ=255) ccaaccTGTTCAACGCCGGTATTCGTCCTGCGGTTAACCCGGGTATTTCCGTATCCCGTGTTGGTGGTGCAGCACAGACCAAGATCATGAAAAAACTGTcc < 1:978294/101‑1 (MQ=255) accTGTTCAACGCCGGTATTCGTCCTGCGGTTAACCCGGGTATTTCCGTATCCCGTGTTGGTGGTGCAGCACAGACCAAGATCATGAAAAAACTGTCCggt > 1:3172758/1‑101 (MQ=255) cTGTTCAACGCCGGTATTCGTCCTGCGGTTAACCCGGGTATTTCCGTATCCCGTGTTGGTGGTGCAGCACAGACCAAGATCATGAAAAAACTGTCCggtgg > 1:9707430/1‑101 (MQ=255) tGTTCAACGCCGGTATTCGTCCTGCGGTTAACCCGGGTATTTCCGTATCCCGTGTTGGTGGTGCAGCACAGACCAAGATCATGAAAAAACTGTCCggtggt < 1:4919301/101‑1 (MQ=255) tGTTCAACGCCGGTATTCGTCCTGCGGTTAACCCGGGTATTTCCGTATCCCGTGTTGGTGGTGCAGCACAGACCAAGATCATGAAAAAACTGTCCggtggt < 1:12075656/101‑1 (MQ=255) gTTCAACGCCGGTATTCGTCCTGCGGTTAACCCGGGTATTTCCGTATCCCGTGTTGGTGGTGCAGCACAGACCAAGATCATGAAAAAACTGTCCGGTGGTa < 1:2641844/101‑1 (MQ=255) 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cGCCGGTATTCGTCCTGCGGTTAACCCGGGTATTTCCGTATCCCGTGTTGGTGGTGCAGCACAGACCAAGATCATGAAAAAACTGTCCGGTGGTATCCGTa < 1:4816701/101‑1 (MQ=255) gCCGGTATTCGTCCTGCGGTTAACCCGGGTATTTCCGTATCCCGTGTTGGTGGTGCAGCACAGACCAAGATCATGAAAAAACTGTCCGGTGGTATCCGTAc > 1:5067315/1‑101 (MQ=255) ccGGTATTCGTCCTGCGGTTAACCCGGGTATTTCCGTATCCCGTGTTGGTGGTGCAGCACAGACCAAGATCATGAAAAAACTGTCCGGTGGTATCCGTAcc > 1:12205025/1‑101 (MQ=255) | CGAAACTCAGGCGGGTGACGTTTCTGCGTTCGTTCCGACCAACGTAATCTCCATTACCGATGGTCAGATCTTCCTGGAAACCAACCTGTTCAACGCCGGTATTCGTCCTGCGGTTAACCCGGGTATTTCCGTATCCCGTGTTGGTGGTGCAGCACAGACCAAGATCATGAAAAAACTGTCCGGTGGTATCCGTACCGCTCT > NC_007779/3717813‑3718013 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 31 ≤ ATCG/ATCG < 35 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
Reads not counted as support for junction |
read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |